Dr. Andreas Dräger
Juniorprofessor für rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger
Büro
Institut für Informatik
Institut für Biomedizinische Informatik
Sand 14 ・ Erdgeschoss ・ Raum C108
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andreas.draeger @uni-tuebingen.de
Sprechzeiten
Montags 10:00 bis 12:00 Uhr
oder nach Vereinbarung
Bibliographie
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Soziale Medien
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Forschung
Schwerpunkte
Die Arbeitsgruppe entwickelt und nutzt Computer-Modelle, um zwei wesentliche Themengebiete zu untersuchen:
- Optimierung biotechnologischer Prozesse
- Entstehung und Verlauf von Krankheiten auf molekularer Ebene
Durch Simulation dieser Modelle kann ein besseres Verständnis der komplexen wechselseitigen Einflüsse gewonnen werden, die im Inneren lebender Organismen und in deren mikrobiellen Ökosystemen stattfinden. Die Arbeit gliedert sich in:
- Systembiologische Modellierung, insbesondere die Dynamik biologischer Netzwerke, einschließlich metabolischer, Signaltransduktions- und genregulatorischer Netzwerke unter Benutzung vielfältiger Technologien einschließlich maschinellem Lernen
- Entwicklung effizienter Algorithmen für Modellerstellung, die Simulation und Kalibrierung.
- Anwendung und Entwicklung quelloffener Software, Bibliotheken und Standards für die Repräsentation sowie effiziente Verarbeitung von Modellen
- Abbildung biologischer Daten auf Modelle zum Zwecke der Visualisierung und Ergebnisinterpretation
Aktuelle Forschungsprojekte
Aktuelle Forschungsprojekte der Arbeitsgruppe finden Sie unter dem Punkt „Forschung”.
Abgeschlossene Forschungsprojekte
Projekte der Arbeitsgruppe für Rechnerbasierte Systembiologie
Abgeschlossene Projekte der Arbeitsgruppe für Systembiologie finden Sie am unteren Ende folgender separaten Seite.
Frühere Forschungsprojekte
Durch die Europäische Union gefördertes Projekt (FP7)
- AMBiCon: Automated multi-level modeling of biological systems considering physico-chemical constraints (2013 - 2015, Förderkennzeichen 332020). Dieses Marie Curie International Outgoing Fellowship (IOF) wurde gemeinsam mit der Universität von Kalifornien zu San Diego (UCSD) am dortigen Institut für Bioingenieurwesen in der Systembiologie-Forschungsgruppe von Prof. Bernhard Ø. Palsson durchgeführt.
Von der Universität Tübingen gefördertes Projekt
- Inference of biochemical reaction systems considering physico-chemical constraints (2011 - 2012, Förderkennzeichen 18017002).
Studenten-Projekte für quelloffene Software
- Projekt im Rahmen des National Resource for Network Biology Summer of Code zur Entwicklung von CySBML als eine neue Cytoscape-App für SBML-Unterstützung.
- Google Summer of Code 2014: ein quelloffenes Projekt für internationale Studenten gefördert durch Google Inc. In unserem Teilprojekt wurde die Java™-Bibliothek JSBML erweitert und neue Funktionen wurden implementiert - Weitere Informationen
- Google Summer of Code 2010
Durch das Bundesministerium für Forschung und Bildung (BMBF) geförderte Projekte
- Die Virtuelle Leber: Ein Projekt mit dem Ziel ein umfassendes Modell der menschlichen Leber zu erstellen (2010 - 2015, Förderkennzeichen 0315756).
- Nationales Genomforchungsnetz (NGFN-Plus): medizinische Genomforschung mit Focus auf die Parkinsonsche Krankheit (2009 - 2013, Förderkennzeichen 01GS08134).
- Spher4Sys: ein auf Systembiologie basierter Ansatz für die präklinische Entwicklung von Leitstrukturen unter Benutzung eines in-vivo-ähnlichen Spheroid-Testsystems. Dieses Projekt trägt zum Netzwerk der medizinischen Systembiologie bei (MedSys, 2009 - 2012, Förderkennzeichen 0315384C).
- HepatoSys: Systembiologie der menschlichen Leber, insbesondere der Detoxifikationsprozesse in Verbindung mit Statinbehandlung (2006 - 2010, Förderkennzeichen 0313080).
- NGFN-II EP: Exploratives Projekt zur Rekonstruktion genregulatorischer Netzwerke im Nationalen Genomforschungsnetz (2005 - 2009, Förderkennzeichen 0313323).
Vom Land Baden-Württemberg geförderte Projekte
- Identifikation und Analyse metabolischer Netze aus experimentellen Daten (Identification and analysis of metabolic networks given experimental data, 2006 - 2008, Vertragsnummer 7532.22-26-18).
- Tübinger Bioinformatik-Grid: Entwicklung und Anwendung neuer Bioinformatikansätze und Algorithmen auf Hochleistungs- und mehrfachparallele Computer (2006 - 2008, Vertragsnummer 23-7532.24-4-18/1).
Lehre
Aktuelle Lehrveranstaltungen, Kurse, Seminare und praktische Kurse zur Systembiologie sowie verwandten Themen finden Sie auf der separaten Seite „Lehre”.
Frühere Lehrveranstaltungen
Systembiologie-Forschungsgruppe der Universität Kaliforniens zu San Diego
Bioengineering 123 (2 + 2 SWS, Winterquartal 2014)
Arbeitsgruppe „Kognitive Systeme” der Universität Tübingen
- Übungen Künstliche Intelligenz (2 SWS, Wintersemester 2012)
- Proseminar: Artificial Life (2 SWS, Sommersemester 2012)
- Praktikum Software Engineering (2 SWS, Sommersemester 2012)
- Seminar: Systembiologie (2 SWS, Wintersemester 2011)
- Proseminar: Moderne evolutionäre Optimierungsverfahren (2 SWS, Wintersemester 2011)
- Übungen Evolutionäre Algorithmen (2 SWS, Sommersemester 2011)
- Praktikum Software Engineering (2 SWS, Sommersemester 2011)
- Seminar: Regulatorische und metabolische Netze in der Systembiologie (2 SWS, Sommersemester 2009)
- Proseminar: Einführung in die Systembiologie (2 SWS, Wintersemester 2008)
- Seminar: Regulatorische und metabolische Netze (2 SWS, Sommersemester 2008)
- Practical Course: Software Engineering (2 SWS, Sommersemester 2007)
- Seminar: Inference of Regulatory and Metabolic Networks in Systems Biology (2 SWS, Sommersemester 2007)
- Seminar: Inferenz regulatorischer und metabolischer Netze in der Systembiolgie (2 SWS, Wintersemester 2006)
- Proseminar: Mashine Learning (2 SWS, Sommersemester 2006)
Curriculum Vitae
Seit 2024
Professor für Datenanalytik und Bioinformatik
an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
2018-2024
Juniorprofessor
an der Universität Tübingen mit Schwerpunkt rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger
2017
Verleihung des Baden-Württemberg-Zertifikates für Hochschuldidaktik
Qualifikation als Hochschullehrer durch das Hochschuldidaktik-Zentrum der Universitäten Baden-Württembergs.
