Dr. Andreas Dräger

Juniorprofessor für rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger

Büro

Institut für Informatik
Institut für Biomedizinische Informatik
Sand 14 ・ Erdgeschoss ・ Raum C108
 +49 7071 29-70459
draegerspam prevention@informatik.uni-tuebingen.de

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Sprechzeiten

Montags
10:00 bis 12:00 Uhr
oder nach Vereinbarung


Forschung

Schwerpunkte

Die Arbeitsgruppe entwickelt und nutzt Computer-Modelle, um zwei wesentliche Themengebiete zu untersuchen:

  1. Optimierung biotechnologischer Prozesse
  2. Entstehung und Verlauf von Krankheiten auf molekularer Ebene

Durch Simulation dieser Modelle kann ein besseres Verständnis der komplexen wechselseitigen Einflüsse gewonnen werden, die im Inneren lebender Organismen und in deren mikrobiellen Ökosystemen stattfinden. Die Arbeit gliedert sich in:

  • Systembiologische Modellierung, insbesondere die Dynamik biologischer Netzwerke, einschließlich metabolischer, Signaltransduktions- und genregulatorischer Netzwerke unter Benutzung vielfältiger Technologien einschließlich maschinellem Lernen
  • Entwicklung effizienter Algorithmen für Modellerstellung, die Simulation und Kalibrierung.
  • Anwendung und Entwicklung quelloffener Software, Bibliotheken und Standards für die Repräsentation sowie effiziente Verarbeitung von Modellen
  • Abbildung biologischer Daten auf Modelle zum Zwecke der Visualisierung und Ergebnisinterpretation

Aktuelle Forschungsprojekte

Rechnergestützte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Pathogene

Gefördert durch das Deutsche Zentrum für Infektionsforschung (DZIF)

Abgeschlossene Forschungsprojekte

Abgeschlossene Forschungsprojekte

Studenten-Projekte
Durch die Universität Tübingen aus der Exzellenz-Initiative des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF) geförderte Projekte
  • Teach@Tübingen 2017 zur Internationalisierung und Diversifizierung des Bildungsangebotes der Universität
  • Rekrutierung exzellenter Nachwuchsforscher gefördert durch die Universität Tübingen

Frühere Forschungsprojekte

Durch die Europäische Union gefördertes Projekt (FP7)
Von der Universität Tübingen gefördertes Projekt
Studenten-Projekte für quelloffene Software
Durch das Bundesministerium für Forschung und Bildung (BMBF) geförderte Projekte
  • Die Virtuelle Leber: Ein Projekt mit dem Ziel ein umfassendes Modell der menschlichen Leber zu erstellen (2010 - 2015, Förderkennzeichen 0315756).
  • Nationales Genomforchungsnetz (NGFN-Plus): medizinische Genomforschung mit Focus auf die Parkinsonsche Krankheit (2009 - 2013, Förderkennzeichen 01GS08134).
  • Spher4Sys: ein auf Systembiologie basierter Ansatz für die präklinische Entwicklung von Leitstrukturen unter Benutzung eines in-vivo-ähnlichen Spheroid-Testsystems. Dieses Projekt trägt zum Netzwerk der medizinischen Systembiologie bei (MedSys, 2009 - 2012, Förderkennzeichen 0315384C).
  • HepatoSys: Systembiologie der menschlichen Leber, insbesondere der Detoxifikationsprozesse in Verbindung mit Statinbehandlung (2006 - 2010, Förderkennzeichen 0313080).
  • NGFN-II EP: Exploratives Projekt zur Rekonstruktion genregulatorischer Netzwerke im Nationalen Genomforschungsnetz (2005 - 2009, Förderkennzeichen 0313323).
Vom Land Baden-Württemberg geförderte Projekte
  • Identifikation und Analyse metabolischer Netze aus experimentellen Daten (Identification and analysis of metabolic networks given experimental data, 2006 - 2008, Vertragsnummer 7532.22-26-18).
  • Tübinger Bioinformatik-Grid: Entwicklung und Anwendung neuer Bioinformatikansätze und Algorithmen auf Hochleistungs- und mehrfachparallele Computer (2006 - 2008, Vertragsnummer 23-7532.24-4-18/1).

Curriculum Vitae

Seit 2018
Juniorprofessor

an der Universität Tübingen mit Schwerpunkt rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger

2017
Verleihung des Baden-Württemberg-Zertifikates für Hochschuldidaktik

Qualifikation als Hochschullehrer durch das Hochschuldidaktik-Zentrum der Universitäten Baden-Württembergs.

2016-2018
Projektleiter und Dozent

in der von Prof. Dr.-Ing. Oliver Kohlbacher geleiteten Lehrstuhl für Angewandte Bioinformatik im Zentrum für Bioinformatik (ZBIT) an der Universität Tübingen

2015-2016
Postdoktorand

in der von Prof. Dr. Andreas Zell geleiteten Arbeitsgruppe für Kognitive Systeme im Institut für Informatik der Universität Tübingen

2013-2015
Postdoktorand in San Diego

an der Universität von Kalifornien zu San Diego (UCSD) in der von Prof. Dr. Bernhard Ø. Palsson geleiteten Systembiologie-Forschungsgruppe des Instituts für Bioingenieurwesen

2011-2013
Nachwuchsgruppenleiter

am Zentrum für Bioinformatik (ZBIT) der Universität Tübingen

2011
Promotion mit Auszeichnung

Promotionspreis des Jahres der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der der Universität Tübingen

