Alumni

Mitarbeit: September 2017 bis Juni 20224

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Mitarbeit: Oktober 2020 bis August 2022

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Dozent für Systembiologie
Biotechnologe

Mitarbeit: September 2020 bis Februar 2021

b.miendaspam prevention@fud.edu.ng

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Mitarbeit

Januar 2019 bis März 2022

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MSc in Informatik
Sand 14 ⋅ Raum C107
72076 Tübingen

 +49-7071-29-70452
 +49-7071-29-5152
mahdi.sadeghispam prevention@uni-tuebingen.de

Mitarbeit

Dezember 2019 bis Mai 2020

Projekt

Entwicklung essentieller Software- und Ressourcen für die Wissenschaftsgemeinschaft zur systembiologischen Modellierung mittels Java™

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MSc in Bioinformatik
Sand 14 ⋅ Raum C107
72076 Tübingen

 +49-7071-29-70452
 +49-7071-29-5152
thorsten.tiedespam prevention@gmail.com

Mitarbeit

Dezember 2019 bis April 2020

Projekt

Entwicklung essentieller Software- und Ressourcen für die Wissenschaftsgemeinschaft zur systembiologischen Modellierung mittels Java™

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Diplom Biologe (t.o.)

Mitarbeit

November 2016 bis November 2019

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Persönliche Webseite
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Mitarbeit: November 2022 bis Dezember 2023

Kontakt

fatma-ece.altinisik-kayaspam prevention@student.uni-tuebingen.de
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These

Analyse metabolischer Phänotypen von Staphylococcus capitis mittels restriktionsbasierter Modellierung

Mitarbeit: Januar bis September 2023
Abschluss: 23. Mai 2023

Mentorin

Nantia Leonidou

Kontakt

anna.lefarovaspam prevention@student.uni-tuebingen.de

Mitarbeit: August bis Dezember 2022

Kontakt

catalina.schlottererspam prevention@student.uni-tuebingen.de

Mitarbeit: Mai 2022 bis August 2022

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GitHub

Kontakt

dario.eltznerspam prevention@student.uni-tuebingen.de

Mitarbeit: April 2020 bis Juli 2022

These

Modellierung und Visualisierung von spezifischen Resistenzmechanismen in Pseudomonas aeruginosa

Abschluss: September 2019

Mitarbeit: seit August 2021 bis Februar 2022

Arbeit am Rekonstruktion von Corynebacterium Tuberculostearicum

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Mitarbeit: seit September 2020 bis Februar 2022

Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von D. pigrum und S. aureus

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Mitarbeit: seit September 2021 bis Januar 2022

Arbeit am Rekonstruction von Corynebacterium accolens

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Mitarbeit: seit September 2021 bis Januar 2022

Arbeit am Rekonstruktion von Corynebacterium accolens

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Bioinformatik-Master

Mitarbeit: seit September 2020 bis April 2021

Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von H. influenzae und S. aureus

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Studienfach: Bioinformatik

These

Visuelle Analyse simulierter Flussverteilungen basierend auf extrazellulären metabolomischen Messungen

Verteidigung:
15. September 2020 um 11:30 per Zoom

Mitarbeit:
Januar und Februar 2021

Medizinalinformatik-Master

Mitarbeit: September 2020 bis November 2020

Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von S. epidermidis und S. aureus, M. catarrhalis und S. aureus

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Studienfach: Bioinformatik

These

Rekonstruktion und Analyse von Staphylococcus epidermidis

Verteidigung:
16. Juni 2020

Mitarbeit

März 2020 bis September 2020

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Bioinformatik-Bachelor

Mitarbeit:

• Mai 2016 bis Februar 2018
• seit November 2019

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Studienfach:
Informatik

Mitarbeit:
November 2019 bis Mai 2020

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Studienfach:
Bioinformatik

Mitarbeit:
Oktober 2019 bis April 2020

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MSc in Biologie

Studienfach: Bioinformatik

Mitarbeit:
Oktober 2019

Studienfach:
Kognitionswissenschaft

Mitarbeit:
April bis August 2019

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Studienfach:
Kognitionswissenschaft

Mitarbeit:
Seit November 2018

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Bioinformatik-Bachelor

Mitarbeit:
November 2017 bis Februar 2018

These

Development of an interactive graphical editor for systems biology models

Abschluss: September 2017

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Medieninformatik-Bachelor

Mitarbeit:
Mai bis August 2016

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Thema

Rekonstruktion eines Stoffwechselmodells für Streptococcus sanguinis

Mitarbeit seit: September 2023
Voraussichtlicher Abschluss: April 2024

Kontakt

tobias.fehrenbachspam prevention@student.uni-tuebingen.de

These

Rekonstruction von Corynebacterium striatum KC-Na-01
Mitarbeit seit: November 2020
Abschluss: Mai 2023

