Das CIN hat eine flache Organisationsstruktur. Das bedeutet, dass alle wichtigen Entscheidungen gemeinsam von der Versammlung aller Arbeitsgruppenleiter*innen getroffen werden. Um eine*n zentrale*n Vertreter*in und wissenschaftliche*n Ansprechpartner*in zu haben, aber auch, um eine schnelle Reaktion und Umsetzung gemeinsamer oder kleinerer Entscheidungen zu ermöglichen, hat die Vollversammlung einen Vorstand gewählt, der aus fünf CIN-Mitgliedern besteht. Er besteht aus dem Vorsitzenden, dem stellvertretenden Vorsitzenden und drei weiteren CIN-Wissenschaftler*innen. Die Vorstandssitzungen sind in der Regel für alle CIN-Mitglieder offen, um eine konstruktive Beteiligung aller auch über die Vollversammlungen aller CIN-Mitglieder hinaus zu fördern.