Anja Rathmann-Lutz hat Geschichte, Kunstgeschichte und Museumsmanagement in Hamburg studiert.
2007 wurde sie dort mit einer Arbeit über die "Images" Ludwigs IX. d. Hl. von Frankreich promoviert (Berlin: Akademie 2010).
Bis 2014 war sie Assistentin (post-doc) im Bereich Mittelalter und Renaissance an der Universität Basel. Seitdem hat sie verschiedene Lehraufträge am Departement Geschichte wahrgenommen und in ihrem Projekt «Wahrnehmung von Veränderung im Hochmittelalter» geforscht (Habilitation 2020/21). Von April bis September 2022 ist sie Akademische Oberrätin a. Z. an der Universität Bielefeld (Abteilung Geschichtswissenschaft/Vormoderne).
Ab Oktober 2022 nimmt sie eine Professurvertretung (Geschichte des Mittelalters) an der Universität Tübingen wahr.
Derzeit arbeitet sie an einem körpergeschichtlichen Projekt unter dem Arbeitstitel «Körperordnungen des Politischen. Materielle und mediale Aspekte des ‚body politic‘, (9.–16. Jh.)».