Thomas M. Hamm
Diplom Biologe (t.o.)
Büro
Institut für Informatik
Zentrum für Bioinformatik Tübingen (ZBIT)
Sand 14 ･ 2. Stock ･ Raum C321
+49 7071 29-70460
hamm@informatik.uni-tuebingen.de
Forschungsinteressen
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Biologie: Humanbiologie; Mikrobiologie
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Systembiologie: quantitative dynamische Modellierung biologischer Prozesse; Constraint-basierte Modellierung metabolischer Netzwerke
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Softwareentwicklung: Entwicklung von Software zur Beantwortung systembiologischer Fragestellungen (z.B. JSBML)
Abgeschlossene Forschungsprojekte
Konzeptionelle Gestaltung einer deutschen infektionsbezogenen OMICS Datenaustausch Plattform (GirOD)
Gefördert durch das Deutsche Zentrum für Infektionsforschung (DZIF, doi:10.13039/100009139)
Entwicklung essentieller Software- und Ressourcen für die Wissenschaftsgemeinschaft zur systembiologischen Modellierung mittels Java™
Gefördert durch das US-amerikanische Nationale Institut für Gesundheit (NIH) unter Förderkennzeichen 2R01GM070923-13 von Juli 2013 bis September 2016 und anschließend von Oktober 2016 bis Mai 2020.
Google Summer of Code 2019
Publikationen
- Sarah M. Keating, Dagmar Waltemath, Matthias König, Fengkai Zhang, Andreas Dräger, Claudine Chaouiya, Frank T. Bergmann, Andrew Finney, Colin Gillespie, Tomáš Helikar, Stefan Hoops, Rahuman Malik-Sheriff, Stuart Moodie, Ion Moraru, Chris J. Myers, Aurélien Naldi, Brett Olivier, Sven Sahle, James Schaff, Lucian P. Smith, Maciej Swat, Denis Thieffry, Leandro Watanabe, Darren Wilkinson, Michael L. Blinov, Kimberly Begley, James Faeder, Harold Gómez, Thomas M. Hamm, Yuichiro Inagaki, Wolfram Liebermeister, Allyson Lister, Daniel Lucio, Eric Mjolsness, Carole Proctor, Karthik Raman, Nicolas Rodriguez, Clifford Shaffer, Bruce Shapiro, Joerg Stelling, Neil Swainston, Naoki Tanimura, John Wagner, Martin Meier-Schellersheim, Herbert Sauro, Bernhard Ø. Palsson, Hamid Bolouri, Hiroaki Kitano, Akira Funahashi, Henning Hermjakob, John C. Doyle, Michael Hucka und die SBML-Level-3-Gemeinschaft. "SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models." Molecular Systems Biology, 26. August 2020. https://doi.org/10.15252/msb.20199110
- Thomaseth, Caterina, Patrick Weber, Thomas Hamm, Kenji Kashima, and Nicole Radde. 2013. “Modeling Sphingomyelin Synthase 1 Driven Reaction at the Golgi Apparatus Can Explain Data by Inclusion of a Positive Feedback Mechanism.” Journal of Theoretical Biology 337 (November): 174–80. https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2013.08.022
- Knoll, Michael, Thomas M. Hamm, Florian Wagner, Virginia Martinez, and Jürgen Pleiss. 2009. “The PHA Depolymerase Engineering Database: A Systematic Analysis Tool for the Diverse Family of Polyhydroxyalkanoate (PHA) Depolymerases.” BMC Bioinformatics 10 (1): 89. https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-89