2016-2018
Projektleiter und Dozent
am von Prof. Dr.-Ing. Oliver Kohlbacher geleiteten Lehrstuhl für Angewandte Bioinformatik im Zentrum für Bioinformatik (ZBIT) an der Universität Tübingen
2015-2016
Postdoktorand
in der von Prof. Dr. Andreas Zell geleiteten Arbeitsgruppe für Kognitive Systeme im Institut für Informatik der Universität Tübingen
2013-2015
Postdoktorand in San Diego
an der Universität von Kalifornien zu San Diego (UCSD) in der von Prof. Dr. Bernhard Ø. Palsson geleiteten Systembiologie-Forschungsgruppe des Instituts für Bioingenieurwesen
2011-2013
Nachwuchsgruppenleiter
am Zentrum für Bioinformatik (ZBIT) der Universität Tübingen
2011
Promotion mit Auszeichnung
Promotionspreis des Jahres der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der der Universität Tübingen
2010
Gastdoktorand in Yokohama
in der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Akira Funahashi im Institut für Biowissenschaften und Informatik der Keio-Universität zu Yokohama in Japan
2006-2011
Wissenschaftlicher Mitarbeiter und Doktorand
in der Abteilung für Rechnerarchitektur im Institut für Informatik der Universität Tübingen
2006
Diplom in Bioinformatik
von der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Halle (Saale)
2004
Forschungspraktikum in Chicago
in Prof. Dr. Simon Silvers Arbeitsgruppe im Institut für Mikrobiologie und Immunologie der Universität von Illinois zu Chicago
2003
Vordiplom in Bioinformatik
an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Halle (Saale)
2001-2002
Gewählter Studentenvertreter
im Fachschaftsrat des Instituts für Mathematik und Informatik der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
2001
Werksstudent in Berlin (Dahlem)
in der Arbeitsgruppe von Dr. Richard Reinhard im Max-Planck-Institut für Molekulare Genetik
2000-2006
Studium der Bioinformatik
in der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg in Halle (Saale)
1999
Abitur mit Auszeichnung
Gymnasium "Wilhelm und Alexander von Humboldt" in Hettstedt
Auszeichnungen und Ehrungen
- iGEM Bronce-Medaille 2016 als Mentor des Teams der Universität Tübingen
- Preis für eine ausgezeichnete Präsentation des F1000-Journals in Orlando, Florida, USA, für das Plakat über Escher und die BiGG-Models-Datenbank [ DOI ]
- iGEM Gold-Medaille 2014 für Software-Entwicklung im Team der Universität von Kalifornien zu San Diego (UCSD)
- Dissertationspreis des Jahres 2011 der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Tübingen
- Abitur mit Auszeichnung durch das Gymnasium "Alexander und Wilhelm von Humboldt" in Hettstedt
Wissenschaftskommunikation
Medienberichte und Pressemeldungen zu wissenschaftlichen Ergebnissen
Fernsehen
18.03.2021 Deutschland | SWR Fernsehen odysso – Wissen im SWR https://www.swr.de/wissen/odysso/wo-bleiben-die-medikamente-100.html |
03.03.2021 Deutschland | ARD |
02.03.2021 Deutschland | NDR VISITE Corona: Wie wirksam sind neue Medikamente gegen das Virus? |
17.01.2021 Bulgarien | BTV Ексклузивно: Първа стъпка към откриването лекарство срещу COVID-19 С ръководителя на проекта професор Андреас Дрегер, разговаря Цвети Петрунова |
17.01.2021 Bulgarien | Nova BG СЛАБОТО МЯСТО НА COVID-19: Близо ли сме до победата над заразата? |
11.01.2021 Russland | Vesti / Russia-24 Коронавирус Ученые РФ и ФРГ нашли способы уничтожать COVID-19 https://www.vesti.ru/article/2508751, https://smotrim.ru/article/2508751 |
10.01.2021 Deutschland | RTL – online Beitrag und Sendungen „Punkt 12“ am 11. Januar 2021 sowie „Nachtjournal“ am 12. Januar 2021 Enzym gefunden Forscher entdecken Coronavirus-Schwachstelle - kann die Pandemie gestoppt werden? |
10.01.2021 Deutschland | n-tv Forscher finden "Zielscheibe" Entdeckung könnte Weg zu Corona-Medikament ebnen |
09.01.2021 Deutschland | RTL AKTUELL https://www.tvnow.de/shows/rtl-aktuell-33/2021-01/episode-9-sendung-vom-09-01-2021-3902733 Bericht startet bei Minute 14:34 |
09.01.2021 Deutschland | SWR AKTUELL BIOINFORMATIKER ERFORSCHEN DIE SCHWACHPUNKTE DES VIRUS Neuer Ansatz für Corona-Therapie an Tübinger Uni https://www.swr.de/swraktuell/baden-wuerttemberg/tuebingen/corona-therapie-100.html |
Hörfunk / Radio und Podcasts
27.03.2023 SWR4 Baden-Württemberg Deutschland | Nachrichten Aus dem Studio Tübingen von Montag gegen 11:30 Uhr Tübinger Forschende erstellen ein Computer-Programm, um Wirkstoffe gegen Viruserkrankungen zu entwickeln |
07.09.2021 | Podcast Ep. 04 | Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger on systems biology and fighting antimicrobial-resistant pathogens |
22.01.2021 Hitradio Antenne 1 Deutschland | Nachrichten https://www.antenne1.de/posts/11634a77-4443-4425-be3e-09a1dcdb6049 |
Printmedien
28.03.2023 Deutschland | Reutlinger General-Anzeiger |
22.07.2021 Deutschland | Jungforscher in Nagold Mit Stolz präsentieren sie erste Ergebnisse Schwarzwälder Bote |
WS 2020/21 Deutschland | Faktor 14 - Studierendenmagazin für Wissenschaft und Forschung, Heft 16, S. 27, Frühjahr 2021 COVID-19-Forschung in Tübingen |
15.01.2021 Deutschland | c't 2021, Heft 3, S. 40 Covid-19-Medizin in der Simulation |
15.01.2021 Deutschland | Schwäbisches Tagblatt Corona Durchbruch im Kampf gegen das Virus? https://www.tagblatt.de/Nachrichten/Medikamente-errechnen-486165.html |
14.01.2021 Deutschland | Südkurier Seit fast einem Jahr liegt der mögliche Schlüssel zu einem Corona-Medikament vor: Darum bekommt eine Tübinger Studie erst jetzt Aufmerksamkeit |
09.01.2021 Deutschland | Reutlinger General-Anzeiger FORSCHUNG |
08.01.2021 Deutschland | Berliner Zeitung Suche nach Medikament Covid-19: Bioinformatiker entdecken Schwachstelle des Coronavirus |
Online Zeitschriften und Blogs
10.04.2023 Indien | India Education Diary Experts Develop Computer Modeling To Speed-Up The Development Of Antiviral Drugs |
07.04.2023 USA | GenomeWeb Modernized Algorithm Predicts Drug Targets for SARS-CoV-2, Other RNA Viruses |
25.03.2023 Deutschland | RTF1 Universität Tübingen: Forscher suchen im Computermodell nach Angriffspunkten gegen Infektionen |
23.03.2023 Vereinigtes Königreich | Phys.org Using targeted computer modeling to accelerate antiviral drug development |
06.07.2021 Deutschland | MEDIZIN GEGEN COVID-19 300 MILLIONEN FÜR CORONA-MEDIKAMENTE – WO STEHEN DIE FORSCHER IN JENA, MÜNCHEN, TÜBINGEN? https://www.mdr.de/wissen/corona-medikamente-fokus-100.html |
28.06.2021 Deutschland | Apotheken-Umschau Bioinformatiker Dr. Andreas Dräger erklärt uns, wie er mit einem Computermodell Schwachstellen im Virus findet, die dann genutzt werden können. |
17.02.2021 Schweiz | 20 minuten HOFFNUNG IN SPRAY-FORM Bereits etablierter Wirkstoff verhindert schwere Covid-19-Verläufe |
17.02.2021 Österreich | Heute CORONAVIRUS Dieser Wirkstoff verhindert schwere Corona-Verläufe Forscher haben einen Wirkstoff identifiziert, mit dem milde Corona-Verläufe abgekürzt und schwere Verläufe um bis zu 90 Prozent verhindert werden. https://www.heute.at/s/dieser-wirkstoff-verhindert-schwere-corona-verlaeufe-100128495 |
25.01.2021 Luxemburg | L'essentiel Radio Luxembourg Durchbruch Bringt uns dieser Fund Corona- Medikamente? |
25.01.2021 Österreich | Heute Beschert uns diese Entdeckung bald Corona-Medikamente? https://www.heute.at/s/beschert-uns-diese-entdeckung-bald-corona-medikamente-100124436 |
25.01.2021 Schweiz | 20 minuten DURCHBRUCH Ist das die Entdeckung, die uns Corona-Medikamente beschert? https://www.20min.ch/story/ist-das-die-entdeckung-die-uns-corona-medikamente-beschert-415133540435 |
24.01.2021 Deutschland | FOCUS ONLINE Daran forschen die Deutschen Die Welt blickt auf Impfstoffe - doch andere Covid-19-Mittel sind genauso wichtig |
20.01.2021 Iran | ISNA کشف آنزیمی که تکثیر ویروس کرونا را متوقف میکند https://www.isna.ir/news/99102216733/کشف-آنزیمی-که-تکثیر-ویروس-کرونا-را-متوقف-می-کند |
20.01.2021 Iran | Qalamna کشف آنزیمی که تکثیر کرونا را متوقف میکند https://qalamna.ir/fa/news/222348/کشف-آنزیمی-که-تکثیر-کرونا-را-متوقف-می%E2%80%8C |
17.01.2021 Bulgarien | Blitz.bg Прочети повече в Проговори ученият, който разработва хапче срещу COVID-19 |
17.01.2021 Russland | REN.tv Массовая вакцинация от COVID-19 стартует в России: что нужно знать Вакцину от коронавирусной инфекции отгружают на заводах крупными партиями. |
16.01.2021 Deutschland | Schwäbisches Tagblatt Der Tag in der Region Live-Blog: Moderna-Impfstoff in Tübingen angekommen: Unterschiede zu Biontech |
15.01.2021 Deutschland | Deutsche Apotheker-Zeitung COMPUTERMODELL Menschliches Enzym gehemmt: SARS-CoV-2-Vermehrung gestoppt |
13.01.2021 Ukraine | TSN.ua Німецькі вчені знайшли слабке місце коронавірусу: це допоможе створити ліки Більше читайте тут: |
13.01.2021 Deutschland | FRANKFURT LIVE - Das Online-Gesellschaftsmagazin aus Frankfurt am Main Nachrichten https://www.frankfurt-live.com/neue-schwachstelle-des-virus-entdeckt-128228.html |
13.01.2021 Deutschland | inFranken.de Covid-19 Corona-"Schwachpunkt" entdeckt: Wichtiges Enzym könnte Verbreitung stoppen |
12.01.2021 Deutschland | Pharmazeutische Zeitung - Die Zeitschrift der Deutschen Apotheker Antivirale Wirkstoffe Neues Target gegen SARS-CoV-2 entdeckt https://www.pharmazeutische-zeitung.de/neues-target-gegen-sars-cov-2-entdeckt-122976/ |
12.01.2021 Deutschland | Merkur.de MEDIKAMENT KANN AUF SCHWACHSTELLE ABZIELEN Schlag gegen Corona: Deutsche Forscher entdecken Virus-Schwachstelle - möglicher Durchbruch für Medikament |
12.01.2021 Deutschland | 24Vest MEDIKAMENT KANN AUF SCHWACHSTELLE ABZIELEN |
11.01.2021 Deutschland | echo24 Enzym-Blockade CORONAVIRUS: FORSCHER-DURCHBRUCH! SCHWACHSTELLE ENTDECKT – PANDEMIE-ENDE ENDLICH MÖGLICH? |
11.01.2021 Bulgarien | DW ЕВРОПА [EUROPA] https://www.dw.com/bg/пробив-откриха-пътя-за-лечение-на-ковид-19/a-56193252 |
11.01.2021 Bulgarien | Expert Откриха ензим, влияещ на коронавируса https://www.expert.bg/macroview/healthy/otkriha-enzim-vlijaesht-na-koronavirusa-1546437.html |
