CTA wird ultra-hochenergetische Gammastrahlung mit noch nie dagewesener Genauigkeit untersuchen können. Die wesentlichen wissenschaftlichen Ziele ("Key Science Projects"), die durch das Konsortium festgelegt wurden, sind die folgenden:
- Verständnis des Ursprungs und der Rolle relativistischer, hochenergetischer Teilchen.
- Untersuchung extremer Umgebungen wie schwarze Löcher und Neutronensterne
- Erkundung der Grenzen der Physik wie z.B. Suche nach Hinweisen auf Dunkle Materie
Um diese Themen zu erforschen, werden gezielt besondere Himmelsregionen und Objekte beobachtet werden, wie das galaktische Zentrum, das nicht nur ein supermassives schwarzes Loch enthält, sondern auch im Gammabereich sichtbare Molekularwolken. Außerdem werden die Magellan'schen Wolken untersucht, die galaktische Scheibe, aktive Galaxienkerne, Galaxienhaufen und Regionen aktiver Sternenentwicklung.
Darüber hinaus wird CTA als offenes Observatorium betrieben. Proposals anderer Wissenschaftler werden von internationalen Experten, die sich in regelmäßigen Intervallen abwechseln werden, begutachtet. Außerdem werden Werkzeuge zur effizienten Datenanalyse zur Verfügung gestellt.
Weitere Infos zu den Key Science Projects und weiteren wissenschaftlichen Zielen sind im Buch "Science with the CTA" (nur Englisch) zu finden, das weiter unten verlinkt ist.