Das IZEW wird von allen Fakultäten der Universität Tübingen getragen. Diese entsenden jeweils eine*n Vertreter*in in den Wissenschaftlichen Rat. Die Inhaber*innen der Lehrstühle für Ethik in den Biowissenschaften, für Ethik, Theorie und Geschichte der Biowissenschaften, für Ethik in der Medizin sowie für Wirtschafts- und Globalisierungsethik sind geborene Mitglieder des Wissenschaftlichen Rates. Weitere Hochschullehrer*innen aus den Fakultäten komplettieren das fachliche Spektrum. Der Wissenschaftliche Rat wählt einen dreiköpfigen Vorstand, dessen Sprecher*in die Leitung des IZEW übernimmt. Der Internationale Beirat wirkt an der konzeptionellen Weiterentwicklung des IZEW beratend mit.
In der Geschäftsstelle werden die Aktivitäten des IZEW organisiert und koordiniert. Dazu gehört nicht nur die Organisation der laufenden Geschäfte, sondern auch die Unterstützung der Leitungsgremien bei der konzeptionellen Weiterentwicklung des IZEW, die Pflege der Kontakte zu Öffentlichkeit und Universität, die Erarbeitung von Drittmittelanträgen, die Konzeption und Veranstaltung von Vortragsreihen und Tagungen.