Nantia Leonidou
M.Sc. in Bioinformatik
Büro
Institut für Informatik
Institut für Biomedizinische Informatik
Sand 14 ・ Erdgeschoss ・ Raum C107
+49-7071-29-70452
nantia.leonidou@uni-tuebingen.de
Bibliographie
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Akademische Qualifikationen
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M.Sc. in Bioinformatik, Universität Tübingen, Deutschland, 2020:
These: Gewebsspezifische Rekonstruktion restriktionsbasierter metabolischer Modelle basierend auf ReconX
Video -
Gaststudentin der Bioinfromatik an der Temple University, Philadelphia (PA), Wintersemester 2018/2019
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B.Sc. in Bioinformatik, Universität Tübingen, Deutschland, 2018:
These: An Integrated Analysis Tool for SILAC Proteomics
Forschungsbesuche
- Gastforscherin, Labor für Pharmazeutische Mikrobiologie (LPM), Universität Gent, Belgien
(Dauer: 29. Mai – 30. Juni 2023; Betreuerin: Prof. Aurélie Crabbé) - Gastforscherin, Interfakultäres Institut für Mikrobiologie und Infektionsmedizin, Eberhard Karls Universität Tübingen, Germany
(Dauer: 13. März – 26. Mai 2023; Betreuer: Prof. Simon Heilbronner)
Forschungsinteressen
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Systembiologie und Metabolic Engineering:
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Analyse molekularer, biochemischer und metabolischer Mechanismen in Pro- und Eukaryoten in Gesundheit und Krankheit auf Systemebene.
- Einschränkungsbasierte in-silico-Rekonstruktion und Analyse mathematischer Netzwerke zur Entdeckung unbekannter Phänotypen und zur Entwicklung neuartiger Therapien:
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Eukaryotische biochemische Modelle zum Verständnis, zur Vorhersage und zur Manipulation des bakteriellen Stoffwechsels.
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Biochemische Wirt-Pathogen-Modelle; Analyse von Infektionsmechanismen zwischen Pathogenen und ihrem Wirt.
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Mikrobielle metabolische Rekonstruktionen & Interaktionen in mikrobiellen Gemeinschaften.
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Integration von Multi-Omics-Daten, um ein umfassendes Verständnis biologischer Prozesse zu erlangen.
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Visualisierung:
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Erstellung von Stoffwechselwegkarten und Interpretation von metabolischen Prozessen.
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Softwareentwicklung:
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Entwicklung von computergestützten Tools zur Analyse komplexer biologischer Daten, zur Erstellung kontextspezifischer Modelle und zur automatisierten Modellannotation.
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Experimentelle Erfahrung
- Aseptische Techniken
- Umgang mit mikrobiellen Kulturen (Ausstrichplatten- und Inokulationsmethoden) und sterile Probenahme
- Serielle Verdünnung und Ausplattierung
- Formulierung und Quantifizierung von Kulturmedien
- Gramfärbung
- Mikroskopie
- Erstellung und Analyse der Kinetik Wachstumskurven, um die mikrobielle Wachstumsdynamik und Reaktion auf Umweltbedingungen zu verstehen
- Interpretation experimenteller Beobachtungen
- Durchführung mikrobiologischer Protokolle
Aktuelle Forschungsprojekte
Rechnergestützte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Pathogene
Das Projekt TTU 08.703 wird unter Förderkennzeichen 8020708703 durch das Deutsche Zentrum für Infektionsforschung (DZIF, doi:10.13039/100009139) innerhalb der Deutschen Zentren der Gesundheitsforschung (BMBF-DZG des Bundesministeriums für Bildung und Forschung) gefördert. Die Arbeitsgruppe gehört dem Netzwerk zur Erforschung krankenhausbedingter und antibiotikaresistenter bakterieller Infektionen an (engl. Healthcare-Associated and Antibiotic-Resistant Bacterial Infections, kurz HAARBI).
Abgeschlossene Forschungsprojekte
Computer-Modellierung und experimentelle Überprüfung mikrobieller Interaktionen
Kollaboratives Projekt
Das Projekt № EXC-2124/1-05.037_0 wird durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, doi:10.13039/501100001659) unter der Exzellenzstrategie des Bundes – EXC 2124 – 390838134 und unterstützt durch das Exzellenzcluster CMFI (Kontrolle von Mikroorganismen zur Bekämpfung von Infektionen) vom Mai 2021 bis April 2024 in Form einer Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe des Dr. Simon Heilbronner gefördert.
