Labordiagnostik

Genetisch modifizierte Tiermodelle, vor allen transgenen und knock-out Mäusen, sind ein zentrales Werkzeug moderner biomedizinischer Forschung. Seit 15 Jahren bietet die Core facility Mauspathologie in Tübingen unter der Leitung von Frau Prof. Quintanilla-Fend ein breites Spektrum histomorphologischer und immunhistochemischer Techniken und Expertise bei der Interpretation von Tiermodellen an. Im Rahmen von iFIT steht insbesondere die exakte Korrelation moderner funktioneller Bildgebung und pathologischer Befunde im Vordergrund.

Graduiertenkolleg: Intraoperative multisensorische Gewebedifferenzierung in der Onkologie

Im von der DFG geförderten Graduiertenkolleg „intraoperative multisensorische Gewebedifferenzierung in der Onkologie“ (2543), angesiedelt an den Universitäten Tübingen und Stuttgart werden in Kooperation von Ingenieurswissenschaften, Computerwissenschaften und Medizin optische und physikalische Methoden der intraoperativen Gewebetypisierung als Ergänzung/Ersatz zur pathologischen Schnellschnittdiagnostik präklinisch getestet und maschinelle Lernverfahren zur multimodalen Fusion verschiedener Datensätze für präzise Navigation und digitale Repräsentation von Operationssitus entwickelt.

Molekulare Tumordiagnostik

Das molekularpathologische Labor der Abteilung für Allgemeine und molekulare Pathologie verfügt über ein breites Spektrum an modernsten Untersuchungsmethoden für die translationale Tumorforschung. Das Spektrum umfasst klassische Technologien (PCR-basierte Nachweismethoden, FISH) und moderne Hochdurchsatzverfahren (Next Generation Sequencing, Genexpressionsprofiling) an Tumorgewebe und zellfreier DNA aus Liquid Biopsy verschiedenen Ursprungs.

Multiparametrisches Gewebeimaging

Die AG Schürch erforscht die Immunüberwachung von soliden Tumoren und hämatologischen Neoplasien. Ein Schwerpunkt liegt dabei auf der Charakterisierung des sogenannten Immun-Tumor-Mikromilieus (iTME) mittels Hochmultiplex-Mikroskopie (CODEX) und maschinellen Lernverfahren, sowie Bioreaktor-Modellen und Mausmodellen. Unsere Arbeiten sollen dazu beitragen, die Vorhersage eines Ansprechens auf Immuntherapien zu verbessern und immunologische Mechanismen der Tumorkontrolle aufzuzeigen. Zudem beschäftigen wir uns mit der Weiterentwicklung der Hochmultiplex-Mikroskopie und von computergestützten Verfahren für die Datenanalyse.

Das CODEX-Gerät erzeugt Rohbilder, die verarbeitet werden, um die Marker präzise auszurichten (oben links). Nach der Segmentierung und Clusterbildung werden die Zellen annotiert und dem Gewebe überlagert (oben rechts). Die anschließende Analyse identifiziert Zellnachbarschaften (unten rechts) und erleichtert den Aufbau eines Zell-Zell-Interaktionsnetzwerks.

CODEX zeigt die Zusammensetzung des iTME bei kutanem T-Zell-Lymphom. (A) Patch- und (B) Tumorstadium.

Proteomik

Die AG Singer nutzt die Zell- und Gewebs-basierte Tandem-Massenspektrometrie (LC-MS/MS) als zentrale Technologie in verschiedenen translationalen und Grundlagen-orientierten Anwendungsfeldern. Schwerpunkt sind hierbei Erkrankungen des GI-Traktes und des hepato-biliären Systems.