Nantia Leonidou

M.Sc. in Bioinformatik

Büro

Institut für Informatik
Institut für Biomedizinische Informatik
Sand 14 ・ Erdgeschoss ・ Raum C107
  +49-7071-29-70452
  nantia.leonidou@uni-tuebingen.de

 
 
 
Bibliographie

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Akademische Qualifikationen


Forschungsinteressen

  • Systembiologie:

    • Analyse der molekulare, biochemische und metabolische Mechanismen in Pro- und Eukaryoten in Gesundheit und Krankheit.

    • Einschränkungsbasierte in silico Rekonstruktion und Analyse von metabolischen Netzwerken
      • Eukaryotische biochemische Modelle

      • Biochemische Wirt-Pathogen-Modelle; Analyse von Infektionsmechanismen zwischen Pathogenen und ihrem Wirt

      • Mikrobielle metabolische Rekonstruktionen & Interaktionen in mikrobiellen Gemeinschaften

  • Visualisierung:

    • Visualisierung und Ergebnisinterpretation metabolischer Prozesse 

    • Erstellung von Stoffwechselwegkarten


Aktuelle Forschungsprojekte

Identifikation robuster antiviraler Wirkstoffziele gegen SARS-CoV-2

Anschubfinanzierung zur Identifikation robuster Wirkstoffziele zur Behandlung von COVID-19, welche in Nachfolgeprojekten experimentell überprüft werden sollen.

Gefördert vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und dem Wissenschaftsministerium Baden-Württemberg im Rahmen der Exzellenzstrategie von Bund und Ländern.

Computer-Modellierung und experimentelle Überprüfung mikrobieller Interaktionen
Kollaboratives Projekt

Das Projekt № EXC-2124/1-05.037_0 wird durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, doi:10.13039/501100001659) unter der Exzellenzstrategie des Bundes – EXC 2124 – 390838134 und unterstützt durch das Exzellenzcluster CMFI (Kontrolle von Mikroorganismen zur Bekämpfung von Infektionen) vom Mai 2021 bis April 2024 in Form einer Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe des Dr. Simon Heilbronner gefördert.


Publikationen


Lehre

Wintersemester 2016 bis Sommersemester 2021

Mathematik

Sommersemester 2021

Bioinformatik Vorkurs

The Bioinformatics Vorkurs aims at introducing students to the basic computational issues. It is not going to cover entire programming taught in the Bachelor Bioinformatics course, rather it is meant to provide a starting point for those who are planning a career in bioinformatics, but have no experience with Linux-like systems and programming. It is a Vorkurs, therefore no ECTS points are awarded.

Please see https://bioinfprep.github.io for further information about this course.

Systembiologie II: Simulation dynamischer Netzwerkzustände (BIOINF4394)

Vorlesung mit Übungen

In diesem Semester findet diese Veranstaltung aufgrund der weltweiten COVID-19-Pandemie in Form eines umgedrehten Unterrichts dienstags um 14 Uhr c.t. über ZOOM statt. Das wöchentliche Tutorium findet donnerstags um 14 Uhr c.t. mittels ZOOM statt. Die zugehörige Alma-Seite hält hierzu weitere Informationen bereit. Wenn Sie Schweirigkeiten haben, auf bestimmte Inhalte zuzugeifen, wenden Sie sich bitte an Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger.

Wintersemester 2021/2022

Bioinformatik Vorkurs

The Bioinformatics Vorkurs aims at introducing students to the basic computational issues. It is not going to cover entire programming taught in the Bachelor Bioinformatics course, rather it is meant to provide a starting point for those who are planning a career in bioinformatics, but have no experience with Linux-like systems and programming. It is a Vorkurs, therefore no ECTS points are awarded.

Please see https://bioinfprep.github.io for further information about this course.

