Forschungsgruppe Mai 2022
Mikrobielle Interaktionen in pflanzlichen Ökosystemen
Prof. Dr. Eric Kemen
Tel +49 7071 29 78725
ORCID ID: 0000-0002-7924-116X
Eric Kemen promovierte in Zellbiologie und Phytopathologie an der Universität Konstanz, wo er das erste in eine Wirtspflanze gelieferte Effektorprotein eines obligat biotrophen Pilzes charakterisierte. Nach der Promotion wechselte Eric Kemen nach Großbritannien in die Arbeitsgruppe von Jonathan Jones am Sainsbury Laboratory in Norwich und etablierte dort Sequenzierungs- und Computertechniken zur Analyse von Pilz- und Oomycetengenomen. 2012 wurde er Forschungsgruppenleiter am MPI für Pflanzenzüchtungsforschung in Köln und konzentrierte sich mit seiner Arbeitsgruppe auf Mikroben-Mikroben- und Pflanzen-Mikroben-Interaktionen. Ein wichtiges Ergebnis war die Entdeckung von "mikrobiellen Zentren" ("mikrobielle Hubs"), die auf dem Blatt lebende mikrobielle Gemeinschaften mit dem Wirtsgenotyp verbinden. Seit 2017 ist Eric Kemen Professor an der Universität Tübingen und kombiniert Computermodellierung mit Ökologie und Wirts- / Mikrobengenetik, um neue Mechanismen zu entdecken, die für eine Ausbildung komplexer mikrobieller Gemeinschaften, sowie deren Stabilität relevant sind.
Sekretariat/ Administrative Office
Angela Gürtel, Email: angela.guertel@uni-tuebingen.de
Die Arbeitsgruppe
Vasvi Chaudhry
Humboldt Research Fellow (PostDoc)
Email: vasvi.chaudhry@mnf.uni-tuebingen.de
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0001-9078-9292
Vasvi promovierte in Biochemie am CSIR-National Botanical Research Institute und an der Universität von Lucknow (Indien). Während ihrer Doktorarbeit beschäftigte sie sich mit der molekularen Charakterisierung von pflanzenwachstumsfördernden und phosphatakkumulierenden Bakterien mit Schwerpunkt auf Pseudomonas putida-Arten und ihrer potenziellen Rolle bei der Förderung des Pflanzenwachstums und der Bioremediation. Es folgte ihr erster Postdoc am CSIR-Institut für Mikrobielle Technologie (Indien), wo sie sich mit mikrobieller vergleichender Genomik und Metagenomik von Nutzbakterien in Verbindung mit Reis beschäftigte. Ihr breit gefächertes Interesse gilt der Analyse der Struktur mikrobieller Gemeinschaften und der Untersuchung ihrer möglichen Wechselwirkungen unter Verwendung sowohl rechnergestützter als auch experimenteller Ansätze. Seit November 2018 ist sie im Labor und arbeitet an der Entschlüsselung komplexer mikrobieller Interaktionen in mit der Phyllosphäre von Arabidopsis thaliana assoziierten Mikrobiota unter Verwendung von kulturabhängigen und kulturunabhängigen Ansätzen, mikrobiellen Netzwerken und Rekonstitutionsexperimenten unter Verwendung der mikrobiellen synthetischen Gemeinschaft im gnotobiotischen System. Ihr Interesse liegt auch in der Untersuchung der Quelle der Phyllosphären-Mikrobiota.
Daniel Gomez
Doktorand
eMail: daniel.gomez-perez@zmbp.uni-tuebingen.de
Daniel Gomez kommt aus Spanien. Er absolvierte sein Pharmaziestudium in Santiago de Compostela und schloss sein Studium mit einem Master in Kiel ab. Im Jahr 2018 schloss er sich unserer Gruppe in Tübingen zur Promotion an. Seine Forschungsinteressen konzentrieren sich auf das molekulare Verständnis mikrobieller Wechselwirkungen in Pflanzenblättern.
Yiheng Hu
Doktorand
Email: yiheng.hu@zmbp.uni-tuebingen.de
Yiheng ist seit März 2021 Mitglied unserer Gruppe. Seine Forschung konzentriert sich auf die Dynamik und Stabilität des Pflanzenmikrobioms am Beispiel von Arabidopsis thaliana. Zuvor absolvierte Yiheng einen Bachelor-Abschluss an der Xiamen University, China, und einen Master-Abschluss an der Australian National University, Australien. Yiheng absolviert seine Promotion an der Australian National University bei Dr. Benjamin Schwessinger und Prof. John Rathjen. Seine Doktorarbeit befasst sich mit der Erkennung von Krankheitserregern und der Zusammensetzung von mikrobiellen Gemeinschaften bei Pilzinfektionen.
