Software

In dieser Gruppe (mit-) entwickelte Programme für Anwendungen in Systembiologie und Bioinformatik

Unsere Arbeitsgruppe entwickelt, pflegt und leistet Beiträge zu einer Reihe großer Software-Projekte sowie Bibliotheken für Anwendungen in Systembiologie und Bioinformatik.

Die meisten Projekte werden auf GitHub-Seite der Gruppe verwaltet: https://github.com/draeger-lab/.

Beiträge zu gemeinschaftlich entwickelte Projekte finden Sie unter anderem auf den GitHub-Seiten der Teams für SBML und SBGN.


EscherConverter

Konvertierung zwischen Escher-JSON, SBML und SBGN-ML

Mit diesem Java™-basierten Programm können populäre Dateiformate ineinander überführt werden, die für graphische Darstellungen in der systembiologischen Modellierung genutzt werden: der JSON-Dialekt von Escher sowie die standardisierten Formate SBML und SBGN-ML. Das Programm lässt sich entweder über seine graphischen Bedienoberfläche als auch über die Kommandozeile bedienen.

https://github.com/draeger-lab/EscherConverter/


InCroMAP

Integrierte und plattformübergreifender Analyse von Microarray-Daten und Netzwerken

InCroMAP hält eine Vielzahl von Möglichkeiten bereit, um Datensätze zu visualisieren oder Methoden zur integrierten plattformübergreifenden Analyse anzuwenden. Unterstützt werden derzeit zahlreiche Datenformate wie mRNA, miRNA, DNA-Methylierung und Proteinmodifikation. InCroMAP kann alle Daten im Kontext biologischer Netzwerke abbilden und analysieren.

https://github.com/draeger-lab/InCroMAP/


InSilico

Eine modulare Arbeitsumgebung für Forschungsprojekte

Ein auf Eclipse und JavaFX basierendes Projekt zur Verwaltung und Integration diverser Apps, das die Verarbeitung wissenschaftlicher Modelle und Daten sowie die Entwicklung von Endnutzer-Software erleichtern soll. Hier gibt es eine ausführliche Dokumentation und weitere Projektbeschreibung.

https://github.com/draeger-lab/insilico/


JSBML

Eine vollständige und plattformunabhängige Programmierschnittstelle für die Verarbeitung von SBML mit Java™

Ein Gemeinschaftsprojekt für eine freie, quell-offene, Programmierbibliothek zum Lesen, Schreiben und Verändern von SBML-Dateien und -Datenströmen, die ausschließlich auf Java™ basiert. Es handelt sich um eine Alternative zur nativen Implementierung von libSBML.

https://github.com/sbmlteam/jsbml/


KEGGtranslator

Von der KEGG-Datenbank in standardisierte Dateiformate konvertieren

KEGGtranslator bietet neben einer visuellen Darstellung von biologischen Netzwerken aus der populären KEGG-Datenbank vielfältige Möglichkeiten zum Konvertieren der dort angebotenen Dateien in standardisierte Formate. Das Java™-basierte Programm unterstützt neben aktuellen Versionen von BioPAX, SBML, GraphML zahlreiche weitere Formate.

https://github.com/draeger-lab/KEGGtranslator/


ModelPolisher

Automatische Aufbereitung biologischer Modelle

ModelPolisher nutzt die in der BiGG-Datenbank hinterlegten Informationen, um Querverweise zu allen in gegebenen Modellen enthaltene Komponenten einzubinden. In diesem Vorgang werden auch gängige Probleme bereinigt.

https://github.com/draeger-lab/ModelPolisher/


SABINE

StandAlone BINding specificity Estimator

Vorhersage der Bindungsspezifität von Transkriptionsfaktoren mittels Methoden des maschinellen Lernens.

