• Die Evolution und der Naturschutz. Zum Verhältnis von Evolutionsbiologie, Ökologie und Naturethik. Campus, Frankfurt a.M. & New York 1999. PDF
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• Humanökologie. Springer Essentials. Springer, Heidelberg 2021 (zus. mit Bernd Herrmann und Bernhard Glaeser) https://www.springer.com/de/book/9783658329822

• Rieckmann, Marco, Bror Giesenbauer, Benjamin Nölting, Thomas Potthast & Claudia T. Schmitt (Hrsg.) Nachhaltige Entwicklung von Hochschulen. Erkenntnisse und Perspektiven zur gesamtinstitutionellen Transformation. Barbara Budrich, Leverkusen 2024, 233 p. https://shop.budrich.de/wp-content/uploads/2021/05/9783847416982.pdf
• Dussault, Antonie C. & Thomas Potthast (guest eds.) Holism and Organicism in Ecology ca. 1900-1960. Topical Collection in: History and Philosophy of the Life Sciences. 2020/2021 https://link.springer.com/journal/40656/topicalCollection/AC_f6f9c2d42f1cafcf569c913dbac4ef6e/page/1
• Kirchhoff, Thomas, Nicole C. Karafyllis, Dirk Evers, Brigitte Falkenburg, Myriam Gerhard, Gerald Hartung, Jürgen Hübner, Kristian Köchy, Ulrich Krohs, Thomas Potthast, Otto Schäfer, Gregor Schiemann, Magnus Schlette, Reinhard Schulz & Frank Vogelsang (eds.) Naturphilosophie. Ein Lehr- und Studienbuch. 2. aktualisierte Aufl., UTB/Mohr Siebeck, Tübingen 2020 (¹2017).
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• Brand, Cordula, Jessica Heesen, Birgit Kroeber, Uta Müller & Thomas Potthast (eds.) Ethik in den Kulturen – Kulturen in der Ethik. Tübinger Studien zur Ethik 8, NarrFranckeAttempto, Tübingen 2017, 465 S.
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• Charles Darwin und seine Bedeutung für die Wissenschaften. Attempto, Tübingen 2011 (zus. mit Eve-Marie Engels, Oliver Betz und Heinz-R. Köhler).
• Wem gehört der menschliche Körper? Ethische, rechtliche und soziale Aspekte der Kommerzialisierung des menschlichen Körpers und seiner Teile. Mentis, Paderborn 2010 (zus. mit Beate Herrmann und Uta Müller).
• Vilmer Thesen zu Grundsatzfragen des Naturschutzes (Vilmer Sommerakademien 2001-2010). BfN-Skriptenreihe 281, Bundesamt für Naturschutz, Bonn-Bad Godesberg 2010 (zus. mit Reinhard Piechocki, Konrad Ott und Norbert Wiersbinski).
• Pluralität in der Medizin – Werte, Methoden, Theorien. Lebenswissenschaften im Dialog, Band 6. Alber, Freiburg i. Br. 2008 (zus. mit Susanne Michl und Urban Wiesing).
• Biodiversität – Schlüsselbegriff des Naturschutzes im 21. Jahrhundert? Naturschutz und Biologische Vielfalt 48, Bundesamt für Naturschutz, Bonn 2007.
• Karl August Möbius: Die Auster und die Austernwirtschaft. Ostwalds Klassiker der exakten Wissenschaften, Band 268. Erweiterte Neuausgabe, Harri Deutsch, Frankfurt a.M. 2006.
• Ökologische Schäden – Begriffliche, methodologische und ethische Aspekte. Theorie in der Ökologie 10, Peter Lang, Frankfurt a.M. 2004.

