Mikrobielle Interaktionen in pflanzlichen Ökosystemen


Die Arbeitsgruppe


Eric Kemen

eMail: eric.kemenspam prevention@uni-tuebingen.de

ORCID ID: 0000-0002-7924-116X

Eric Kemen promovierte in Zellbiologie und Phytopathologie an der Universität Konstanz, wo er das erste in eine Wirtspflanze gelieferte Effektorprotein eines obligat biotrophen Pilzes charakterisierte. Nach der Promotion wechselte Eric Kemen nach Großbritannien in die Arbeitsgruppe von Jonathan Jones am Sainsbury Laboratory in Norwich und etablierte dort Sequenzierungs- und Computertechniken zur Analyse von Pilz- und Oomycetengenomen. 2012 wurde er Forschungsgruppenleiter am MPI für Pflanzenzüchtungsforschung in Köln und konzentrierte sich mit seiner Arbeitsgruppe auf Mikroben-Mikroben- und Pflanzen-Mikroben-Interaktionen. Ein wichtiges Ergebnis war die Entdeckung von "mikrobiellen Zentren" ("mikrobielle Hubs"), die auf dem Blatt lebende mikrobielle Gemeinschaften mit dem Wirtsgenotyp verbinden. Seit 2017 ist Eric Kemen Professor an der Universität Tübingen und kombiniert Computermodellierung mit Ökologie und Wirts- / Mikrobengenetik, um neue Mechanismen zu entdecken, die für eine Ausbildung komplexer mikrobieller Gemeinschaften, sowie deren Stabilität relevant sind.

Marion Jackson

Sekretärin

Email: marion.jacksonspam prevention@uni-tuebingen.de

Juliana Almario

wissenschaftliche Mitarbeiterin

eMail: juliana.almariospam prevention@uni-tuebingen.de

Juliana Almario kommt aus Kolumbien und absolvierte ihr Studium in Lyon (Frankreich), wo sie ihre Doktorarbeit über mikrobielle Ökologie abschloss. Juliana Almario interessiert sich für das pflanzliche Mikrobiom und ihre Forschung wird von folgenden fundamentalen Fragen getrieben: Wie stark beeinflusst das Pflanzenmikrobiom fitnessrelevante Pflanzenmerkmale wie Nährstoffaufnahme und Gesundheit? Was sind die wichtigsten mikrobiellen, taxonomischen Einheite hinter diesen Effekten? Was sind die mechanistischen Grundlagen und wie sind diese Funktionen geregelt? Der Hauptfokus ihrere bisherigen Arbeiten war auf wurzelassoziierte mikrobielle Gemeinschaften gerichtet, insbesondere solche, die an der Unterdrückung von Pflanzenkrankheiten beteiligt sind (während ihrer Doktorarbeit) und solche, die die Phosphat-Aufnahme in die Pflanze erleichtern (während ihres ersten Post-Docs an der Universität zu Köln). Nach einem Forschungsaufenthalt am MPI für Pflanzenzüchtungsforschung wechselte sie an die Universität Tübingen. Sie untersucht nun mikrobielle Netzwerke in der A. thaliana Phyllosphäre und ihre Dynamik in Raum und Zeit.

Daniel Gomez

Doktorand

eMail: daniel.gomez-perez@zmbp.uni-tuebingen.de

Daniel Gomez kommt aus Spanien. Er absolvierte sein Pharmaziestudium in Santiago de Compostela und schloss sein Studium mit einem Master in Kiel ab. Im Jahr 2018 schloss er sich unserer Gruppe in Tübingen zur Promotion an. Seine Forschungsinteressen konzentrieren sich auf das molekulare Verständnis mikrobieller Wechselwirkungen in Pflanzenblättern.

Ariane Kemen

wissenschaftliche Mitarbeiterin

eMail: ariane.kemenspam prevention@uni-tuebingen.de

Die Forschung von Ariane Kemen konzentriert sich auf Mechanismen, die von Mikroben für die Kommunikation zwischen nahe verwandten aber auch phyllogenetisch weit entfernter Organismen verwendet werden. Nach Abschluss ihrer Doktorarbeit, in der sie die Funktion von Amyloid-ähnlichen Effektorproteinen bei Rostpilzen entschlüsselt hatte, untersuchte Ariane den Wirts-Mikroben-Dialog mit Fokus auf Effektor-Rezeptor-Proteine und Metabolite, welche ein breites Spektrum an Krankheitsresistenzen vermitteln können. Ihre Postdoc-Aufenthalte im JIC, TSL und MPIPZ ermöglichten es ihr, ihren Interessen zu folgen und neue Methoden für tiefere Einblicke in die Kommunikation zwischen verschiedenen Mikroorganismen zu entwickeln. In ihren aktuellen Projekten untersucht Ariane Kemen den Einfluss von Wirtsgenen auf die Zusammensetzung der Phyllosphärenmikrobiota mit dem Ziel, die Rolle von Amyloidproteinen bei der Modulation von Wirtsmikroben und intermikrobiellen Dialogen zu verstehen.