https://github.com/draeger-lab/SABINE/


SBML2LaTeX

Ein Dokumentationswerkzeug für systembiologische Modelle im SBML-Format

SBML2LaTeX erzeugt menschenlesbare Berichte im LaTeX-Format über den Inhalt von SBML-Dateien. Diese können dann in verschiedene Formate konvertiert werden, wie z. B. PDF-Dateien. Auch kann der genierte Inhalt direkt in Publikationen eingebunden werden, da auch die in SBML enthaltenen Gleichungen zu Formeln übersetzt werden.

https://github.com/draeger-lab/SBML2LaTeX/


SBMLme

Modelle von Metabolismus und Expression in SBML speichern

Ein Konverter, der JSON-basierte Dateien von COBRAme ohne Informationsverlust in gültiges SBML speichert.

https://github.com/draeger-lab/SBMLme/


SBMLsimulator

Eine effiziente Java™-Implementierung für SBML

SBMLsimulator bietet eine graphische Nutzerschnittstelle für den Systembiologie-Simulationskern und verbindet diesen sowohl mit einer Graph-basierten dynamischen Ansicht als auch mit dem vielseitigen Optimierungswerkzeug EvA2.

https://github.com/draeger-lab/SBMLsimulator/


SBMLsqueezer

Generator für kinetische Gleichungen für biochemische Netzwerke

SBMLsqueezer analysiert biochemische Reaktionen und schlägt automatisch eine Reihe anwendbarer kinetischer Gleichungen vor. Entweder können die Gleichungen automatisch für das gesamte Reaktionssystem auf einmal erstellt werden, oder für ausgewählte Reaktionen. Das Programm erstellt enthaltene kinetische Parameter und leitet selbst deren Einheit her. Dadurch können strukturelle Modelle mühelos in dynamische umgewandelt und anschließend simuliert werden.

https://github.com/draeger-lab/SBMLsqueezer/


SBSCL

Simulationskernbibliothek für Systembiologie

Eine umfassende Implementierung systembiologischer Simulationsverfahren in Java™. SBSCL vermag sowohl komplexe Differentialgleichungssysteme zu lösen (einschließlich Verzögerungen, algebraische Systeme, spontane Ereignisse und Regeln) als auch Flussbilanzanalyse durchzuführen, wozu das Simplex-Verfahren zum Einsatz kommt. Aktuell ist ein Interpreter für SBML-Modelle eingebaut. Erweiterungen für andere Formate sind möglich. Durch die integrierte Unterstützung von SED-ML können Simulationsexperimente eindeutig wiederholt werden.

https://github.com/draeger-lab/SBSCL/


SBTabEditor

Ein einfacher Editor für SBML-Modelle, der auf Tabellendarstellung setzt

Auf JavaFX basierende plattformübergreifende und hochgradig erweiterbare Anwendung, die Funktionen zum Lesen, Schreiben, Verändern und Validieren von SBML-Dateien bereitstellt. Die Benutzerführung wurde an SBtab angelehnt.

https://github.com/draeger-lab/SBTabEditor/


SBVC

Visualisierung und Dateiformat-Konvertierung für Systembiologie

Eine eigenständige Anwendung mit graphischer Nutzerschnittstelle zum Anzeigen und konvertieren von Dateien mit systembiologischen Inhalten.

https://github.com/draeger-lab/SBVC/


TFpredict

Identifizierung und strukturelle Charakterisierung von Transkriptionsfaktoren

TFpredict nutzt Methoden des überwachten maschinelles Lernens, um Transkriptionsfaktoren bzw. σ-Faktoren von anderen Proteinen zu unterscheiden und diese dann strukturell zu charakterisieren.

https://github.com/draeger-lab/TFpredict/


SysBio

Eine Java™-Bibliothek mit zahlreichen Funktionen

Das SysBio-Projekt vereinfacht und vereinheitlicht die Softwareentwicklung deutlich, indem es zahlreiche Implementierungen für gängige Objekte und wiederkehrende Muster bereitstellt.

https://github.com/draeger-lab/SysBio/


BioModelsEd

Ein graphischer Editor für systembiologische Modelle

Ein einfacher graphischer Betrachter und Editor für systembiologische Modelle.

https://github.com/draeger-lab/BioModelsEd/