Thesen
Unter Bearbeitung
Rekonstruktion eines Stoffwechselmodells für Streptococcus sanguinis
Masterthese
Bearbeitung: Tobias Fehrenbach
Mentorin: M.Sc. Gwendolyn O. Gusak
Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Prof. Dr. Lisa Maier
Aufgabe: PDF
Zwischenvortrag am 13. Dezember 2023 um 11 Uhr c.t.
Abschlussvortrag im April 2024
Nutzung von Protein-Sprachmodellen zur Verbesserung klassischer lokaler paarweiser Alignierungen für empfindlichere und skalierbare tiefgreifende Homologieerkennung
Masterthese
Bearbeitung: Céline Behr
Mentoren: Dr. Hajk-Georg Drost und Benjamin Buchfink
Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Prof. Dr. Detlef Weigel
Aufgabe: PDF
Zwischenvortrag am 19. Mai 2023 um 9 Uhr s.t. im Max-Planck-Institut und Friedrich-Miescher-Labor in Tübingen (EBIO-Seminarraum im Erdgeschoss).
Abschlussvortrag am 21. Juli 2023 um 10 Uhr s.t.
Abgeschlossene Thesen
2023
Verfahren für ein vereinheitlichtes Stoffwechselnetzwerk von Klebsiella-Arten
Masterthese
Bearbeitung: Carolin Brune
Mentoren: Dr. Reihaneh Mostolizadeh und M.Sc. Nantia Leonidou
Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Prof. Dr. Till Strowig
Aufgabe: PDF
Verteidigung: 26. Juli 2023 um 9 Uhr s.t. in A104 und hybrid via Zoom
Analyse metabolischer Phänotypen von Staphylococcus capitis mittels restriktionsbasierter Modellierung
Bachelorthese
Bearbeitung: Anna Lefarova
Mentorin: M.Sc. Nantia Leonidou
Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung: 23. Mai 2023 um 13 Uhr s.t. via Zoom
Interaktion von Corynebacterium striatum mit seiner Umwelt
Masterthese
Bearbeitung: Famke Bäuerle
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Dr. Simon Heilbronner
Gutachter: Prof. Dr. Kay Nieselt und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung: 17. Mai 2023 um 16 Uhr c.t. in Raum C109
Rekonstruktion stammspezifischer Stoffwechselmodelle von Staphylococcus haemolyticus
Masterthese
Bearbeitung: Gwendolyn O. Gusak
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Dr. Bernhard Krismer
Aufgabe: PDF
Verteidigung: 16. Mai 2023 um 11 c.t. Uhr in C109
2022
Rekonstruktion eines genome-scaligen metabolischen Netzwerks von Staphylococcus lugdunensis N920143
Bachelorthese
Bearbeitung: Selin Sahin
Mentorin: Nantia Leonidou, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung: 20. September 2022 um 10 Uhr über Zoom
Ein genomskaliges Stoffwechselmodell für Klebsiella pneumoniae HS11286
Bachelorthese
Bearbeitung: Meike Lips
Mentorin: Nantia Leonidou
Aufgabe: PDF
Verteidigung: 22. August 2022 um 12 Uhr s.t. in Raum A104
Genomskalige Stoffwechselmodellierung von Acinetobacter baumannii ATCC 17978
Bachelorthese
Bearbeitung: Yufan Xia
Mentorin: Nantia Leonidou, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung: 22. August 2022 um 11:30 Uhr s.t. in Raum A104
Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Proteus vulgaris
Masterarbeit
Bearbeitung: Manuel O. Harke
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Verteidigung: 14. Juni 2022 um 13 Uhr s.t. in Raum C109
