Software

Mit diesem Java™-basierten Programm können populäre Dateiformate ineinander überführt werden, die für graphische Darstellungen in der systembiologischen Modellierung genutzt werden: der JSON-Dialekt von Escher sowie die standardisierten Formate SBML und SBGN-ML. Das Programm lässt sich entweder über seine graphischen Bedienoberfläche als auch über die Kommandozeile bedienen.

https://github.com/draeger-lab/EscherConverter/

InCroMAP hält eine Vielzahl von Möglichkeiten bereit, um Datensätze zu visualisieren oder Methoden zur integrierten plattformübergreifenden Analyse anzuwenden. Unterstützt werden derzeit zahlreiche Datenformate wie mRNA, miRNA, DNA-Methylierung und Proteinmodifikation. InCroMAP kann alle Daten im Kontext biologischer Netzwerke abbilden und analysieren.

https://github.com/draeger-lab/InCroMAP/

Ein auf Eclipse und JavaFX basierendes Projekt zur Verwaltung und Integration diverser Apps, das die Verarbeitung wissenschaftlicher Modelle und Daten sowie die Entwicklung von Endnutzer-Software erleichtern soll. Hier gibt es eine ausführliche Dokumentation und weitere Projektbeschreibung.

https://github.com/draeger-lab/insilico/

Ein Gemeinschaftsprojekt für eine freie, quell-offene, Programmierbibliothek zum Lesen, Schreiben und Verändern von SBML-Dateien und -Datenströmen, die ausschließlich auf Java™ basiert. Es handelt sich um eine Alternative zur nativen Implementierung von libSBML.

https://github.com/sbmlteam/jsbml/

KEGGtranslator bietet neben einer visuellen Darstellung von biologischen Netzwerken aus der populären KEGG-Datenbank vielfältige Möglichkeiten zum Konvertieren der dort angebotenen Dateien in standardisierte Formate. Das Java™-basierte Programm unterstützt neben aktuellen Versionen von BioPAX, SBML, GraphML zahlreiche weitere Formate.

https://github.com/draeger-lab/KEGGtranslator/

ModelPolisher nutzt die in der BiGG-Modell-Datenbank hinterlegten Informationen, um Querverweise zu allen in gegebenen Modellen enthaltene Komponenten einzubinden. In diesem Vorgang werden auch gängige Probleme bereinigt.

https://github.com/draeger-lab/ModelPolisher/

Ein Arbeitsablauf zur Modellierung des Stoffwechsels für Organismengemeinschaften in einem nasalen Medium. Dieser implementiert Funktionen zur Analyse der Interaktion von Stoffwechselmodellen innerhalb einer Gemeinschaft.

https://github.com/manuelgloeckler/ncmw

Die Anwendung refineGEMs automatisiert zahlreiche Arbeitsschritte, die zur Erstellung genommaßstäblicher Stoffwechselmodelle durchgeführt werden müssen und reduziert dadurch die verbleibende manuelle Kuratierung drastisch.

Die Dokumentation ist hier zu finden.

https://github.com/draeger-lab/refinegems

Vorhersage der Bindungsspezifität von Transkriptionsfaktoren mittels Methoden des maschinellen Lernens.

https://github.com/draeger-lab/SABINE/

SBML2LaTeX erzeugt menschenlesbare Berichte im LaTeX-Format über den Inhalt von SBML-Dateien. Diese können dann in verschiedene Formate konvertiert werden, wie z. B. PDF-Dateien. Auch kann der genierte Inhalt direkt in Publikationen eingebunden werden, da auch die in SBML enthaltenen Gleichungen zu Formeln übersetzt werden.

https://github.com/draeger-lab/SBML2LaTeX/

Ein Konverter, der JSON-basierte Dateien von COBRAme ohne Informationsverlust in gültiges SBML speichert.

https://github.com/draeger-lab/SBMLme/

SBOannotator ordnet SBO- Begriffe automatisch mehreren Entitäten eines bestimmten SBML-Modells zu. Die Aufnahme von SBO-Annotationen in die Modelle wird die Reproduzierbarkeit, Nutzbarkeit und Analyse biochemischer Netzwerke verbessern.

Die bei TueVis gehostete Webanwendung ist zugänglich und einsatzbereit unter sbo-annotator-tuevis.cs.uni-tuebingen.de/.

https://github.com/draeger-lab/SBOannotator

SBMLsimulator bietet eine graphische Nutzerschnittstelle für den Systembiologie-Simulationskern und verbindet diesen sowohl mit einer Graph-basierten dynamischen Ansicht als auch mit dem vielseitigen Optimierungswerkzeug EvA2.

https://github.com/draeger-lab/SBMLsimulator/

SBMLsqueezer analysiert biochemische Reaktionen und schlägt automatisch eine Reihe anwendbarer kinetischer Gleichungen vor. Entweder können die Gleichungen automatisch für das gesamte Reaktionssystem auf einmal erstellt werden, oder für ausgewählte Reaktionen. Das Programm erstellt enthaltene kinetische Parameter und leitet selbst deren Einheit her. Dadurch können strukturelle Modelle mühelos in dynamische umgewandelt und anschließend simuliert werden.

https://github.com/draeger-lab/SBMLsqueezer/

Eine umfassende Implementierung systembiologischer Simulationsverfahren in Java™. SBSCL vermag sowohl komplexe Differentialgleichungssysteme zu lösen (einschließlich Verzögerungen, algebraische Systeme, spontane Ereignisse und Regeln) als auch Flussbilanzanalyse durchzuführen, wozu das Simplex-Verfahren zum Einsatz kommt. Aktuell ist ein Interpreter für SBML-Modelle eingebaut. Erweiterungen für andere Formate sind möglich. Durch die integrierte Unterstützung von SED-ML können Simulationsexperimente eindeutig wiederholt werden.

https://github.com/draeger-lab/SBSCL/

Auf JavaFX basierende plattformübergreifende und hochgradig erweiterbare Anwendung, die Funktionen zum Lesen, Schreiben, Verändern und Validieren von SBML-Dateien bereitstellt. Die Benutzerführung wurde an SBtab angelehnt.

https://github.com/draeger-lab/SBTabEditor/

Eine eigenständige Anwendung mit graphischer Nutzerschnittstelle zum Anzeigen und konvertieren von Dateien mit systembiologischen Inhalten.

https://github.com/draeger-lab/SBVC/

SPECIMEN ist eine Sammlung verschiedener Arbeitsabläufe, die für die automatisierte und standardisierte Kuratierung genommaßstäblicher Modelle entwickelt wurden. Sie basiert hauptsächlich auf der refineGEMs-Werkzeugpalette, umfasst aber auch zusätzliche Anwendungen wie CarveMe.

https://github.com/draeger-lab/SPECIMEN

TFpredict nutzt Methoden des überwachten maschinelles Lernens, um Transkriptionsfaktoren bzw. σ-Faktoren von anderen Proteinen zu unterscheiden und diese dann strukturell zu charakterisieren.

https://github.com/draeger-lab/TFpredict/

Das SysBio-Projekt vereinfacht und vereinheitlicht die Softwareentwicklung deutlich, indem es zahlreiche Implementierungen für gängige Objekte und wiederkehrende Muster bereitstellt.

https://github.com/draeger-lab/SysBio/

Ein einfacher graphischer Betrachter und Editor für systembiologische Modelle.

https://github.com/draeger-lab/BioModelsEd/