Alumni

Ehemalige Mitarbeiter und Studenten der Arbeitsgruppe

Postdoktoranden

Dr. Martina Feierabend

Postdoktorandin

Mitarbeit: Oktober 2020 bis August 2022

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Dr. Bashir Sajo Mienda

Dozent für Systembiologie
Biotechnologe

Mitarbeit: September 2020 bis Februar 2021

b.miendaspam prevention@fud.edu.ng

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Wissenschaftliche Mitarbeiter

Dr. rer. nat. Alina Renz

M.Sc. in Bioinformatik

Mitarbeit

Januar 2019 bis März 2022

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Mahdi Sadeghi

MSc in Informatik
Sand 14 ⋅ Raum C107
72076 Tübingen

 +49-7071-29-70452
 +49-7071-29-5152
mahdi.sadeghispam prevention@uni-tuebingen.de

 

Mitarbeit

Dezember 2019 bis Mai 2020

Projekt

Entwicklung essentieller Software- und Ressourcen für die Wissenschaftsgemeinschaft zur systembiologischen Modellierung mittels Java™

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Thorsten Tiede

MSc in Bioinformatik
Sand 14 ⋅ Raum C107
72076 Tübingen

 +49-7071-29-70452
 +49-7071-29-5152
thorsten.tiedespam prevention@gmail.com

Mitarbeit

Dezember 2019 bis April 2020

Projekt

Entwicklung essentieller Software- und Ressourcen für die Wissenschaftsgemeinschaft zur systembiologischen Modellierung mittels Java™

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Thomas M. Hamm

Diplom Biologe (t.o.)

Mitarbeit

November 2016 bis November 2019

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Persönliche Webseite
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Wissenschaftliche Hilfskräfte

Catalina S. Schlotterer

B.Sc. in Bioinformatik

Mitarbeit: August bis Dezember 2022

Kontakt

catalina.schlottererspam prevention@student.uni-tuebingen.de

Dario Eltzner

B.Sc. in Bioinformatik

Mitarbeit: Mai 2022 bis August 2022

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GitHub

Kontakt

dario.eltznerspam prevention@student.uni-tuebingen.de

Eike Pertuch

B.Sc. in Bioinformatik

Mitarbeit: April 2020 bis Juli 2022

These

Modellierung und Visualisierung von spezifischen Resistenzmechanismen in Pseudomonas aeruginosa

Abschluss: September 2019

Finn Mier

B.Sc. in Bioinformatik

Mitarbeit: seit August 2021 bis Februar 2022

Arbeit am Rekonstruktion von Corynebacterium Tuberculostearicum

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Manuel Glöckler

B.Sc. in Bioinformatik

Mitarbeit: seit September 2020 bis Februar 2022

Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von D. pigrum und S. aureus

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Theresa Störiko

B.Sc. in Bioinformatik

Mitarbeit: seit September 2021 bis Januar 2022

Arbeit am Rekonstruction von Corynebacterium accolens

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Leon van Ess

B.Sc. in Bioinformatik

Mitarbeit: seit September 2021 bis Januar 2022

Arbeit am Rekonstruktion von Corynebacterium accolens

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Oskar Wacker

Bioinformatik-Master

Mitarbeit: seit September 2020 bis April 2021

Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von H. influenzae und S. aureus

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

 

Constantin Holzapfel

Studienfach: Bioinformatik

These

Visuelle Analyse simulierter Flussverteilungen basierend auf extrazellulären metabolomischen Messungen

Verteidigung:
15. September 2020 um 11:30 per Zoom

Mitarbeit:
Januar und Februar 2021

 

Najia Ahmadi

Medizinalinformatik-Master

Mitarbeit: September 2020 bis November 2020

Arbeit am Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft von S. epidermidis und S. aureus, M. catarrhalis und S. aureus

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Anastasiia Grekova

Studienfach: Bioinformatik

These

Rekonstruktion und Analyse von Staphylococcus epidermidis

Verteidigung:
16. Juni 2020

Mitarbeit

März 2020 bis September 2020

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Thomas J. Zajac

Bioinformatik-Bachelor

Mitarbeit:

  • Mai 2016 bis Februar 2018
  • seit November 2019
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Onur Özel

