Erfüllt eine Bewerberin oder ein Bewerber die Voraussetzungen für die Annahme als Doktorandin oder Doktorand, muss ein Antrag auf Annahme als Doktorandin/Doktorand erfolgen. Das entsprechende Formlar findet sich auf der Seite des Bereichs Promotion der MNF (siehe Wichtige Links). Die Voraussetzungen sind in § 3 PromO festgelegt und weitere Details zur Annahme finden sich in § 4 PromO.
Der Antrag auf Annahme als Doktorandin oder Doktorand sollte möglichst vor oder unmittelbar nach Arbeitsantritt erfolgen. In der Vergangenheit gab es Fälle sehr spät gestellter Anträge, deren Annahme aus formalen Gründen nicht möglich war oder nur unter Auflagen. Solch Situationen sind unbedingt zu vermeiden. Außerdem soll, nach Promotionsregeln des IBMI, das TAC vom ersten Jahr an begleitend aktiv sein. Die Annahme ist außerdem eine notwendige Voraussetzung für die Immatrikulation als Promotionsstudentin oder Promotionsstudent an der Universität, welche seit dem 30. März 2018 verpflichtend ist (siehe auch die Promotionsseite der Universität Tübingen).
In der Bearbeitungsphase werden jeder Doktorandin und jedem Doktoranden mindestens zwei wissenschaftliche Betreuende zugeordnet. Hierbei muss mindestens eine Person sowohl hauptberuflich tätig als Professorin oder Professor in der MNF oder gleichgestellt sein als auch dem Fachbereich Informatik oder dem IBMI angehören 1. Weitere Betreuende müssen dem Personenkreis nach § 4 Absatz 5 PromO angehören. Vorschläge für dieses sogenannte Promotionskomitee macht die Antragstellerin oder der Antragsteller. Dem Wunsch muss allerdings nicht entsprochen werden.