2010
Gastdoktorand in Yokohama

in der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Akira Funahashi im Institut für Biowissenschaften und Informatik der Keio Universität zu Yokohama in Japan

2006-2011
Wissenschaftlicher Mitarbeiter und Doktorand

in der Abteilung für Rechnerarchitektur im Institut für Informatik der Universität Tübingen

2006
Diplom in Bioinformatik

von der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Halle (Saale)

2004
Forschungspraktikum in Chicago

in Prof. Dr. Simon Silvers Arbeitsgruppe im Institut für Mikrobiologie und Immunologie der Universität von Illinois zu Chicago

2003
Vordiplom in Bioinformatik

an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Halle (Saale)

2001-2002
Gewählter Studentenvertreter

im Fachschaftsrat des Instituts für Mathematik und Informatik der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg

2001
Werksstudent in Berlin (Dahlem)

in der Arbeitsgruppe von Dr. Richard Reinhard im Max-Planck-Institut für Molekulare Genetik

2000-2006
Studium der Bioinformatik

in der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Halle (Saale)

1999
Abitur mit Auszeichnung

Gymnasium "Wilhelm und Alexander von Humboldt" in Hettstedt


Auszeichnungen und Ehrungen

  1. iGEM Bronce-Medaille 2016 als Mentor des Teams der Universität Tübingen
  2. Preis für eine ausgezeichnete Präsentation des F1000-Journals in Orlando, Florida, USA, für das Plakat über Escher und die BiGG-Models-Datenbank [ DOI ]
  3. iGEM Gold-Medaille 2014 für Software-Entwicklung im Team der Universität von Kalifornien zu San Diego (UCSD)
  4. Dissertationspreis des Jahres 2011 der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Tübingen
  5. Abitur mit Auszeichnung durch das Gymnasium "Alexander und Wilhelm von Humboldt" in Hettstedt

Publikationen und Vorträge

Monographien (Thesen)

  1. Computational Modeling of Biochemical Networks.
    Andreas Dräger. Doktorarbeit, Universität Tübingen, Tübingen, Januar 2011. [ link ]
  2. Automatische und vergleichende Analyse bakterieller Genome mit Schwerpunkt auf Ralstonia/Cupriavidus-Arten sowie verwandten Proteobakerien.
    Andreas Dräger. Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, von-Seckendorff-Platz 1, 06120 Halle (Saale), Dezember 2005. [ PDF ]
  3. Suche häufiger Proteinfragmente unter Berücksichtigung von Mutationen und Lücken.
    Andreas Dräger. Projektarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, von-Seckendorff-Platz 1, 06120 Halle (Saale), August 2003.

