Wie in Dendera besteht der Pronaos (Raum A, Abb. 5) aus Hathorsäulen mit einem Kapitell in Form eines Naossistrums, wovon zwei rekonstruiert wurden (Abb. 6). In der Hauptachse befinden sich ein Hypostyl (B), der Opfersaal (C1), die Halle der Neunheit (C2) und drei zentrale Räume (D1-D3). Diese könnten Sanktuare für Min-Re, Repit und Kolanthes sein oder zwei eigenständige Räume (D1, D2) vor einem einzelnen Sanktuar (D3) wie in Geburtshäusern (sog. Mammisi, Tempel zur Verehrung eines Kindgottes) üblich.
Durch Korridore (C3-C5) getrennt gruppieren sich rings um die inneren Räume C1-D3 drei Reihen funktionaler Kapellen (F1-7, K1-3, E1-7). Zum Beispiel wurden in E4 Stoffe und Salböle für verschiedene Zeremonien wie das tägliche Kultbildritual gelagert. In einer Inschrift des Raums heißt es (E4, 3, 1 und 4: „(...) Er [d.i. König Ptolemaios XII.] hat dieses vollkommene Denkmal für seinen Vater Min-Re errichtet, den Herrn von Achmim, den König der Götter. Er hat die Stoffkammer für seine Mutter erbaut, die Mächtige, Repit, das Horusauge im Westen, um ihre Majestät mit den Stoffen zu schmücken (...). Die Belohnung für ihn [König] bestehe aus jeglicher Dauer, Leben und Macht, vollständiger Gesundheit und aller Freude, der auf dem Thron des Horus wie Re ewiglich erscheint.“ Eine Besonderheit ist die sog. „Puntkammer“ (F6), welche zusammen mit F4 und F5 das „Laboratorium“ bildet. In diesen drei Räumen fand zumindest ideell die Zubereitung der Opfergaben (Räucherwerk, Salböl, Harz, Schminke) für die Götter statt. In F6 ist der Mauerfuß mit singulären Darstellungen von Weihrauch- und Myrrhenbäumen versehen (Abb. 7).
Außen flankiert die Kapellen ein Umgang (L1-L3) mit Pflanzensäulen und dem nur in Athribis bekannten rückwärtigen Tempeleingang. Die architektonische Besonderheit eines Säulenumgangs ist typisch für die Geburtshäuser.
