Aufgrund der Vielfältigkeit der möglichen Ritualplätze, der fehlenden Erhaltung des Materials sowie fehlender Kontinuität von Kulthandlungen ist es schwierig, wenn nicht gar unmöglich, Religion in prähistorischer Zeit zu untersuchen. Archäologisch ist es häufig nicht möglich herauszufinden, ob es sich bei dem Ritualplatz um einen Ort für religiöse Handlungen und damit um einen sakralen Raum handelte oder ob die Rituale nicht vielmehr politisch motiviert waren.
Die ersten Ritualplätze auf dem japanischen Archipel datieren in die mittlere Jōmon-Zeit (3. Jt. v. Chr.) und fanden inmitten der Siedlungsareale statt, sodass sie sind nicht vom profanen Leben losgelöst zu betrachten sind. Erst ab der ersten Hälfte der späten Jōmon-Zeit (1. Hälfte 2. Jt. v. Chr.) lösten sich Bestattungsareale und Ritualplätze von den Siedlungen ab, wie sich beispielsweise an den großformatigen Steinkreisen in der Tōhoku-Region nachvollziehen lässt. Eine weitreichendere Trennung von profanem und sakralem Leben lässt sich erst ab der zweiten Hälfte der späten Jōmon-Zeit (2. Hälfte 2. Jt. v. Chr.) annehmen.
In der Yayoi-Zeit (5. Jh. v. Chr. – 3. Jh. n. Chr.) vermischten sich Jōmon-Rituale mit den neuen Ritualen, die vom ostasiatischen Kontinent auf den japanischen Archipel gelangten. Auffällig ist sowohl bei der Aufgabe der Jōmon-Rituale, als auch bei den Bronzeglocken und -lanzen am Ende der Yayoi-Zeit, dass die „alten“ Ritualobjekte intentionell deponiert wurden. Dabei ist jedoch unklar, ob der Deponierungsort selbst eine sakrale Bedeutung besaß. Auch innerhalb großer Siedlungen wie Yoshinogari oder Karako-Kagi existierten nicht nur Produktionsbereiche für Ritualbronzen, sondern auch durch Umfriedungen oder spezielle Gebäude von dem profanen Leben losgelöste Ritualplätze.
Dies setzte sich in den Siedlungen der Kofun-Zeit (Mitte 3. Jh. – Ende 6. Jh.) fort. Mit dem Auftreten der großformatigen Grabhügel verlagerten sich die Rituale auch in, auf bzw. neben die Kofun, wie sich an der großen Menge an Speisekeramik, den Speiseopfern aus Ton sowie den Tonfiguren (haniwa) andeutet. Auch bei nicht artifiziell veränderten Gebieten, wie beispielsweise auf Okinoshima, finden sich Hinweise auf Rituale. Da diese Ritualplätze jedoch häufig eher Zufallsfunde sind, ist auch zu dieser Zeit nicht rekonstruierbar, was das verehrte Objekt war oder wie die Rituale konkret aussahen.
Es bleibt somit festzuhalten, dass viele Elemente der Religion im prähistorischen Japan noch immer im Verborgenen liegen und womöglich nie entschlüsselt werden können. Die Shintō-Archäologie als Ausgangspunkt der modernen Religionsarchäologie in Japan sowie Theorien wie die eines Ur-Shintō zeigen jedoch, weshalb besondere Vorsicht beim Heranziehen und Vergleichen des archäologischen Materials mit den frühesten Schriftquellen geboten ist, um eine Überinterpretation des Materials zugunsten des Shintō zu vermeiden.