07.10.2020

Automatische Zuordnung von Termini der Systembiologischen Ontologie

In ihrer Bachelorarbeit schlägt Elisabeth Fritze einen Ansatz zur automatischen Zuweisung von SBO-Termini für Reaktionen vor.

Annotationen, wie die Fachbegriffe der Systembiologischen Ontologie (SBO), spielen eine wesentliche Rolle bei der Konstruktion von Computermodellen im SBML-Format. Die These von Elisabeth Fritze verfolgte das Ziel, den Prozess der Annotation von Begriffen der SBO für Reaktionen in SBML-Modellen zu automatisieren. Dazu wurde ein Annotationsprogramm in Python implementiert. Im Zuge dieses Entwicklungsprozesses erarbeitete Elisabeth Fritze auch ein Zuordnungsverfahren zwischen den Nummern der Enzymkommission (EC) und den Begriffen der SBO, um die Hinzufügung von SBO-Begriffen zu den annotierten EC-Reaktionen zu ermöglichen.

Zusätzlich wurde das Annotationsskript an den 108 verfügbaren Modellen aus der sogenannten BiGG-Datenbank getestet. Dabei zeigte sich die gewonnene Vielfalt und Spezifität der Begriffe der SBO in den verschiedenen Modellen.  Somit liefern die Ergebnisse ihrer Bachelorarbeit zusätzlichen Kontext zu den Modellen und können als ein erster Schritt für die automatisierte Reaktionsanalyse auf der Grundlage von SBO-Begriffen betrachtet werden.