Thema: Die Überführung der Pipeline TSS-Captur als Webanwendung zur erleichterten Charakterisierung unbekannter RNA-Transkripte
BetreuerIn: Kay Nieselt/Mathias Witte Paz
BearbeiterIn: Thomas Vogel

Thema: Taxonomische Klassifikation bakterieller DNS-Sequenzen auf Spezieslevel mit maschinellem Lernen
BetreuerIn: Kay Nieselt/Wolfgang Fühl/Susanne Zabel
BearbeiterIn: Kevin Bertoletti

Thema: Improved methods for the analysis of multi-mapping RNA-Seq reads in rRNA depletion quality control
BetreuerIn: Kay Nieselt/Theresa Harbig
BearbeiterIn: Sarina Stadler

Thema: Improving the characterization of the 5’ and 3’ regions in TSS-Captur
BetreuerIn: Kay Nieselt/Mathias Witte Paz
BearbeiterIn: Tom Wolf

Thema: Genomweite Integration von DNA- und RNA-Daten von Covid19-Patienten
BetreuerIn: Kay Nieselt 
BearbeiterIn: Martin Kahabka

Thema:  Genome-wide characterization of lipoproteins in Corynebacteria
BetreuerIn: Kay Nieselt/Mathias Witte Paz
BearbeiterIn: Daniel Kocher

Thema: Konzeption einer Sequenzdatenbank der Bakterien zur Detektion von Außenmembranproteinen
BetreuerIn: Kay Nieselt/Simon Hackl
BearbeiterIn: Fabian Sperber

Thema: Anwendung von Methoden des unüberwachten maschinellen Lernens zur Charakterisierung von Genotypdaten
Betreuerin: Kay Nieselt/Simon Hackl
Bearbeiterin: Leonard Bumiller

Thema: Improving CLASSICO
Betreuerin: Kay Nieselt/Mathias Witte Paz
Bearbeiterin: Eileen Kränzle

Thema: Genotypen in Treponema pallidum
Betreuerin: Kay Nieselt/Simon Hackl
Bearbeiterin: Jonathan Nemitz

Thema: Ein interaktives Webinterface für TSSpredator
Betreuerin: Kay Nieselt/Mathias Witte Paz
Bearbeiterin: Valerie Bouillon

Thema: Verbesserung von Genomannotationen mit Hilfe von Transkriptom- und Proteomdaten
Betreuerin: Kay Nieselt/Caroline Jachmann/Mathias Witte Paz
Bearbeiterin: Moritz Christ

Thema: Vergleich von Genomvarianten bei unterschiedlichen Assembly- und SNP-Calling-Strategien
Betreuerin: Kay Nieselt/Theresa Harbig
Bearbeiterin: Mareen Hundt

Thema: Dimension reduction in Mayday 2.0 with applications to multi-omics data
BetreuerIn: Kay Nieselt/Susanne Zabel
BearbeiterIn: Jutta Seth

Thema: Co-appearances of genes in microbiomes
BetreuerIn: Kay Nieselt/Susanne Zabel
BearbeiterIn: Johannes Hölle

Thema: Data mining for conditions which influence the echolocation behavior of forgaging Rhinopoma
BetreuerIn: Kay Nieselt/Prof. Schnitzler
BearbeiterIn: Marc Krause

Thema: Integration of statistical methods into Evidente
BetreuerIn: Kay Nieselt/Theresa Harbig
BearbeiterIn: Sophie Pesch

Thema: Rekonstruktion und Vergleich von Transkriptensequenzen in Streptomyces coelicolor Zeitserien
BetreuerIn: Kay Nieselt
BearbeiterIn: Franziska Daumüller

Thema: Erweiterte Funktionalitäten für EAGER
BetreuerIn: Kay Nieselt
BearbeiterIn: Lennart Krohn

Thema: Detection of DNA contamination in RNA-seq data
BetreuerIn: Kay Nieselt
BearbeiterIn: Henry Böhm

Thema: GenomeRing - eine Standalone Java FX-Anwendung
BetreuerIn: K. Nieselt
BearbeiterIn: Eyyub Bag

