Institute of Evolution and Ecology (EvE)

Workshop der Fachgruppe Morphologie der Deutschen Zoologischen Gesellschaft e.V.

„Anwendung lizenzfreier Open Source Software zur Bearbeitung und Analyse morphologischer Bilddatensätze“

Ort und Datum:

Eberhard Karls Universität Tübingen, Auf der Morgenstelle 28, 72076 Tübingen, 24.09.-28.09.2018

Kontakt und Anmeldung (via E-Mail)

Dr. Stefan Fischer (st.fischer[at]uni-tuebingen.de)

Dozenten

Dr. Paavo Bergmann (Elektronenmikroskopiezentrum Universität Konstanz)

Dr. Stefan Fischer (Evolutionsbiologie der Invertebraten, Universität Tübingen)

Dr. Stephan Gerhard (UniDesign Solutions GmbH, Zurich)

Adrian Tröscher (Terrestrische Paläoklimatologie, Universität Tübingen)

Inhalt

In den letzten Jahren ist die Anzahl von lizenzfreier Open Source Software stark gestiegen und viele der Pakete erlauben mittlerweile einen ähnlichen Funktionsumfang (z.T. auch mit zusätzlichen, einzigartigen Funktionen) wie kommerzielle Software. Die Nutzung der Open Source Software erlaubt nicht nur eine langfristige Fördermittel- und Arbeitsplatzunabhängige Bearbeitung von Datensätzen, sondern ermöglicht auch eine breite Reproduzierbarkeit / Nachvollziehbarkeit von Workflows sowie breite Anwendungsmöglichkeiten von erarbeiteten Erweiterungsskripten (Automatismen etc.). Ziel der Veranstaltung ist es, einen Überblick über die derzeitig verfügbaren Softwarepakete und Nutzungsmöglichkeiten/-bereiche zu geben, und auch die Kombination verschiedener Programme basierend auf kompatiblen Austauschformaten zu diskutieren und zu vermitteln. Hierbei sind viele der Datenvorverarbeitungsprozesse auch für Anwender kommerzieller Pakete von Interesse, da das zu vermittelnde Wissen nicht nur auf die spätere Nutzung von Open Source Pakete beschränkt ist. Ausgewählte Softwarepakete/-plugins werden durch Hands-On Praktika an Beispieldaten demonstriert und ihre Benutzung den Teilnehmern vermittelt:



Eine “Call for help“ Session rundet das Angebot ab, in der aktuelle Probleme mit Bezug zu Analysefragen zu Bilddaten der Teilnehmer gemeinsam in der Gruppe diskutiert werden. Hierzu ist ein Nachmittag nur für Arbeiten an eigenen Daten bzw. zur Diskussion von Fragen und dem Austausch eingeplant, um Lösungsansätze zu erarbeiten, direkt zu testen und anwenden zu können. Das Angebot richtet sich an Diplom- und Master-Studierende, Doktorandinnen und Doktoranden und fortgeschrittene Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler. Am Veranstaltungsort wird uns ein Kursraum mit Arbeitsplätzen für maximal 30 Teilnehmer zur Verfügung stehen, ebenso ein Computerpool für die gleiche Teilnehmergröße.

Zeitplan