Internationales Netzwerkprogramm für Wissenschaftlerinnen
Dieses Programm unterstützt Forscherinnen, die Teil des Exzellenzclusters "Kontrolle von Mikroorganismen zur Bekämpfung von Infektionen" (CMFI), indem es ein Besuch von ein bis sechs Wochen in herausragenden Forschungslaboren finanziert. Ziel des Programms ist es, junge Wissenschaftlerinnen dabei zu ermutigen, internationale Zusammenarbeit und Netzwerke aufzubauen, vorzugsweise in einem Labor unter der Leitung von weiblichen Wissenschaftlerinnen. Jeder Besuch sollte mindestens eine Woche dauern. Das Gastlabor sollte sich an einer Institution außerhalb Deutschlands mit ausgezeichneter internationaler Reputation befinden.
Identifikation robuster antiviraler Wirkstoffziele gegen SARS-CoV-2
Anschubfinanzierung zur Identifikation robuster Wirkstoffziele zur Behandlung von COVID-19, welche in Nachfolgeprojekten experimentell überprüft werden sollen.
Gefördert vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und dem Wissenschaftsministerium Baden-Württemberg im Rahmen der Exzellenzstrategie von Bund und Ländern.
Publikationen
Genome-scale model of Rothia mucilaginosa predicts gene essentialities and reveals metabolic capabilities
Nantia Leonidou, Lisa Ostyn, Tom Coenye, Aurélie Crabbé und Andreas Dräger
Microbiology Spectrum, 23. April 2024
[ Details | DOI | Preprint | PDF | PubMed | BibTeX ]
Genome-scale metabolic model of Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 matches in vitro conditions
Nantia Leonidou, Alina Renz, Benjamin Winnerling, Anastasiia Grekova, Fabian Grein und Andreas Dräger
BioRxiv, 20. Dezember 2023
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ]
Metabolic Modeling Elucidates Phenformin and Atpenin A5 as Broad-Spectrum Antiviral Drugs
Alina Renz, Mirjam Hohner, Maximilian Breitenbach, Jonathan Josephs-Spaulding, Johanna Dürrwald, Lena Best, Raphaël Jami, Georgios Marinos, Nantia Leonidou, Filipe Cabreiro, Andreas Dräger, Michael Schindler und Christoph Kaleta
Preprints 2023, 30. November 2022.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
Exploring the metabolic profiling of A. baumannii for antimicrobial development using genome-scale modeling
Nantia Leonidou, Yufan Xia und Andreas Dräger
BioRxiv, 15. September 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
SBOannotator: a Python Tool for the Automated Assignment of Systems Biology Ontology Terms
Nantia Leonidou, Elisabeth Fritze, Alina Renz und Andreas Dräger
Bioinformatics, 14. Juli 2023.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ]
New workflow predicts drug targets against SARS-CoV-2 via metabolic changes in infected cells
Nantia Leonidou, Alina Renz, Reihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger
PLOS Computational Biology, 19(3): e1010903. 23. März 2023.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ]
Medienberichte und Pressemeldungen
Pressemitteilungen
24.03.2023 Deutschland | Informationsdienst Wissenschaft Forschungsergebnisse, Wissenschaftliche Publikationen |
24.03.2023 Deutschland | DZIF - Pressemitteilung Vorbereitung auf die nächste Pandemie: Gezielte Computermodellierung zur schnelleren Entwicklung antiviraler Medikamente |
23.03.2023 Deutschland | Exzellenzcluster – Kontrolle von Mikroben im Kampf gegen Infektionen (CMFI) |
23.03.2023 Deutschland | Universität Tübingen |
Radio und Podcasts
27.03.2023 SWR4 Baden-Württemberg Deutschland | Nachrichten Aus dem Studio Tübingen von Montag gegen 11:30 Uhr Tübinger Forschende erstellen ein Computer-Programm, um Wirkstoffe gegen Viruserkrankungen zu entwickeln |
Online Zeitschriften
10.04.2023 Indien | India Education Diary Experts Develop Computer Modeling To Speed-Up The Development Of Antiviral Drugs |
07.04.2023 USA | GenomeWeb Modernized Algorithm Predicts Drug Targets for SARS-CoV-2, Other RNA Viruses |
25.03.2023 Deutschland | RTF1 Universität Tübingen: Forscher suchen im Computermodell nach Angriffspunkten gegen Infektionen |
23.03.2023 Vereinigtes Königreich | Phys.org Using targeted computer modeling to accelerate antiviral drug development |
Printmedien
28.03.2023 Deutschland | Reutlinger General-Anzeiger |
Lehre
Sommersemester 2023
Einführung in die Bioinformatik (BIOINF1110)
Ringvorlesung mit Übungen
Frau M.Sc. Nantia Leonidou leitet während des gesamten Semesters die Übungen zu dieser Veranstaltung.