Studienfach:
Informatik

Mitarbeit:
November 2019 bis Mai 2020

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David E. Vetter

Studienfach:
Bioinformatik

Mitarbeit:
Oktober 2019 bis April 2020

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Antonia I. Schuster

MSc in Biologie

Studienfach: Bioinformatik

Mitarbeit:
Oktober 2019

Maria E. Heitmeier

Studienfach:
Kognitionswissenschaft

Mitarbeit:
April bis August 2019

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Anton J. Rabe

Studienfach:
Kognitionswissenschaft

Mitarbeit:
Seit November 2018

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Christoph Blessing

Bioinformatik-Bachelor

Mitarbeit:
November 2017 bis Februar 2018

These

Development of an interactive graphical editor for systems biology models

Abschluss: September 2017

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Veronika Kohler

Medieninformatik-Bachelor

Mitarbeit:
Mai bis August 2016

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Masterstudenten

Manuel O. Harke

Studienfach: Bioinformatik

Mitarbeit: September 2020 bis November 2020 und Oktober 2021 bis Dezember 2021

Arbeit am Dynamische Modell der mikrobiellen Lebensgemeinschaft

Mentorin

Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Thesen

Visuelle Analyse klinischer Multiomikdaten in biologischen Netzwerken
Kobetreuer der These: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone
Abschluss: 19. November 2019 um 10 Uhr c.t. in C109

Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Proteus vulgaris

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Austėja Sungailaitė

B.Sc. in Molekularbiologie

Tanja Urz

Studienfach: Molekulare Medizin

Forschungsprojekt

Rekonstruktion von Corynebacterium striatum

Verteidigung:
2. Juni 2020

 

Marietta Hamberger

B.Sc. in Computerlinguistik

Forschungsprojekt

Graphischer Editor für systembiologische Modelle

Verteidigung:
5. Mai 2020

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Lina Widerspick

Studienfach: Molekulare Medizin

Forschungsprojekt

Rekonstruktion von Dolosigranulum pigrum

Verteidigung:
16. März 2020

 

Pia Rautenstrauch

Studienfach: Bioinformatik

Forschungsprojekt

Rekonstruktion von Moraxella catarrhalis BBH18

Verteidigung:
10. September 2019, 10:45 Uhr in C118a

 

Silvia Morini

Studienfach: Biologie

These

Genome-scale metabolic network reconstruction of the pathogen Treponema pallidum ssp. pallidum

Abschluss: September 2018

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Marc Alexander Voigt

Studienfach: Bioinformatik

These

Representation of ME-models in SBML

Abschluss: Juni 2018

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Bachelorstudenten

Meike Lips

Studienfach: Bioinformatik

Yufan Xia

Studienfach: Bioinformatik

Josua Carl

Studienfach: Bioinformatik

These

Erforschung von Finegoldia magna ATCC 29328 in seiner nasalen Umgebung
Mitarbeit seit: September 2021
Voraussichtlicher Abschluss: Februar 2022

Mentorin

Nantia Leonidou

Kontakt

josua.carlspam prevention@student.uni-tuebingen.de

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Jan-Philipp Leusch

Studienfach: Bioinformatik

These

Rekonstruction von Corynebacterium simulans PES1
Mitarbeit seit: May 2021
Voraussichtlicher Abschluss: September 2021

Mentorin

Dr. Reihenah Mostolizadeh

Kontakt

jan-philipp.leuschspam prevention@student.uni-tuebingen.de

Elisabeth Fritze

Studienfach: Bioinformatik

These

Automatisierte Zuweisung von SBO-Ausdrücken

Voraussichtlicher Abschluss:
September 2020

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Ebru Cobanoglu

Manuel Dienert

Studienfach: Bioinformatik

These

Herleitung von Gen-Protein-Reaktionsregeln

Verteidigung:
5. Mai 2020

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Niklas Henle

Studienfach: Informatik

These

Erweiterung des genomskaligen Modells von Haemophilus influenzae

Abschluss: September 2019

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Robert Deibel

Studienfach: Bioinformatik

These

Entwicklung eines Editors für großskalige biochemische Modelle

Abschluss: März 2019

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Lisa Falk

Studienfach: Bioinformatik

These

Valiation and Simulation of Qualitative Models

Abschluss: Februar 2018

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Lea F. Buchweitz

Studienfach: Kognitionswissenschaft

These

Dynamic visualization of metabolic networks

Abschluss: September 2017

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Externe Studenten

Mehrere Softwareprodukte der Arbeitsgruppe werden wiederholt durch die Programme Google Summer of Code sowie der NRNB Academy gefördert. Dadurch können immer wieder internationale Studenten in das Team eingebunden werden, um aktiv an der Entwicklung quelloffener Software mitzuwirken.