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• Albiez, Marius & Thomas Potthast: Gemeinsam lernen, forschen, engagieren. Alles eins? In: Nils Neuber, Walther Paravicini & Martin Stein (Hrsg.) Forschendes Lernen. The Wider View. Eine Tagung des Zentrums für Lehrerbildung der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster vom 25. bis 27.09.2017. Schriften zur Allgemeinen Hochschuldidaktik. WTM-Verlag, Münster 2018: 139-142.
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• Jax, Kurt,  Melania Calestani, Kai M.A. Chan, Uta Eser, Hans Keune, Barbara Muraca, Liz O’Brien, Thomas Potthast, Lieske Voget-Kleschin & Heidi Wittmer: Caring for nature matters: a relational approach for understanding nature’s contributions to human well-being. Current Opinion in Environmental Sustainability 35: 22-29. https://doi.org/10.1016/j.cosust.2018.10.009
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• Unterweger Philipp, Niko Schrode, Thomas Potthast & Oliver Betz: Eine Problemfeldanalyse des urbanen Naturschutzes: Korrespondenz und Medienresonanz zur Arbeit der Initiative “Bunte Wiese - für mehr Artenvielfalt auf öffentlichem Grün” in Tübingen. Naturschutz und Landschaftsplanung 49 (2017): 245–251.
  108 Potthast, Thomas (2016): Atomausstieg und Energiewende – ethische Perspektiven. In: Ludwigs, Markus (Hrsg.): Der Atomausstieg und seine Folgen. Schriften zum Deutschen und Europäischen Infrastrukturrecht, Duncker & Humblot, Berlin 2016: 67-82.
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• Lebensführung (in) der Dialektik von Innenwelt und Umwelt – Jakob von Uexküll, seine philosophische Rezeption und die Transformation des Begriffs „Funktionskreis“ in der Ökologie. In: Karafyllis, Nicole C. (ed.) Das Leben führen? Das Konzept Lebensführung zwischen Technikphilosophie und Lebensphilosophie. Edition Sigma, Berlin 2014: 197-218.
• Werte und Wertewandel – Zur Verhandlung gesellschaftlicher Zukünfte. In: Faas, Stefan & Mirjana Zipperle (eds.) Sozialer Wandel. Herausforderungen für Kulturelle Bildung und Soziale Arbeit. Springer VS, Wiesbaden 2014: 25-35.
• Naturkatastrophen: Von der „Strafe Gottes“ zur „Rache der Natur“? Sünde, Schuld und Sühne unter den Bedingungen des Klimawandels. Natur und Landschaft 89(12) 2014: 510-515 (zus. mit Reinhard Piechocki).
• Bewertungsmaßstäbe des Naturschutzes unter Klimawandel. In: Essl Franz & Wolfgang Rabitsch (eds.): Biodiversität und Klimawandel – Auswirkungen und Handlungsoptionen für den Naturschutz in Mitteleuropa. Springer, Heidelberg 2013: 311-316.
• Biotechniken – Anthropotechniken – Eugenik: Über fröhliche Provokationen und ernste bioethische Fragen. In: Jan C. Joerden, / Eric Hilgendorf / Natalia Petrillo & Felix Thiele [Hrsg.]: Menschenwürde und Medizintechnik - Quo vadis? Nomos, Baden-Baden 2012, S. 427-450.
• Philosophische Perspektiven einer umweltgerechten Landwirtschaft. In: Carl-Friedrich Gethmann [Hrsg.]: Lebenswelt und Wissenschaft – XXI. Deutscher Kongress für Philosophie, 15.-19. September 2008. Deutsches Jahrbuch für Philosophie 2, Meiner, Hamburg 2011, S. 1249-1268.
• Darwin – Ökologie – Naturschutz: Historische, wissenschaftstheoretische und ethische Dimensionen. In: Eve-Marie Engels / Oliver Betz / Heinz-R. Köhler & Thomas Potthast [Hrsg.]: Charles Darwin und seine Bedeutung für die Wissenschaften. Attempto, Tübingen 2011, S. 121-144.