Aufsätze

  1. BiGG Models 2020: multi-strain genome-scale models and expansion across the phylogenetic tree
    C. J. Norsigian, N. Pusarla, J. L. McConn, J. T. Yurkovich, A. Dräger, B. O. Palsson und Z. King
    Nucleic Acids Research, gkz1054, 7. November 2019
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  2. Community standards to facilitate development and address challenges in metabolic modeling
    Maureen A. Carey, Andreas Dräger, Jason A. Papin und James T. Yurkovich.
    bioRxiv, 15. Juli 2019.
    DOI | PDF ]
  3. The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core Release 2
    Michael Hucka, Frank T. Bergmann, Claudine Chaouiya, Andreas Dräger, Stefan Hoops, Sarah M. Keating, Matthias König, Nicolas Le Novère, Chris J. Myers, Brett G. Olivier, Sven Sahle, James C. Schaff, Rahuman Sheriff, Lucian P. Smith, Dagmar Waltemath, Darren J. Wilkinson und Fengkai Zhang.
    Journal of Integrative Bioinformatics, 20. Juni 2019.
    [ Details | DOI | Link | PubMed | BibTeX ]
  4. Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1 Version 2.0
    Adrien Rougny, Vasundra Touré, Stuart Moodie, Irina Balaur, Tobias Czauderna, Hanna Borlinghaus, Ugur Dogrusoz, Alexander Mazein, Andreas Dräger, Michael L. Blinov, Alice C. Villéger, Robin Haw, Emek Demir, Huaiyu Mi, Anatoly Sorokin, Falk Schreiber, and Augustin Luna.
    Journal of Integrative Bioinformatics, 13. Juni 2019.
    [ Details | DOI | Link | PubMed | BibTeX ]
  5. The 2017 Network Tools and Applications in Biology (NETTAB) Workshop: aims, topics, and outcomes
    Paolo Romano, Arnaud Céol, Andreas Dräger, Antonino Fiannaca, Rosalba Giugno, Massimo La Rosa, Luciano Milanesi, Ulrich Pfeffer, Riccardo Rizzo, Soo-Yong Shin, Junfeng Xia und Alfonso Urso
    BMC Bioinformatics, 18. April 2019.
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  6. Harmonizing semantic annotations for computational models in biology
    Maxwell L Neal,  Matthias König, David Nickerson, Göksel Mısırlı, Reza Kalbasi, Andreas Dräger, Koray Atalag, Vijayalakshmi Chelliah, Michael Cooling, Daniel L Cook, Sharon Crook, Miguel de Alba, Samuel H Friedman, Alan Garny, John H Gennari,  Padraig Gleeson, Martin Golebiewski, Michael Hucka, Nick Juty, Chris Myers, Brett G Olivier, Herbert M Sauro, Martin Scharm, Jacky L Snoep, Vasundra Touré, Anil Wipat, Olaf Wolkenhauer und Dagmar Waltemath. Briefings in Bioinformatics, November 2018.
    [ Details​​​​​​​ | DOI | PDF | BioRxiv | PubMed | BibTeX ]
  7. Visualizing metabolic network dynamics through time-series metabolomics data
    Lea F. Buchweitz, James T. Yurkovich, Christoph Blessing, Veronika Kohler, Fabian Schwarzkopf, Zachary A. King, Laurence Yang, Freyr Jóhannsson, Ólafur Sigurjónsson, Óttar Rolfsson, Julian Heinrich und Andreas DrägerbioRxiv, 26. September 2018.
    [ DOI | PDF ]
  8. Systematic discovery of uncharacterized transcription factors in Escherichia coli K-12 MG1655
    Ye Gao, James T. Yurkovich, Sang Woo Seo, Ilyas Kabimoldayev, Andreas Dräger, Ke Chen, Anand V. Sastry, Xin Fang, Nathan Mih, Laurence Yang, Johannes Eichner, Byung-Kwan Cho, Donghyuk Kim und Bernhard O Palsson. Nucleic Acids Research, 23. August 2018.
    DOI | link | PDF | PubMed | BibTeX ]
  9. Memote: A community-driven effort towards a standardized genome-scale metabolic model test suite
    Christian Lieven, Moritz Emanuel Beber, Brett G. Olivier, Frank T. Bergmann, Parizad Babaei, Jennifer A. Bartell, Lars M. Blank, Siddharth Chauhan, Kevin Correia, Christian Diener, Andreas Dräger, Birgitta Elisabeth Ebert, Janaka N. Edirisinghe, Ronan M. T. Fleming, Beatriz Garcia-Jimenez, Wout van Helvoirt, Christopher Henry, Henning Hermjakob, Markus J. Herrgård, Hyun Uk Kim, Zachary A. King, Jasper Jan Koehorst, Steffen Klamt, Edda Klipp, Meiyappan Lakshmanan, Nicolas Le Novère, Dong-Yup Lee, Sang Yup Lee, Sunjae Lee, Nathan E. Lewis, Hongwu Ma, Daniel Machado, Radhakrishnan Mahadevan, Paulo Maia, Adil Mardinoglu, Greg L. Medlock, Jonathan Monk, Jens Nielsen, Lars K. Nielsen, Juan Nogales, Intawat Nookaew, Osbaldo Resendis, Bernhard O. Palsson, Jason A. Papin, Kiran Raosaheb Patil, Nathan D. Price, Anne Richelle, Isabel Rocha, Peter Schaap, Rahuman S. Malik Sheriff, Saeed Shoaie, Nikolaus Sonnenschein, Bas Teusink, Paulo Vilaca, Jon Olav Vik, Judith A. Wodke, Joana C. Xavier, Qianqian Yuan, Maksim Zakhartsev und Cheng Zhang. BioRxiv, 21. Juni 2018.
    [ DOI | PDF ]
  10. The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 1 Core
    Michael Hucka, Frank T. Bergmann, Andreas Dräger, Stefan Hoops, Sarah M. Keating, Nicolas Le Novère, Chris J. Myers, Brett G. Olivier, Sven Sahle, James C. Schaff, Lucian P. Smith, Dagmar Waltemath und Darren J. Wilkinson. Journal of Integrative Bioinformatics, 26. April 2018.
    DOI | link | PDF ]
  11. The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core
    Michael Hucka, Frank T. Bergmann, Andreas Dräger, Stefan Hoops, Sarah M. Keating, Nicolas Le Novère, Chris J. Myers, Brett G. Olivier, Sven Sahle, James C. Schaff, Lucian P. Smith, Dagmar Waltemath und Darren J. Wilkinson. Journal of Integrative Bioinformatics, 9. März 2018.
    DOI | link | PDF ]
  12. Recon3D enables a three-dimensional view of gene variation in human metabolism
    Elizabeth Brunk, Swagatika Sahoo, Daniel C Zielinski, Ali Altunkaya, Andreas Dräger, Nathan Mih, Francesco Gatto, Avlant Nilsson, German Andres Preciat Gonzalez, Maike Kathrin Aurich, Andreas Prlić, Anand Sastry, Anna D Danielsdottir, Almut Heinken, Alberto Noronha, Peter W Rose, Stephen K Burley, Ronan M T Fleming, Jens Nielsen, Ines Thiele und Bernhard O Palsson. Nature Biotechnology, 19. Februar 2018.
    DOI | link | PDF ]
