In dieser Gruppe (mit-) entwickelte Programme für Anwendungen in Systembiologie und Bioinformatik
Unsere Arbeitsgruppe entwickelt, pflegt und leistet Beiträge zu einer Reihe großer Software-Projekte sowie Bibliotheken für Anwendungen in Systembiologie und Bioinformatik.
Konvertierung zwischen Escher-JSON, SBML und SBGN-ML
Mit diesem Java™-basierten Programm können populäre Dateiformate ineinander überführt werden, die für graphische Darstellungen in der systembiologischen Modellierung genutzt werden: der JSON-Dialekt von Escher sowie die standardisierten Formate SBML und SBGN-ML. Das Programm lässt sich entweder über seine graphischen Bedienoberfläche als auch über die Kommandozeile bedienen.
Integrierte und plattformübergreifender Analyse von Microarray-Daten und Netzwerken
InCroMAP hält eine Vielzahl von Möglichkeiten bereit, um Datensätze zu visualisieren oder Methoden zur integrierten plattformübergreifenden Analyse anzuwenden. Unterstützt werden derzeit zahlreiche Datenformate wie mRNA, miRNA, DNA-Methylierung und Proteinmodifikation. InCroMAP kann alle Daten im Kontext biologischer Netzwerke abbilden und analysieren.
Eine modulare Arbeitsumgebung für Forschungsprojekte
Ein auf Eclipse und JavaFX basierendes Projekt zur Verwaltung und Integration diverser Apps, das die Verarbeitung wissenschaftlicher Modelle und Daten sowie die Entwicklung von Endnutzer-Software erleichtern soll. Hier gibt es eine ausführliche Dokumentation und weitere Projektbeschreibung.
Eine vollständige und plattformunabhängige Programmierschnittstelle für die Verarbeitung von SBML mit Java™
Ein Gemeinschaftsprojekt für eine freie, quell-offene, Programmierbibliothek zum Lesen, Schreiben und Verändern von SBML-Dateien und -Datenströmen, die ausschließlich auf Java™ basiert. Es handelt sich um eine Alternative zur nativen Implementierung von libSBML.
Von der KEGG-Datenbank in standardisierte Dateiformate konvertieren
KEGGtranslator bietet neben einer visuellen Darstellung von biologischen Netzwerken aus der populären KEGG-Datenbank vielfältige Möglichkeiten zum Konvertieren der dort angebotenen Dateien in standardisierte Formate. Das Java™-basierte Programm unterstützt neben aktuellen Versionen von BioPAX, SBML, GraphML zahlreiche weitere Formate.
ModelPolisher nutzt die in der BiGG-Modell-Datenbank hinterlegten Informationen, um Querverweise zu allen in gegebenen Modellen enthaltene Komponenten einzubinden. In diesem Vorgang werden auch gängige Probleme bereinigt.
Arbeitsablauf zur Modellierung der Nasengemeinschaft
Ein Arbeitsablauf zur Modellierung des Stoffwechsels für Organismengemeinschaften in einem nasalen Medium. Dieser implementiert Funktionen zur Analyse der Interaktion von Stoffwechselmodellen innerhalb einer Gemeinschaft.
Eine erweiterte Neuimplementierung des mCADRE-Algorithmus in Python. Dieses Tool konstruiert gewebespezifische Stoffwechselmodelle, indem es Genexpressionsdaten und literaturbasierte Beweise zusammen mit Informationen zur Netzwerktopologie nutzt.
Ein Dokumentationswerkzeug für systembiologische Modelle im SBML-Format
SBML2LaTeX erzeugt menschenlesbare Berichte im LaTeX-Format über den Inhalt von SBML-Dateien. Diese können dann in verschiedene Formate konvertiert werden, wie z. B. PDF-Dateien. Auch kann der genierte Inhalt direkt in Publikationen eingebunden werden, da auch die in SBML enthaltenen Gleichungen zu Formeln übersetzt werden.
SBMLsimulator bietet eine graphische Nutzerschnittstelle für den Systembiologie-Simulationskern und verbindet diesen sowohl mit einer Graph-basierten dynamischen Ansicht als auch mit dem vielseitigen Optimierungswerkzeug EvA2.
Generator für kinetische Gleichungen für biochemische Netzwerke
SBMLsqueezer analysiert biochemische Reaktionen und schlägt automatisch eine Reihe anwendbarer kinetischer Gleichungen vor. Entweder können die Gleichungen automatisch für das gesamte Reaktionssystem auf einmal erstellt werden, oder für ausgewählte Reaktionen. Das Programm erstellt enthaltene kinetische Parameter und leitet selbst deren Einheit her. Dadurch können strukturelle Modelle mühelos in dynamische umgewandelt und anschließend simuliert werden.
Eine umfassende Implementierung systembiologischer Simulationsverfahren in Java™. SBSCL vermag sowohl komplexe Differentialgleichungssysteme zu lösen (einschließlich Verzögerungen, algebraische Systeme, spontane Ereignisse und Regeln) als auch Flussbilanzanalyse durchzuführen, wozu das Simplex-Verfahren zum Einsatz kommt. Aktuell ist ein Interpreter für SBML-Modelle eingebaut. Erweiterungen für andere Formate sind möglich. Durch die integrierte Unterstützung von SED-ML können Simulationsexperimente eindeutig wiederholt werden.