Thema: Eine vergleichende Studie von Microarray- und RNASeq-Daten
BetreuerIn: K. Nieselt
BearbeiterIn: Nadine Schacherer

Thema: Detektion differentiell exprimierter Gene in Zeitreihendaten am Beispiel Streptomyces coelicolor
BetreuerIn: K. Nieselt
BearbeiterIn: Hannah Frank

Thema: Gene regulatory networks from time series expression data in Streptomyces coelicolor
BetreuerIn: K. Nieselt
BearbeiterIn: Marvin Döbel

Thema: Differential gene expression in different healthy human brain regions using CAGE-seq data
BetreuerIn: K. Nieselt/A. Hennig
BearbeiterIn: An Jiahui

Thema: Indexing the SuperGenome
BetreuerIn: K. Nieselt/A. Hennig
BearbeiterIn: Mauro Di Girolamo

Thema: Comparison of microarray and RNA-seq derived transcriptomes in Streptomyces coelicolor
BetreuerIn: K. Nieselt
BearbeiterIn: Kilian Bunge

Thema: EVIDENTE – A Visual Analytics Tool for Data Enrichment in Phylogenetic Trees
BetreuerIn: A. Seitz/K. Nieselt
BearbeiterIn: Mathias Alexander Witte Paz

Thema: Effiziente Identifikation von Claden-spezifischen SNPs
BetreuerIn: A. Seitz/K. Nieselt
BearbeiterIn: Katrin Fischer

Thema: Erstellung eines Web User Interface für die Vorhersage von Transkriptionsstartpunkten aus dRNA-seq-Daten
BetreuerIn: S. Fillinger/K. Nieselt
BearbeiterIn: Julian Müller

Thema: Implementierung eines Tools zur Maskierung repetitiver Sequenzen in Genomen
BetreuerIn: A. Seitz/K. Nieselt
BearbeiterIn: Friederike Hanssen

Thema: Genomic haplotype phasing and motif searching around recomination hotspots in stickleback fish
BetreuerIn: F. Jones/K. Nieselt
BearbeiterIn: Marcus Lahm

Thema: Evaluierungstoolbox zur Assemblierung kurzer Sequenzfragmente altertümlicher, metagenomischer Proben
BetreuerIn: A. Seitz/K. Nieselt
BearbeiterIn: Lars-Christian Archauer

Thema: Funktions- und strukturbasierte Analyse genetischer Varianten mit Fokus auf klinische Phänotypen
BetreuerIn: A. Seitz/F. Battke
BearbeiterIn: Tobias Koch

Thema: Funktionale Annotation von genetischen Varianten mit Fokus auf klinische Phänotypen
BetreuerIn: A. Seitz/F. Battke
BearbeiterIn: Jonas Kübler

Thema: PanGeeDB: A SuperGenome-based database for Pan-genomes
BetreuerIn: A. Hennig/K. Nieselt
BearbeiterIn: Marie Gauder

Thema: Genexpressionsstudien in Streptomyces coelicolor mit Hilfe von Mayday
BetreuerIn: A. Hennig/K. Nieselt
BearbeiterIn: Alexander Stoppel

Thema: Implementierung einer Toolbox zur automatisierten Reportgenerierung innerhalb der EAGER Pipeline
BetreuerIn: K. Nieselt/A. Peltzer
BearbeiterIn: Maximilian Hanussek

Thema: Toolbox zur Erstellung von Contamination Reports innerhalb der EAGER Pipeline
BetreuerIn: K. Nieselt/A. Peltzer
BearbeiterIn: Christopher Jürges

Thema: The expression landscape of monozygotic twins
BetreuerIn: K. Nieselt
BearbeiterIn: Alicia Owen

Thema: Collact.me Android App Development
BetreuerIn: A. C. Polatkan
BearbeiterIn: Nicolai Wahn

Thema: Tweet content mining and visualization of user reputation scores for Collact.me framework
BetreuerIn: A. C. Polatkan
BearbeiterIn: Philipp Weber

