Rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen

und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger

Heimarbeit wegen Gefährdung durch COVID-19

Aufgrund der nach wie vor erhöhten Verbreitung des neuartigen Coronavirus SARS-CoV-2 arbeitet diese Abteilung seit dem 17. März 2020 bis auf weiteres in Heimarbeit.

Alle Anfragen vorerst bitte direkt per E-Mail an die angegebenen Kontaktadressen richten.

Willkommen bei der Arbeitsgruppe Dräger!

Die Arbeitsgruppe Dräger wurde im Juli 2018 gegründet und widmet sich seither der rechnergestützten Systembiologie mit Schwerpunkt auf Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserregern. Die Forschungsschwerpunkte der Gruppe umfassen alle Arbeitsschritte vom biologischen Phänomen bis hin zu dessen Simulation im Rechner. Dazu zählen sowohl die Rekonstruktion biologischer Systeme, deren mathematische Modellierung, die Standardisierung dieser Modelle, wie auch die Entwicklung spezialisierter Software-Lösungen und die Anwendung von Methoden des maschinellen Lernens. Ein wesentliches Ziel besteht darin, modellgetrieben neue Hypothesen abzuleiten, mit denen zunehmende Antibiotikaresistenzen systematisch bekämpft werden können.

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Neueste Veröffentlichungen

  1. Community standards to facilitate development and address challenges in metabolic modeling
    M. A. Carey, A. Dräger, Moritz Beber, J. A. Papin und J. T. Yurkovich
    Molecular Systems Biology, 9. Juli 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | BioRxivPDF | BibTeX ]
  2. SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models
    S. M. Keating, D. Waltemath, M. König, F. Zhang, A. Dräger, C. Chaouiya, F. T. Bergmann, A. Finney, C. Gillespie, T. Helikar, S. Hoops, R. Malik-Sheriff, S. Moodie, I. Moraru, C. J. Myers, A. Naldi, B. Olivier, S. Sahle, J. Schaff, L. P. Smith, M. Swat, D. Thieffry, L. Watanabe, D. Wilkinson, M. L. Blinov, K. Begley, J. Faeder, H. Gómez, T. Hamm, Y. Inagaki, W. Liebermeister, A. Lister, D. Lucio, E. Mjolsness, C. Proctor, K. Raman, N. Rodriguez, C. Shaffer, B. Shapiro, J. Stelling, N. Swainston, N. Tanimura, J. Wagner, M. Meier-Schellersheim, H. Sauro, B. Ø. Palsson, H. Bolouri, H. Kitano, A. Funahashi, H. Hermjakob, J. Doyle und M. Hucka
    Molecular Systems Biology, 9. Juli 2020
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  3. Systems biology markup language (SBML) level 3 package: multistate, multicomponent and multicompartment species, version 1, release 2
    F. Zhang, L. P. Smith, M. L. Blinov, J. Faeder, W. S. Hlavacek, J.-J. Tapia, S. M. Keating, N. Rodriguez, A. Dräger, L. A. Harris, A. Finney, B. Hu, M. Hucka und M. Meier-Schellersheim
    Journal of Integrative Bioinformatics, 6. Juli 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  4. Systems biology graphical notation markup language (SBGNML) version 0.3
    F. T. Bergmann, T. Czauderna, U. Dogrusoz, A. Rougny, A. Dräger, V. Touré, A. Mazein, M. L. Blinov und A. Luna
    Journal of Integrative Bioinformatics, 22. Juni 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  5. COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms
    M. Ostaszewski, A. Mazein, M. E. Gillespie, I. Kuperstein, A. Niarakis, H. Hermjakob, A. R. Pico, E. L. Willighagen, C. T. Evelo, J. Hasenauer, F. Schreiber, A. Dräger, E. Demir, O. Wolkenhauer, L. I. Furlong, E. Barillot, J. Dopazo, A. Orta-Resendiz, F. Messina, A. Valencia, A. Funahashi, H. Kitano, C. Auffray, R. Balling und R. Schneider
    Scientific Data 7, 136. 5. Mai 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  6. Visualizing metabolic network dynamics through time-series metabolomic data
    L. F. Buchweitz, J. T. Yurkovich, C. Blessing, V. Kohler, F. Schwarzkopf, Z. A. King, L. Yang, F. Jóhannsson, Ó. Sigurjónsson, Ó. Rolfsson, J. Heinrich und A. Dräger.
    BMC Bioinformatics 21, 130. 3. April 2020.
    [ Details | DOI | PubMedBioRxiv | PDF | BibTeX ]
  7. MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing
    C. Lieven, M. E. Beber, B. G. Olivier, F. T. Bergmann, M. Ataman, P. Babaei, J. A. Bartell, L. M. Blank, S. Chauhan, K. Correia, C. Diener, A. Dräger, B. E. Ebert, J. N. Edirisinghe, J. P. Faria, A. M. Feist, G. Fengos, R. M. T. Fleming, B. García-Jiménez, V. Hatzimanikatis, W. van Helvoirt, C. S. Henry, H. Hermjakob, M. J. Herrgård, A. Kaafarani, H. U. Kim, Z. A. King, S. Klamt, E. Klipp, J. J. Koehorst, M. König, M. Lakshmanan, D.-Y. Lee, S. Y. Lee, S. Lee, N. E. Lewis, F. Liu, H. Ma, D. Machado, R. Mahadevan, P. Maia, A. Mardinoglu, G. L. Medlock, J. M. Monk, J. Nielsen, L. K. Nielsen, J. Nogales, I. Nookaew, B. O. Palsson, J. A. Papin, K. R. Patil, N. D. Price, O. Resendis-Antonio, A. Richelle, I. Rocha, B. J. Sánchez, P. J. Schaap, R. S. M. Sheriff, S. Shoaie, N. Sonnenschein, B. Teusink, P. Vilaça, J. O. Vik, J. A. H. Wodke, J. C. Xavier, Q. Yuan, M. Zakhartsev und C. Zhang.
    Nature Biotechnology, 2. März 2020.
    [ Details | DOIBioRxiv | PDF | PubMedBibTeX ]
  8. FBA reveals guanylate kinase as a potential target for antiviral therapies against SARS-CoV-2
    A. Renz, L. Widerspick und A. Dräger
    ZENODO, 15. Februar 2020.
    [ DetailsDOIPDF | BibTeX ]
  9. Clinical Applications of Metabolic Models in SBML Format
    A. Renz, R. Mostolizadeh und A. Dräger
    Reference Module in Biomedical Sciences, Elsevier, 30. Januar 2020
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  10. The Systems Biology Graphical Notation: Current Status and Applications in Systems Medicine
    V. Touré, A. Dräger, A. Luna, U. Dogrusoz und A. Rougny
    Reference Module in Biomedical Sciences, Elsevier, 25. Januar 2020
    [ DetailsDOI | PDF | PubMed | BibTeX ]