11.01.2021 Brasilien | Journal Do Brasil CIÊNCIA E TECNOLOGIA Revelada enzima que influencia propagação do SARS-CoV-2 no organismo humano |
11.01.2021 Deutschland | Android Kosmos Featured News Kommt jetzt ein Corona-Medikament statt Impfung? Durchbruch bei der Forschung zu Covid! |
11.01.2021 Deutschland | bitcoin-nachrichten Forscher finden Weg, Coronaviren zu stoppen https://www.bitcoin-nachrichten.com/news/forscher-finden-weg-coronaviren-zu-stoppen/55411/ |
11.01.2021 Deutschland | Berliner Kurier Vermehrung soll aufgehalten werden Forscher entdecken Schwachstelle im Virus: Ist das der Schlüssel zum Corona-Medikament? |
10.01.2021 Russland | RG Обнаружен фермент, от которого зависит распространение в организме COVID-19 |
09.01.2021 Italien | IL Mitte - Berlino Germania, nuovo farmaco contro il Covid-19? Da Tubinga una scoperta promettente |
08.01.2021 Deutschland | RUHR24 Deutsche Forscher machen Entdeckung |
07.01.2021 Deutschland | MDR COVID-19 JENA, DRESDEN, TÜBINGEN - VIELVERSPRECHENDE ANSÄTZE FÜR EIN CORONA-MEDIKAMENT https://www.mdr.de/wissen/corona-medikamente-ueberblick-100.html |
06.01.2021 Deutschland | Heilpraxis SARS-CoV-2-Forschung: Neues Enzym als Schlüssel gegen das Coronavirus identifiziert |
05.01.2021 Bulgarien | MedConsult Covid-19 - Учени откриха ново слабо място във вируса https://medconsult.bg/news/hot-topic/item/3345-covid-19-ucheni-otkriha-novo-slabo-myasto-vav-virusa |
05.01.2021 Deutschland | Computer Bild Special > Digital Lifestyle - Corona-Studie Coronavirus: Deutsche Bioinformatiker entwickeln Therapie |
05.01.2021 Spanien | Bionity Engañar al SARS-CoV-2 con bioinformática https://www.bionity.com/es/noticias/1169294/engaar-al-sars-cov-2-con-bioinformtica.html |
04.01.2021 Deutschland | MTA-Dialog (Deutscher Ärzteverlag) COVID-19 SARS-CoV-2: Bioinformatiker entdecken neue Schwachstelle https://www.mta-dialog.de/artikel/sars-cov-2-bioinformatiker-entdecken-neue-schwachstelle.html |
02.11.2020 UK | News Medical Life Sciences Global collaboration provides a COVID-19 disease map https://www.news-medical.net/news/20201102/Global-collaboration-provides-a-COVID-19-disease-map.aspx |
13.05.2020 Luxemburg | ScienceDaily COVID-19 Disease Map: A comprehensive repository https://www.sciencedaily.com/releases/2020/05/200513121651.htm |
Pressemitteilungen
24.03.2023 Deutschland | Informationsdienst Wissenschaft Forschungsergebnisse, Wissenschaftliche Publikationen |
24.03.2023 Deutschland | DZIF - Pressemitteilung Vorbereitung auf die nächste Pandemie: Gezielte Computermodellierung zur schnelleren Entwicklung antiviraler Medikamente |
23.03.2023 Deutschland | Exzellenzcluster – Kontrolle von Mikroben im Kampf gegen Infektionen (CMFI) |
23.03.2023 Deutschland | Universität Tübingen |
02.06.2021 Deutschland | attempto online SARS-CoV-2: Ein Computermodell macht mögliche Angriffspunkte von Virus und Virusmutanten sichtbar https://uni-tuebingen.de/universitaet/aktuelles-und-publikationen/attempto-online/newsfullview-attempto/article/sars-cov-2-ein-computermodell-macht-moegliche-angriffspunkte-von-virus-und-virusmutanten-sichtbar-1/ |
01.06.2021 Deutschland | DZIF - Pressemitteilung |
04.01.2021 Deutschland | idw – Informationsdienst Wissenschaft SARS-CoV-2: Bioinformatiker entdecken eine neue Schwachstelle des Virus Deutsches Zentrum für Infektionsforschung |
04.01.2021 Deutschland | innovations report Biowissenschaften Chemie SARS-CoV-2: Bioinformatiker entdecken eine neue Schwachstelle des Virus |
30.11.2020 Deutschland | Universität Tübingen attempto online COVID-19: Seltene Zellen im Blut weisen auf schweren Verlauf hin |
29.04.2020 Deutschland | Universität Tübingen Potentielles Wirkstoffziel: Wie das Ausschalten eines Enzyms das Virus SARS-CoV-2 stoppen könnte |
13.03.2020 Deutschland | Universität Tübingen attempto online |
09.03.2020 Deutschland | Universität Tübingen Aktuelles Neues Software-Tool fördert die Qualitätskontrolle virtueller Stoffwechselmodelle |
20.02.2018 Deutschland | Universität Tübingen Pressemitteilungen Archiv |
31.08.2017 EU | Eurpäische Kommission Modelling the essential genes of microbial life |
11.08.2015 Deutschland | innovations report Biowissenschaften Chemie Minimalausstattung für den Mikroorganismus |
10.08.2015 USA | UC San Diego | Jacobs School of Engineering Bioengineers identify the key genes and functions for sustaining microbial life |
Publikationen und Vorträge
Umfassende Publikationslisten finden Sie auch im NCBI-Pubmed-Profil sowie bei Google-Scholar und im Loop-Profil.
Monographien (Thesen)
- Computational Modeling of Biochemical Networks.
Andreas Dräger. Doktorarbeit, Universität Tübingen, Tübingen, Januar 2011.
[ Link ] - Automatische und vergleichende Analyse bakterieller Genome mit Schwerpunkt auf Ralstonia/Cupriavidus-Arten sowie verwandten Proteobakerien.
Andreas Dräger. Diplomarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, von-Seckendorff-Platz 1, 06120 Halle (Saale), Dezember 2005.
[ PDF ] - Suche häufiger Proteinfragmente unter Berücksichtigung von Mutationen und Lücken.
Andreas Dräger. Projektarbeit, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, von-Seckendorff-Platz 1, 06120 Halle (Saale), August 2003.
Aufsätze
- Perspectives on computational modeling of biological systems and the significance of the SysMod community
Bhanwar Lal Puniya, Meghna Verma, Chiara Damiani, Shaimaa Bakr und Andreas Dräger
Bioinformatics Advances, 26. Juni 2024
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Genome-Scale Modeling of Rothia mucilaginosa Reveals Insights into Metabolic Capabilities and Therapeutic Strategies for Cystic Fibrosis
Nantia Leonidou, Lisa Ostyn, Tom Coenye, Aurélie Crabbé und Andreas Dräger
Microbiology Spectrum, 23. April 2024
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Genome-scale metabolic models consistently predict in vitro characteristics of Corynebacterium striatum
Famke Bäuerle, Gwendolyn O. Döbel, Laura Camus, Simon Heilbronner und Andreas Dräger
Frontiers in Bioinformatics, Section Network Bioinformatics, 23. Oktober 2023.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - An integrated systems-biology approach reveals differences in formate metabolism in the genus Methanothermobacter
Isabelle Casini, Tim McCubbin, Sofia Esquivel-Elizondo, Guillermo G. Luque, Daria Evseeva, Christian Fink, Sebastian Beblawy, Nicholas D. Youngblut, Ludmilla Aristilde, Daniel H. Huson, Andreas Dräger, Ruth E. Ley, Esteban Marcellin, Largus T. Angenent, Bastian Molitor
iScience, 22. September 2023
[ Details | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Can Genome Sequencing Coupled to Flux Balance Analyses Offer Precision Guidance for Industrial Strain Development? The Lessons from Carbon Trafficking in Corynebacterium glutamicum ATCC 21573
Eldin Kurpejović, Daniel Wibberg, Gülsüm Merve Bastem, Arthur Burgardt, Tobias Busche, Fatma Ece Altınışık Kaya, Andreas Dräger, Volker F. Wendisch und Berna Sarıyar Akbulut
OMICS: A Journal of Integrative Biology, 27:9, 14. September 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Advancements in Computational Modelling of Biological Systems: seventh annual SysMod meeting
Bhanwar Lal Puniya und Andreas Dräger
Bioinformatics, 14. September 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - SBOannotator: a Python Tool for the Automated Assignment of Systems Biology Ontology Terms
Nantia Leonidou, Elisabeth Fritze, Alina Renz und Andreas Dräger
Bioinformatics 2023, 14. Juli 2023.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - New workflow predicts drug targets against SARS-CoV-2 via metabolic changes in infected cells
Nantia Leonidou, Alina Renz, Reihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger
PLOS Computational Biology, 19(3): e1010903. 23. März 2023
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Genome-scale model of Pseudomonas aeruginosa metabolism unveils virulence and drug potentiation
Sanjeev Dahal, Alina Renz, Andreas Dräger und Laurence Yang
Communications Biology, 6, 165, 10. Februar 2023.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Hierarchical modelling of microbial communities
Manuel Glöckler, Andreas Dräger und Reihaneh Mostolizadeh
Bioinformatics, 17. Januar 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Computational modelling in health and disease. Highlights of the 6th annual SysMod meeting
Anna Niarakis, Juilee Thakar, Matteo Barberis, María Rodríguez Martínez, Tomáš Helikar, Marc Birtwistle, Claudine Chaouiya, Laurence Calzone und Andreas Dräger.
Bioinformatics, 22. September 2022.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Towards the human nasal microbiome: simulating D. pigrum and S. aureus
Reihaneh Mostolizadeh, Manuel Glöckler und Andreas Dräger
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 2022, 15. August 2022
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - FluxomicsExplorer: Differential visual analysis of flux sampling based on metabolomics
Constantin Holzapfel, Miriam Hoene, Xinjie Zhao, Chunxiu Hu, Cora Weigert, Andreas Nieß, Guowang Xu, Rainer Lehmann, Andreas Dräger und Michael Krone
Computers & Graphics, 29. August 2022
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - NCMW: A Python Package to Analyze Metabolic Interactions in the Nasal Microbiome
Manuel Glöckler, Andreas Dräger und Reihaneh Mostolizadeh
Frontiers in Bioinformatics, 25. Februar 2022.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - A Computational Model of Bacterial Population Dynamics in Gastrointestinal Yersinia enterocolitica Infections in Mice
Janina K. Geißert, Erwin Bohn, Reihaneh Mostolizadeh, Andreas Dräger, Ingo B. Autenrieth, Sina Beier, Oliver Deusch, Alina Renz, Martin Eichner und Monika S. Schütz.