Thema: TOPAS – Toolkit for Processing and Annotating Sequence Data
BetreuerIn: K. Nieselt
BearbeiterIn: Simon Heumos

Thema: Bigramm-Alignierung und ihre Anwendung in der historischen Linguistik
BetreuerIn: S. Steiner/C. Höner zu Siederdissen/K. Nieselt
BearbeiterIn: Nancy Retzlaff

Thema: Interaktives visuelles Clustering
BetreuerIn: G. Jäger
BearbeiterIn: Eugen Netz

Thema: Design and implementation of administration and enrichment tools for the Collaborative Social Network: Collact
BetreuerIn: A. C. Polatikan
BearbeiterIn: Martin Lang

Thema: Mikrogravitationsabhänige Genexpression in Arabidopsis thaliana
BetreuerIn: K. Nieselt/G. Jäger
BearbeiterIn: Nina Spirer

Thema: Parallelisierung des QT-Clusterings in Mayday
BetreuerIn: G. Jäger/K. Nieselt
BearbeiterIn: Sebastian Nagel

Thema: Design und Implementierung einer REST-API für ein Soziales Netzwerk
BetreuerIn: A. C. Polatkan/K. Nieselt
BearbeiterIn: Patrick Haug

Thema: Extrahierung und Klassifizierung von Microblogging-Inhalten mit Anwendung auf bioinformatische Themen
BetreuerIn: A. C. Polatkan/K. Nieselt
BearbeiterIn: Jonas Begemann

Thema: Genomweite Expressionsanalyse mesenchymaler Stammzellen
BetreuerIn: K. Nieselt/Prof. Aicher
BearbeiterIn: André Hennig

Thema: Transcript Count Statistics for Expression Studies from Second-Generation Sequencing Data
BetreuerIn: F. Battke/K. Nieselt
BearbeiterIn: Dilek Tuncbilek

Thema: Interaktive Visualisierung von systembiologischen Daten
BetreuerIn: K. Nieselt/S. Symons
BearbeiterIn: Matthias Munz

Thema: Vergleich von Vorhersage-Verfahren für non-coding RNAs in Bakterien
BetreuerIn: K. Nieselt/A. Herbig
BearbeiterIn: Philipp Kirstahler

Thema: Sequence based filtering of RNA-RNA interaction candidates
BetreuerIn: K. Nieselt/A. Herbig
BearbeiterIn: Julian Gutekunst

Thema: Fast alignment methods of RNA-sequencing data
BetreuerIn: K. Nieselt/F. Battke
BearbeiterIn: Björn Petri

Thema: Detecting and modelling time shifts in microarray time series data applying Gaussian processes
BetreuerIn: K. Nieselt/O. Stegle (MPI)
BearbeiterIn: Max Zwießele

Thema: Experimentelle Annotation der Transkriptionslandschaften von Candida albicans und Candida dubliniensis
BetreuerIn: K. Nieselt/K. Sohn (GB)
BearbeiterIn: Philip Stevens

Thema: Automatisierung von Mayday mit Java Scripta>
BetreuerIn: K. Nieselt/F. Battke
BearbeiterIn: Tobias Ries

Thema: Statistical Data Analysis for the Detection of Differentially Expressed Genes
BetreuerIn: K. Nieselt/S. Symons
BearbeiterIn: Sina Beier

Thema: Motif finding in Mayday
BetreuerIn: K. Nieselt/F. Battke
BearbeiterIn: Frederik Weber

Thema: QT-Clustering für Mayday
BetreuerIn: K. Nieselt/J. Dietzsch
BearbeiterIn: Günter Jäger

Thema: Erstellung eines effizienten Visualisierungs-Frameworks für Mayday
BetreuerIn: K. Nieselt/F. Battke
BearbeiterIn: Philipp Bruns

Thema: Regulatorische Netzwerke mit Association-Mining
BetreuerIn: K. Nieselt/S. Symons
BearbeiterIn: Christian Sieber

Thema: Datenbank und Analyse von Immunologie-Expressionsdaten
BetreuerIn: K. Nieselt/S. Symons
BearbeiterIn: Steffen Sass