ATHENA wird zum Zeitpunkt des Starts die aktuelle Teleskopgeneration (XMM-Newton, Chandra) ablösen und dann das empfindlichste Röntgenteleskop der Welt sein. Die Aufgabe ist es, den Himmel im Energiebereich von 200 eV bis 15 keV beobachten und zur Aufklärung der Fragen “Wie hat sich Materie in die heute sichtbaren Strukturen des Universums zusammengefunden?” sowie “Wie wachsen schwarze Löcher und wie beeinflussen sie das Universum?” beizutragen.
Ein zentrales Forschungsobjekt ist die Formation und die Evolution von Galaxiengruppen und -haufen im Universum, wobei hierbei dem Feedbackeffekt von aktiven galaktischen Kernen und der chemischen Entwicklung von heißen Baryonen auf den Grund gegangen werden soll. Ein weiteres aktuelles Thema, das sich mit ATHENA aufgrund der hohen Sensitivität gut verfolgen lassen wird, ist das Wachstum von schwarzen Löchern auf allen Größenskalen.
ATHENA wird aber vor allem ein sehr vielseitiges Instrument sein und einer sehr breiten Forschergemeinschaft zur Verfügung stehen, so dass wissenschaftliche Themen aus vielen Bereichen der Astrophysik angegangen werden können.