Aufgabe: PDF
Erforschung von Finegoldia magna ATCC 29328 in seiner nasalen Umgebung
Bachelorthese
Bearbeitung: Josua Carl
Mentorin: Nantia Leonidou
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
15. März 2022, 11 Uhr c.t. im Raum C109 sowie hybrid via Zoom.
2021
Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Staphylococcus lugdunensis
Erasmus-Projekt
Bearbeitung: Austėja Sungailaitė
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Abschluss: 14. Dezember 2021
Rekonstruktion von Corynebacterium simulans PES1
Bachelorthese
Bearbeitung: Jan-Philipp Leusch
Mentorin: Dr. Reihaneh Mostolizadeh
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
16. November 2021, 11 Uhr c.t. im Raum A104
Automatisierte Erweiterung des Modells zu C. striatum
Forschungsprojekt
Bearbeitung: Famke Bäeuerle
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
18. Mai 2021 um 11 Uhr c.t. per Zoom
Eine bioinformatische Studie über Proteinsequenz-Clustering mit DIAMOND
Bachelorthese
Bearbeitung: Jasmin Katz
Mentor: Dr. Hajk-Georg Drost
Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Repository: https://github.com/Yeahsmin/diamond
Verteidigung:
3. März 2021 um 10 Uhr c.t. per Zoom
Gewebsspezifische Rekonstruktion restriktionsbasierter metabolischer Modelle basierend auf ReconX
Masterthese
Bearbeitung: Nantia Leonidou
Mentoren: Alina Renz und Dr. Reihaneh Mostolizadeh
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
26. Januar 2021 um 11 Uhr c.t. per Zoom
2020
Zu einer genomskaligen Consensus-Rekonstruktion von Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
Masterthese
Bearbeitung: Martina Feierabend
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Katharina Nöh und Prof. Dr. Wolfgang Wiechert
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
21. Oktober 2020 um 10:00 Uhr in Raum C109 und per Zoom
Automatisierte Zuweisung von SBO-Ausdrücken
Bachelorarbeit
Bearbeitung: Elisabeth Fritze
Mentorin: Alina Renz
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
7. Oktober 2020 um 12:30 Uhr in C109
Visuelle Analyse simulierter Flussverteilungen basierend auf extrazellulären metabolomischen
Masterthese
Bearbeitung: Constantin Holzapfel
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone, Prof. Dr. Cora Weigert
und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
15. September 2020 um 12 Uhr c.t. per Videokonferenz
Rekonstruktion und Analyse von Staphylococcus epidermidis
Bachelorthese
Bearbeitung: Anastasiia Grekova
Mentorin: Alina Renz
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
16. Juni 2020 um 13:30 Uhr per Videokonferenz
Rekonstruktion von Corynebacterium striatum
Rotationsprojekt
Bearbeitung: Tanja Urz
Mentorin: Alina Renz
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
2. Juni 2020 um 14:00 Uhr per Videokonferenz
Optimiertes Layouting biologischer Netzwerke für vergleichende visuelle Analyse
Bachelothese
Bearbeitung: Ebru Cobanoglu
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
2. Juni 2020 um 13:30 Uhr per Videokonferenz
Graphischer Editor für systembiologische Modelle
Forschungsprojekt
Bearbeitung: Marietta Hamberger
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
5. Mai 2020 um 14:00 Uhr per Videokonferenz
Herleitung von Gen-Protein-Reaktionsregeln
Bachelothese
Bearbeitung: Manuel Dienert
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
5. Mai 2020 um 13:30 Uhr per Videokonferenz
Rekonstruktion von Dolosigranulum pigrum
Rotationsprojekt
Bearbeitung: Lina Widerspick
Mentorin: Alina Renz
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
16. März 2020 um 11 Uhr c.t. per Videokonferenz
2019
Visuelle Analyse klinischer Multiomikdaten in biologischen Netzwerken
Bachelothese
Bearbeitung: Manuel O. Harke
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
19. November 2019 um 10 Uhr c.t. in C109
What makes a review helpful or funny?
