Rechnerbasierte Systembiologie

Dr. Bashir Sajo Mienda

Dozent für Systembiologie
Biotechnologe

b.miendaspam prevention@fud.edu.ng
Bibliographie

Publons
Google Scholar
ORCID

Curriculum vitae

2020-2021
Postdoktorand

Dozent für Systembiologie im Wintersemester 2020/21 in der Arbeitsgruppe für Rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger unter der Leitung des Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger.

Seit 2019
Assoziierter Professor für Biotechnologie und stellvertretender Dekan der Doktorandenschule

Assoziierter Professor für Biotechnologie mit Fachkenntnissen in Systemstoffwechseltechnik und synthetischer Biologie an der Bundesuniversität Dutse, Jigawa Staat Nigeria.

2013-2016
Doktorand an der Technischen Universität Malaysias (UTM)

Promotion in Biowissenschaften/Bioingenieurwesen mit dem Titel „Modellgeleitete metabolische Gen-Knockouts Strategien zur verbesserten Bernsteinsäureproduktion in Escherichia coli K12”.

2011-2012
Masterstudent an der Technischen Universität Malaysias (UTM)

M.Sc. in Biotechnologie. Spezialgebiet: Enzyme und mikrobielle Technologie

2002-2006
Bachelorstudent an der Bayero-Universität Kano (BUK)

B.Sc. in Mikrobiologie

Abgeschlossene Forschungsprojekte

Teach@Tübingen

Programm zur Internationalisierung und Diversifizierung des Bildungsangebotes der Universität ­– gefördert durch die Institutionale Strategie der Universität Tübingen und der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG, Förderkennzeichen ZUK 63)

2020

Förderung der von Dr. Bashir S. Mienda und Dr. Reihaneh Mostolizadeh gehaltenen Lehrveranstaltung Systembiologie I.

Lehre

Systembiologie I (BIOINF3371)

Vorlesung mit Übungen

Aufgrund der COVID-19-Pandemie findet dieser Kurs bis auf weiteres jeden Dienstag um 14.00 Uhr virtuell via ZOOM statt. Die wöchentliche Übung findet ebenfalls über ZOOM statt und zwar jeden Donnerstag um 16.00 Uhr. Sollten Sie Schwierigkeiten beim Zugriff auf die Inhalte haben, wenden Sie sich bitte entweder an Dr. Reihaneh Mostolizadeh oder an Dr. Bashir S. Mienda.
Systembiologie I” nach dem “Flipped Classroom”-Konzept durchgeführt. Die Studenten sehen sich Vorlesungen und vorab aufgezeichnete Videos an, während sie sich mit Konzepten beschäftigen und in wöchentlichen Diskussionen unter Anleitung der Dozenten an den Inhalten der Vorlesungsstunde mitarbeiten. Der Schwerpunkt liegt auf den wesentlichen Ansätzen und der Beantwortung von Fragen. Im Tutorium arbeiten die Studierenden in Gruppen, um Aufgaben zu lösen und ein Semesterprojekt zu bearbeiten.