Biology, 11(2), 297; 12. Februar 2022.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - The Systems Biology Simulation Core Library
Hemil Panchiwala, Shalin Shah, Hannes Planatscher, Mykola Zakharchuk, Matthias König und Andreas Dräger
Bioinformatics, Band 38, Heft 3, Seiten 864-865, 1. Februar 2022.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - High-Quality Genome-Scale Reconstruction of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
Martina Feierabend, Alina Renz, Elisabeth Zelle, Katharina Nöh, Wolfgang Wiechert und Andreas Dräger
Frontiers in Microbiology, 15. November 2021.
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Marek Ostaszewski, Anna Niarakis, Alexander Mazein, Inna Kuperstein, Robert Phair, Aurelio Orta-Resendiz, Vidisha Singh, Sara Sadat Aghamiri, Marcio Luis Acencio, Enrico Glaab, Andreas Ruepp, Gisela Fobo, Corinna Montrone, Barbara Brauner, Goar Frishman, Luis Cristóbal Monraz Gómez, Julia Somers, Matti Hoch, Shailendra Kumar Gupta, Julia Scheel, Hanna Borlinghaus, Tobias Czauderna, Falk Schreiber, Arnau Montagud, Miguel Ponce de Leon, Akira Funahashi, Yusuke Hiki, Noriko Hiroi, Takahiro G. Yamada, Andreas Dräger, Alina Renz, Muhammad Naveez, Zsolt Bocskei, Francesco Messina, Daniela Börnigen, Liam Fergusson, Marta Conti, Marius Rameil, Vanessa Nakonecnij, Jakob Vanhoefer, Leonard Schmiester, Muying Wang, Emily E. Ackerman, Jason E. Shoemaker, Jeremy Zucker, Kristie L. Oxford, Jeremy Teuton, Ebru Kocakaya, Gökçe Yağmur Summak, Kristina Hanspers, Martina Kutmon, Susan Coort, Lars Eijssen, Friederike Ehrhart, Rex D. A. B., Denise Slenter, Marvin Martens, Robin Haw, Bijay Jassal, Lisa Matthews, Marija Orlic-Milacic, Andrea Senff-Ribeiro, Karen Rothfels, Veronica Shamovsky, Ralf Stephan, Cristoffer Sevilla, Thawfeek Mohamed Varusai, Jean-Marie Ravel, Rupsha Fraser, Vera Ortseifen, Silvia Marchesi, Piotr Gawron, Ewa Smula, Laurent Heirendt, Venkata Satagopam, Guanming Wu, Anders Riutta, Martin Golebiewski, Stuart Owen, Carole Goble, Xiaoming Hu, Rupert Overall, Dieter Maier, Angela Bauch, John A. Bachman, Benjamin M Gyori, Carlos Vega, Valentin Grouès, Miguel Vazquez, Pablo Porras, Luana Licata, Marta Iannuccelli, Francesca Sacco, Denes Turei, Augustin Luna, Ozgun Babur, Sylvain Soliman, Alberto Valdeolivas, Marina Esteban-Medina, Maria Peña-Chilet, Tomáš Helikar, Bhanwar Lal Puniya, Anastasia Nesterova, Anton Yuryev, Anita de Waard, Dezso Modos, Agatha Treveil, Marton Laszlo Olbei, Bertrand De Meulder, Aurélien Naldi, Aurélien Dugourd, Vincent Noël, Laurence Calzone, Chris Sander, Emek Demir, Tamas Korcsmaros, Tom C. Freeman, Franck Augé, Jacques S. Beckmann, Jan Hasenauer, Olaf Wolkenhauer, Egon Willighagen, Alexander R. Pico, Chris Evelo, Marc Gillespie, Lincoln D. Stein, Henning Hermjakob, Peter DʼEustachio, Julio Saez-Rodriguez, Joaquin Dopazo, Alfonso Valencia, Hiroaki Kitano, Emmanuel Barillot, Charles Auffray, Rudi Balling, Reinhard Schneider und die COVID-19-Gemeinschaft für die Erstellung von Krankheitskarten
Molecular Systems Biology 17: e10387, 19. Oktober 2021.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PubMed | PDF | BibTeX ] - SBMLWebApp: Web-based Simulation, Steady-State Analysis, and Parameter Estimation of Systems Biology Models
Takahiro G. Yamada, Kaito Ii, Matthias König, Martina Feierabend, Andreas Dräger und Akira Funahashi
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[ Details | DOI | Vorabdruck | PubMed | PDF | BibTeX ] - An updated genome-scale metabolic network reconstruction of Pseudomonas aeruginosa PA14 to characterize mucin-driven shifts in bacterial metabolism
Dawson D. Payne, Alina Renz, Laura J. Dunphy, Taylor Lewis, Andreas Dräger und Jason A. Papin
npj Systems Biology and Applications 7, 37, 8. Oktober 2021.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PubMed | PDF | BibTeX ] - Curating and Comparing 114 Strain-Specific Genome-Scale Metabolic Models of Staphylococcus aureus
Alina Renz und Andreas Dräger
npj Systems Biology and Applications 7, 30, 29. Juni 2021
[ Details | DOI | Vorabdruck | PubMed | PDF | BibTeX ] - SysMod: the ISCB community for data-driven computational modelling and multi-scale analysis of biological systems
Andreas Dräger Tomáš Helikar, Matteo Barberis, Marc Birtwistle, Laurence Calzone, Claudine Chaouiya, Jan Hasenauer, Jonathan R. Karr, Anna Niarakis, María Rodríguez Martínez, Julio Saez-Rodriguez und Juilee Thakar.
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Alina Renz, Lina Widerspick und Andreas Dräger
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[ Details | DOI | Vorabdruck | PubMed | PDF | BibTeX ] - First Genome-Scale Metabolic Model of Dolosigranulum pigrum Confirms Multiple Auxotrophies
Alina Renz, Lina Widerspick und Andreas Dräger
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[ Details | DOI | Vorabdruck | PubMed | PDF | BibTeX ] - Longitudinal multi-omics analyses identify responses of megakaryocytes, erythroid cells and plasmablasts as hallmarks of severe COVID-19 trajectories
Joana P. Bernardes, Neha Mishra, Florian Tran, Thomas Bahmer, Lena Best, Johanna I. Blase, Dora Bordoni, Jeanette Franzenburg, Ulf Geisen, Jonathan Josephs-Spaulding, Philipp Köhler, Axel Künstner, Elisa Rosati, Anna C. Aschenbrenner, Petra Bacher, Nathan Baran, Teide Boysen, Burkhard Brandt, Niklas Bruse, Jonathan Dörr, Andreas Dräger, Gunnar Elke, David Ellinghaus, Julia Fischer, Michael Forster, Andre Franke, Sören Franzenburg, Norbert Frey, Anette Friedrichs, Janina Fuß, Andreas Glück, Jacob Hamm, Finn Hinrichsen, Marc P. Höppner, Simon Imm, Ralf Juenker, Sina Kaiser, Ying H. Kan, Rainer Knoll, Christoph Lange, Georg Laue, Clemes Lier, Matthias Lindner, Georgios Marinos, Robert Markewitz, Jacob Nattermann, Rainer Noth, Peter Pickkers, Klaus F. Rabe, Alina Renz, Christoph Röcken, Jan Rupp, Annika Schaffarzyk, Alexander Scheffold, Jonas Schulte-Schrepping, Domagoj Schunck, Dirk Skowasch, Thomas Ulas, Klaus-Peter Wandinger, Michael Wittig, Johannes Zimmermann, Hauke Busch, Bimba F. Hoyer, Christoph Kaleta, Jan Heyckendorf, Matthijs Kox, Jan Rybniker, Stefan Schreiber, Joachim Schultze und Philip Rosenstiel
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Molecular Systems Biology, 26. August 2020.
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Sarah M. Keating, Dagmar Waltemath, Matthias König, Fengkai Zhang, Andreas Dräger, Claudine Chaouiya, Frank T. Bergmann, Andrew Finney, Colin Gillespie, Tomáš Helikar, Stefan Hoops, Rahuman Malik-Sheriff, Stuart Moodie, Ion Moraru, Chris J. Myers, Aurélien Naldi, Brett Olivier, Sven Sahle, James Schaff, Lucian P. Smith, Maciej Swat, Denis Thieffry, Leandro Watanabe, Darren Wilkinson, Michael L. Blinov, Kimberly Begley, James Faeder, Harold Gómez, Thomas M. Hamm, Yuichiro Inagaki, Wolfram Liebermeister, Allyson Lister, Daniel Lucio, Eric Mjolsness, Carole Proctor, Karthik Raman, Nicolas Rodriguez, Clifford Shaffer, Bruce Shapiro, Joerg Stelling, Neil Swainston, Naoki Tanimura, John Wagner, Martin Meier-Schellersheim, Herbert Sauro, Bernhard Ø. Palsson, Hamid Bolouri, Hiroaki Kitano, Akira Funahashi, Henning Hermjakob, John C. Doyle, Michael Hucka und die SBML-Level-3-Gemeinschaft: Richard R. Adams, Nicholas A. Allen, Bastian R. Angermann, Marco Antoniotti, Gary D. Bader, Jan Červený, Mélanie Courtot, Chris D. Cox, Piero Dalle Pezze, Emek Demir, William S. Denney, Harish Dharuri, Julien Dorier, Dirk Drasdo, Ali Ebrahim, Johannes Eichner, Johan Elf, Lukas Endler, Chris T. Evelo, Christoph Flamm, Ronan M. T. Fleming, Martina Fröhlich, Mihai Glont, Emanuel Gonçalves, Martin Golebiewski, Hovakim Grabski, Alex Gutteridge, Damon Hachmeister, Leonard A. Harris, Benjamin D. Heavner, Ron Henkel, William S. Hlavacek, Bin Hu, Daniel R. Hyduke, Hidde Jong, Nick Juty, Peter D. Karp, Jonathan R. Karr, Douglas B. Kell, Roland Keller, Ilya Kiselev, Steffen Klamt, Edda Klipp, Christian Knüpfer, Fedor Kolpakov, Falko Krause, Martina Kutmon, Camille Laibe, Conor Lawless, Lu Li, Leslie M. Loew, Rainer Machne, Yukiko Matsuoka, Pedro Mendes, Huaiyu Mi, Florian Mittag, Pedro T. Monteiro, Kedar Nath Natarajan, Poul M. F. Nielsen, Tramy Nguyen, Alida Palmisano, Jean‐Baptiste Pettit, Thomas Pfau, Robert D. Phair, Tomas Radivoyevitch, Johann M. Rohwer, Oliver A. Ruebenacker, Julio Saez‐Rodriguez, Martin Scharm, Henning Schmidt, Falk Schreiber, Michael Schubert, Roman Schulte, Stuart C. Sealfon, Kieran Smallbone, Sylvain Soliman, Melanie I. Stefan, Devin P. Sullivan, Koichi Takahashi, Bas Teusink, David Tolnay, Ibrahim Vazirabad, Axel Kamp, Ulrike Wittig, Clemens Wrzodek, Finja Wrzodek, Ioannis Xenarios, Anna Zhukova und Jeremy Zucker.
