Neben vielen Projekten inhaltlicher Art, gibt es am EIBOR auch Projekte, die die Organisation des BRU thematisieren. Dabei geschieht dies entweder speziell in Bezug auf die Struktur oder die Methoden des BRU oder aber auch in Bezug auf die Kombination von Inhalten und Organisation.

Folgende Projekte des EIBOR sind dem Bereich "Organisation des BRU" zuzuordnen:

• Evaluation von digitalen Fortbildungsangeboten
• Neue Organisationsmodelle
• Qualität und Qualitätsentwicklung im evangelischen Religionsunterricht (QUIRU)
• Konfessionelle Kooperation am Beruflichen Gymnasium
• BRU evangelisch
• Erlebnispädagogik und Religionsunterricht
• Bibel digital im BRU