• Familie – Gattung – Spezies? Überlegungen zu Klassifikationsbegriffen „des Menschen“ zwischen Biologie, Logik und Ontologie. In: Peter Dabrock / Ruth Denkhaus & Stephan Schaede [Hrsg.]: Gattung Mensch – Interdisziplinäre Perspektiven. Mohr Siebeck, Tübingen 2010, S. 17-31.
• Zus. mit Uwe Hossfeld: Vererbungs- und Entwicklungslehren in Zoologie, Botanik und Rassenkunde/Rassenbiologie: Zentrale Forschungsfelder der Biologie an der Universität Tübingen im Nationalsozialismus. In: Urban Wiesing / Klaus-Rainer Brintzinger / Bernd Grün / Horst Junginger & Susanne Michl [Hrsg.]: Die Universität Tübingen im Nationalsozialismus. Contubernium 73, Steiner, Stuttgart 2010, S. 431-478.
• Wer Visionen hat, sollte (auch) zur Ethik gehen – Wissenschafts- und technikethische Aspekte der Nanotechnologien. In: Ferrari, Arianna / Stefan Gammel [Hrsg.] Visionen der Nanotechnologie. Akademische Verlagsgesellschaft, Heideberg 2009, S. 229-242.
• Paradigm shifts vs. fashion shifts? Systems and synthetic biology as new epistemic entities in understanding and making “life”. EMBO Reports 10 (Special Issue) 2009: 51-54.
• Bioethik als inter- und transdisziplinäre Unternehmung. In: Brand, Cordula, Eve-Marie Engels, Arianna Ferrari & Laszlo Kovacs [Hg.] Wie funktioniert Bioethik? Interdisziplinäre Entscheidungsfindung im Spannungsfeld von theoretischem Begründungsanspruch und praktischem Regelungsbedarf. Mentis, Paderborn 2008, S. 255-277.
• Was bedeutet "Leitwissenschaft"? Und übernehmen Biologie oder die "Lebenswissenschaften" diese Funktion für das 21. Jahrhundert? In: Berendes, Jochen [Hg.] Autonomie durch Verantwortung. Impulse für die Ethik in den Wissenschaften, Mentis, Paderborn 2007, S. 285-318.
• Naturschutz und Naturwissenschaft – Symbiose oder Antagonismus? Zur Beharrung und zum Wandel prägender Wissensformen vom ausgehenden 19. Jahrhundert bis in die Gegenwart. In: Frohn, Hans-Werner & Friedemann Schmoll: [Hg.] Natur und Staat. Staatlicher Naturschutz in Deutschland 1906 – 2006. Bundesamt für Naturschutz, Bonn 2006, S. 343-444.
• Justifying and discovering the nature of ecosystems in Anglo-American and Continental Contexts: From concepts to objects and vice-versa. In: Jutta Schickore & Friedrich Steinle [eds.] Revisiting discovery and justification, Archimedes Series, Cambridge MA, MIT-Press 2006, S. 197-214.
• Moral der Experten und Experten der Moral - Zum Ethikdiskurs in der Grünen Gentechnik. In: Katja Becker-Brandenburg, Eva-Maria Engelen & Vilos Vec [Hg.] Ethisierung-Ethikferne: Wieviel Ethik braucht die Wissenschaft? Akademie-Verlag, Berlin 2003, S. 52-70.
• Wissenschaftliche Ökologie und Naturschutz - Szenen einer Annäherung. In: Joachim Radkau & Frank Uekötter [Hg.] Naturschutz und Nationalsozialismus. Campus, Frankfurt a.M. 2003, S. 225-254.
• Gefährliche Ganzheitsbetrachtung oder geeinte Wissenschaft von Leben und Umwelt? Epistemisch-moralische Hybride in der deutschen Ökologie 1925-1955. In: Verhandlungen zur Geschichte und Theorie der Biologie 7, Verlag für Wissenschaft und Bildung, Berlin 2001: 91-114.
• Transgenic Organisms and Evolution: Ethical Implications. In: Jürgen Tomiuk, Klaus Wöhrmann & Andreas Sentker [eds.] Transgenic Organisms - Biological and Social Implications. Birkhäuser, Basel 1996, S. 227-240.
• Inventing Biodiversity: Genetics, Evolution, and Environmental Ethics. Biologisches Zentralblatt 115(2) 1996: 177-185.

