Bei den Erregern der afrikanischen Schlafkrankheit handelt es sich um parasitäre Einzeller, sogenannte Trypanosomen, die mit dem Speichel der beißenden Tsetsefliege auf den Menschen übertragen werden. Die Trypanosomen vermehren sich zuerst im Bereich des primären Infektionsherds (wo es oft zu einem typischen „Schanker“ kommt) und gelangen dann mit der Lymphflüssigkeit ins Blut. Das folgende Krankheitsstadium wird deshalb auch als hämolymphatisch bezeichnet. Es ist gekennzeichnet durch generelles Krankheitsgefühl, Lymphknotenschwellungen, Kopf-, Gelenk- und Muskelschmerzen, Fieber mit Schüttelfrost, Gewichtsverlust und Blutarmut. Je nach Erreger dauert es wenige Wochen bis Monate, bevor die Parasiten aus dem Blut ins Gehirn einwandern. Der Begriff „Gehirn“ allerdings ist weit gefächert, so dass zuletzt lebhaft diskutiert wurde, welche Bereiche denn hier tatsächlich befallen sind – und in welcher Reihenfolge. Jeder weiß, die Schokolade ist nach dem Essen im Bauch – doch ist sie deswegen wirklich innerhalb des Körpers? Trypanosomen, die mit dem Blut durch das Gehirn zirkulieren, sind funktional gesehen nicht im Gehirn. Liquor und Hirnhäute, die von Trypanosomen befallen sind, gehören auch nicht zum Gehirnparenchym. Erst Parasiten, die sich zwischen Nervenzellen befinden zählen dazu. In diesem Zusammenhang müssen auch zwei unterschiedliche Infektionswege betrachtet werden, nämlich über die Blut-Hirn- oder die Blut-Liquor-Schranke. Es ist wahrscheinlich, dass beide Wege eine Rolle spielen. Zuerst scheinen die Parasiten vorrangig über die Blut-Liquor-Schranke in die Gehirnflüssigkeit zu gelangen. Von dort besiedeln sie die Hirnhäute, sodass es zu einem ventrikulär-meningealen Stadium kommt. Es treten Verwirrungszustände, Koordinationsschwierigkeiten, Sinnesstörungen, Fragmentierung der Schlaf-/ Wachzyklen, Krämpfe und Apathie auf. Gleichzeitig gelangen immer wieder Trypanosomen über die Blut-Hirn-Schranke. Zuerst nur wenige, die von Abwehrzellen in Schach gehalten werden. Mit zunehmender Entzündungsreaktion wird die Blut-Hirn-Schranke dann immer durchlässiger. Spätestens jetzt können wir von einem enzephalitischen Stadium sprechen. Unbehandelt endet die Krankheit in fast allen Fällen tödlich. Allerdings wurde zuletzt auch von asymptomatischen Krankheitsträgern berichtet, in denen die Parasiten unbemerkt im Fettgewebe persistieren.