  13. A Padawan Programmer's Guide to Developing Academic Software Libraries
    James T. Yurkowich, Benjamin J. Jurkowich, Andreas Dräger, Bernhard O. Palsson und Zachary A. King. Cell Systems, Oktober 2017.
    DOI | link | PDF ]
  14. Evaluation of rate law approximations in bottom-up kinetic models of metabolism
    Bin Du, Daniel Zielinski, Andreas Dräger, Justin Tan, Zhen Zhang, Kayla Ruggiero, Garry Arzumanyan und Bernhard O. Palsson. BMC Systems Biology, 10(1):1-15, Juni 2016.
    DOI | link | PDF ]
  15. Synthetic promoters capable of driving robust nuclear gene expression in the green alga Chlamydomonas reinhardtii
    Melissa A. Scranton, Joseph T. Ostrand, D. Ryan Georgianna, Shane M. Lofgren, Daphne Li, Rosalie C. Ellis, David N. Carruthers, Andreas Dräger, David L. Masica und Stephen P. Mayfield. Algal Research, 15:135-142, Februar 2016.
    DOI | link | PDF ]
  16. ZBIT Bioinformatics Toolbox: a Web-Platform for Systems Biology and Expression Data Analysis
    Michael Römer, Johannes Eichner, Andreas Dräger, Clemens Wrzodek, Finja Wrzodek und Andreas Zell. PLoS ONE, 11(2):e0149263, Februar 2016.
    DOI | link ]
  17. Coordinating role of RXRα in downregulating hepatic detoxification during inflammation revealed by fuzzy-logic modeling
    Roland Keller, Marcus Klein, Maria Thomas, Andreas Dräger, Ute Metzger, Markus F. Templin, Thomas O. Joos, Wolfgang E. Thasler, Andreas Zell und Ulrich M. Zanger. PLoS Computational Biology, 12(1):e1004431, Januar 2016.
    DOI | link ]
  18. BiGG Models: A platform for integrating, standardizing und sharing genome-scale models
    Zachary A. King, Justin S. Lu, Andreas Dräger, Philip C. Miller, Stephen Federowicz, Joshua A Lerman, Ali Ebrahim, Bernhard O. Palsson und Nathan E. Lewis. Nucleic Acids Research, Oktober 2015.
    DOI | link | PDF ]
  19. Do Genome-scale Models Need Exact Solvers or Clearer Standards?
    Ali Ebrahim, Eivind Almaas, Eugen Bauer, Aarash Bordbar, Anthony P. Burgard, Roger L. Chang, Andreas Dräger, Iman Famili, Adam M. Feist, Ronan M. T. Fleming, Stephen S. Fong, Vassily Hatzimanikatis, Markus J. Herrgard, Allen Holder, Michael Hucka, Daniel Hyduke, Neema Jamshidi, Sang Yup Lee, Nicolas Le Novère, Joshua A. Lerman, Nathan E. Lewis, Ding Ma, Radhakrishnan Mahadevan, Costas Maranas, Harish Nagarajan, Ali Navid, Jens Nielsen, Lars K. Nielsen, Juan Nogales, Alberto Noronha, Csaba Pal, Bernhard O. Palsson, Jason A. Papin, Kiran R. Patil, Nathan D. Price, Jennifer L. Reed, Michael Saunders, Ryan S. Senger, Nikolaus Sonnenschein, Yuekai Sun und Ines Thiele. Molecular Systems Biology, 11(10):831, Oktober 2015.
    DOI | link | PDF ]
  20. SBMLsqueezer 2: Context-sensitive creation of kinetic equations in biochemical networks
    Andreas Dräger, Daniel C. Zielinski, Roland Keller, Matthias Rall, Johannes Eichner, Bernhard O. Palsson und Andreas Zell. BMC Systems Biology, 9(1):1-17, September 2015.
    DOI | link | PDF ]
  21. Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2 Version 5: Structures and Facilities for Model Definitions
    Michael Hucka, Frank T. Bergmann, Andreas Dräger, Stefan Hoops, Sarah M. Keating, Nicolas Le Novère, Chris J. Myers, Brett G. Olivier, Sven Sahle, James C. Schaff, Lucian P. Smith, Dagmar Waltemath und Darren J. Wilkinson. Journal of Integrative Bioinformatics, 12(2):271, September 2015.
    DOI | link | PDF ]
  22. Systems biology definition of the core proteome of metabolism and expression is consistent with high-throughput data
    Laurence Yang, Justin Tan, Edward J. O'Brien, Jonathan Monk, Donghyuk Kim, Howard J. Li, Pep Charusantia, Ali Ebrahim, Colton J. Lloyd, James T. Yurkovich, Bin Du, Andreas Dräger, Alex Thomas, Yuekai Sun, Michael A. Saunders und Bernhard O. Palsson. Proceedings of the National Academy of Sciences, August 2015.
    DOI | link | PDF ]
  23. Escher: A web application for building, sharing, and embedding data-rich visualizations of biological pathways
    Zachary A. King, Andreas Dräger, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Nathan E. Lewis und Bernhard O. Palsson. PLoS Computational Biology, 11(8):e1004321, August 2015.
    DOI | link ]
  24. JSBML 1.0: providing a smorgasbord of options to encode systems biology models
    Nicolas Rodriguez, Alex Thomas, Leandro Watanabe, Ibrahim Y. Vazirabad, Victor Kofia, Harold F. Gómez, Florian Mittag, Jakob Matthes, Jan D. Rudolph, Finja Wrzodek, Eugen Netz, Alexander Diamantikos, Johannes Eichner, Roland Keller, Clemens Wrzodek, Sebastian Fröhlich, Nathan E. Lewis, Chris J. Myers, Nicolas Le Novère, Bernhard Ø. Palsson, Michael Hucka und Andreas DrägerBioinformatics, Juni 2015.
    DOI | arXiv | link | PDF ]
  25. SBMLsimulator: a Java tool for model simulation and parameter estimation in systems biology
    Alexander Dörr, Roland Keller, Andreas Zell und Andreas DrägerComputation, 2(4):246-257, Dezember 2014.
    DOI | link | PDF ]
  26. Improving collaboration by standardization efforts in systems biology
    Andreas Dräger und Bernhard Ø. Palsson. Frontiers in Bioengineering, 2(61), Dezember 2014.
    DOI | link | PDF ]
  27. SBML Qualitative Models: a model representation format and infrastructure to foster interactions between qualitative modelling formalisms and tools
    Claudine Chaouiya, Duncan Bérenguier, Sarah M. Keating, Aurélien Naldi, Martijn P. van Iersel, Nicolas Rodriguez, Andreas Dräger, Finja Büchel, Thomas Cokelaer, Bryan Kowal, Benjamin Wicks, Emanuel Gonçalves, Julien Dorier, Michel Page, Pedro T. Monteiro, Axel von Kamp, Ioannis Xenarios, Hidde de Jong, Michael Hucka, Steffen Klamt, Dennis Thierffry, Nicolas Le Novère, Julio Saez-Rodriguez und Tomáš Helikar. BMC Systems Biology, 7(1):135, Dezember 2013.