Elke Klenk

technische Mitarbeiterin

Email: elke.klenkspam prevention@uni-tuebingen.de

Alfredo Mari

PostDoc

eMail: mari@mpipz.mpg.de

 

Alfredo Mari schloss sein Studium der industriellen Biotechnologie an der Universität von Pisa / Scuola Superiore Sant'Anna, Italien, mit einer Masterarbeit in Molekularbiologie ab, die er an der Universität von Turin angefertigt hatte. Von 2014 bis 2018 promovierte er am MPI für Pflanzenzüchtungsforschung (MPIPZ), wo er sich mit dem eukaryotischen Mikrobiom auf Blättern, sowie dessen Interaktion mit Pflanzenpathogenen in Arabidopsis thaliana beschäftigte. Seit kurzem ist er in unserer Gruppe in Tübingen tätig, wo er sich auf computergestützte Methoden zur Verbesserung der Mikrobiom- und Netzwerkanalysen konzentriert.

Paul Runge

PhD student

Email: rungespam prevention@mpipz.mpg.de

Paul Runge studierte Pflanzenbiotechnologie an der Leibniz Universität Hannover und machte seine Masterarbeit im Labor von Jane Parker am MPIPZ in Köln. Er begann seine Doktorarbeit Anfang 2017 als gemeinsames Projekt zwischen der Gruppe von Jane Parker und der Kemen-Gruppe. Seine Forschung konzentriert sich auf die Auswirkungen lokaler Anpassungen auf die Struktur mikrobieller Gemeinschaften in der Phyllosphäre von Arabidopsis thaliana. Zu diesem Zweck führt er Hochdurchsatz-Sequenzierungen sowie rekonstitutionsbiologische Ansätze durch.



Teil der Gruppe am MPIPZ in Köln

 

Ronny Kellner

wissenschaftlicher Mitarbeiter

eMail: kellnerspam prevention@mpipz.mpg.de

Ronny Kellner ist fasziniert von der Vielfalt an Pflanzen-assoziierten Mikroben und sein Ziel ist es zu verstehen, wie pathogene, biotrophe und opportunistische Mikroben sich an Pflanzen anpassen und zusammen neue Arten hervorbringen. Bevor er zu unserer Gruppe kam, untersuchte Ronny verschiedene Pflanzenpathogen-Modellsysteme. Sein Hauptinteresse war hierbei: (1) Die Evolution und Spezifität des Pheromon-Rezeptor-Systems in Brandpilzen, (2) Transkriptionsanalysen von akzessorischen Chromosomen im Weizenpathogen Zymoseptoria tritici und (3) Die Genom-Evolution nach Wirtswechsel in den Oomyceten Phytophthora infestans und Hyaloperonospora crispula. In seinem aktuellen Projekt untersucht Ronny Kellner den Basidiomyceten Thecaphora thlaspeos, der sich an Brassicaceae-Wirte anpasst und eine langlebige und intime Interaktion mit Arabis sp. und Arabidopsis thaliana entwickelt hat. Sein Ziel ist es mit Hilfe von Feldproben, kombiniert mit Laborexperimenten, herauszufinden ob und wie T. thlaspeos in der Lage ist die Wirts-spezifische mikrobielle Gemeinschaften zu verändern.

Samuel Kroll

PostDoc

eMail: krollspam prevention@mpipz.mpg.de

Samuel studierte Molekularbiologie an der Universität Göttingen. Im Jahr 2014 schloss er sich unserem Labor als Doktorand an und beendete seine Promotion 2018 sehr erfolgreich. Er ist nun in der Gruppe als PostDoc tätig. Seine Forschungsschwerpunkte liegen in der Analyse grundlegender Mikroben-Mikroben- und Wirt-Mikroben-Interaktionen die einen Effekt auf die Evolution der Wechselbeziehungen zwischen Pflanzen und Mikroben haben. Weiter interessiert er sich dafür, wie mikrobielle Gemeinschaften sich über einen längeren Zeitraum auf der Pflanze verändern.

Samuel engagiert sich ebenfalls sehr in der Öffentlichkeitsarbeit zur besseren Vermittlung von wissenschaftlichen Themen: 


Unsere ehemaligen Labormitglieder

 

Matthew Agler

Forschte in unserer Gruppe von 2012 bis 2016.

Inywischen ist er NachwuchsßGruppenleiter an der Friedrich Schiller Universität in Jena.

Mehr Informationen zu seiner Gruppe: The Plant Microbiosis Lab

 

Jonas Ruhe

War Doktorand und danach PostDoc in der Gruppe von 2012 bis 2017.

Nun ist er leitender Wissenschaftler bei der Firma YARA.

Mehr Informationen hier: YARA