Forschungsdatenmanagement

Ein effektives Datenmanagement ist für unsere Forschung von grundlegender Bedeutung, da es sicherstellt, dass die Daten organisiert, zugänglich und wiederverwendbar sind. Wir halten uns an die FAIR-Prinzipien – auffindbar, zugänglich, interoperabel und wiederverwendbar –, um hohe Standards bei der Datenverarbeitung zu gewährleisten und Transparenz, Reproduzierbarkeit und Nachhaltigkeit zu unterstützen.

Zusammenarbeit zur Verbesserung des Datenmanagements

Unsere Zusammenarbeit mit  DataPLANT, Teil der National Research Data Infrastructure (NFDI)-Initiative, hat entscheidend zur Weiterentwicklung des Datenmanagements in den Pflanzenwissenschaften beigetragen. DataPLANT stellt innovative Methoden und Ressourcen für die Dokumentation und Verwaltung von Forschungsdaten bereit, vereinfacht die Integration in bestehende IT-Infrastrukturen und fördert die Zusammenarbeit in der wissenschaftlichen Gemeinschaft. Entscheidend für die Umsetzung des Datenmanagements in unserer Gruppe war die durch DataPlant unterstützte Einführung eines Daten-Stewards, wobei Jens Krüger vom Zentrum für Datenverarbeitung (ZDV) der Universität Tübingen eine Schlüsselrolle bei der Umsetzung spielte. Jens' Fachwissen und seine Beiträge waren ausschlaggebend für die Entwicklung einer realistisch umsetzbaren Datenverwaltungsstrategie in unserer Gruppe.

An der Universität Tübingen arbeiten wir auch eng mit dem QBiC (Quantitative Biology Center) zusammen, das unsere Forschung mit fortschrittlichen Bioinformatik- und Omics-Dienstleistungen unterstützt. QBiC bietet robuste Datenanalyse-Pipelines, sichere Datenspeicherung und Expertise im Umgang mit Hochdurchsatz-Datensätzen und gewährleistet so Zuverlässigkeit und Effizienz in unseren Forschungsabläufen.

Außerdem haben wir in Zusammenarbeit mit Jens Krüger und unserem Daten-Steward elektronische Laborbücher (eLabFTW) und Laborverwaltungssysteme eingeführt. Diese Systeme optimieren die Dokumentation, verbessern die Transparenz der Arbeitsabläufe und lassen sich nahtlos in unsere umfassendere Datenverwaltungsinfrastruktur integrieren, wodurch eine effiziente und zuverlässige Aufzeichnung unserer experimentellen Forschung unterstützt wird.

Umsetzung des Forschungsdatenmanagements

Unsere Datenverwaltungsstrategie umfasst mehrere Eckpunkte:

• Standardisierung: Wir verwenden standardisierte Formate und Protokolle für die Datenerfassung und -speicherung, um Konsistenz und Interoperabilität in allen Projekten zu gewährleisten.
• Metadaten-Annotation: Für alle Datensätze werden umfassende Metadaten aufgezeichnet, die einen detaillierten Kontext bieten und eine genaue Interpretation und Wiederverwendung gewährleisten.
• Datenaustausch: Wir fördern den offenen Datenaustausch innerhalb der wissenschaftlichen Gemeinschaft, befolgen ethische Richtlinien und stellen die Einhaltung von Datenschutzstandards sicher.
• Versuchsdokumentation und -verwaltung: Durch eLabFTW stellen wir sicher, dass experimentelle Arbeitsabläufe gut dokumentiert, zugänglich und vollständig in unsere Datenverwaltungssysteme integriert sind.
• Schulung und Unterstützung: Wir bieten Teammitgliedern fortlaufende Schulungen im Bereich Datenverwaltung an und fördern so eine Kultur der Exzellenz und bewährter Verfahren.

Unterstützung für den wissenschaftlichen Austausch

Wir sind derzeit dabei, mehrere unserer vollständig kommentierten und annotierten Datensätze zu veröffentlichen, um sicherzustellen, dass die von uns generierten Daten zu einer wertvollen Ressource für die breitere wissenschaftliche Gemeinschaft werden. Durch die Bereitstellung hochwertiger, standardisierter Datensätze möchten wir es anderen Forschern ermöglichen, auf unserer Arbeit aufzubauen, die Zusammenarbeit zu fördern und Entdeckungen im Bereich der Pflanzen-Mikroben-Interaktionen und der mikrobiellen Ökologie zu beschleunigen. Dieser Ansatz nutzt die von uns produzierten Daten voll aus und maximiert ihren Wert über unsere eigene Forschung hinaus.

Entscheidend für die Generierung dieser Datensätze und der Umsetzung unserer Datenmanagementbemühungen war die EU-Finanzierung durch das DeCoCt-Projekt. Diese Finanzierung hat die notwendigen Ressourcen bereitgestellt, um qualitativ hochwertige Daten zu produzieren und solide Datenmanagementpraktiken zu etablieren, und damit einen Maßstab für Reproduzierbarkeit und Transparenz in der pflanzenwissenschaftlichen Forschung gesetzt.