Thesen | University of Tübingen

Entschlüsselung des Stoffwechsels von Staphylococcus warneri durch Systembiologie

Bachelorthese

Bearbeitung: Sophia Krappen
Mentorin: M.Sc. Nantia Leonidou

Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF

Zwischenvortrag am 14. Dezember 2023 um 13 Uhr c.t. in A104
Abschlussvortrag im März 2024

Rekonstruktion eines Stoffwechselmodells für Streptococcus sanguinis

Masterthese

Bearbeitung: Tobias Fehrenbach
Mentorin: M.Sc. Gwendolyn O. Gusak

Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Prof. Dr. Lisa Maier
Aufgabe: PDF

Zwischenvortrag am 14. Dezember 2023 um 14 Uhr s.t. in A104
Abschlussvortrag im April 2024

Nutzung von Protein-Sprachmodellen zur Verbesserung klassischer lokaler paarweiser Alignierungen für empfindlichere und skalierbare tiefgreifende Homologieerkennung

Masterthese

Bearbeitung: Céline Behr
Mentoren: Dr. Hajk-Georg Drost und Benjamin Buchfink

Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Prof. Dr. Detlef Weigel
Aufgabe: PDF

Zwischenvortrag am 19. Mai 2023 um 9 Uhr s.t. im Max-Planck-Institut und Friedrich-Miescher-Labor in Tübingen (EBIO-Seminarraum im Erdgeschoss).
Abschlussvortrag am 21. Juli 2023 um 10 Uhr s.t.

Verfahren für ein vereinheitlichtes Stoffwechselnetzwerk von Klebsiella-Arten

Masterthese

Bearbeitung: Carolin Brune
Mentoren: M.Sc. Nantia Leonidou und Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Prof. Dr. Till Strowig
Aufgabe: PDF

Verteidigung: 26. Juli 2023 um 9 Uhr s.t. in A104 und hybrid via Zoom

Analyse metabolischer Phänotypen von Staphylococcus capitis mittels restriktionsbasierter Modellierung

Bachelorthese

Bearbeitung: Anna Lefarova
Mentorin: M.Sc. Nantia Leonidou

Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF

Verteidigung: 23. Mai 2023 um 13 Uhr s.t. via Zoom

Interaktion von Corynebacterium striatum mit seiner Umwelt

Masterthese

Bearbeitung: Famke Bäuerle
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Dr. Simon Heilbronner
Gutachter: Prof. Dr. Kay Nieselt und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF

Verteidigung: 17. Mai 2023 um 16 Uhr c.t. in Raum C109

Rekonstruktion stammspezifischer Stoffwechselmodelle von Staphylococcus haemolyticus

Masterthese

Bearbeitung: Gwendolyn O. Gusak
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger und Dr. Bernhard Krismer

Aufgabe: PDF

Verteidigung: 16. Mai 2023 um 11 c.t. Uhr in C109

Rekonstruktion eines genome-scaligen metabolischen Netzwerks von Staphylococcus lugdunensis N920143

Bachelorthese

Bearbeitung: Selin Sahin
Mentorin: M.Sc. Nantia Leonidou

Aufgabe: PDF

Verteidigung: 20. September 2022 um 10 Uhr über Zoom

Ein genomskaliges Stoffwechselmodell für Klebsiella pneumoniae HS11286

Bachelorthese

Bearbeitung: Meike Lips
Mentorin: M.Sc. Nantia Leonidou

Aufgabe: PDF

Verteidigung: 22. August 2022 um 12 Uhr s.t. in Raum A104

Genomskalige Stoffwechselmodellierung von Acinetobacter baumannii ATCC 17978

Bachelorthese

Bearbeitung: Yufan Xia
Mentorin: M.Sc. Nantia Leonidou

Aufgabe: PDF

Verteidigung: 22. August 2022 um 11:30 Uhr s.t. in Raum A104

Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Proteus vulgaris

Masterarbeit

Bearbeitung: Manuel O. Harke
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Verteidigung: 14. Juni 2022 um 13 Uhr s.t. in Raum C109

Aufgabe: PDF

Erforschung von Finegoldia magna ATCC 29328 in seiner nasalen Umgebung

Bachelorthese

Bearbeitung: Josua Carl
Mentorin: M.Sc. Nantia Leonidou

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
15. März 2022, 11 Uhr c.t. im Raum C109 sowie hybrid via Zoom.