    DOI | arXiv | link | PDF ]
  28. TFpredict and SABINE: Sequence-Based Prediction of Structural and Functional Characteristics of Transcription Factors
    Johannes Eichner, Florian Topf, Andreas Dräger, Clemens Wrzodek, Dierk Wanke und Andreas Zell. PLoS ONE, 8(12):e82238, Dezember 2013.
    DOI | link | PDF ]
  29. Path2Models: large-scale generation of computational models from biochemical pathway maps
    Finja Büchel, Nicolas Rodriguez, Neil Swainston, Clemens Wrzodek, Tobias Czauderna, Roland Keller, Florian Mittag, Michael Schubert, Mihai Glont, Martin Golebiewski, Martijn van Iersel, Sarah M. Keating, Matthias Rall, Michael Wybrow, Henning Hermjakob, Michael Hucka, Douglas B Kell, Wolfgang Müller, Pedro Mendes, Andreas Zell, Claudine Chaouiya, Julio Saez-Rodriguez, Falk Schreiber, Camille Laibe, Andreas Dräger und Nicolas Le Novère. BMC Systems Biology, 7(1):116, November 2013.
    DOI | link | PDF ]
  30. Parkinson's disease: dopaminergic nerve cell model is consistent with experimental finding of increased extracellular transport of α-synuclein
    Finja Büchel, Sandra Saliger, Andreas Dräger, Stephanie Hoffmann, Clemens Wrzodek, Andreas Zell und Philipp J. Kahle. BMC Neuroscience, 14(136), November 2013.
    DOI | link | PDF ]
  31. The systems biology simulation core algorithm
    Roland Keller, Alexander Dörr, Akito Tabira, Akira Funahashi, Michael J. Ziller, Richard Adams, Nicolas Rodriguez, Nicolas Le Novère, Noriko Hiroi, Hannes Planatscher, Andreas Zell und Andreas DrägerBMC Systems Biology, 7:55, Juli 2013.
    DOI | link | PDF ]
  32. GRN2SBML: Automated encoding and annotation of inferred gene regulatory networks complying with SBML
    Sebastian Vlaic, Bianca Hoffmann, Peter Kupfer, Michael Weber und Andreas Dräger. Bioinformatics, 29:2216-2217, Juni 2013.
    DOI | link | PDF ]
  33. Precise generation of systems biology models from KEGG pathways
    Clemens Wrzodek, Finja Büchel, Manuel Ruff, Andreas Dräger und Andreas Zell. BMC Systems Biology, 7(1):15, Januar 2013.
    DOI | link | PDF ]
  34. Qualitative translation of relations from BioPAX to SBML qual
    Finja Büchel, Clemens Wrzodek, Florian Mittag, Andreas Dräger, Johannes Eichner, Nicolas Rodriguez, Nicolas Le Novère und Andreas Zell. Bioinformatics, 28(20):2648-2653, August 2012.
    DOI | link | PDF ]
  35. CySBML: a Cytoscape plugin for SBML
    Matthias König, Andreas Dräger und Hermann-Georg Holzhütter. Bioinformatics, 28(18):2402-2403, Juli 2012.
    DOI | link ]
  36. Controlled vocabularies and semantics in systems biology
    Mélanie Courtot, Nick Juty, Christian Knüpfer, Dagmar Waltemath, Anna Zhukova, Andreas Dräger, Michel Dumontier, Andrew Finney, Martin Golebiewski, Janna Hastings, Stefan Hoops, Sarah M. Keating, Douglas B. Kell, Samuel Kerrien, James Lawson, Allyson Lister, James Lu, Rainer Machne, Pedro Mendes, Matthew Pocock, Nicolas Rodriguez, Alice Villéger, Darren J. Wilkinson, Sarala Wimalaratne, Camille Laibe, Michael Hucka und Nicolas Le Novère. Molecular Systems Biology, 7(1):543, September 2011.
    DOI | link | PDF ]
  37. Inferring statin-induced gene regulatory relationships in primary human hepatocytes
    Adrian Schröder, Johannes Wollnik, Clemens Wrzodek, Andreas Dräger, Michael Bonin, Oliver Burk, Maria Thomas, Wolfgang E. Thasler, Ulrich M. Zanger und Andreas Zell. Bioinformatics, 27(18):2473-2477, Juli 2011.
    DOI | link | PDF ]
  38. JSBML: a flexible Java library for working with SBML
    Andreas Dräger, Nicolas Rodriguez, Marine Dumousseau, Alexander Dörr, Clemens Wrzodek, Nicolas Le Novère, Andreas Zell und Michael Hucka. Bioinformatics, 27(15):2167-2168, Juni 2011.
    DOI | link | PDF ]
  39. KEGGtranslator: visualizing and converting the KEGG PATHWAY database to various formats
    Clemens Wrzodek, Andreas Dräger und Andreas Zell. Bioinformatics, 27(16):2314-2315, Juni 2011.
    DOI | link | PDF ]
  40. ModuleMaster: A new tool to decipher transcriptional regulatory networks
    Clemens Wrzodek, Adrian Schröder, Andreas Dräger, Dierk Wanke, Kenneth W. Berendzen, Marcel Kronfeld, Klaus Harter und Andreas Zell. Biosystems, 99(1):79-81, Januar 2010.
    DOI | link | PDF ]
  41. BowTieBuilder: modeling signal transduction pathways
    Jochen Supper, Lucía Spangenberg, Hannes Planatscher, Andreas Dräger, Adrian Schröder und Andreas Zell. BMC Systems Biology, 3(1):67, Juni 2009.
    DOI | link | PDF ]
  42. SBML2LaTeX: Conversion of SBML files into human-readable reports
    Andreas Dräger, Hannes Planatscher, Dieudonné Motsou Wouamba, Adrian Schröder, Michael Hucka, Lukas Endler, Martin Golebiewski, Wolfgang Müller und Andreas Zell. Bioinformatics, 25(11):1455-1456, April 2009.
    DOI | link | PDF ]
  43. Modeling metabolic networks in C. glutamicum: a comparison of rate laws in combination with various parameter optimization strategies
    Andreas Dräger, Marcel Kronfeld, Michael J. Ziller, Jochen Supper, Hannes Planatscher, Jørgen B. Magnus, Marco Oldiges, Oliver Kohlbacher und Andreas Zell. BMC Systems Biology, 3(5):5, Januar 2009.
    DOI | link | PDF ]
  44. BioJava: an open-source framework for bioinformatics
    Richard C. G. Holland, Thomas Down, Matthew Pocock, Andreas Prlić, David Huen, Keith James, Sylvain Foisy, Andreas Dräger, Andy Yates, Michael Heuer und Mark J. Schreiber. Bioinformatics, 24(18):2096-2097, August 2008.
    DOI | link | PDF ]
  45. SBMLsqueezer: a CellDesigner plug-in to generate kinetic rate equations for biochemical networks
    Andreas Dräger, Nadine Hassis, Jochen Supper, Adrian Schröder und Andreas Zell. BMC Systems Biology, 2(1):39, April 2008.
    DOI | link | PDF ]