Jun.-Prof. Dr. Dräger lehrt während der Veranstaltung zum Thema „Systembiologie: Mit Computermodellen den Metabolismus simulieren” am Donnerstag, dem 11. Mai 2023, um 13 Uhr c.t. (45 min) im Raum N02 auf der Morgenstelle, Tübingen. Diese Veranstaltung findet auf Deutsch statt.
Auf der Webseite zu dieser Vorlesung finden Sie weitere Informationen.
Wintersemester 2022/2023
Mathematik des Lebens: Modellierung molekularer Mechanismen
Virtuelle Veranstaltung in englischer Sprache
Diese virtuelle Veranstaltung findet am Europäischen Bioinformatik-Institut (EMBL-EBI) unter Beteiligung von Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger statt. Näheres dazu erfahren Sie auf der zugehörigen Webseite zum Kurs.
Thema: „Einführung in die auf Einschränkung basierende Rekonstruktion und Modellierung“ am 14. September 2022 um 10:30 Uhr Britischer Sommerzeit (11:30 Uhr deutscher Zeit).
Grundlagen der Systembiologie (BIOINF3372)
Proseminar
Leitung: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und M.Sc. Nantia Leonidou.
MINT-Plus Biologie (BIOINF3379)
Eine Lehrveranstaltung in Zusammenarbeit mit dem Otto-Hahn-Gymnasium Nagold und dem Jugend-Forschungszentrum Schwarzwald-Schönbuch e.V.
Seminarkurs Digi-MINT
Eine Lehrveranstaltung in Zusammenarbeit mit dem Otto-Hahn-Gymnasium Nagold und dem Jugend-Forschungszentrum Schwarzwald-Schönbuch e.V.
Sommersemester 2022
Systembiologie II: Simulation dynamischer Netzwerkzustände (BIOINF4394)
Vorlesung mit Übungen
Falls Sie Fragen zu diesem Kurs haben, wenden Sie sich bitte an Ihre Dozentin, Dr. Reihaneh Mostolizadeh, oder Ihre Tutorin, M.Sc. Nantia Leonidou.
Wintersemester 2021/2022
Bioinformatik Vorkurs
The Bioinformatics Vorkurs aims at introducing students to the basic computational issues. It is not going to cover entire programming taught in the Bachelor Bioinformatics course, rather it is meant to provide a starting point for those who are planning a career in bioinformatics, but have no experience with Linux-like systems and programming. It is a Vorkurs, therefore no ECTS points are awarded.
Please see https://bioinfprep.github.io for further information about this course.
Systembiologie I: Auf Randbedingungen beruhende Rekonstruktion und Analyse (BIOINF3371)
Vorlesung mit Übungen in englischer Sprache
Dozent: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Tutorin: M.Sc. Nantia Leonidou
Diese Lehrveranstaltung findet in englischer Sprache statt. Für weitere Informationen beachten Sie bitte das nachfolgend als Syllabus angegebene Dokument sowie den Eintrag im Alma-System.
Sommersemester 2021
Bioinformatik Vorkurs
The Bioinformatics Vorkurs aims at introducing students to the basic computational issues. It is not going to cover entire programming taught in the Bachelor Bioinformatics course, rather it is meant to provide a starting point for those who are planning a career in bioinformatics, but have no experience with Linux-like systems and programming. It is a Vorkurs, therefore no ECTS points are awarded.
Please see https://bioinfprep.github.io for further information about this course.
Systembiologie II: Simulation dynamischer Netzwerkzustände (BIOINF4394)
Vorlesung mit Übungen
In diesem Semester findet diese Veranstaltung aufgrund der weltweiten COVID-19-Pandemie in Form eines umgedrehten Unterrichts dienstags um 14 Uhr c.t. über ZOOM statt. Das wöchentliche Tutorium findet donnerstags um 14 Uhr c.t. mittels ZOOM statt. Die zugehörige Alma-Seite hält hierzu weitere Informationen bereit. Wenn Sie Schweirigkeiten haben, auf bestimmte Inhalte zuzugeifen, wenden Sie sich bitte an Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger.