Maximilian Irion: Nachhaltig, interdisziplinär, effektiv? Eine Wirksamkeitsüberprüfung von Angeboten des BNE-Zertifikatsprogramms Studium Oecologicum der Universität Tübingen (Empirische Bildungsforschung, Co-Betreuung: Benjamin Nagengast und Christiane Bertram)

Maria Oguche: Implications and trade-offs of livestock intensification in Sub-Saharan Africa – the case of Nigeria (Universität Hohenheim, Co-Betreuung: Mizeck Chagunda und Regina Birner)

Kerstin Schopp: Smallholder farmers’ visions of sustainable land use and a sustainable bioeconomy.

Vanessa Weihgold: Zeigen ökologische Emotionen einen Kulturkonflikt? (Co-Betreuung: Sebastian Hüsch, Univ. Aix-Marseille).

Sandy Manton: Campus goes CO2050: Die Ableitung eines modellhaften Umsetzungsplans für die Erreichung der Klimaschutzziele 2050 des Landes Baden-Württemberg mithilfe eines energetischen Flächennutzungsplans (E-FNP) am Beispiel des Gebäudebestandes der Universität Tübingen (2023). http://hdl.handle.net/10900/145983

Leonie Bossert: Gemeinsame Zukunft für Mensch und Tier – Eine sentientistisch-tierethische Perspektive auf Nachhaltige Entwicklung (2021), Publikation bei Nomos/Karl Alber Verlag, Baden-Baden 2022.

Robert Ranisch: Kritik der liberalen Eugenik – Ethik und Ideengeschichte der selektiven Reproduktion (2018, Univ. Düsseldorf, Erstbetreuer: Dieter Birnbacher). Publikation: Liberale Eugenik? Kritik Reproduktion, Metzler: Berlin 2021.

Johannes-Georg Lundershausen: Engaging Anthropocene Science: Perspectives on the role of geoscientific practices in Anthropocene debates (2018)

Philipp Andreas Unterweger: Naturschutz in der Stadt: Tierökologische und naturästhetische Untersuchungen auf naturnahen öffentlichen Grünflächen im Stadtgebiet Tübingens (2018, Erstbetreuung: Oliver Betz)

Leona Litterst: Leben aus dem Labor? Ethische Aspekte der Synthetischen Biologie (2017). Publikation: Neues Leben aus dem Labor. Biowissenschaftliche und ethische Aspekte der Synthetischen Biologie, Springer VS, Wiesbaden 2018.

Jutta Krautter: Mediale Thematisierung von Neuro-Enhancement – Wie (latente) Welt- und Menschenbilder unsere Wege und Ziele der Selbstgestaltung beeinflussen. Eine kritische Medienanalyse aus rhetorischer und ethischer Sicht (2017, Erstbetreuer: Dietmar Till, Co-Betreuerin: Eve-Marie Engels)

Sebastian Schleidgen: Die Rolle des Vorsorgeprinzips für nachhaltige Entwicklung: Eine ethische Analyse anhand exemplarischer Betrachtungen von Entscheidungen über Xenotransplantationen und Biobanken (2017, Erstbetreuerin: Eve-Marie Engels)

Sebastian Schuol: Konsequenzen eines erweiterten Genbegriffs. Eine Untersuchung der theoretischen Grundlagen einer Ethik der Genetik aus der Perspektive der Epigenetik (2016, Erstbetreuerin: Eve-Marie Engels). Publikation: Das regulierte Gen. Implikationen der Epigenetik für Biophilosophie und Bioethik. Alber: Freiburg/München 2017.

Niklas Schwarz: Wie kann auf der Grundlage von Kants Kritik der teleologischen Urteilskraft eine biozentrische Position entwickelt werden? M.A. Philosophie (Co-Betreuung mit Ulrisch Schlösser)

Amelie Schönhaar: ‚Bildungsraumplanung‘ im Kontext einer transformativen (H)BNE – Integration bestehender Ansätze und Transfer für ein Planungstool zur Entwicklung von Bildungskonzeptionen und Curricula für die Programmplanungspraxis (2021, Erziehungswissenschaft, Co-Betreuung mit Sabine Schöb).

Miriam Gerstberger: Sustainable Agriculture in Germany – a Bioethical Evaluation of Potentials and Limits of New Genome Editing Methods for different Approaches in Organic Farming (2020).

Hilani Benz: Planetare Grenzen berücksichtigen für eine menschenwürdige Erde – Zur Moralität der Suffizienz in einer konsumorientierten Gesellschaft (2020, Zulassungsarbeit Staatsexamen).