Tagungsberichte

  1. Inferring transcriptional regulators for sets of co-expressed genes by multi-objective evolutionary optimization.
    Adrian Schröder, Clemens Wrzodek, Johannes Wollnik, Andreas Dräger, Dierk Wanke, Kenneth W. Berendzen und Andreas Zell. In IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2011), New Orleans, USA, Juni 2011. IEEE. [ DOI | link | PDF ]
  2. Network inference by considering multiple objectives: Insights from in vivo transcriptomic data generated by a synthetic network.
    Sandro Lambeck, Andreas Dräger und Reinhard Guthke. In Hamid R. Arabnia, Quoc-Nam Tran, Rui Chang, Matthew He, Andy Marsh, Ashu M. G. Solo und Jack Y. Yang, editors, International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, BIOCOMP 2010, Band 2, Seiten 734-742. CSREA Press, Juli 2010. [ PDF ]
  3. On the Benefits of Multimodal Optimization for Metabolic Network Modeling.
    Marcel Kronfeld, Andreas Dräger, Moritz Aschoff und Andreas Zell. In Ivo Grosse, Steffen Neumann, Stefan Posch, Falk Schreiber und Peter Stadler (Editoren), German Conference on Bioinformatics (GCB 2009), Band P-157 der Lecture Notes in Informatics, Seiten 191-200, Halle (Saale), Deutschland, September 2009. Deutsche Gesellschaft für Informatik. [ link | PDF ]
  4. Benchmarking Evolutionary Algorithms on Convenience Kinetics Models of the Valine and Leucine Biosynthesis in C. glutamicum.
    Andreas Dräger, Marcel Kronfeld, Jochen Supper, Hannes Planatscher, Jørgen B. Magnus, Marco Oldiges und Andreas Zell. In Dipti Srinivasan und Lipo Wang (Editoren), IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2007), Seiten 896-903, Singapur, September 2007. IEEE Computational Intelligence Society, IEEE Press. [ DOI | link | PDF ]
  5. Comparing Various Evolutionary Algorithms on the Parameter Optimization of the Valine and Leucine Biosynthesis in Corynebacterium glutamicum.
    Andreas Dräger, Jochen Supper, Hannes Planatscher, Jørgen B. Magnus, Marco Oldiges und Andreas Zell. In Dipti Srinivasan und Lipo Wang (Editoren), IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2007), Seiten 620-627, Singapur, September 2007. IEEE Computational Intelligence Society, IEEE Press. [ DOI | link | PDF ]
  6. Inferring gene regulatory networks by machine learning methods.
    Jochen Supper, Holger Fröhlich, Christian Spieth, Andreas Dräger und Andreas Zell. In David Sankoff, Lusheng Wang und Francis Chin (Editoren), Proceedings of the 5th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2007), Band 5 of Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, Seiten 247-256, 57 Shelton Street, Govent Garden, London WC2H 9HE, UK, Januar 2007. Imperial College Press. [ DOI | link | PDF ]

Buchbeiträge

  1. Insights into Dynamic Network States Using Metabolomics Data.
    Reihaneh Mostolizadeh​​​​​, Andreas Dräger und Neema Jamshidi. In: Angelo D’Alessandro (Editor) High-Throughput Metabolomics. Methods in Molecular Biology, Band 1978, Kapitel, Seiten 243-258. Humana, New York, NY, Mai 2019. [ DetailsDOI | link | PubMedBibTex ]
  2. Metabolic Networks.
    Andreas Dräger und Hannes Planatscher. Encyclopedia of Systems Biology, Kapitel, Seiten 1249-1251. Springer-Verlag, Springer New York Heidelberg Dorodrecht London, August 2013. [ DOI | link ]
  3. Parameter Estimation, Metabolic Network Modeling.
    Andreas Dräger und Hannes Planatscher. Encyclopedia of Systems Biology, Kapitel, Seiten 1627-1631. Springer-Verlag, Springer New York Heidelberg Dorodrecht London, August 2013. [ DOI | link ]
  4. Automating mathematical modeling of biochemical reaction networks.
    Andreas Dräger​​​​​​​, Adrian Schröder und Andreas Zell. Systems Biology for Signaling Networks, Band 1 von Systems Biology, Kapitel, Seiten 159-205. Springer-Verlag, Juli 2010. [ DOI | link ]