Molecular Systems Biology, 26. August 2020
[ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ] - Systems biology markup language (SBML) level 3 package: multistate, multicomponent and multicompartment species, version 1, release 2
Fengkai Zhang, Lucian P. Smith, Michael L. Blinov, James Faeder, William S. Hlavacek, José-Juan Tapia, Sarah M. Keating, Nicolas Rodriguez, Andreas Dräger, Leonard A. Harris, Andrew Finney, Bin Hu, Michael Hucka und Martin Meier-Schellersheim
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Frank T. Bergmann, Tobias Czauderna, Ugur Dorusoz, Adrien Rougny, Andreas Dräger, Vasundra Touré, Alexander Mazein, Michael L. Blinov und Augustin Luna.
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Marek Ostaszewski, Alexander Mazein, Marc E. Gillespie, Inna Kuperstein, Anna Niarakis, Henning Hermjakob, Alexander R. Pico, Egon L. Willighagen, Chris T. Evelo, Jan Hasenauer, Falk Schreiber, Andreas Dräger, Emek Demir, Olaf Wolkenhauer, Laura I. Furlong, Emmanuel Barillot, Joaquin Dopazo, Aurelio Orta-Resendiz, Francesco Messina, Alfonso Valencia, Akira Funahashi, Hiroaki Kitano, Charles Auffray, Rudi Balling und Reinhard Schneider.
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Christian Lieven, Moritz E. Beber, Brett G. Olivier, Frank T. Bergmann, Meric Ataman, Parizad Babaei, Jennifer A. Bartell, Lars M. Blank, Siddharth Chauhan, Kevin Correia, Christian Diener, Andreas Dräger, Brigitta E. Ebert, Janaka N. Edirisinghe, José P. Faria, Adam M. Feist, Georgios Fengos, Ronan M. T. Fleming, Beatriz García-Jiménez, Vassily Hatzimanikatis, Wout van Helvoirt, Christopher S. Henry, Henning Hermjakob, Markus J. Herrgård, Ali Kaafarani, Hyun Uk Kim, Zachary A. King, Steffen Klamt, Edda Klipp, Jasper J. Koehorst, Matthias König, Meiyappan Lakshmanan, Dong-Yup Lee, Sang Yup Lee, Sunjae Lee, Nathan E. Lewis, Filipe Liu, Hongwu Ma, Daniel Machado, Radhakrishnan Mahadevan, Paulo Maia, Adil Mardinoglu, Gregory L. Medlock, Jonathan M. Monk, Jens Nielsen, Lars Keld Nielsen, Juan Nogales, Intawat Nookaew, Bernhard O. Palsson, Jason A. Papin, Kiran R. Patil, Nathan D. Price, Osbaldo Resendis-Antonio, Anne Richelle, Isabel Rocha, Benjamín J. Sánchez, Peter J. Schaap, Rahuman S. Malik Sheriff, Saeed Shoaie, Nikolaus Sonnenschein, Bas Teusink, Paulo Vilaça, Jon Olav Vik, Judith A. H. Wodke, Joana C. Xavier, Qianqian Yuan, Maksim Zakhartsev und Cheng Zhang.
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[ Details | DOI | BioRxiv | PDF | PubMed | BibTeX ] - BiGG Models 2020: multi-strain genome-scale models and expansion across the phylogenetic tree
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Michael Hucka, Frank T. Bergmann, Claudine Chaouiya, Andreas Dräger, Stefan Hoops, Sarah M. Keating, Matthias König, Nicolas Le Novère, Chris J. Myers, Brett G. Olivier, Sven Sahle, James C. Schaff, Rahuman Sheriff, Lucian P. Smith, Dagmar Waltemath, Darren J. Wilkinson und Fengkai Zhang.
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[ Details | DOI | Link | PubMed | BibTeX ] - Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1 Version 2.0
Adrien Rougny, Vasundra Touré, Stuart Moodie, Irina Balaur, Tobias Czauderna, Hanna Borlinghaus, Ugur Dogrusoz, Alexander Mazein, Andreas Dräger, Michael L. Blinov, Alice C. Villéger, Robin Haw, Emek Demir, Huaiyu Mi, Anatoly Sorokin, Falk Schreiber und Augustin Luna.
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[ Details | DOI | Link | PubMed | BibTeX ] - The 2017 Network Tools and Applications in Biology (NETTAB) Workshop: aims, topics, and outcomes
Paolo Romano, Arnaud Céol, Andreas Dräger, Antonino Fiannaca, Rosalba Giugno, Massimo La Rosa, Luciano Milanesi, Ulrich Pfeffer, Riccardo Rizzo, Soo-Yong Shin, Junfeng Xia und Alfonso Urso
BMC Bioinformatics, 18. April 2019.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Harmonizing semantic annotations for computational models in biology
Maxwell L Neal, Matthias König, David Nickerson, Göksel Mısırlı, Reza Kalbasi, Andreas Dräger, Koray Atalag, Vijayalakshmi Chelliah, Michael Cooling, Daniel L Cook, Sharon Crook, Miguel de Alba, Samuel H Friedman, Alan Garny, John H Gennari, Padraig Gleeson, Martin Golebiewski, Michael Hucka, Nick Juty, Chris Myers, Brett G Olivier, Herbert M Sauro, Martin Scharm, Jacky L Snoep, Vasundra Touré, Anil Wipat, Olaf Wolkenhauer und Dagmar Waltemath.
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[ Details | DOI | PDF | BioRxiv | PubMed | BibTeX ] - Systematic discovery of uncharacterized transcription factors in Escherichia coli K-12 MG1655
Ye Gao, James T. Yurkovich, Sang Woo Seo, Ilyas Kabimoldayev, Andreas Dräger, Ke Chen, Anand V. Sastry, Xin Fang, Nathan Mih, Laurence Yang, Johannes Eichner, Byung-Kwan Cho, Donghyuk Kim und Bernhard O Palsson.
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Journal of Integrative Bioinformatics, 26. April 2018.
[ DOI | Link | PDF | BibTeX ] - The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core
Michael Hucka, Frank T. Bergmann, Andreas Dräger, Stefan Hoops, Sarah M. Keating, Nicolas Le Novère, Chris J. Myers, Brett G. Olivier, Sven Sahle, James C. Schaff, Lucian P. Smith, Dagmar Waltemath und Darren J. Wilkinson.
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[ DOI | Link | PDF | BibTeX ] - Recon3D enables a three-dimensional view of gene variation in human metabolism
Elizabeth Brunk, Swagatika Sahoo, Daniel C Zielinski, Ali Altunkaya, Andreas Dräger, Nathan Mih, Francesco Gatto, Avlant Nilsson, German Andres Preciat Gonzalez, Maike Kathrin Aurich, Andreas Prlić, Anand Sastry, Anna D Danielsdottir, Almut Heinken, Alberto Noronha, Peter W Rose, Stephen K Burley, Ronan M T Fleming, Jens Nielsen, Ines Thiele und Bernhard O Palsson.
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Ali Ebrahim, Eivind Almaas, Eugen Bauer, Aarash Bordbar, Anthony P. Burgard, Roger L. Chang, Andreas Dräger, Iman Famili, Adam M. Feist, Ronan M. T. Fleming, Stephen S. Fong, Vassily Hatzimanikatis, Markus J. Herrgard, Allen Holder, Michael Hucka, Daniel Hyduke, Neema Jamshidi, Sang Yup Lee, Nicolas Le Novère, Joshua A. Lerman, Nathan E. Lewis, Ding Ma, Radhakrishnan Mahadevan, Costas Maranas, Harish Nagarajan, Ali Navid, Jens Nielsen, Lars K. Nielsen, Juan Nogales, Alberto Noronha, Csaba Pal, Bernhard O. Palsson, Jason A. Papin, Kiran R. Patil, Nathan D. Price, Jennifer L. Reed, Michael Saunders, Ryan S. Senger, Nikolaus Sonnenschein, Yuekai Sun und Ines Thiele.
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Adrian Schröder, Clemens Wrzodek, Johannes Wollnik, Andreas Dräger, Dierk Wanke, Kenneth W. Berendzen und Andreas Zell. In IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2011), New Orleans, USA, Juni 2011. IEEE.
[ DOI | Link | PDF ] - Network inference by considering multiple objectives: Insights from in vivo transcriptomic data generated by a synthetic network.
