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17.06.2019

Interaktiver visueller Simulator für systembiologische Modelle

Mykola Zakharchuk entwickelte in seiner Bachelorarbeit ein interaktives InSilico-Plugin.

VisSim-Plugin für InSilco
Bildschirmfoto des InSilcio-Plugins VisSim, das systembiologische Modelle in gängigen Dateiformaten einließt und simuliert.

Als Ergebnis seiner Bachelorarbeit erstellte Mykola Zakharchuk ein neues Plugin für die InSilico-Plattform, mit dem systembiologische Modelle per Mausklick simuliert und die Ergebnisse graphisch dargestellt werden können. Die Software fügt sich leicht in das InSilico-Framework ein und unterstützt sowohl SBML als auch SED-ML sowie Dateien als COMBINE-Archive (OMEX). Dadurch können auch komplexe Modelle intuitiv simuliert werden. Die graphische Darstellung der Ergebnisse unterstützt verschiedene Axenskalierungen (logarithmisch oder linear) sowie Export in gängige Bildformate. Die Software ist auf github.com/draeger-lab/vissim/ frei verfügbar.

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