Geboren in Derendingen besuchte Krapf das spätere Uhland-Gymnasium, damals eine Lateinschule. Mit 16 ging er zur Basler Mission, kehrte dann aber wieder nach Derendingen zurück, machte 1828 das Abitur und studierte danach in Tübingen Theologie. Nach dem Studium traf er Freunde aus Basel, wodurch er zum Missionsberuf zurückfand. Daraufhin wurde er von der kirchlichen Missionsgesellschaft von England als Missionar nach Abessinien (=Äthiopien) geschickt. Bei einem Zwischenstopp in Ägypten lernte er Arabisch. In Abessinien selbst stieß er nach mehreren Zwischenstationen auf die „heidnische“ Galla-Nation. Die Volksgruppen, die der äthiopisch-orthodoxen Kirche angehören hielt er für schwer missionierbar. Krapf stellte seltene äthiopische Schriften der Wissenschaft zur Verfügung. 1844 traf er in Sansibar ein, von wo er in Richtung Galla-Nation aufbrach, trotz der Warnung des Sultans von Sansibar. Mittels des Wannika-Volks an der Küste Ostafrikas lernte er Suaheli, legte eine Grammatik für eben diese Sprache fest und schrieb ein Wörterbuch. So konnte er die Mission im Hinterland fortsetzten. Im Jahr 1846 stieß der Assistent Rebmann aus Gerlingen zu ihm. Zusammen gründeten sie im Wannika-Dorf Rabbai Mpia (oder nur Rabai) bei Mombasa mit Erlaubnis des Häuptlings eine Missionsstation. Unbekannte Völker wurden jedoch positiv beschrieben, nämlich als achtungsvoll und neugierig. Zurück in Württemberg betrieb er Sprachstudien und publizierte seine Aufzeichnungen, womit das Europaweite Interesse an Erfahrungen aus Afrika bedienen wollte. Krapf wird eine Pionierstellung in der Erkundung des inneren Ostafrika zugesprochen. Mehrere Male noch kam Krapf nach Afrika (Rabai) um Kontakt mit Stammesoberhäupten im Hinterland pflegen. In Afrika litt Krapf oft am „Fieber“, weswegen er 1855 zur Erholung nach Europa zurückkehren musste. Über diese Zeit in Afrika schrieb er auch seinen Reisebericht von 1858. Seine Aufgabe bei der Missionierung war nach eigener Aussage eine vorbereitende: „Meine Aufgabe war mehr eine recognoscirende, vorbereitende, Stationen gründende, neue Sprachen auffassende, kurz mehr eine Bahn brechende.“ (Krapf 1858: S.5). Im Dorf Rabbai Mpia (bei Mombas-a), wo sich Krapfs Missionsstandort befand, lebte er unter der Bevölkerung. Jeder Bewohner konnte zu ihm kommen und ihm Fragen über alles Stellen. Krapf verband oft moralische Fragen mit seiner christlichen Missionsarbeit (Krapf 1858: S.310ff.). Die „heidnischen“ Stammesrituale bezeichnete er als „teuflisch“ und „dunkel“. Er wendete nie Gewalt gegen die Bewohner an, er leistete vor allem passiven Widerstand gegen ihre Feste und Versuche ihn in nicht-christliche Feste einzubinden.