Sandro Lambeck, Andreas Dräger und Reinhard Guthke. In Hamid R. Arabnia, Quoc-Nam Tran, Rui Chang, Matthew He, Andy Marsh, Ashu M. G. Solo und Jack Y. Yang, editors, International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, BIOCOMP 2010, Band 2, Seiten 734-742. CSREA Press, Juli 2010.
[ PDF ] - On the Benefits of Multimodal Optimization for Metabolic Network Modeling.
Marcel Kronfeld, Andreas Dräger, Moritz Aschoff und Andreas Zell. In Ivo Grosse, Steffen Neumann, Stefan Posch, Falk Schreiber und Peter Stadler (Editoren), German Conference on Bioinformatics (GCB 2009), Band P-157 der Lecture Notes in Informatics, Seiten 191-200, Halle (Saale), Deutschland, September 2009. Deutsche Gesellschaft für Informatik.
[ Link | PDF ] - Benchmarking Evolutionary Algorithms on Convenience Kinetics Models of the Valine and Leucine Biosynthesis in C. glutamicum.
Andreas Dräger, Marcel Kronfeld, Jochen Supper, Hannes Planatscher, Jørgen B. Magnus, Marco Oldiges und Andreas Zell. In Dipti Srinivasan und Lipo Wang (Editoren), IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2007), Seiten 896-903, Singapur, September 2007. IEEE Computational Intelligence Society, IEEE Press.
[ DOI | Link | PDF ] - Comparing Various Evolutionary Algorithms on the Parameter Optimization of the Valine and Leucine Biosynthesis in Corynebacterium glutamicum.
Andreas Dräger, Jochen Supper, Hannes Planatscher, Jørgen B. Magnus, Marco Oldiges und Andreas Zell. In Dipti Srinivasan und Lipo Wang (Editoren), IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2007), Seiten 620-627, Singapur, September 2007. IEEE Computational Intelligence Society, IEEE Press.
[ DOI | Link | PDF ] - Inferring gene regulatory networks by machine learning methods.
Jochen Supper, Holger Fröhlich, Christian Spieth, Andreas Dräger und Andreas Zell. In David Sankoff, Lusheng Wang und Francis Chin (Editoren), Proceedings of the 5th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2007), Band 5 of Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, Seiten 247-256, 57 Shelton Street, Govent Garden, London WC2H 9HE, UK, Januar 2007. Imperial College Press.
[ DOI | Link | PDF ]
Buchbeiträge
- Genome-Scale Metabolic Modeling of Escherichia coli and Its Chassis Design for Synthetic Biology Applications.
Bashir Sajo Mienda und Andreas Dräger
Computational Methods in Synthetic Biology, Mario Andrea Marchisio (Editor), Teil der Buchreihe Methods in Molecular Biology (MIMB, Band 2189), Seiten 217-229, 13. November 2020.
[ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ] - Overview: Standards for Modeling in Systems Medicine.
Andreas Dräger und Dagmar Waltemath
Systems Medicine. Integrative, Qualitative and Computational Approaches. Olaf Wolkenhauer (Editor), Band 3, 2021, Seiten 245–353, 28. August 2020.
[ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ] - Clinical Applications of Metabolic Models in SBML Format.
Alina Renz, Reihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger
Reference Module in Biomedical Sciences, Elsevier, 30. Januar 2020
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - The Systems Biology Graphical Notation: Current Status and Applications in Systems Medicine.
Vasundra Touré, Andreas Dräger, Augustin Luna, Ugur Dogrusoz und Adrien Rougny
Reference Module in Biomedical Sciences, Elsevier, 25. Januar 2020
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Insights into Dynamic Network States Using Metabolomic Data.
Reihaneh Mostolizadeh, Andreas Dräger und Neema Jamshidi. In: Angelo D’Alessandro (Editor) High-Throughput Metabolomics. Methods in Molecular Biology, Band 1978, Kapitel, Seiten 243-258. Humana, New York, NY, 23. Mai 2019.
[ Details | DOI | link | PubMed | BibTex ] - Metabolic Networks.
Andreas Dräger und Hannes Planatscher. Encyclopedia of Systems Biology, Kapitel, Seiten 1249-1251. Springer-Verlag, Springer New York Heidelberg Dorodrecht London, August 2013.
[ DOI | link ] - Parameter Estimation, Metabolic Network Modeling.
Andreas Dräger und Hannes Planatscher. Encyclopedia of Systems Biology, Kapitel, Seiten 1627-1631. Springer-Verlag, Springer New York Heidelberg Dorodrecht London, August 2013.
[ DOI | link ] - Automating mathematical modeling of biochemical reaction networks.
Andreas Dräger, Adrian Schröder und Andreas Zell. Systems Biology for Signaling Networks, Band 1 von Systems Biology, Kapitel, Seiten 159-205. Springer-Verlag, Juli 2010.
[ DOI | link ]
Fachberichte
- Genome-scale metabolic model of Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 matches in vitro conditions
Nantia Leonidou, Alina Renz, Benjamin Winnerling, Anastasiia Grekova, Fabian Grein und Andreas Dräger
BioRxiv, 20. Dezember 2023
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Metabolic Modeling Elucidates Phenformin and Atpenin A5 as Broad-Spectrum Antiviral Drugs
Alina Renz, Mirjam Hohner, Maximilian Breitenbach, Jonathan Josephs-Spaulding, Johanna Dürrwald, Lena Best, Raphaël Jami, Georgios Marinos, Nantia Leonidou, Filipe Cabreiro, Andreas Dräger, Michael Schindler und Christoph Kaleta
Preprints 2023, 30. November 2023
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Genome-Scale Modeling of Rothia mucilaginosa Reveals Insights into Metabolic Capabilities and Therapeutic Strategies for Cystic Fibrosis
Nantia Leonidou, Lisa Ostyn, Tom Coenye, Aurélie Crabbé und Andreas Dräger
BioRxiv, 21. November 2023
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Standard-GEM: Standardization of open-source genome-scale metabolic models
Mihail Anton, Eivind Almaas, Rui Benfeitas, Sara Benito-Vaquerizo, Lars M. Blank, Andreas Dräger, John M. Hancock, Cheewin Kittikunapong, Matthias König, Feiran Li, Ulf W. Liebal, Hongzhong Lu, Hongwu Ma, Radhakrishnan Mahadevan, Adil Mardinoglu, Jens Nielsen, Juan Nogales, Marco Pagni, Jason A. Papin, Kiran Raosaheb Patil, Nathan D. Price, Jonathan L. Robinson, Benjamín J. Sánchez, Maria Suarez Diez, Snorre Sulheim, L. Thomas Svensson, Bas Teusnik, Wanwipa Vongsangnak, Hao Wang, Ahmad A. Zeidan und Eduard J. Kerkhoven
BioRxiv, 23. März 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - ProDGe: investigating protein-protein interactions at the domain level
Finja Büchel, Clemens Wrzodek, Florian Mittag, Andreas Dräger, Adrian Schröder und Andreas Zell.
Nature Precedings, August 2011.
[ DOI | link | PDF ]
Patente
- Broad-spectrum antiviral agent comprising phenformin
Michael Schindler, Christoph Kaleta, Alina Renz, Andreas Dräger, Mirjam Hohner, Lena Best, Jonathan Josephs-Spaulding
Witte, Weller & Partner Patentanwälte mbH
Antragsnummer: EP22170481.0, Datum: 28.04.2022 - Broad-spectrum antiviral agent comprising atpenin A5
Michael Schindler, Christoph Kaleta, Alina Renz, Andreas Dräger, Mirjam Hohner, Lena Best, Jonathan Josephs-Spaulding
Witte, Weller & Partner Patentanwälte mbH
Antragsnummer: EP22170485.1, Datum: 28.04.2022
Ausgewählte Vorträge
- Computationally Modeling the Human Microbiome of the Respiratory Tract
Andreas Dräger
Seminar im Rahmen des Symposiums “The Colours of Biotechnology” an der Universiät Heidelberg, Heidelberg, Deutschland
https://molbioevents.wixsite.com/molbio-symposium/ - Systematische Modellierung des Mikrobioms im Menschlichen Atmungstrakt
Andreas Dräger
JUNITE – Netzwerk Junge Infektionsmedizin e.V. am 4. März 2023 in Halberstadt, Deutschland
https://www.netzwerk-infektionsmedizin.de - Model Representation and Exchange in Systems Biology
Andreas Dräger
SmartAge ITN Winter School 2023 des Universitätsklinikums Kiel am 31. Januar 2023 in Kiel, Deutschland (per Zoom) - Computationally Modeling the Human Microbiome of the Respiratory Tract
Andreas Dräger
1st International Conference on Antimicrobial Computational Pharmacology am 14. Dezember 2022 in Melbourne, Australien (per Zoom) - Computationally Modeling the Human Microbiome of the Respiratory Tract
Andreas Dräger
Teil der Vortragsreihe „Modeling Discussion at DTU Biosustain” am 12. Dezember 2022 an der Dänisch-Technischen Universität zu Kopenhagen, Dänemark (per Zoom) - Computationally Modeling the Human Microbiome of the Respiratory Tract
Andreas Dräger
Internationale Systembiologie-Konferenz (ICSB) 2022 am 9. Oktober 2022 in Berlin, Deutschland - Introduction to SysMod 2022
Andreas Dräger
SysMod-Tagung im Rahmen der ISMB am 11. Juli 2022 in Madison, Wisconsin, USA - SBMLWebApp: Web-based Simulation, Steady-State Analysis, and Parameter Estimation of Systems Biology Models
Andreas Dräger, Takahiro G. Yamada, Kaito Ii, Matthias König, Martina Feierabend, and Akira Funahashi
Rocky Mountain Bioinformatics Annual Conference 2021 am 2. Dezember 2021 - Day 2 closing remarks
Andreas Dräger
Virtuelle SysMod-Tagung im Rahmen der ISMB am 14. Juli 2020 - How Animated Time-Series Data bring Metabolic Network Models to Life, e.g., of COVID-19
