Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Postdoktorandin und Dozentin für Systembiologie und Mathematikerin

Büro

Institut für Informatik
Institut für Biomedizinische Informatik
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Curriculum Vitae

Seit 2018
Postdoktorandin und Dozentin

in der von Junior-Prof. Dr. Andreas Dräger geleiteten Arbeitsgruppe für rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger im Institut für Informatik der Universität Tübingen

2017
Dozentin

in der von Prof. Dr.-Ing. Oliver Kohlbacher geleiteten Lehrstuhl für Angewandte Bioinformatik im Zentrum für Bioinformatik (ZBIT) an der Universität Tübingen - Teach@Tuebingen-Stipendium

2011-2017
Doktorandin und wissenschaftliche Mitarbeiterin

in der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Zahra Afsharnezhad für Angewandte Mathematik und Differentialgleichungen in der Fakultät für Mathematik der Universität Ferdowsi zu Mashhad im Iran -

Doktorarbeit "Hopf Bifurkation und Chaos für diskontinuierliche Infektionskrankheiten HTLV-I

und Leukämie mit der Wirksamkeit der Wirksamkeit des Arzneimittels"

2015
Gastwissenschaftlerin

in der von Prof. Dr. Anna Marciniak-Czochra geleiteten Arbeitsgruppe für Mathematik der Selbstorganisation von Zellsystemen im Institut für IWR and BIOQUANT der Fakultät für Mathematik und Informatik der Universität Heidelberg in Deutschland

2006-2011
Eingeladene Dozentin

an drei verschiedenen iranischen Universitäten. Themen: Differentialgleichungen, Numerische Analyse I und II, Infinitesimalrechnung I und II, Grundlagen der Mathematik

2004-2006
Master der angewandten Mathematik

der Fakultät für Naturwissenschaften im Institut für Mathematik der Universität Yazd im Iran -

Masterarbeit "Empfindlichkeit der Systemeigenwerte und deren Modellreduktion"

Forschungsprojekte

Projektförderung für Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler 2020

Anlauffinanzierung von innovativen Projekten mit entsprechend großer Aussicht auf externe Drittmittelförderung, insbesondere Förderung von qualifizierten Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftlern zum Aufbau eigenständiger Forschungsprojekte. Dezernat II – Forschung

Gefördert durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und das Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst des Landes Baden-Württemberg im Rahmen der Exzellenzstrategie des Bundes und des Landes.

Projektleitung: Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Athene-Programm der Universität Tübingen

Gefördert durch das Gleichstellungsbüro der Universität Tübingen zur besonderen Förderung junger Forscherinnen in der Postdoc-Phase.

Projektleitung: Dr. Reihaneh Mostolizadeh

Rechnergestützte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Pathogene

Das Projekt TTU 08.703 wird unter Förderkennzeichen 8020708703 durch das Deutsche Zentrum für Infektionsforschung (DZIF, doi:10.13039/100009139) innerhalb der Deutschen Zentren der Gesundheitsforschung (BMBF-DZG des Bundesministeriums für Bildung und Forschung) gefördert. Die Arbeitsgruppe gehört dem Netzwerk zur Erforschung krankenhausbedingter und antibiotikaresistenter bakterieller Infektionen an (engl. Healthcare-Associated and Antibiotic-Resistant Bacterial Infections, kurz HAARBI). Laufzeit dieses Projektes: Juli 2018 bis Juni 2022.