Forschungsprojekt
Bearbeitung: Mykola Zakharchuk
Mentoren: Markus Viggiato, Prof. Dr. Cor-Paul Bezemer, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Modellierung und Visualisierung von spezifischen Resistenzmechanismen in Pseudomonas aeruginosa
Bachelothese
Bearbeitung: Eike Pertuch
Mentorin: Alina Renz
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
24. September 2019 um 10 Uhr c.t. in A104
Rekonstruktion von Moraxella catarrhalis BBH18
Forschungsprojekt
Bearbeitung: Pia Rautenstrauch
Mentoren: Alina Renz, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
10. September 2019 um 10:45 Uhr in C118a
Erweiterung des genomskaligen Modells von Haemophilus influenzae
Bachelothese
Bearbeitung: Niklas Henle
Mentorin: Dr. Reihaneh Mostolizadeh
Aufgabe: PDF
Verteidigung:
10. September 2019 um 10 Uhr c.t. in C118a
Entwicklung eines Plugins für das Insilico-Framework zur visuellen Analyse von Simulationen biologischer Systeme
Bachelothese
Entwicklung eines graphischen Editors für die Erstellung systembiologischer Modelle mit SBML
Bachelothese
2018
Modellierung potenitell virulenz-assoziierter metabolischer Stoffwechselpfade in Pseudomonas aeruginosa PA14 einschließlich experimenteller Verifikation
Masterthese
Genome-scale metabolic network reconstruction of the pathogen Treponema pallidum ssp. pallidum
Masterthese
Development of an interactive graphical editor for systems biology models
Bachelorthese
Representation of ME-models in SBML
Masterthese
2017
Dynamic visualization of metabolic networks
Bachelorthese
Bearbeitung: Lea F. Buchweitz
Verteidigung:
28. September 2017 um 14 Uhr c.t. in A104
Visualization of time-series data with Escher
Bachelorthese
2012
Erweiterung des SBMLsimulators um ein Modul für Flussbilanzanalyse
Bachelorthese
Bearbeitung: Maike Aichele
Aufgabe: PDF
Visuelle Simulation biochemischer Netzwerke
Bachelorthese
Bearbeitung: Fabian Schwarzkopf
Aufgabe: PDF
Automatische Biomodelldokumentation
Bachelorthese
Bearbeitung: Mirjam Gutekunst
Thema: PDF
2011
Implementierung einer Flussbilanzanalyse-Methode in Java
Bachelorthese
Bearbeitung: Simon Schäfer
Aufgabe: PDF
Computational Modeling of Biochemical Networks
Dissertation
Bearbeitung: Andreas Dräger
Verteidigung:
14. Januar 2011 um 14:15 Uhr in Raum A301
Verleihung der Doktorwürde:
31. März 2011
Als Buch erhältlich im Verlag Dr. Hut.
2009
Dynamik rekonstruierter Genregulationsnetze
Bachelorthese
Bearbeitung: Sandra Nitschmann
Aufgabe: PDF
Implementierung einer Stabilitätsanalyse für biochemische Netzwerke
Bachelorthese
Bearbeitung: Alexander Dörr
Aufgabe: PDF
Automatisierte mathematische Modellierung biochemischer Netzwerke
Diplomarbeit
Bearbeitung: Michael Ziller
Aufgabe: PDF
2008
Vergleichende Analyse der Modelle auf Biomodels.net
Diplomarbeit
Bearbeitung: Dieudonné M. Wouamba
Aufgabe: PDF
Simulation genregulatorischer Netzwerke mit JCell2
Diplomarbeit
Bearbeitung: Hannes Borch
Aufgabe: PDF
Integration, visualization, and analysis of SNP data
Diplomarbeit
Bearbeitung: Gabrielle Doan
Aufgabe: PDF
Comparison of JavaEvA and BioJava with respect to metabolic networks
Studienprojekt
Bearbeitung: Susanne Merz
2007
Metabolic control analysis
Studienprojekt
Bearbeitung: Michael Ziller
Automatische Generierung kinetischer Gleichungen aus Stöchiometrien
Diplomarbeit
Bearbeitung: Nadine Hassis
Aufgabe: PDF
2005
Automatische und vergleichende Analyse bakterieller Genome mit Schwerpunkt auf Ralstonia/Cupriavidus-Arten sowie verwandter Proteobakterien
Diplomarbeit
Bearbeitung: Andreas Dräger
Verteidigung: Dezember 2005