Andreas Dräger
Predictive Analytics World Healthcare, Sitzung "Corona Community Special" am 11. Mai 2020 - Modeling the Human Nasal Microbiome
Alina Renz, Reihaneh Mostolizadeh, Niklas Henle, Pia Rautenstrauch und Andreas Dräger
Jahrestagung des Deutschen Zentrums für Infektionsforschung, Bad Nauheim (22. November 2019) - Introduction to SysMod 2019
Andreas Dräger
ISMB/ECCB 2019, Basel, CH (22. Juli 2019) - InSilico: an Eclipse-based framework for plugin-development and standards interoperability
Andreas Dräger, Roman Schulte und Matthias König
HARMONY 2019, Pasadena, CA, USA (25. März 2019) - Visualizing Metabolic Network Dynamics through Time-Series Metabolomics Data
Lea F. Buchweitz, James T. Yurkovich, Christoph M. Blessing, Veronika Kohler, Fabian Schwarzkopf, Zachary A. King, Laurence Yang, Freyr Jóhannsson, Ólafur Sigurjónsson, Óttar Rolfsson, Julian Heinrich und Andreas Dräger, COMBINE 2018, Boston, MA, USA (10. Oktober 2018) - Representation of ME-Models in SBML
Marc Alexander Voigt, Colton J. Lloyd, Laurence Yang, Zachary A. King, Oliver Kohlbacher, Kay Nieselt und Andreas Dräger
COMBINE 2018, Boston, MA, USA (11. Oktober 2018) - Model-Based Prediction of Yersinia enterocolitica Infection Outcome
Janina Geißert, Martin Eichner, Erwin Bohn, Reihaneh Mostolizadeh, Andreas Dräger, Ingo B. Autenrieth, Sina Beier und Monika Schütz
COMBINE 2018, Boston, MA, USA (11. Oktober 2018) - Modeling of Potentially Virulence-Associated Metabolic Pathways in Pseudomonas aeruginosa PA14 Including Experimental Verification
Alina Renz, Erwin Bohn, Monika Schütz und Andreas Dräger
COMBINE 2018, Boston, MA, USA (12. Oktober 2018) - Visualization and Creation of Biochemical Networks with Escher
Andreas Dräger, Zachary A. King, James T. Yurkovich, Christoph M. Blessing, Devesh Khandelwal, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Nathan E. Lewis und Bernhard O. Palsson
COMBINE 2017, Mailand, Italien (11. Oktober 2017). - The JSBML project: a fully featured Java API for working with systems biological models
Nicolas Rodriguez, Thomas M. Hamm, Roman Schulte, Leandro Watanabe, Ibrahim Y. Vazirabad, Victor Kofia, Chris J. Myers, Akira Funahashi, Nicolas Le Novère, Michael Hucka und Andreas Dräger
COMBINE 2017, Mailand, Italien (10. Oktober 2017). - Visualization and Creation of Biochemical Networks with Escher
Andreas Dräger, Zachary A. King, James T. Yurkovich, Christoph Blessing, Devesh Khandelwal, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Nathan E. Lewis, Bernhard O. Palsson.
BioVis Special Interest Group meeting während der ISMB 2017 in Prag, Tschechische Republik (24 Juli 2017). - The ZBIT Systems Biology Software and Web-Service Collection
Andreas Dräger
Eingeladener Vortrag, Helmholtz-Zentrum München, Deutschland (15. November 2016). - The ZBIT Systems Biology Software and Web-Service Collection
Andreas Dräger
COMBINE 2016, Newcastle, UK (21. Setember 2016). [ Folien ] - The ZBIT Systems Biology Software and Web-Service Collection
Andreas Dräger
Eingeladener Vortrag, Universität Luxemburg, Esch Belval, Luxemburg (1. September 2016). - Biochemical Pathways and Large-Scale Metabolic Networks
Andreas Dräger und Nathan E. Lewis - Lecture day on reconstruction and modeling of metabolic systems at genome-scale Summer School
Eingeladener Vortrag, SIB Siwss Institut für Bioinformatik, Lausanne, Schweitz (30. August 2016). - Recent Software and Services to Support the SBML Community
Michael Hucka, Frank T. Bergmann, Andreas Dräger, Harold F. Gómez, Sarah M. Keating, Nicolas Rodriguez, Lucian P. Smith
Erster SysMod Special Interest Group meeting während der ISMB 2016, Orlando, FL, USA (9. July 2016).
[ DOI ] - The ZBIT systems biology software and web service collection
Andreas Dräger.
Erster SysMod Special Interest Group meeting während der ISMB 2016, Orlando, FL, USA (9. July 2016).
[ DOI | Folien ] - New Standard Resources for Systems Biology: BiGG 2 Database and Visual Pathway Editing with Escher
Andreas Dräger, Zachary A. King, Justin S. Lu, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Philip C. Miller, Joshua A. Lerman, Bernhard O. Palsson und Nathan E. Lewis.
COMBINE 2015, Salt Lake City, UT, USA (13. Oktober 2015).
[ Folien ] - SED-ML in the simulation core library
Andreas Dräger. COMBINE 2013, Paris, Frankreich. - From KEGG to dynamic pathway models: a collection of tools to facilitate the modeling of biochemical networks
Andreas Dräger
COMBINE 2011, Heidelberg, Deutschland. - JSBML—The SBML Java™ library
Andreas Dräger und Nicolas Rodriguez. HARMONY Workshop 2011
Eingeladener Vortrag, New York, USA (18. April 2011). - Context-based generation of kinetic equations with SBMLsqueezer 1.3
Andreas Dräger, Sandra Nitschmann, Alexander Dörr, Johannes Eichner, Michael J. Ziller und Andreas Zell
COMBINE 2010, Edinburg (9. Oktober 2010)
[ Folien ] - Inferring Genetic Networks from Gene Expression Data
Andreas Dräger, Nora Speer, Christian Spieth, Jochen Supper und Andreas Zell
Biotechnica 2009, Internationale Messe für Biotechnologie, eingeladener Vortrag, Hannover, Deutschland (8 Oktober 2009). - Metabolic modeling of Corynebacterium glutamicum: a comparison of rate laws in combination with various parameter optimization strategies
Andreas Dräger, Marcel Kronfeld, Michael J Ziller, Jochen Supper, Hannes Planatscher, Jørgen B. Magnus, Marco Oldiges, Oliver Kohlbacher und Andreas Zell
ACHEMA 2009, 29. internationaler Ausstellungskongress für chemische Technik, Umweltschutz und Biotechnologie, eingeladener Vortrag, Frankfurt am Main, Deutschland (13. May 2009).
Ausgewählte Plakate
- Model-driven Elucidation of Antiviral Drug Targets
Mirjam Hohner, Maximilian Breitenbach, Alina Renz, Jonathan Josephs-Spaulding, Lena Best, Georgios Marinos, Johanna Dürrwald, Andreas Dräger, Christoph Kaleta, Michael Schindler
DZIF autumn school, Lübeck, September 2022 - MCC: The automated curation of Mass and Charge Curation in genome-scale metabolic reconstruction
Reihaneh Mostolizadeh, Finn Mier und Andreas Dräger
7th Annual SysMod Meeting im Rahmen der ISMB 2022 am 11. Juli 2022 in Madison, Wisconsin, USA, - New workflow predicts drug targets against SARS-CoV-2 via metabolic changes in infected cells
Nantia Leonidou, Alina Renz, Reihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger
7th Annual SysMod Meeting im Rahmen der ISMB 2022 am 11. Juli 2022 in Madison, Wisconsin, USA, - Computationally Modeling the Human Microbiome of the Respiratory Tract
Andreas Dräger
Joint Annual DZIF Meeting 2022, Stuttgart, 1.-3. Juni - The Systems Biology Simulation Core Library
Hemil Panchiwala, Shalin Shah, Hannes Planatscher, Mykola Zakharchuk, Matthias König und Andreas Dräger
ISMB/ECCB 2021, virtuelle Konferenz
[ Link ] - Curating and Comparing 114 Strain-Specific Genome-Scale Metabolic Models of Staphylococcus aureus
Alina Renz und Andreas Dräger
ISMB/ECCB 2021, virtuelle Konferenz
[ Link ] - FBA reveals potential targets for antiviral therapies against SARS-CoV-2
Alina Renz, Lina Widerspick und Andreas Dräger
7th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA 2021), virtuell, 1.-2. März, 2021.
[ Link ] - Computational Model Informs Effective Control Interventions Against Y. enterocolitica Co-Infection
Reihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger
7th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA 2021), virtuell, 1.-2. März, 2021.
[ Link ] - Tissue-specific reconstruction of constraint-based metabolic models based on ReconX
Nantia Leonidou, Alina Renz, Reihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger
7th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA 2021), virtuell, 1.-2. März, 2021.
[ Link ] - Modeling the Microbiome of the Human Respiratory Tract to Combat Infections
Andreas Dräger
7th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA 2021), virtuell, 1.-2. März, 2021.
[ Link ] - High-quality genome-scale reconstruction of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
Martina Feierabend, Alina Renz, Elisabeth Zelle, Katharina Nöh, Wolfgang Wiechert und Andreas Dräger
7th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA 2021), virtuell, 1.-2. März, 2021.
[ Link ] - Integration of Systems Biology and Metabolic Modeling for Power-to-Gas Applications with Methanothermobacter spp.
Isabella Casini, Timothy Mc Cubbin, Andreas Dräger, Esteban Marcellin, Largus T. Angernent und Bastian Molitor
7th Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA 2021), virtuell, 1.-2. März, 2021.
[ Link ] - A Web-based Visual Analytics Application for Biological Networks
Michael Krone, Andreas Dräger, Ebru Cobanoglu, Manuel O. Harke, Miriam Hoene, Cora Weigert und Rainer Lehmann.
EUROVIS 2020, virtuelle Konferenz. Editoren: J. Byška und S. Jänicke.