Sarah Bühner: Ethische Aspekte des Umgangs mit dem Wolf in Deutschland (2020, Zulassungsarbeit Staatsexamen).

Cosima Elena Rzehak: Transhumanismus als multiperspektivisches Reflexionsfeld der Philosophie/Ethik (2020, Zulassungsarbeit Staatsexamen).

Florian Funer: Die normativ-ethische Bedeutung der Konzepte von Schmerz und Leid – Notwendige Reflexionen und weiterführende Implikationen (2019).

Lena Schlegel: Decarbonising the Human. A Posthumanist epistemic critique and more-than-human ethics for low-carbon transitions (2019, Politikwissenschaft, Co-Betreuung mit Thomas Nielebock).

Mirjam F. Schundelmeier: Anwendung der substantiellen Regeln des integrativen Nachhaltigkeitskonzepts auf All-Polymer organische Solarzellen (2019, Zulassungsarbeit Staatsexamen).

Matthias Böhm: Ökologische Schuld-Gefühle – Umweltethische Dilemmata und die moralphilosophische Relevanz einer substantiellen Einheit der Schuld (2018, Literatur- und Kulturtheorie).

Carla Pasqua Herth: Potenziale Solidarischer Landwirtschaft für Naturschutz in Süddeutschland (2016, Geoökologie, Co-Betreuung mit Claudia Bieling/Univ. Hohenheim).

Aliessa-Alana Bernhardt: Euthanasie in der ethischen Diskussion – Legitime Eingriffe in das menschliche Leben? (2016, Zulassungsarbeit Staatsexamen)

Matthias Böhm: ‘Schuld und Sühne‘ – Folgen des moralischen Residuums eines ökologischen Dilemmas (2016, Zulassungsarbeit Staatsexamen).

Jessie-Philipp Reyes: Die Notwendigkeit der Ethik im Sport – Doping im Leistungssport als ethisches Problem (2016, Zulassungsarbeit Staatsexamen).

Moritz Sperlich: Wie kann ein Modul zu Wildbienen das situationale Interesse von Schülerinnen und Schülern an Biologie und der Erhaltung der Artenvielfalt erhöhen? B.Ed. Biologie 2024.

Leonie Sohr: Phosphonate in Waschmitteln – Anwendung des Vorsorgeprinzips auf kritische Umweltabbauprodukte, B.Ed. Philosophie/Ethik 2023.

Johannes Benjamin Hagemann: Ethische Aspekte der ökonomischen Bewertung von Biodiversität – Perspektiven und Schlussfolgerungen für die europäische Landwirtschaft, B.Sc. Biologie 2022

Stefan Pfizenmayer: Welches Umweltmanagementsystem oder welcher Umweltmanagementansatz eignet sich für die Franckh-Kosmos Verlags-GmbH & Co. KG?   B.Sc. Umweltnaturwissenschaften 2022.

Tobias Bruns: Neuroethische Perspektiven zu den Persönlichkeitsveränderungen im Kontext von Psilocybintherapie (2021).

Larissa Wissert: Elektromobilität um jeden Preis? Betrachtung und Bewertung der ökologischen Konsequenzen des Lithiumabbaus am Salar de Atacama vor dem Hintergrund der Konzeption „Starker Nachhaltigkeit“ (2020).

Jennifer Krell: Klimaschutzmanagement - Bausteine für ein klimaneutrales Gebäudemanagement (2020) (Umweltnaturwissenschaften, Co-Betreuung mit Martin Kreeb).

Isabell Milinović: In-vitro Fleisch: eine ethisch gut begründete Alternative gegenüber Fleisch aus konventioneller, an Massenproduktion orientierter Landwirtschaft? (2019).

Laura Aniela Bon: Von den Werten der Natur – Ansätze zu einer neuen Axiologie jenseits der Dichotomie von Anthropozentrik und Physiozentrik (2018).

Veronika Schroth: Was ist das Produkt anthropogener Evolution? Und was bedeutet dies für den Menschen und andere Lebewesen? (2017)

Dorothee Stiriz: Besitzen Wissenschaftler, die im Bereich des Umwelt- und Naturschutzes tätig sind, eine besondere moralische Verantwortung in Bezug auf ihre Mitmenschen und die Natur? (2016).