Rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen
und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger
Willkommen bei der Arbeitsgruppe Dräger!
Die Dräger-Forschungsgruppe (gegründet im Juli 2018) wendet computergestützte Systembiologie an, wobei der Schwerpunkt auf Infektionen und antimikrobiell resistenten Erregern liegt. Die Forschungsarbeiten umfassen alle Schritte vom biologischen Phänomen bis zu seiner Simulation im Rechner, einschließlich der Rekonstruktion biologischer Systeme, ihrer mathematischen Modellierung, der Standardisierung dieser Modelle, der Entwicklung spezialisierter Softwarelösungen sowie der Anwendung maschinellen Lernens und Datenvisualisierung. Die Ableitung modellgestützter neuer Hypothesen zur systematischen Bekämpfung der zunehmenden Antibiotikaresistenz gilt als vorrangiges Ziel.
Systembiologie: Ein kurzer Überblick
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Neueste Veröffentlichungen
- Perspectives on computational modeling of biological systems and the significance of the SysMod community
B. L. Puniya, M. Verma, C. Damiani, S. Bakr und A. Dräger
Bioinformatics Advances, 26. Juni 2024
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Genome-Scale Modeling of Rothia mucilaginosa Reveals Insights into Metabolic Capabilities and Therapeutic Strategies for Cystic Fibrosis
N. Leonidou, L. Ostyn, T. Coenye, A. Crabbé und A. Dräger
Microbiology Spectrum, 23. April 2024
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Genome-scale metabolic model of Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 matches in vitro conditions
N. Leonidou, A. Renz, B. Winnerling, A. Grekova, F. Grein, A. Dräger
BioRxiv, 20. Dezember 2023
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Metabolic Modeling Elucidates Phenformin and Atpenin A5 as Broad-Spectrum Antiviral Drugs
A. Renz, M. Hohner, M. Breitenbach, J. Josephs-Spaulding, J. Dürrwald, L. Best, R. Jami, G. Marinos, N. Leonidou, F. Cabreiro, A. Dräger, M. Schindler und C. Kaleta
Preprints 2023, 30. November 2023
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Genome-scale metabolic models consistently predict in vitro characteristics of Corynebacterium striatum
F. Bäuerle, G. O. Döbel, L. Camus, S. Heilbronner und A. Dräger
Frontiers in Bioinformatics, Section Network Bioinformatics, 23. Oktober 2023.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - An integrated systems-biology approach reveals differences in formate metabolism in the genus Methanothermobacter
I. Casini, T. McCubbin, S. Esquivel-Elizondo, G. G. Luque, D. Evseeva, C. Fink, S. Beblawy, N. D. Youngblut, L. Aristilde, D. H. Huson, A. Dräger, R. E. Ley, E. Marcellin, L. T. Angenent, B. Molitor
iScience, 22. September 2023
[ Details | DOI | VorabdruckI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Exploring the metabolic profiling of A. baumannii for antimicrobial development using genome-scale modeling
N. Leonidou, Y. Xia und A. Dräger
BioRxiv, 15. September 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Can Genome Sequencing Coupled to Flux Balance Analyses Offer Precision Guidance for Industrial Strain Development? The Lessons from Carbon Trafficking in Corynebacterium glutamicum ATCC 21573
E. Kurpejović, D. Wibberg, G. M. Bastem, A. Burgardt, T. Busche, F. E. A. Kaya, A. Dräger, V. F. Wendisch und B. S. Akbulut
OMICS: A Journal of Integrative Biology, 14. September 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - Advancements in computational modelling of biological systems: seventh annual SysMod meeting
B. L. Puniya und A. Dräger
Bioinformatics, 14. September 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ] - SBOannotator: a Python Tool for the Automated Assignment of Systems Biology Ontology Terms
N. Leonidou, E. Fritze, A. Renz und A. Dräger
Bioinformatics, 14. Juli 2023.
[ Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ] - Standard-GEM: Standardization of open-source genome-scale metabolic models
M. Anton, E. Almaas, R. Benfeitas, S. Benito-Vaquerizo, L. M. Blank, A. Dräger, J. M. Hancock, C. Kittikunapong, M. König, F. Li, U. W. Liebal, H. Lu, H. Ma, R. Mahadevan, A. Mardinoglu, J. Nielsen, J. Nogales, M. Pagni, J. A. Papin, K. R. Patil, N. D. Price, J. L. Robinson, B. J. Sánchez, M. Suarez Diez, S. Sulheim, L. T. Svensson, B. Teusnik, W. Vongsangnak, H. Wang, A. A. Zeidan, and E. J. Kerkhoven
BioRxiv, 23. März 2023.
[ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]