Fachberichte

  1. ProDGe: investigating protein-protein interactions at the domain level.
    Finja Büchel, Clemens Wrzodek, Florian Mittag, Andreas Dräger, Adrian Schröder und Andreas Zell. Technischer Bericht, Nature Precedings, August 2011. [ DOI | link | PDF ]

Ausgewählte Vorträge

  1. Introduction to SysMod 2019
    Andreas Dräger, ISMB/ECCB 2019, Basel, CH (22. Juli 2019)
  2. InSilico: an Eclipse-based framework for plugin-development and standards interoperability
    Andreas Dräger, Roman Schulte und Matthias König, HARMONY 2019, Pasadena, CA, USA (25. März 2019)
  3. Visualizing Metabolic Network Dynamics through Time-Series Metabolomics Data
    Lea F. Buchweitz, James T. Yurkovich, Christoph M. Blessing, Veronika Kohler, Fabian Schwarzkopf, Zachary A. King, Laurence Yang, Freyr Jóhannsson, Ólafur Sigurjónsson, Óttar Rolfsson, Julian Heinrich und Andreas Dräger, COMBINE 2018, Boston, MA, USA (10. Oktober 2018)
  4. Representation of ME-Models in SBML
    Marc Alexander Voigt, Colton J. Lloyd, Laurence Yang, Zachary A. King, Oliver Kohlbacher, Kay Nieselt und Andreas Dräger, COMBINE 2018, Boston, MA, USA (11. Oktober 2018)
  5. Model-Based Prediction of Yersinia enterocolitica Infection Outcome
    Janina Geißert, Martin Eichner, Erwin Bohn, Reihaneh MostolizadehAndreas Dräger, Ingo B. Autenrieth, Sina Beier und Monika Schütz, COMBINE 2018, Boston, MA, USA (11. Oktober 2018)
  6. Modeling of Potentially Virulence-Associated Metabolic Pathways in Pseudomonas aeruginosa PA14 Including Experimental Verification
    Alina Renz, Erwin Bohn, Monika Schütz und Andreas Dräger, COMBINE 2018​​​​​​​, Boston, MA, USA (12. Oktober 2018)
  7. Visualization and Creation of Biochemical Networks with Escher
    Andreas Dräger, Zachary A. King, James T. Yurkovich, Christoph Blessing, Devesh Khandelwal, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Nathan E. Lewis und Bernhard O. Palsson  COMBINE 2017, Mailand, Italien (11. Oktober 2017).
  8. The JSBML project: a fully featured Java API for working with systems biological models
    Nicolas Rodriguez, Thomas M. Hamm, Roman Schulte, Leandro Watanabe, Ibrahim Y. Vazirabad, Victor Kofia, Chris J. Myers, Akira Funahashi, Nicolas Le Novère, Michael Hucka und Andreas Dräger​​​​​​​, COMBINE 2017, Mailand, Italien (10. Oktober 2017).
  9. Visualization and Creation of Biochemical Networks with Escher
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Zachary A. King, James T. Yurkovich, Christoph Blessing, Devesh Khandelwal, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Nathan E. Lewis, Bernhard O. Palsson. BioVis Special Interest Group meeting während der ISMB 2017 in Prag, Tschechische Republik (24 Juli 2017).
  10. The ZBIT Systems Biology Software and Web-Service Collection
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, eingeladener Vortrag, Helmholtz-Zentrum München, Deutschland (15. November 2016).
  11. The ZBIT Systems Biology Software and Web-Service Collection
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, COMBINE 2016, Newcastle, UK (21. Setember 2016). [ Folien ]
  12. The ZBIT Systems Biology Software and Web-Service Collection
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, eingeladener Vortrag, Universität Luxemburg, Esch Belval, Luxemburg (1. September 2016).
  13. Biochemical Pathways and Large-Scale Metabolic Networks
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​ und Nathan E. Lewis - Lecture day on reconstruction and modeling of metabolic systems at genome-scale Summer School, eingeladener Vortrag, SIB Siwss Institut für Bioinformatik, Lausanne, Schweitz (30. August 2016).
  14. The ZBIT systems biology software and web service collection
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​. Erster SysMod Special Interest Group meeting während der ISMB 2016, Orlando, FL, USA (9. July 2016). [ DOI | Folien ]
  15. New Standard Resources for Systems Biology: BiGG 2 Database and Visual Pathway Editing with Escher
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Zachary A. King, Justin S. Lu, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Philip C. Miller, Joshua A. Lerman, Bernhard O. Palsson und Nathan E. Lewis. COMBINE 2015, Salt Lake City, UT, USA (13. Oktober 2015). [ Folien ]
  16. SED-ML in the simulation core library
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​. COMBINE 2013, Paris, Frankreich.
  17. From KEGG to dynamic pathway models: a collection of tools to facilitate the modeling of biochemical networks
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​. COMBINE 2011, Heidelberg, Deutschland.
  18. JSBML—The SBML Java™ library
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​ und Nicolas Rodriguez. HARMONY Workshop 2011, eingeladener Vortrag, New York, USA (18. April 2011).
  19. Context-based generation of kinetic equations with SBMLsqueezer 1.3
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Sandra Nitschmann, Alexander Dörr, Johannes Eichner, Michael J. Ziller und Andreas Zell. COMBINE 2010, Edinburg (9. Oktober 2010). [ Folien ]
  20. Inferring Genetic Networks from Gene Expression Data
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Nora Speer, Christian Spieth, Jochen Supper und Andreas Zell. Biotechnica 2009Internationale Messe für Biotechnologie, eingeladener Vortrag, Hannover, Deutschland (8 Oktober 2009).
  21. Metabolic modeling of Corynebacterium glutamicum: a comparison of rate laws in combination with various parameter optimization strategies
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Marcel Kronfeld, Michael J Ziller, Jochen Supper, Hannes Planatscher, Jørgen B Magnus, Marco Oldiges, Oliver Kohlbacher und Andreas Zell. ACHEMA 200929. internationaler Ausstellungskongress für chemische Technik, Umweltschutz und Biotechnologie, eingeladener Vortrag, Frankfurt am Main, Deutschland (13. May 2009).