Systembiologie I: Auf Randbedingungen beruhende Rekonstruktion und Analyse (BIOINF3371)

Vorlesung mit Übungen in englischer Sprache

Dozent: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Tutorin: M.Sc. Nantia Leonidou

Diese Lehrveranstaltung findet in englischer Sprache statt. Für weitere Informationen beachten Sie bitte das nachfolgend als Syllabus angegebene Dokument sowie den Eintrag im Alma-System.

Sommersemester 2022

Systembiologie II: Simulation dynamischer Netzwerkzustände (BIOINF4394)

Vorlesung mit Übungen

Falls Sie Fragen zu diesem Kurs haben, wenden Sie sich bitte an Ihre Dozentin, Dr. Reihaneh Mostolizadeh, oder Ihre Tutorin, M.Sc. Nantia Leonidou.

Wintersemester 2022/2023

Mathematik des Lebens: Modellierung molekularer Mechanismen

Virtuelle Veranstaltung in englischer Sprache

Diese virtuelle Veranstaltung findet am Europäischen Bioinformatik-Institut (EMBL-EBI) unter Beteiligung von Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger statt. Näheres dazu erfahren Sie auf der zugehörigen Webseite zum Kurs.

Thema: „Einführung in die auf Einschränkung basierende Rekonstruktion und Modellierung“ am 14. September 2022 um 10:30 Uhr Britischer Sommerzeit (11:30 Uhr deutscher Zeit).

Grundlagen der Systembiologie (BIOINF3372)

Proseminar


Vorträge und Plakate

Plakate

  1. Tissue-specific reconstruction of constraint-based metabolic models based on ReconX 
    • 7th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA), virtual, 1-2 March, 2021
  2. New Workflow Predicts Drug Targets Against Sars-Cov-2 Via Metabolic Changes in Infected Cells
    • ​​​​​​​​​​​​​​DGI-DZIF Joint Annual Meeting (Link), Stuttgart, 1-3 June, 2022
    • 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (SysMod@ISMB), Madison, United States, 10-14 June, 2022
    • 8th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA), Galway, Ireland, 28-30 September, 2022
  3. Manually Curated Genome-Scale Metabolic Reconstructions of the Multi-Drug Resistant Gram-Negative Pathogens A. Baumannii and K. Pneumoniae
    • ​​​​​​​8th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA), Galway, Ireland, 28-30 September, 2022
    • 21st International Conference on Systems Biology (ICSB), Berlin, Germany, 8-12 October, 2022

 

Vorträge

  1. Tissue-specific reconstruction of constraint-based metabolic models based on ReconX
  2. New Workflow Predicts Drug Targets Against SARS-CoV-2 via Metabolic Changes in Infected Cells
    • HARMONY, hybrid, 26-30 April 2022
    • 21st International Conference on Systems Biology (ICSB), Berlin, Germany, 8-12 October, 2022
  3. Computational Systems Biology of Infection and Antimicrobial Resistance
  4. Manually Curated Genome-Scale Metabolic Reconstructions of the Multi-Drug Resistant Gram-Negative Pathogens A. Baumannii and K. Pneumoniae
    • ​​​​​​​​​​​​​​21st International Conference on Systems Biology (ICSB), Berlin, Germany, 8-12 October, 2022

 


Auszeichnungen und Ehrungen

  1. ILW Urkunde 2020/21
  2. Abitur mit Auszeichnung durch das 5. Lyzeum in Kavala, Griechenland (Apolytirion bezeichnet als “hervorragend”)

 



Weiterbildung

  • Tools for Systems Biology Modeling and Data Exchange - von de.NBI (April 2021)
  • Poster Presentation workshop (Oktober 2021)
  • Scientific Writing workshop (November 2021)
  • BioCyC Webinar (November 2021)
  • Good Scientific Practice in the Life Sciences (Oktober-November 2021)
  • Ärztliche Fortbildung über die Dekolonisierung von Staphylococcus aureus (Kolloquium Infektiologie, Mai 2022)
  • Academic Writing for Doctoral Candidates (Februar 2022)
  • Microbiology and Infection Day (Oktober 2022)