Projekte für Abschlussarbeiten

Bachelorarbeit - MegaMol BALL (Informatik/Bioinformatik)

Integration der Biochemical Algorithms Library in MegaMol

Integration der Biochemical Algorithms Library in MegaMol

  BALL       

 BA-MegaMolBALL.pdf

Aufgabenbeschreibung:
Ziel der Arbeit ist es, ein Interface zwischen den beiden Open-Source-Projekten Biochemical Algorithms Library (BALL, ball-project.org) und MegaMol (https://megamol.org/) [1] zu schaffen. Dabei soll BALL verwendet werden, um biochemische Daten einzuladen und Berechnungen zur Datenanalyse auszuführen, deren Ergebnisse dann mit MegaMol visualisiert werden können. Dazu soll BALL in MegaMol integriert werden, d.h. es soll ein MegaMol-Plugin entwickelt werden, welches die Library einbindet und ein Interface zu BALL bereitstellt, um Daten auszutauschen. Als konkreter Anwendungsfall soll die Docking-Berechnung für Protein-Liganden-Kombinationen in BALL verwendet werden. Die Ergebnisse des Dockings (d.h. die möglichen Positionen des Liganden) sollen in MegaMol angezeigt werden. Dazu können bereits in MegaMol vorhandene Rendering-Verfahren für Biomoleküle verwendet werden.

Im weiteren Verlauf der Arbeit sollen erweiterte Verfahren zur Visualisierung der Docking-Ergebnisse untersucht und ggf. implementiert werden, beispielsweise eine Anzeige des Docking-Scores als Text-Label oder durch Einfärbung des Liganden. Auch die Berechnung und Visualisierung weiterer Kenngrößen wie beispielsweise Interaktionskräften oder Wasserstoffbrücken, welche mit BALL berechnet werden können, ist denkbar.Noch freie Plätze

Voraussetzungen und Bedingungen:

BALL und MegaMol sind in C/C++ implementiert, das heißt die Implementierungen der neu zu erstellenden Programmteile muss ebenfalls in C/C++ erfolgen. Optional soll die bestehende OpenGL-basierte Visualisierung erweitert werden.

Betreuer/Prüfer:

Dr. Philipp Thiel  

Applied Bioinformatics Group, IBMI

thielspam prevention@informatik.uni-tuebingen.de

Jun.-Prof. Dr. Michael Krone

Big Data Visual Analytics in Life Sciences, IBMI

michael.kronespam prevention@uni-tuebingen.de

Literatur:

[1]    S. Grottel, M. Krone, C. Müller, G. Reina, and T. Ertl, “MegaMol - A Prototyping Framework for Particle-
based Visualization,” IEEE Trans. Vis. Comput. Graphics, vol. 21, no. 2, pp. 201–214, 2015.