Ariane Kemen
wissenschaftliche Mitarbeiterin
eMail: ariane.kemen@uni-tuebingen.de
Die Forschung von Ariane Kemen konzentriert sich auf Mechanismen, die von Mikroben für die Kommunikation zwischen nahe verwandten aber auch phyllogenetisch weit entfernter Organismen verwendet werden. Nach Abschluss ihrer Doktorarbeit, in der sie die Funktion von Amyloid-ähnlichen Effektorproteinen bei Rostpilzen entschlüsselt hatte, untersuchte Ariane den Wirts-Mikroben-Dialog mit Fokus auf Effektor-Rezeptor-Proteine und Metabolite, welche ein breites Spektrum an Krankheitsresistenzen vermitteln können. Ihre Postdoc-Aufenthalte im JIC, TSL und MPIPZ ermöglichten es ihr, ihren Interessen zu folgen und neue Methoden für tiefere Einblicke in die Kommunikation zwischen verschiedenen Mikroorganismen zu entwickeln. In ihren aktuellen Projekten untersucht Ariane Kemen den Einfluss von Wirtsgenen auf die Zusammensetzung der Phyllosphärenmikrobiota mit dem Ziel, die Rolle von Amyloidproteinen bei der Modulation von Wirtsmikroben und intermikrobiellen Dialogen zu verstehen.
Vladislav Mokeev
Doktorand (PhD Student)
vladislav.mokeev@zmbp.uni-tuebingen.de
Vlad kommt aus Russland; seine Heimatstadt ist Samara. Er absolvierte sein Biologie Bachelor Studium, gefolgt von einem Master in Mikrobiologie, an der Universität Tübingen. Vlad begann seine Doktorarbeit im August 2019 als interdisziplinäres Projekt zwischen den Forschungsgruppen von Heike Brötz-Oesterhelt, Eric Kemen und Nadine Ziemert. Sein Interesse gilt den Blattmikrobiota von Arabidopsis thaliana und der Analyse des Einflusses von mikrobiellen Nabenarten, ihren Sekundärmetaboliten und proteinbasierten Mediatoren auf die Gestaltung des Mikrobioms.
Bilal Ökmen
PostDoc
Email bilal.oekmen@zmbp.uni-tuebingen.de
Schon von klein auf war ich von der Natur fasziniert. Dieses Interesse führte mich natürlich zu einem Biologiestudium. Während meines Grundstudiums in der Türkei interessierte ich mich besonders für die molekularen Grundlagen der Wechselwirkungen zwischen Pflanzen und Krankheitserregern. Während meiner Promotion am Institut für Phytopathologie der Universität Wageningen (Niederlande) und während meiner Postdoc-Phase am Max-Planck-Institut und an der Universität zu Köln habe ich mich mit den molekularen Grundlagen der Interaktionen zwischen Pflanzen und Mikroben in verschiedenen Pathosystemen befasst, u. a. mit dem Blattschimmel der Tomate, dem Maisfäulepilz und der Gerstenfäule. Mein Hauptaugenmerk bei diesen Projekten lag auf dem molekularen Verständnis der Art und Weise, wie Phytopathogene die Abwehrkräfte und die Physiologie des Wirts umgestalten, um die Etablierung der Krankheit zu fördern. In dieser Hinsicht habe ich zur Erforschung von Pflanzenpathogenen beigetragen, indem ich mehrere wichtige Virulenzfaktoren, einschließlich apoplastischer Pilzglykosylhydrolasen und Proteasen, aus verschiedenen Pilzpathosystemen identifiziert und funktionell charakterisiert habe, indem ich Genomik, Transkriptomik, Bioinformatik, Proteomik und mikroskopisches Fachwissen integriert habe. Anhand des etablierten Pathosystems von Ustilago hordei-gerste untersucht mein Labor, wie sich biotrophe Rußpilze an ihre Wirte anpassen, indem sie die apoplastischen Immunsignale des Wirts und die Mikrobiota modulieren, um eine erfolgreiche Besiedlung in einer koevolutionären Perspektive zu erreichen.
Samuel Quinzer
Doktorand (PhD student)
Email samuel.quinzer@zmbp.uni-tuebingen.de
Samuel Quinzer absolvierte sein Bachelorstudium im Fachbereich Biologie, gefolgt von einem Masterstudium in Mikrobiologie an der Universität Tübingen. In seiner Bachelor Thesis beschäftigte er sich mit Cyanobakterien und deren Kohlenstoffstoffwechsel. Bei seiner Masterarbeit arbeitete er viel mit Enzymen, vor allem mit deren Aufreinigung und Charakterisierung durch enzymatische Assays. Seit Februar 2022 ist Samuel Doktorand in der AG Kemen und untersucht den Einfluss von Basidomyceten auf das Mikrobiom von Arabidopsis thaliana.
Paul Runge
Doktorand (PhD Student)
Email: paul.runge@zmbp.uni-tuebingen.de
Paul Runge studierte Pflanzenbiotechnologie an der Leibniz Universität Hannover und machte seine Masterarbeit im Labor von Jane Parker am MPIPZ in Köln. Er begann seine Doktorarbeit Anfang 2017 als gemeinsames Projekt zwischen der Gruppe von Jane Parker und der Kemen-Gruppe. Seine Forschung konzentriert sich auf die Auswirkungen lokaler Anpassungen auf die Struktur mikrobieller Gemeinschaften in der Phyllosphäre von Arabidopsis thaliana. Zu diesem Zweck führt er Hochdurchsatz-Sequenzierungen sowie rekonstitutionsbiologische Ansätze durch.