Die zweijährige M.A.- bzw. Master-Phase wird je zur Hälfte an beiden Universitäten verbracht, wobei die Reihenfolge frei wählbar ist.
Entscheiden sich die Studierenden für das erste M.A.-Jahr in Tübingen, sind hier Module in zwei historischen Epochen und im (B.A.-)Nebenfach zu absolvieren, bevor in Aix forschungsorientierte Spezialisierungskurse belegt werden und die Anfertigung der Masterarbeit erfolgt.
Für eine Spezialisierung in den Bereichen Antike und Mittelalter ist der Nachweis des Latinums notwendig.
Wird der Beginn der Masterphase in Aix gewählt, sind dort Einführungs- und Spezialisierungskurse zu besuchen, ehe anschließend in Tübingen Module in zwei historischen Epochen oder in einer Epoche und dem früheren B.A.-Nebenfach absolviert werden und die Masterarbeit abzufassen ist.
Unabhängig von der Abfolge wird die Abschlussarbeit von je einem/einer Lehrenden beider Universitäten bewertet. Die Absolventen erhalten die Diplome beider Universitäten (M.A./Master).
Neben dem M.A./ Master kann an der Partneruniversität Aix-Marseille die Zusatzqualifikation eines Diplôme d'Études Africaines erworben werden, wenn die Kurse in Aix-en-Provence entsprechend gewählt werden (drei Kurse zu afrikanischer Geschichte, ein Sprachkurs Arabisch oder Portugiesisch, ein Kurs zu afrikanischer Geographie).