[ DOI | YouTube | PDF | BibTeX ] - Building a reference map of the interaction network in the human nasal microbial community
Reihaneh Mostolizadeh, Alina Renz, Anastasia Grekova, and Andreas Dräger
ISMB 2020, virtuelle Konferenz - FBA reveals guanylate kinase as a potential target against SARS-CoV-2
Alina Renz, Lina Widerspick, Andreas Dräger.
ISMB 2020, virtuelle Konferenz
[ YouTube ] - Visualizing metabolic network dynamics through time-series metabolomics data
Lea F. Buchweitz, James T. Yurkovich, Christoph Blessing, Veronika Kohler, Fabian Schwarzkopf, Zachary A. King, Laurence Yang, Freyr Jóhannsson, Ólafur Sigurjónsson, Óttar Rolfsson, Julian Heinrich und Andreas Dräger.
Internationale Konferenz zur Systembiologie (ICSB), Okinawa, Japan - The Systems Biology Graphical Notation: a standardised representation of biological maps
Vasundra Touré, Alexander Mazein, Adrien Rougny, Andreas Dräger, Ugur Dogrusoz, Michael Blinov und Augustin Luna
Internationale Konferenz zur Systembiologie (ICSB), Okinawa, Japan - Representation of ME-Models in SBML
Marc Alexander Voigt, Colton J. Lloyd, Laurence Yang, Zachary A. King, Oliver Kohlbacher, Kay Nieselt und Andreas Dräger
COBRA 2018, Seattle, WA, USA - Metabolic Network Reconstruction of Treponema pallidum ssp. pallidum
Silvia Morini, Isabella Casini, Reihaneh Mostolizadeh, Thomas M. Hamm, Kay Nieselt und Andreas Dräger
COBRA 2018, Seattle, WA, USA - Modeling of Potentially Virulence-Associated Metabolic Pathways in Pseudomonas aeruginosa PA14 Including Experimental Verification
Alina Renz, Erwin Bohn, Monika Schütz und Andreas Dräger
COBRA 2018, Seattle, WA, USA - Model-based Prediction of Yersinia enterocolitica Infection Outcome
Janina Geißert, Martin Eichner, Erwin Bohn, Reihaneh Mostolizadeh, Andreas Dräger, Ingo B. Autenrieth, Sina Beier, Monika Schütz
SysMod Special Interest Group Meeting während ISMB 2018 in Chicago, Il, USA. - Visualization and creation of biochemical networks with Escher
Andreas Dräger, Zachary A. King, James T. Yurkovich, Christoph Blessing, Devesh Khandelwal, Ali Ebrahim, Nikolaus Sonnenschein, Nathan E. Lewis und Bernhard O. Palsson. [version 1; not peer reviewed]. F1000Research 2017, 6(ISCB Comm J):1570 [ DOI ] - New standard resources for systems biology: BiGG Models database and the visual pathway editor Escher
Andreas Dräger, Zachary A. King, Justin S. Lu et al. [v1; not peer reviewed]. Presented at the BioVis Special Interest Group meeting at ISMB 2016 in Orlando, FL, USA, 6th Conference on Systems Biology of Mammalian Cells (SBMC) 2016 in Munich, Germany, the 6th Conference on Modeling Biological Networks (COMBINE) 2015 in Salt Lake City, UT, USA F1000Research 2016, 5:1928 [ DOI | PDF ] - Using Time Course Metabolomics to Elucidate Genome-Scale Pathway Utilization for CHO-S Cell Lines in Batch Culture
Alex Thomas, Andreas Dräger und Nathan Lewis. Hackathon on Resources for Modeling in Biology (HARMONY 2015), Wittenberg, Germany (22.-25. April 2015). [PDF ] - Support for Flux Balance Constraints Models in JSBML
Nicolas Rodriguez, Alex Thomas, Michael Hucka, Nicolas Le Novère, Bernhard Ø Palsson und Andreas Dräger. 3rd Conference on Constraint-Based Reconstruction and Analysis, Charlottesville, VA, USA (20.-23. Mai 2014). - Modelling IL-6 mediated regulation of ADME genes
Roland Keller, Marcus Klein, Maria Thomas, Ute Metzger, Markus F. Templin, Thomas O. Joos, Stephanie Hoffmann, Benjamin Kandel, Andreas Dräger, Ulrich M. Zanger und Andreas Zell. 20th International Symposium on Microsomes and Drug Oxidations, 2014. [ link ] - Modeling and simulating the effects of atorvastatin on the central carbon metabolism of rat hepatocytes using SBMLsimulator
Andreas Dräger, Ute Hofmann, Roland Keller, Stephanie Tscherneck, Benjamin Kandel, Maria Thomas, Marcus Klein, Klaus Maier, Klaus Mauch, Ulrich M. Zanger und Andreas Zell. 4th Conference on Systems Biology of Mammalian Cells (SBMC), 2012. [ PDF ] - JSBML: a flexible and entirely Java-based library for working with SBML
Nicolas Rodriguez, Marine Dumousseau, Andreas Dräger, Clemens Wrzodek, Alexander Dörr, Sarah M. Keating, Akiya Jouraku, Nicolas Le Novère, Andreas Zell und Michael Hucka. COMBINE 2010, Edinburg, UK. [ PDF ] - A Tool for Interactive Comparative Sequence Analysis
Andreas Dräger, Dietrich H. Nies und Stefan Posch. German Conference on Bioinformatics (GCB) 2006, Tübingen, Deutschland. [ PDF ]
Funktionen / Mitgliedschaften
- Seit Juni 2021: Mitglied im Verein Deutsche Sprache (VDS), seit Juni 2022 stellvertretender Regionalleiter
- Seit Juni 2021: Assoziierter Editor für Frontiers in Systems Biology
- Seit 2020: Mitglied des Deutschen Hochschulverbandes
- Seit Januar 2019: Mitglied der Gesellschaft für Informatik in der Fachgruppe für Bioinformatik
- Seit 2015: Mitglied der Marie-Curie Alumni-Organisation
- Seit 2013: Mitglied der DAAD-Alumni
- Seit 2009: Mitglied der internationalen Gesellschaft für rechnerbasierte Biologie
- 2019: Ausschussmitglied für Gleichstellung und Familienförderung des Tübinger Exzellenzclusters CMFI - „Kontrolle von Mikroorganismen zur Bekämpfung von Infektionen”
- 2018 bis 2021: gewählter SBGN-Editor
- 2018 bis 2019: Mitglied der Gesellschaft für Bioingenieurwesen
- 2015 bis 2022: Mitglied im Organisationskomitee der Interessengruppe für Systemmodellierung (SysMod), die sich jährlichen im Rahmen der ISMB-Konferenz (Intelligent Systems for Molecular Biology) zusammenkommt.
- 2015 bis 2017 gewählter SBML-Editor
- 2013 bis 2015: Organisator der Ortsgruppen von GAIN (German Academic International Network) und GSO (German Scholar Organization) in San Diego, Kalifornien, USA
- 2013 bis 2018: assoziierter Editor für das Journal BMC Systems Biology
Prüfer und Mentor in Promotionsverfahren
- Marcus Pöckelmann, Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg: „Über LERA und die Realisierung wesentlicher Anforderungen an digitale
Werkzeuge zur Kollationierung verschiedener Textfassungen eines Werkes“, 25. Juni 2024 - Oliver Alka, Eberhard Karls Universität Tübingen: „Method Development in Metabolomics“, 13. Dezember 2023
- Vorsitzender: Hadeer Elhabashy, Eberhard Karls Universität Tübingen und Max-Planck-Institut für Biologie: „Method Development for Large-Scale Prediction and Modeling of Protein-Protein Interactions“, 31. Oktober 2023
- Niloofar Shahidi, Universität Auckland, Neuseeland: „Bond Graph Semantics – Biophysically and Thermodynamically Consistent Integration of Physiology“
- Jana Sanne Huisman, ETH Zürich, Zürich, Schweiz: „Populationdynamics of infectious agents: antibiotic resistance plasmids and SARS-CoV-2“
- Karlis A. Moors, Forschungsgruppe für Medizinische Systembiologie am Institut für Experimentelle Medizin der Christian-Albrechts-Universität Kiel
- Nantia Leonidou: „In silico modeling of interactions between pathogens and their host reveal mechanisms of infections”
- Alina Renz: „Von der Nase zur Lunge: Nutzung systembiologischer Modelle im Kampf gegen Keime im menschlichen Atmungstrakt”, Universität Tübingen, 13. Mai 2022.
- Sahar Aghakhani: „Fibroblasts as therapeutic targets in rheumatoid arthritis (RA) and cancer. Computational modeling of the metabolic reprogramming (glycolytic switch) in RA synovial fibroblasts (RASFs) and cancer associated fibroblasts (CAFs)”, Université Paris-Saclay, Frankreich
- Vorsitzender: Benjamin Buchfink, Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie, Tübingen
- Vorsitzender: Isabella Casini: „Integration of Systems Biology and Metabolic Modeling for Power-to-Gas Applications with Methanothermobacter spp.”, Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie
- Jinxin Zhao: „Systems pharmacology of polymyxins and their synergistic combinations against Acinetobacter baumannii“, Monash-Universität, Australien, 12. April 2021
- Julia Söllner: „Linking gene expression and orthology in mammals“, Universiät Tübingen, 25. Juni 2020
- Vorsitzender: Laura Weidmann-Krebs: „The Sequence Space of Natural Proteins“, Universiät Tübingen, 12. Mai 2020
- Vorsitzender: Anna Gorska: „Bioinformatics approaches to study antibiotics resistance emergence across levels of biological organization“, Universität Tübingen, 31. Januar 2019
- Diana Charles El Assal: „Computational Prediction of Biochemical Compensatory Mechanisms in Subjects at Risk of Developing Parkinson's Disease“, Universié du Luxembourg, Luxemburg, 30. Juni 2018
- Alex Thomas: „The importance of proper application of constraints to biochemical networks“, UC San Diego, 2015