Wintersemester 2016 bis Sommersemester 2021
Mathematik
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Mathematik I, II und III für Informatik, Bioinformatik, Medieninformatik und Kognitionswissenschaften
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Mathematischer Vorbereitungskurs
Vorträge und Plakate
Plakate
- New workflow predicts drug targets against SARS-CoV-2 via metabolic changes in infected cells
- 9th Conference on Systems Biology of Mammalian Cells (SBMC) 2024, Leipzig, Germany, 13-15 May, 2024
- Genome-scale metabolic modeling of Rothia mucilaginosa reveals insights into metabolic capabilities and antimicrobial strategies for cystic fibrosis
- 3rd International Controlling Microbes to Fight Infections (CMFI) Conference 2023 (Link), Tübingen, Germany, 11-13 October, 2023
- Analyzing the metabolic phenotypes of the multi-drug resistant Gram-negative pathogens A. baumannii and K. pneumoniae using systems biology
- DZIF-Jahrestagung 2023 (Link), Hannover, Germany, 25-26 September, 2023
- Manually Curated Genome-Scale Metabolic Reconstructions of the Multi-Drug Resistant Gram-Negative Pathogens A. Baumannii and K. Pneumoniae
- 21st International Conference on Systems Biology (ICSB), Berlin, Germany, 8-12 October, 2022
- New Workflow Predicts Drug Targets Against Sars-Cov-2 Via Metabolic Changes in Infected Cells
- 8th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA), Galway, Ireland, 28-30 September, 2022
- Manually Curated Genome-Scale Metabolic Reconstructions of the Multi-Drug Resistant Gram-Negative Pathogens A. Baumannii and K. Pneumoniae
- 8th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA), Galway, Ireland, 28-30 September, 2022
- New Workflow Predicts Drug Targets Against Sars-Cov-2 Via Metabolic Changes in Infected Cells
- 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (SysMod@ISMB), Madison, United States, 10-14 June, 2022
- New Workflow Predicts Drug Targets Against Sars-Cov-2 Via Metabolic Changes in Infected Cells
- Gemeinsame Jahrestagung DZIF/DGI 2022 (Link), Stuttgart, 1-3 June, 2022
- Tissue-specific reconstruction of constraint-based metabolic models based on ReconX
- 7th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA), virtual, 1-2 March, 2021
Vorträge
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- 21st International Conference on Systems Biology (ICSB), Berlin, Germany, 8-12 October, 2022
- New Workflow Predicts Drug Targets Against SARS-CoV-2 via Metabolic Changes in Infected Cells
- 21st International Conference on Systems Biology (ICSB), Berlin, Germany, 8-12 October, 2022
- Computational Systems Biology of Infection and Antimicrobial Resistance
- DZIF TTU HAARBI Retreat, Frankfurt, Germany, 22-23 June, 2022 (on behalf of Jun. -Prof. Dr. Andreas Dräger)
- New Workflow Predicts Drug Targets Against SARS-CoV-2 via Metabolic Changes in Infected Cells
- HARMONY, hybrid, 26-30 April 2022
- Tissue-specific reconstruction of constraint-based metabolic models based on ReconX
- GCB 2021, virtuell, 6-8 September, 2021
- Tissue-specific reconstruction of constraint-based metabolic models based on ReconX
- SysMod @ISMB/ECCB 2021, virtuell, 29-30 Juli, 2021
Auszeichnungen und Ehrungen
- ILW Urkunde 2020/21
- Abitur mit Auszeichnung durch das 5. Lyzeum in Kavala, Griechenland (Apolytirion bezeichnet als “hervorragend”)
Betreuerin in Abschlussverfahren
- Sophia Krappen Entschlüsselung des Stoffwechsels von Staphylococcus warneri durch Systembiologie (2023)
- Carolin Brune Verfahren für ein vereinheitlichtes Stoffwechselnetzwerk von Klebsiella-Arten (2023)
- Anna Lefarova Analyse metabolischer Phänotypen von Staphylococcus capitis mittels restriktionsbasierter Modellierung (2023)
- Selin Sahin Rekonstruktion eines genome-scaligen metabolischen Netzwerks von Staphylococcus lugdunensis N920143 (2022)
- Meike Lips Ein genomskaliges Stoffwechselmodell für Klebsiella pneumoniae HS11286 (2022)
- Yufan Xia Genomskalige Stoffwechselmodellierung von Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (2022)
- Josua Carl Erforschung von Finegoldia magna ATCC 29328 in seiner nasalen Umgebung (2022)
Weiterbildung
- Tools for Systems Biology Modeling and Data Exchange - von de.NBI (April 2021)
- Poster Presentation workshop (Oktober 2021)
- Scientific Writing workshop (November 2021)
- BioCyC Webinar (November 2021)
- Good Scientific Practice in the Life Sciences (Oktober-November 2021)
- Academic Writing for Doctoral Candidates (Februar 2022)
- Ärztliche Fortbildung über die Dekolonisierung von Staphylococcus aureus (Kolloquium Infektiologie, Mai 2022)
- Kolloquium für Mikrobiologie und Infektionen (Oktober 2022)
- Molekulare Biologie and Mikrobiologie Praktikum (Februar 2023)
- Excellence in International S.T.E.M. Communication, Productivity & Career Skills – Masterclass by Dr. Paul Charlton (2023)
- NFDI4Microbiota DZIF: Basic statistics with R (2024)