Publikationen

  1. MCC: Automated Mass and Charge Curation at Genome-Scale Applied to C. tuberculostearicum
    Reihaneh Mostolizadeh, Finn Mier und Andreas Dräger
    BioRxiv, 22. November 2024
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  2. FROG Analysis Ensures the Reproducibility of Genome Scale Metabolic Models
    Karthik Raman, Miroslav Kratochvíl, Brett G. Olivier, Matthias König, Pratyay Sengupta, Dinesh Kumar Kuppa Baskaran, Tung V. N. Nguyen, Daniel Lobo, St Elmo Wilken, Krishna Kumar Tiwari, Aswathy K. Raghu, Indumathi Palanikumar, Lavanya Raajaraam, Maziya Ibrahim, Sanjaay Balakrishnan, Shreyanash Umale, Frank T. Bergmann, Tanisha Malpani, Venkata P. Satagopam, Reinhard Schneider, Moritz E. Beber, Sarah M. Keating, Mihail Anton, Alina Renz, Meiyappan Lakshmanan, Dong-Yup Lee, Lokanand Koduru, Reihaneh Mostolizadeh, Oscar Dias, Emanuel Cunha, Alexandre Oliveira, Yi Qing Lee, Karsten Zengler, Rodrigo Santibáñez-Palominos, Manish Kumar, Matteo Barberis, Bhanwar Lal Puniya, Tomáš Helikar, Hoang V. Dinh, Patrick F. Suthers, Costas D. Maranas, Isabella Casini, Seyed Babak Loghmani, Nadine Veith, Nantia Leonidou, Feiran Li, Yu Chen, Jens Nielsen, GaRyoung Lee, Sang Mi Lee, Gi Bae Kim, Pedro T. Monteiro, Miguel C. Teixeira, Hyun Uk Kim, Sang Yup Lee, Ulf W. Liebal, Lars M. Blank, Christian Lieven, Chaimaa Tarzi, Claudio Angione, Manga Enuh Blaise, Çelık Pinar Aytar, Mikhail Kulyashov, llya Akberdin, Dohyeon Kim, Sung Ho Yoon, Zhaohui Xu, Jyotshana Gautam, William T. Scott, Peter J. Schaap, Jasper J. Koehorst, Cristal Zuñiga, Gabriel Canto-Encalada, Sara Benito-Vaquerizo, Ivette Parera Olm, Maria Suarez-Diez, Qianquian Yuan, Hongwu Ma, Mohammad Mazharul Islam, Jason A. Papin, Francisco Zorrilla, Kiran Raosaheb Patil, Arianna Basile, Juan Nogales, Granado San León, Freddy Castillo-Alfonso, Roberto Olivares-Hernández, Gabriel Vigueras-Ramírez, Henning Hermjakob, Andreas Dräger und Rahuman S. Malik-Sheriff
    BioRxiv, 26. September 2024
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  3. New workflow predicts drug targets against SARS-CoV-2 via metabolic changes in infected cells
    Nantia LeonidouAlina RenzReihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger
    PLOS Computational Biology, 19(3): e1010903. 23. März 2023
    [ Details | DOIVorabdruck | PDF | PubMedBibTeX ]
  4. Hierarchical modelling of microbial communities
    Manuel Glöckler, Andreas Dräger und Reihaneh Mostolizadeh
    Bioinformatics, 17. Januar 2023.
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  5. Towards the human nasal microbiome: simulating D. pigrum and S. aureus
    Reihaneh MostolizadehManuel Glöckler und Andreas Dräger
    Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 2022, 15. August 2022
    [ DetailsDOI | PDF | PubMedBibTeX ]
  6. NCMW: A Python Package to Analyze Metabolic Interactions in the Nasal Microbiome
    Manuel GlöcklerAndreas Dräger und Reihaneh Mostolizadeh
    Frontiers in Bioinformatics, 25. Februar 2022.
    [ DetailsDOI | PDF | PubMedBibTeX ]
  7. A Computational Model of Bacterial Population Dynamics in Gastrointestinal Yersinia enterocolitica Infections in Mice
    Janina K. Geißert, Erwin Bohn, Reihaneh MostolizadehAndreas Dräger, Ingo B. Autenrieth, Sina Beier, Oliver Deusch, Alina Renz, Martin Eichner und Monika S. Schütz.
    Biology, 11(2), 297; 12. Februar 2022.
    Details | DOI | Vorabdruck | PDF | PubMed | BibTeX ]
  8. Computational Model Informs Effective Control Interventions against Y. enterocolitica Co-Infection
    Reihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger.
    Biology, 9(12), Sonderausgabe Computational Biology, 30. November 2020.
    [ Details | DOI | Vorabdruck | PubMed | PDF | BibTeX ]
  9. Clinical Applications of Metabolic Models in SBML Format
    Alina RenzReihaneh Mostolizadeh und Andreas Dräger.
    Reference Module in Biomedical Sciences, Elsevier, 30. Januar 2020.
    Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  10. Insights into Dynamic Network States using Metabolomics Data
    Reihaneh Mostolizadeh​​​​​, Andreas Dräger und Neema Jamshidi.
    In: Angelo D’Alessandro (Editor) High-Throughput Metabolomics. Methods in Molecular Biology, Band 1978, Kapitel, Seiten 243-258. Humana, New York, NY, Mai 2019.
    [ DetailsDOI | Link | PubMedBibTeX ]
  11. Hopf bifurcation in a model for adult T‐cell leukemia
    Reihaneh Mostolizadeh und ​​​Zahra Afsharnezhad.
    Journal of Mathematical Methods in the Applied Sciences, Juli 26 2018.
    DOI | PDF ]
  12. Mathematical MODEL OF CHIMERIC ANTI-GENE RECEPTOR(CAR)T CELL THERAPY WITH PRESENCE OF CYTOKINE
    Reihaneh Mostolizadeh, ​​​Zahra Afsharnezhad und Anna Marciniak-Czochra.
    Journal of Numerical Algebra, Control and Optimization (NACO), März 2018.
    DOI | Link ]
  13. Hopf bifurcation for a discontinuous HTLV-1 model
    Elham Shamsara, Zahra Afsharnezhad und Reihaneh MostolizadehFilomat, 2017.
    DOI | PDF]