Mentoren

Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Simon Heilbronner

Kontakt

famke.baeuerlespam prevention@student.uni-tuebingen.de

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Studienfach: Bioinformatik

Mitarbeit: September 2020 bis November 2020 und Oktober 2021 bis Dezember 2021

Arbeit am Dynamische Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Thesen

Visuelle Analyse klinischer Multiomikdaten in biologischen Netzwerken
Kobetreuer der These: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone
Abschluss: 19. November 2019 um 10 Uhr c.t. in C109

Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Proteus vulgaris

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These

Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Staphylococcus lugdunensis

Mentor

Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Abschluss: Dezember 2021

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Studienfach: Molekulare Medizin

Forschungsprojekt

Rekonstruktion von Corynebacterium striatum

Verteidigung:
2. Juni 2020

B.Sc. in Computerlinguistik

Forschungsprojekt

Graphischer Editor für systembiologische Modelle

Verteidigung:
5. Mai 2020

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Studienfach: Molekulare Medizin

Forschungsprojekt

Rekonstruktion von Dolosigranulum pigrum

Verteidigung:
16. März 2020

Studienfach: Bioinformatik

Forschungsprojekt

Rekonstruktion von Moraxella catarrhalis BBH18

Verteidigung:
10. September 2019, 10:45 Uhr in C118a

Studienfach: Biologie

These

Genome-scale metabolic network reconstruction of the pathogen Treponema pallidum ssp. pallidum

Abschluss: September 2018

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Studienfach: Bioinformatik

These

Representation of ME-models in SBML

Abschluss: Juni 2018

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Thema

Entschlüsselung des Stoffwechsels von Staphylococcus warneri durch Systembiologie

Mitarbeit : November 2023 - März 2024

Mentorin

Nantia Leonidou

Kontakt

sophia.krappenspam prevention@student.uni-tuebingen.de

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These

Rekonstruktion eines genome-scaligen metabolischen Netzwerks von Staphylococcus lugdunensis N920143
Mitarbeit: April bis September 2022

Mentoren

Nantia Leonidou, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Kontakt

selin.sahinspam prevention@student.uni-tuebingen.de

These

Ein genomskaliges Stoffwechselmodell für Klebsiella pneumoniae HS11286
Mitarbeit: Mai bis August 2022
Abschluss: 22. August 2022

Mentoren

Nantia Leonidou, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Kontakt

meike.lipsspam prevention@student.uni-tuebingen.de

These

Genomskalige Stoffwechselmodellierung von Acinetobacter baumannii ATCC 17978
Mitarbeit seit: März 2022
Abschluss: 22. August 2022

Mentoren

Nantia Leonidou, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Kontakt

yufan.xiaspam prevention@student.uni-tuebingen.de

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These

Erforschung von Finegoldia magna ATCC 29328 in seiner nasalen Umgebung
Mitarbeit seit: September 2021
Voraussichtlicher Abschluss: Februar 2022

Mentorin

Nantia Leonidou

Kontakt

josua.carlspam prevention@student.uni-tuebingen.de

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GitHub

These

Rekonstruction von Corynebacterium simulans PES1
Mitarbeit seit: May 2021
Voraussichtlicher Abschluss: September 2021

Mentorin

Dr. Reihenah Mostolizadeh

Kontakt

jan-philipp.leuschspam prevention@student.uni-tuebingen.de

Studienfach: Bioinformatik

These

Automatisierte Zuweisung von SBO-Ausdrücken

Voraussichtlicher Abschluss:
September 2020

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Studienfach: Medizininformatik

These

Optimiertes Layouting biologischer Netzwerke für vergleichende visuelle Analyse

Verteidigung:
2. Juni 2020

Kontakt

ebru.cobanogluspam prevention@student.uni-tuebingen.de

Studienfach: Bioinformatik

These

Herleitung von Gen-Protein-Reaktionsregeln

Verteidigung:
5. Mai 2020

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Studienfach: Informatik

These

Erweiterung des genomskaligen Modells von Haemophilus influenzae

Abschluss: September 2019

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Studienfach: Informatik

These

Entwicklung eines Plugins für das Insilico-Framework zur visuellen Analyse von Simulationen biologischer Systeme
Abschluss: Juni 2019

Forschungsprojekt

What makes a review helpful or funny?