Google Summer of Code 2020

Hemil Panchiwala

Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)

Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee, Indien

Projekt

Simulation systembiologischer Modelle in Java™: Unterstützung neuer Funktionen

Mitarbeit: Mai bis September 2020

Mentoren

Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Matthias König, Mykola Zakharchuk und Shalin Shah

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Google Summer of Code 2019

Nikhil Ghodke

Studienfach: Technische Informatik (B.Sc.)
Affiliation: Vishwakarma Institute of Technology, Pune

Projekt

Erstellsystem für das Plugin-Framework “InSilico”
Quellcode auf GitHub

Mitarbeit: April bis September 2019

Mentoren

Roman SchulteJun.-Prof. Andreas Dräger

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Kaustubh Trivedi

Bhavye Jain

Studienfach: Informatik und Ingenieurwesen (B. Tech.)
Affiliation: Indian Institute of Technology, Roorkee

Projekt

Validierung räumlicher Modelle der Systembiologie in Java™
Quellcode auf GitHub

Mitarbeit: April bis September 2019

Mentoren

Nicolas Rodriguez, Thomas M. Hamm und Lucian P. Smith, Ph.D.

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Google Summer of Code 2018

Shalin Shah

Angestreber Abschluss: Ph.D.

Affiliation: Duke-Universität, Abteilung für Elektro- und Rechnertechnik, NC, USA

Projekt

Simulation systembiologischer Modelle in Java™

Mitarbeit: April bis August 2018

Mentoren

Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Dr. Matthias König

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Google Summer of Code 2017

Takahiro G. Yamada

Aktuelle Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter

Affiliation: Keio-Universität, Institut für Biowissenschaften und Informatik

Projekt

Develop a web service which provides simulation / steady state analysis / parameter estimation with SBML models

Mitarbeit: April bis August 2017

Mentoren

Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Kaito Ii und Dr. Matthias König

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Google Summer of Code 2016

Roman Schulte

Studienfach: Informatik

These

InSilico - Concept of a Modular Research Environment
Abschluss: August 2018

Projekt im Google Summer of Code 2016

JSBML Validation System

 

Mentoren:
Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Sarah M. Keating, Dr. Michael Hucka und Nicolas Rodriguez

Mitarbeit: Mai bis August 2016

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Tramy Nguyen

Position: wissenschaftliche Mitarbeiterin

Affiliation: Universität von Utah zu Salt Lake City, UT, USA

Projekt

Interconversion between the systems biology modeling formats SBML and BioPAX

Mitarbeit: Mai bis August 2016

Mentoren

Dr. Michael HuckaJun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Prof. Dr. Chris J. Myers,  Prof. Dr. Akira Funahashi und Nicolas Rodriguez

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Hovakim Grabski

Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter

Affiliation: Russisch-Armenische Universität zu Jerewan, Armenien

Projekt

Java support for Deviser, a code generation system for SBML libraries

Mitarbeit: May bis August 2016

Mentoren

Dr. Frank T. Bergmann, Dr. Sarah M. KeatingJun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Nicolas Rodriguez

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Kaito Ii

Position: wissenschaftlicher Mitarbeiter

Affiliation: Keio-Universität, Institut für Bioswissenschaften und Informatiks, Japan

Projekt

Interconvertible Layout software for CellDesigner

Mitarbeit: Mai bis August 2016

Mentoren

Prof. Dr. Akira Funahashi, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Nicolas Rodriguez und Dr. Michael Hucka

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Devesh Khandelwal

Studienfach: Informationstechnologie und Mathematik

Affiliation: Universität Delhi, Delhi, Indien

Projekt

Visual Biology with Escher

Mitarbeit: Mai bis August 2016

Mentoren

Zachary A. King und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

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