  14. Reihaneh Mostolizadeh, Elham Shamsara und Zahra Afsharnezhad.
    Ann. Tiberiu Popoviciu Semin. Funct. Equ. Approx. Convexity - Series B: Mathematical Interdisciplinary Research​​​​​​, 2017.
    Link | PDF ]
  15. Transcritical bifurcation of an immunosuppressive infection model
    Elham Shamsara, Reihaneh Mostolizadeh und Zahra Afsharnezhad.
    Iranian Journal of Numerical Analysis and Optimization, September 21 2016.
    DOI | Link ]
  16. Stability analysis of carbon nanotubes based on a novel beam model and its comparison with sanders shell model and molecular dynamics simulations
    R Hosseini-Ara, HR Mirdamadi, H Khademyzadeh und Reihaneh Mostolizadeh.
    Journal of the Brazilian Society of Mechanical Sciences and Engineering, Juni 2012.
    DOI  | Link | PDF ]

Lehre

Wintersemester 2020/2021

Die im Folgenden aufgelisteten Kurse werden im Wintersemester 2020/21 angeboten. Für detaillierte Kursinformationen folgen Sie den bereitgestellten Verweisen zum Alma-Portal und zur ILIAS-Plattform.

Systembiologie I (BIOINF3371)

Vorlesung mit Übungen

Aufgrund der COVID-19-Pandemie findet dieser Kurs bis auf weiteres jeden Dienstag um 14.00 Uhr virtuell via ZOOM statt. Die wöchentliche Übung findet ebenfalls über ZOOM statt und zwar jeden Donnerstag um 16.00 Uhr. Sollten Sie Schwierigkeiten beim Zugriff auf die Inhalte haben, wenden Sie sich bitte entweder an Dr. Reihaneh Mostolizadeh oder an Dr. Bashir S. Mienda.
Systembiologie I” nach dem “Flipped Classroom”-Konzept durchgeführt. Die Studenten sehen sich Vorlesungen und vorab aufgezeichnete Videos an, während sie sich mit Konzepten beschäftigen und in wöchentlichen Diskussionen unter Anleitung der Dozenten an den Inhalten der Vorlesungsstunde mitarbeiten. Der Schwerpunkt liegt auf den wesentlichen Ansätzen und der Beantwortung von Fragen. Im Tutorium arbeiten die Studierenden in Gruppen, um Aufgaben zu lösen und ein Semesterprojekt zu bearbeiten.

Dozenten: Dr. Reihaneh Mostolizadeh und Dr. Bashir S. Mienda

Wintersemester 2019/2020

Proseminar: Systembiologie (BIOINF3372)

Wintersemester 2018/2019

Seminar: Mathematical Methods in (Medical) Systems Biology (BIOINF4393)

Sommersemester 2018

Systembiologie I (BIOINF3371)

Wintersemester 2017/2018

Systems Biologie II: Simulation of Dynamic Network States (BIOINF4394)

Sommersemester 2017

Systems Biology I: Properties of Reconstructed Networks (BIOINF3371)