Seit Gründung des Biblisch-Archäologischen Instituts im Jahre 1960 wurden zahlreiche Forschungsprojekte zu Archäologie, Geschichte und Landeskunde Palästinas im Altertum durchgeführt. Auf dem Gebiet der Auswertung archäologischer und historisch-topographischer Befunde ist die Mitwirkung des Institutes am "Tübinger Atlas des Vorderen Orients" (TAVO) zu nennen sowie der daraus hervorgegangene "Tübinger Bibelatlas".
Als Schwerpunkte der archäologischen Feldforschung ragen drei Projekte hervor: erstens die langjährigen Ausgrabungen in Hirbet ez-Zeraqon (Jordanien) und zweitens die damit verbundenen regionalen Untersuchungen in Nordjordanien (Zeraqon-Survey) sowie drittens die derzeit andauernden Ausgrabungen in Tell el-Burak (Libanon).
Ab 2022 ist das BAI außerdem am Kinneret Regional Project beteiligt, das Ausgrabungen auf dem Tell el-Orēme am See Genezareth (Israel) durchführt.