Rekonstruktion eines metabolischen Modells von Staphylococcus lugdunensis

Erasmus-Projekt

Bearbeitung: Austėja Sungailaitė
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF

Abschluss: 14. Dezember 2021

Rekonstruktion von Corynebacterium simulans PES1

Bachelorthese

Bearbeitung: Jan-Philipp Leusch
Mentorin: Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
16. November 2021, 11 Uhr c.t. im Raum A104

Automatisierte Erweiterung des Modells zu C. striatum

Forschungsprojekt

Bearbeitung: Famke Bäeuerle
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
18. Mai 2021 um 11 Uhr c.t. per Zoom

Eine bioinformatische Studie über Proteinsequenz-Clustering mit DIAMOND

Bachelorthese

Bearbeitung: Jasmin Katz
Mentor: Dr. Hajk-Georg Drost

Gutachter: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger
Aufgabe: PDF
Repository: https://github.com/Yeahsmin/diamond

Verteidigung:
3. März 2021 um 10 Uhr c.t. per Zoom

Gewebsspezifische Rekonstruktion restriktionsbasierter metabolischer Modelle basierend auf ReconX

Masterthese

Bearbeitung: Nantia Leonidou
Mentoren: Alina Renz und Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
26. Januar 2021 um 11 Uhr c.t. per Zoom

Zu einer genomskaligen Consensus-Rekonstruktion von Corynebacterium glutamicum ATCC 13032

Masterthese

Bearbeitung: Martina Feierabend
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger, Dr. Katharina Nöh und Prof. Dr. Wolfgang Wiechert

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
21. Oktober 2020 um 10:00 Uhr in Raum C109 und per Zoom

Automatisierte Zuweisung von SBO-Ausdrücken

Bachelorarbeit

Bearbeitung: Elisabeth Fritze
Mentorin: Alina Renz

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
7. Oktober 2020 um 12:30 Uhr in C109

Visuelle Analyse simulierter Flussverteilungen basierend auf extrazellulären metabolomischen

Masterthese

Bearbeitung: Constantin Holzapfel
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone, Prof. Dr. Cora Weigert
und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
15. September 2020 um 12 Uhr c.t. per Videokonferenz

Rekonstruktion und Analyse von Staphylococcus epidermidis

Bachelorthese

Bearbeitung: Anastasiia Grekova
Mentorin: Alina Renz

Aufgabe: PDF
Verteidigung:
16. Juni 2020 um 13:30 Uhr per Videokonferenz

Rekonstruktion von Corynebacterium striatum

Rotationsprojekt

Bearbeitung: Tanja Urz
Mentorin: Alina Renz

Aufgabe: PDF
Verteidigung:
2. Juni 2020 um 14:00 Uhr per Videokonferenz

Optimiertes Layouting biologischer Netzwerke für vergleichende visuelle Analyse

Bachelothese

Bearbeitung: Ebru Cobanoglu
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone und Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF
Verteidigung:
2. Juni 2020 um 13:30 Uhr per Videokonferenz

Graphischer Editor für systembiologische Modelle

Forschungsprojekt

Bearbeitung: Marietta Hamberger
Mentor: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF
Verteidigung:
5. Mai 2020 um 14:00 Uhr per Videokonferenz

Herleitung von Gen-Protein-Reaktionsregeln

Bachelothese

Bearbeitung: Manuel Dienert
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF
Verteidigung:
5. Mai 2020 um 13:30 Uhr per Videokonferenz

Rekonstruktion von Dolosigranulum pigrum

Rotationsprojekt

Bearbeitung: Lina Widerspick
Mentorin: Alina Renz

Aufgabe: PDF
Verteidigung:
16. März 2020 um 11 Uhr c.t. per Videokonferenz

Visuelle Analyse klinischer Multiomikdaten in biologischen Netzwerken

Bachelothese

Bearbeitung: Manuel O. Harke
Mentoren: Jun.-Prof. Dr. Michael Krone, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
19. November 2019 um 10 Uhr c.t. in C109

What makes a review helpful or funny?

Forschungsprojekt

Bearbeitung: Mykola Zakharchuk
Mentoren: Markus Viggiato, Prof. Dr. Cor-Paul Bezemer, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Modellierung und Visualisierung von spezifischen Resistenzmechanismen in Pseudomonas aeruginosa

Bachelothese

Bearbeitung: Eike Pertuch
Mentorin: Alina Renz

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
24. September 2019 um 10 Uhr c.t. in A104

Rekonstruktion von Moraxella catarrhalis BBH18

Forschungsprojekt

Bearbeitung: Pia Rautenstrauch
Mentoren: Alina Renz, Jun.-Prof. Dr. Andreas Dräger

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
10. September 2019 um 10:45 Uhr in C118a