Mentoren:
Markus Viggiato, Prof. Dr. Cor-Paul Bezemer, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Abschluss: November 2019

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Studienfach: Bioinformatik

These

Entwicklung eines Editors für großskalige biochemische Modelle

Abschluss: März 2019

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Studienfach: Bioinformatik

These

Valiation and Simulation of Qualitative Models

Abschluss: Februar 2018

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Studienfach: Kognitionswissenschaft

These

Dynamic visualization of metabolic networks

Abschluss: September 2017

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Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)

Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee, Indien

Projekt

Simulation systembiologischer Modelle in Java™: Unterstützung neuer Funktionen

Mitarbeit: Mai bis September 2020

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Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Matthias König, Mykola Zakharchuk und Shalin Shah

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Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)

Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee, Indien

Projekt

Implementatierung eines Konverters zwischen SBML und JSON sowie eines JSON-Schemas zur verlustfreien Repräsentation von SBML-Modellen

Kontakt: hemantspam prevention@cs.iitr.ac.in

Mitarbeit: Mai bis September 2020

Mentoren

Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Matthias König, Lucian P. Smith und Sarah M. Keating

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Studienfach: Technische Informatik (B.Sc.)
Affiliation: Vishwakarma Institute of Technology, Pune

Projekt

Erstellsystem für das Plugin-Framework “InSilico”
Quellcode auf GitHub

Mitarbeit: April bis September 2019

Mentoren

Roman Schulte, Jun.-Prof. Andreas Dräger

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Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)
Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee

Projekt

Erweiterung von ModelPolisher zu einem universellen Annotationswerkzeug für systembiologische Modelle
Quellcode auf GitHub

Mitarbeit: April bis September 2019

Mentoren

Jun.-Prof. Andreas Dräger,
Thomas J. Zajac, Dr. Matthias König

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Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)
Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee

Projekt

Validierung räumlicher Modelle der Systembiologie in Java™
Quellcode auf GitHub

Mitarbeit: April bis September 2019

Mentoren

Nicolas Rodriguez, Thomas M. Hamm und Lucian P. Smith, Ph.D.

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Angestreber Abschluss: Ph.D.

Affiliation: Duke-Universität, Abteilung für Elektro- und Rechnertechnik, NC, USA

Projekt

Simulation systembiologischer Modelle in Java™

Mitarbeit: April bis August 2018

Mentoren

Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Dr. Matthias König

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Aktuelle Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter

Affiliation: Keio-Universität, Institut für Biowissenschaften und Informatik

Projekt

Develop a web service which provides simulation / steady state analysis / parameter estimation with SBML models

Mitarbeit: April bis August 2017

Mentoren

Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Kaito Ii und Dr. Matthias König

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ResearchGate
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Studienfach: Informatik

These

InSilico - Concept of a Modular Research Environment
Abschluss: August 2018

Projekt im Google Summer of Code 2016

JSBML Validation System

Mentoren:
Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Sarah M. Keating, Dr. Michael Hucka und Nicolas Rodriguez

Mitarbeit: Mai bis August 2016

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Persönliche Webseite

Position: wissenschaftliche Mitarbeiterin

Affiliation: Universität von Utah zu Salt Lake City, UT, USA

Projekt

Interconversion between the systems biology modeling formats SBML and BioPAX

Mitarbeit: Mai bis August 2016

Mentoren

Dr. Michael Hucka, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Prof. Dr. Chris J. Myers,  Prof. Dr. Akira Funahashi und Nicolas Rodriguez

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Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter

Affiliation: Russisch-Armenische Universität zu Jerewan, Armenien

Projekt

Java support for Deviser, a code generation system for SBML libraries

Mitarbeit: May bis August 2016

Mentoren

Dr. Frank T. Bergmann, Dr. Sarah M. Keating, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Nicolas Rodriguez

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Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter

Affiliation: Keio-Universität, Institut für Bioswissenschaften und Informatiks, Japan

Projekt

Interconvertible Layout software for CellDesigner

Mitarbeit: Mai bis August 2016

Mentoren

Prof. Dr. Akira Funahashi, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Nicolas Rodriguez und Dr. Michael Hucka

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Studienfach: Informationstechnologie und Mathematik

Affiliation: Universität Delhi, Delhi, Indien

Projekt

Visual Biology with Escher

Mitarbeit: Mai bis August 2016

Mentoren

Zachary A. King und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

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