Ein einfacher Editor für SBML-Modelle, der auf Tabellendarstellung setzt
Auf JavaFX basierende plattformübergreifende und hochgradig erweiterbare Anwendung, die Funktionen zum Lesen, Schreiben, Verändern und Validieren von SBML-Dateien bereitstellt. Die Benutzerführung wurde an SBtab angelehnt.
Identifizierung und strukturelle Charakterisierung von Transkriptionsfaktoren
TFpredict nutzt Methoden des überwachten maschinelles Lernens, um Transkriptionsfaktoren bzw. σ-Faktoren von anderen Proteinen zu unterscheiden und diese dann strukturell zu charakterisieren.
Das SysBio-Projekt vereinfacht und vereinheitlicht die Softwareentwicklung deutlich, indem es zahlreiche Implementierungen für gängige Objekte und wiederkehrende Muster bereitstellt.
Our website uses cookies. Some of them are mandatory, while others allow us to improve your user experience on our website. The settings you have made can be edited at any time.
or
Essential
in2code
Name
in2cookiemodal-selection
Use
Required to save the user selection of the cookie settings.
Lifetime
3 months
Name
be_lastLoginProvider
Use
Required for the TYPO3 backend login to determine the time of the last login.
Lifetime
3 months
Name
be_typo_user
Use
This cookie tells the website whether a visitor is logged into the TYPO3 backend and has the rights to manage it.
Lifetime
Browser session
Name
ROUTEID
Use
These cookies are set to always direct the user to the same server.
Lifetime
Browser session
Name
fe_typo_user
Use
Enables frontend login.
Lifetime
Browser session
Videos
in2code
Name
iframeswitch
Use
Used to show all third-party contents.
Lifetime
3 months
YouTube
Name
yt-player-bandaid-host
Use
Is used to display YouTube videos.
Lifetime
Persistent
Name
yt-player-bandwidth
Use
Is used to determine the optimal video quality based on the visitor's device and network settings.
Lifetime
Persistent
Name
yt-remote-connected-devices
Use
Saves the settings of the user's video player using embedded YouTube video.
Lifetime
Persistent
Name
yt-remote-device-id
Use
Saves the settings of the user's video player using embedded YouTube video.
Lifetime
Persistent
Name
yt-player-headers-readable
Use
Collects data about visitors' interaction with the site's video content - This data is used to make the site's video content more relevant to the visitor.
Lifetime
Persistent
Name
yt-player-volume
Use
Is used to save volume preferences for YouTube videos.
Lifetime
Persistent
Name
yt-player-quality
Use
Is used to save the quality settings for YouTube videos.
Lifetime
Persistent
Name
yt-remote-session-name
Use
Saves the settings of the user's video player using embedded YouTube video.
Lifetime
Browser session
Name
yt-remote-session-app
Use
Saves the settings of the user's video player using embedded YouTube video.
Lifetime
Browser session
Name
yt-remote-fast-check-period
Use
Saves the settings of the user's video player using embedded YouTube video.
Lifetime
Browser session
Name
yt-remote-cast-installed
Use
Saves the user settings when retrieving a YouTube video integrated on other web pages
Lifetime
Browser session
Name
yt-remote-cast-available
Use
Saves user settings when retrieving integrated YouTube videos.
Lifetime
Browser session
Google
Name
ANID
Use
Used for targeting purposes to profile the interests of website visitors in order to display relevant and personalized Google advertising.
Lifetime
2 years
Name
SNID
Use
Google Maps - Google uses these cookies to store user preferences and information when you view pages with Google Maps.
Lifetime
1 month
Name
SSID
Use
Used to store information about how you use the site and what advertisements you saw before visiting this site, and to customize advertising on Google resources by remembering your recent searches, your previous interactions with an advertiser's ads or search results, and your visits to an advertiser's site.
Lifetime
6 months
Name
1P_JAR
Use
This cookie is used to support Google's advertising services.
Lifetime
1 month
Name
SAPISID
Use
Used for targeting purposes to profile the interests of website visitors in order to display relevant and personalized Google advertising.
Lifetime
2 years
Name
APISID
Use
Used for targeting purposes to profile the interests of website visitors in order to display relevant and personalized Google advertising.
Lifetime
6 months
Name
HSID
Use
Includes encrypted entries of your Google account and last login time to protect against attacks and data theft from form entries.
Lifetime
2 years
Name
SID
Use
Used for security purposes to store digitally signed and encrypted records of a user's Google Account ID and last login time, enabling Google to authenticate users, prevent fraudulent use of login credentials, and protect user data from unauthorized parties. This may also be used for targeting purposes to display relevant and personalized advertising content.
Lifetime
6 months
Name
SIDCC
Use
This cookie stores information about user settings and information for Google Maps.
Lifetime
3 months
Name
NID
Use
The NID cookie contains a unique ID that Google uses to store your preferences and other information.
Lifetime
6 months
Name
CONSENT
Use
This cookie tracks how you use a website to show you advertisements that may be of interest to you.
Lifetime
18 years
Name
__Secure-3PAPISID
Use
This cookie is used to support Google's advertising services.
Lifetime
2 years
Name
__Secure-3PSID
Use
This cookie is used to support Google's advertising services.
Lifetime
6 months
Name
__Secure-3PSIDCC
Use
This cookie is used to support Google's advertising services.