Erweiterung des genomskaligen Modells von Haemophilus influenzae

Bachelothese

Bearbeitung: Niklas Henle
Mentorin: Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
10. September 2019 um 10 Uhr c.t. in C118a

Entwicklung eines Plugins für das Insilico-Framework zur visuellen Analyse von Simulationen biologischer Systeme

Bachelothese

Bearbeitung: Mykola Zakharchuk

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
17. Juni 2019 um 14 Uhr c.t. in C118a

Entwicklung eines graphischen Editors für die Erstellung systembiologischer Modelle mit SBML

Bachelothese

Bearbeitung: Robert Deibel

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
1. März 2019 um 16 Uhr c.t. in C215

Modellierung potenitell virulenz-assoziierter metabolischer Stoffwechselpfade in Pseudomonas aeruginosa PA14 einschließlich experimenteller Verifikation

Masterthese

Bearbeitung: Alina Renz

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
19. Dezember 2018 um 10 Uhr c.t. in C215

Genome-scale metabolic network reconstruction of the pathogen Treponema pallidum ssp. pallidum

Masterthese

Bearbeitung: Silvia Morini

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
30. Oktober 2018 um 11 Uhr s.t. in A302

Development of an interactive graphical editor for systems biology models

Bachelorthese

Bearbeitung: Roman Schulte

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
23. August 2018 um 14 Uhr c.t. in A104

Representation of ME-models in SBML

Masterthese

Bearbeitung: Marc Alexander Voigt

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
26. Juni 2018 um 12 Uhr c.t. in C118a

Validation and Simulation of Qualitative Models

Bachelorthese

Bearbeitung: Lisa Falk

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
17. Mai 2018 um 14 Uhr c.t. in C215

Dynamic visualization of metabolic networks

Bachelorthese

Bearbeitung: Lea F. Buchweitz

Verteidigung:
28. September 2017 um 14 Uhr c.t. in A104

Visualization of time-series data with Escher

Bachelorthese

Bearbeitung: Christoph Blessing

Aufgabe: PDF

Verteidigung:
28. September 2017 um 14:45 Uhr in A104

Erweiterung des SBMLsimulators um ein Modul für Flussbilanzanalyse

Bachelorthese

Bearbeitung: Maike Aichele

Aufgabe: PDF

Visuelle Simulation biochemischer Netzwerke

Bachelorthese

Bearbeitung: Fabian Schwarzkopf

Aufgabe: PDF

Automatische Biomodelldokumentation

Bachelorthese

Bearbeitung: Mirjam Gutekunst

Thema: PDF

Implementierung einer Flussbilanzanalyse-Methode in Java

Bachelorthese

Bearbeitung: Simon Schäfer

Aufgabe: PDF

Computational Modeling of Biochemical Networks

Dissertation

Bearbeitung: Andreas Dräger

Verteidigung:
14. Januar 2011 um 14:15 Uhr in Raum A301

Verleihung der Doktorwürde:
31. März 2011

Als Buch erhältlich im Verlag Dr. Hut.

Dynamik rekonstruierter Genregulationsnetze

Bachelorthese

Bearbeitung: Sandra Nitschmann

Aufgabe: PDF

Implementierung einer Stabilitätsanalyse für biochemische Netzwerke

Bachelorthese

Bearbeitung: Alexander Dörr

Aufgabe: PDF

Automatisierte mathematische Modellierung biochemischer Netzwerke

Diplomarbeit

Bearbeitung: Michael Ziller

Aufgabe: PDF

Vergleichende Analyse der Modelle auf Biomodels.net

Diplomarbeit

Bearbeitung: Dieudonné M. Wouamba

Aufgabe: PDF

Simulation genregulatorischer Netzwerke mit JCell2

Diplomarbeit

Bearbeitung: Hannes Borch

Aufgabe: PDF

Integration, visualization, and analysis of SNP data

Diplomarbeit

Bearbeitung: Gabrielle Doan

Aufgabe: PDF

Comparison of JavaEvA and BioJava with respect to metabolic networks

Studienprojekt

Bearbeitung: Susanne Merz

Metabolic control analysis

Studienprojekt

Bearbeitung: Michael Ziller

Automatische Generierung kinetischer Gleichungen aus Stöchiometrien

Diplomarbeit

Bearbeitung: Nadine Hassis

Aufgabe: PDF

Automatische und vergleichende Analyse bakterieller Genome mit Schwerpunkt auf Ralstonia/Cupriavidus-Arten sowie verwandter Proteobakterien

Diplomarbeit

Bearbeitung: Andreas Dräger

Verteidigung: Dezember 2005