Dozenten: Dr. Reihaneh Mostolizadeh und Dr. Bashir S. Mienda

Alma
ILIAS
Syllabus

Ausgewählte Publikationen

  1. Genome-Scale Metabolic Modeling of Escherichia coli and Its Chassis Design for Synthetic Biology Applications.
    Bashir Sajo Mienda und Andreas Dräger
    Computational Methods in Synthetic Biology, Mario Andrea Marchisio (Editor), Teil der Buchreihe Methods in Molecular Biology (MIMB, Band 2189), Seiten 217-229, 13. November 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  2. Escherichia coli Genome-scale metabolic models could guide construction of proof-of-principle strains.
    Bashir Sajo Mienda
    Editorial. AIMS Bioengineering (2018), 5(2): 103–105
    [ DOI ] [ PDF ]
  3. Genome-scale metabolic modelling for succinic acid production in Escherichia coli.
    Bashir Sajo Mienda
    Current Metabolomics, Volume 6, Number 3, 2018, pp. 170-175(6)
    [ DOI ]
  4. Genome-scale metabolic models as platforms for identification of novel genes as antimicrobial drug targets.
    Bashir Sajo Mienda, Rabiu Salihu, Aliyu Adamu und Shehu Idris.
    Future Microbiology, Volume 13, Number 4,  2018.
    [ DOI ] [ PubMed ]
  5. Model-guided metabolic gene knockout of pflA in Escherichia coli increases succinic acid production from glycerol carbon source.
    Bashir Sajo Mienda, Aliyu Adamu und Mohd Shahir Shamsir
    Current Metabolomics, Volume 6 , Issue 3 , 2018.
    [ DOI ]
  6. Genome-scale metabolic models as platforms for strain design and biological discovery.
    Bashir Sajo Mienda.
    Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. Volume 35, issue 9 2017.
    [ DOI ] [ PubMed ]
  7. Model-guided metabolic gene knockout of gnd for enhanced succinate production in Escherichia coli from glucose and glycerol substrates.
    Bashir Sajo Mienda, Mohd Shahir Shamsir und Rosli Md Illias.
    Computational Biology and Chemistry 61(2016) 130-137.
    [ DOI ] [ PubMed ]
  8. Model-aided atpE gene knockout strategy in Escherichia coli for enhanced succinic acid production from glycerol.
    Bashir Sajo Mienda, Mohd Shahir Shamsir und Rosli Md. Illias.
    Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, Volume 34, issue 8, 2016.
    [ DOI ] [ PubMed ]
  9. Model-assisted formate dehydrogenase-O (fdoH) gene knockout for enhanced succinate production in Escherichia coli from glucose and glycerol carbon sources.
    Bashir Sajo Mienda, Mohd Shahir Shamsir und Rosli Md. Illias
    [ DOI ] [ PubMed ]
  10. In silico deletion of PtsG Gene in Escherichia coli Genome Scale Model predicts Increased Succinate Production from Glycerol.
    Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, Volume 33, Issue 11, 2015.
    Bashir Sajo Mienda und Mohd Shahir Shamsir
    Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, Volume 34, Issue 11, 2016 
    [ DOI ] [ PubMed ]
  11. An overview of pathway prediction tools for synthetic design of microbial chemical factories.
    Bashir Sajo Mienda und Mohd Shahir Shamsir
    AIMS Bioengineering, 2(1), pp. 1 - 14, 2015.
    [ DOI ] [ PDF ]
  12. In silico Prediction of Escherichia coli Metabolic Engineering Capabilities for 1-butanol Production.
    Bashir Sajo Mienda und Mohd Shahir Shamsir
    Current Science, Volume 108, Number 4, 2015.
    [ DOI ] [ PDF ]
  13. Model-driven in silico glpC gene knockout predicts increased succinate production from glycerol in Escherichia coli.
    Bashir Sajo Mienda und Mohd Shahir Shamsir
    AIMS Bioengineering, 4(2), pp. 40 - 18,  2015.
    [ DOI ] [ PDF ]
  14. Escherichia coli genome-scale metabolic gene knockout of lactate dehydrogenase (ldhA), increases succinate production from glycerol.
    Bashir Sajo Mienda
    Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, Volume 36, Issue 14, 2018
    [ DOI ] [ PubMed ]
  15. Bio-succinic acid production: Escherichia coli strains design from genome-scale perspectives.
    Bashir Sajo Mienda und Faezah Mohd Salleh.
    AIMS Bioengineering 4(4), pp. 418 - 430, 2017.
    [ DOI ] [ PDF ]
  16. In silico Evaluation of the Effect of pfl Gene Knockout on the Production of ᴅ-lactate by Escherichia coli Genome Scale Model using the OptFlux Software Platform.
    Bashir Sajo Mienda, Mohd Shahir Shamsir und Faezah Mohd Salleh
    Indian Journal of Science & Technology 8(2), 172–177, January 2015.
    [ DOI ] [ PDF ]
  17. Model-guided in silico Overexpression of adhE Gene Predicts Increased Ethanol Production in Escherichia coli from Xylose.
    Bashir Sajo Mienda und Mohd Shahir Shamsir 
    Bioengineering and Bioscience 3(3): 39-43, 2015.
    [ DOI ] [ PDF ]
  18. In silico prediction of gene knockout candidates in Escherichia coli genome-scale model for enhanced succinic acid production from glycerol.
    Bashir Sajo Mienda und Mohd Shahir Shamsir
    Current Science, Volume 108, Number 6, 2015
    [ PDF ]
  19. Enhanced Succinic Acid Production in Escherichia coli by Model-Guided Metabolic Gene Knockout of pflA Using Glucose Carbon Source.
    Bashir Sajo Mienda
    Journal of Biotechnology & Bioresearch. 1(1): 2018.
    [ PDF ]
  20. Theoretical analyses on enantiospecificity of ʟ-2-haloacid dehalogenase (DehL) from Rhizobium sp. RC1 towards 2-chloropropionic acid.
    Aliyu Adamu,  Roswanira Abdul Wahab, Firdausi Aliyu, Fazira Ilyana Abdul Razak, Bashir Sajo Mienda, Mohd Shahir Shamsir und Fahrul Huyop.
    Journal of Molecular Graphics and Modelling 92 (2019) 131-139
    [ DOI ] [ PubMed ] [ PDF ]