Eine Stärke von eROSITA ist, dass man noch sehr kleine Flüsse messen kann. Dadurch kann man auch noch bei einem sehr großen Gesichtsfeld sehr schwache Quellen detektieren, wodurch man sich die Entdeckung vieler neuer Quellen, wie im nächsten Abschnitt beschrieben, erhofft.
Das wissenschaftliche Hauptziel von eROSITA ist es, genauere Aussagen über die Verteilung von Dunkler Materie und Dunkler Energie zu treffen. Dazu sollen ca. 100 000 Galaxienhaufen während der vierjährigen Durchmusterung des gesamten Himmels detektiert werden. Diese Galaxienhaufen bestehen aus bis zu 1000 Galaxien, welche ungefähr 2% der Masse ausmachen, aus 11% Intracluster-Medium und zu ca. 87 % aus Dunkler Materie. Sie sind gravitativ gebunden und daher hervorragend geeignet um die Form und die Entwicklung großräumiger Strukturen im Universum zu untersuchen. Man kann Galaxienhaufen sehr gut im Röntgenbereich beobachten, da das heiße Intracluster-Gas nach dem Planckschen Strahlungsgesetz hauptsächlich thermische Röntgenstrahlung emittiert.
Beobachtet man solch großräumige Strukturen, so kann man Aussagen über den Ursprung, die Geometrie und die Entwicklung des Universums machen. Die Entstehung und Entwicklung hängt von der Schwerkraft und somit von der Verteilung der Dunklen Materie ab, während die Dunkle Energie die zeitliche Entwicklung der räumlichen Verteilung beeinflusst.
Ein weiteres Ziel ist die Detektion von Aktiven Galaxienkernen (AGNs) im lokalen Universum. Aus der Entwicklung der AGN-Population können Rückschlüsse auf die Beschaffenheit des frühen Universums gezogen werden. Man vermutet viele, bislang noch unentdeckte Schwarze Löcher in umliegenden Galaxien, die durch eROSITA entdeckt werden könnten.
Durch Beobachtung von dust scattering halos wird man versuchen, neue Ergebnisse über die chemische Zusammensetzung des interstellaren Staubes zu erhalten. Diese Halos entstehen, wenn das Röntgenlicht an Staubkörnern im interstellaren Medium unter flachem Winkel gestreut wird.