Ausgewählte Plakate

  1. Representation of ME-Models in SBML
    Marc Alexander Voigt, Colton J. Lloyd, Laurence Yang, Zachary A. King, Oliver Kohlbacher, Kay Nieselt und Andreas Dräger
    COBRA 2018, Seattle, WA, USA
  2. Metabolic Network Reconstruction of Treponema pallidum ssp. pallidum
    Silvia Morini, Isabella Casini, Reihaneh Mostolizadeh, Thomas M. Hamm, Kay Nieselt und Andreas Dräger
    COBRA 2018, Seattle, WA, USA
  3. Modeling of Potentially Virulence-Associated Metabolic Pathways in Pseudomonas aeruginosa PA14 Including Experimental Verification
    Alina Renz, Erwin Bohn, Monika Schütz und Andreas Dräger
    COBRA 2018, Seattle, WA, USA
  4. Model-based Prediction of Yersinia enterocolitica Infection Outcome
    Janina Geißert, Martin Eichner, Erwin Bohn, Reihaneh Mostolizadeh, Andreas Dräger, Ingo B. Autenrieth, Sina Beier, Monika Schütz
    SysMod Special Interest Group Meeting während ISMB 2018 in Chicago, Il, USA.
  5. Visualization and creation of biochemical networks with Escher
    Andreas Dräger, Zachary A. King, James T. Yurkovich, Christoph Blessing, Devesh Khandelwal, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Nathan E. Lewis und Bernhard O. Palsson. [version 1; not peer reviewed]. F1000Research 2017, 6(ISCB Comm J):1570 [ DOI ]
  6. New standard resources for systems biology: BiGG Models database and the visual pathway editor Escher
    Andreas Dräger, Zachary A. King, Justin S. Lu et al. [v1; not peer reviewed]. Presented at the BioVis Special Interest Group meeting at ISMB 2016 in Orlando, FL, USA, 6th Conference on Systems Biology of Mammalian Cells (SBMC) 2016 in Munich, Germany, the 6th Conference on Modeling Biological Networks (COMBINE) 2015 in Salt Lake City, UT, USA F1000Research 2016, 5:1928 [ DOI | PDF ]
  7. Using Time Course Metabolomics to Elucidate Genome-Scale Pathway Utilization for CHO-S Cell Lines in Batch Culture
    Alex Thomas, Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​ und Nathan Lewis. Hackathon on Resources for Modeling in Biology (HARMONY 2015), Wittenberg, Germany (22.-25. April 2015). [PDF ]
  8. Support for Flux Balance Constraints Models in JSBML
    Nicolas Rodriguez, Alex Thomas, Michael Hucka, Nicolas Le Novère, Bernhard Ø Palsson und Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​. 3rd Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis, Charlottesville, VA, USA (20.-23. Mai 2014). 
  9. Modelling IL-6 mediated regulation of ADME genes
    Roland Keller, Marcus Klein, Maria Thomas, Ute Metzger, Markus F. Templin, Thomas O. Joos, Stephanie Hoffmann, Benjamin Kandel, Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Ulrich M. Zanger und Andreas Zell. 20th International Symposium on Microsomes and Drug Oxidations, 2014. [ link​​​​​​​ ]
  10. Modeling and simulating the effects of atorvastatin on the central carbon metabolism of rat hepatocytes using SBMLsimulator
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Ute Hofmann, Roland Keller, Stephanie Tscherneck, Benjamin Kandel, Maria Thomas, Marcus Klein, Klaus Maier, Klaus Mauch, Ulrich M. Zanger und Andreas Zell. 4th Conference on Systems Biology of Mammalian Cells (SBMC), 2012. [ PDF ]
  11. JSBML: a flexible and entirely Java-based library for working with SBML
    Nicolas Rodriguez, Marine Dumousseau, Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Clemens Wrzodek, Alexander Dörr, Sarah M. Keating, Akiya Jouraku, Nicolas Le Novère, Andreas Zell und Michael Hucka. COMBINE 2010, Edinburg, UK. [ PDF ]
  12. A Tool for Interactive Comparative Sequence Analysis
    Andreas Dräger​​​​​​​​​​​​​​, Dietrich H. Nies und Stefan Posch. German Conference on Bioinformatics (GCB) 2006, Tübingen, Deutschland. [ PDF ]

Funktionen / Mitgliedschaften