Rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen

und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger

Willkommen bei der Arbeitsgruppe Dräger!

Die Arbeitsgruppe Dräger wurde im Juli 2018 gegründet und widmet sich seither der rechnergestützten Systembiologie mit Schwerpunkt auf Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserregern. Die Forschungsschwerpunkte der Gruppe umfassen alle Arbeitsschritte vom biologischen Phänomen bis hin zu dessen Simulation im Rechner. Dazu zählen sowohl die Rekonstruktion biologischer Systeme, deren mathematische Modellierung, die Standardisierung dieser Modelle, wie auch die Entwicklung spezialisierter Software-Lösungen und die Anwendung von Methoden des maschinellen Lernens. Ein wesentliches Ziel besteht darin, modellgetrieben neue Hypothesen abzuleiten, mit denen zunehmende Antibiotikaresistenzen systematisch bekämpft werden können.


Systembiologie: Ein kurzer Überblick

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Neueste Veröffentlichungen

  1. FBA reveals guanylate kinase as a potential target for antiviral therapies against SARS-CoV-2
    A. Renz, L. Widerspick und A. Dräger
    Bioinformatics, Band 36, Ausgabe Supplement_2, 29. Dezember 2020, Seiten i813-i821.
    [ Details | DOIZenodo | PubMed | YouTubePDF | BibTeX ]
  2. The Systems Biology Simulation Core Library
    H. Panchiwala, S. Shah, H. Planatscher, M. Zakharchuk, M. König und A. Dräger
    Preprints, 11. Dezember 2020.
    [ Details | DOI | PDF | BibTeX ]
  3. Computational Model Informs Effective Control Interventions against Y. enterocolitica Co-Infection
    R. Mostolizadeh und A. Dräger
    Biology, 9(12), Sonderausgabe Computational Biology, 30. November 2020.
    [ Details | DOI | Preprints | PubMed | PDF | BibTeX ]
  4. Longitudinal multi-omics analyses identify responses of megakaryocytes, erythroid cells and plasmablasts as hallmarks of severe COVID-19 trajectories
    J. P. Bernardes, N. Mishra, F. Tran, T. Bahmer, L. Best, J. I. Blase, D. Bordoni, J. Franzenburg, U. Geisen, J. Josephs-Spaulding, P. Köhler, A. Künstner, E. Rosati, A. C. Aschenbrenner, P. Bacher, N. Baran, T. Boysen, B. Brandt, N. Bruse, J. Dörr, A. Dräger, G. Elke, D. Ellinghaus, J. Fischer, M. Forster, A. Franke, S. Franzenburg, N. Frey, A. Friedrichs, J. Fuß, A. Glück, J. Hamm, F. Hinrichsen, M. P. Höppner, S. Imm, R. Jünker, S. Kaiser, Y. H. Kan, R. Knoll, C. Lange, G. Laue, C. Lier, M. Lindner, G. Marinos, R. Markewitz, J. Nattermann, R. Noth, P. Pickkers, K. F. Rabe, A. Renz, C. Röcken, J. Rupp, A. Schaffarzyk, A. Scheffold, J. Schulte-Schrepping, D. Schunck, D. Skowasch, T. Ulas, K.-P. Wandinger, M. Wittig, J. Zimmermann, H. Busch, B. F. Hoyer, C. Kaleta, J. Heyckendorf, M. Kox, J. Rybniker, S. Schreiber, J. Schultze und P. Rosenstiel
    Immunity, 26. November 2020.
    [ Details | DOI | MedRxiv | PubMed | PDF | BibTeX ]
  5. Genome-Scale Metabolic Modeling of Escherichia coli and Its Chassis Design for Synthetic Biology Applications
    B. S. Mienda und A. Dräger
    Computational Methods in Synthetic Biology. M. A. Marchisio (Editor), Teil der Buchreihe Methods in Molecular Biology (MIMB, Band 2189), Seiten 217-229, 13. November 2020.
    [ Details | DOI | PubMedPDF | BibTeX ]
  6. SysMod: the ISCB community for data-driven computational modelling and multi-scale analysis of biological systems
    A. Dräger, T. Helikar, M. Barberis, M. Birtwistle, L. Calzone, C. Chaouiya, J. Hasenauer, J. R. Karr, A. Niarakis, M. Rodríguez Martínez, J. Saez-Rodriguez und J. Thakar
    Zenodo, Vorabdruck vom 31. Oktober 2020.
    [ Details | DOI | PDF | BibTeX ]
  7. COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms
    M. Ostaszewski, A. Niarakis, A. Mazein, I. Kuperstein, R. Phair, A. Orta-Resendiz, V. Singh, S. S. Aghamiri, M. L. Acencio, E. Glaab, A. Ruepp, G. Fobo, C. Montrone, Barbara Brauner, Goar Frishman, L. C. Monraz Gémez, J. Somers, M. Hoch, S. Kumar Gupta, J. Scheel, H. Borlinghaus, T. Czauderna, F. Schreiber, A. Montagud, M. Ponce de Leon, A. Funahashi, Y. Hiki, N. Hiroi, T. G. Yamada,  A. Dräger, A. Renz, M. Naveez, Z. Bocskei, F. Messina, D. Börnigen, L. Fergusson, M. Conti, M. Rameil, V. Nakonecnij, J. Vanhoefer, L. Schmiester, M. Wang, E. E. Ackerman, J. E. Shoemaker, J. Zucker, K. L. Oxford, J. Teuton, E. Kocakaya, G. Y. Summak, K. Hanspers, M. Kutmon, S. Coort, L. Eijssen, F. Ehrhart, R. D. A. B., D. Slenter, M. Martens, R. Haw, B. Jassal, L. Matthews, M. Orlic-Milacic, A. Senff-Ribeiro, K. Rothfels, V. Shamovsky, R. Stephan, C. Sevilla, T. M. Varusai, J.-M. Ravel, R. Fraser, V. Ortseifen, S. Marchesi, P. Gawron, E. Smula, L. Heirendt, V. Satagopam, G. Wu, A. Riutta, M. Golebiewski, S. Owen, C. Goble, X. Hu, R. Overall, D. Maier, A. Bauch, J. A. Bachman, B. M. Gyori, C. Vega, V. Grouès, M. Vazquez, P. Porras, L. Licata, M. Iannuccelli, F. Sacco, D. Turei, A. Luna, O. Babur, S. Soliman, A. Valdeolivas, M. Esteban-Medina, M. Peña-Chilet, T. Helikar, B. Lal Puniya, A. Nesterova, A. Yuryev, A. de Waard, D. Modos, A. Treveil, M. L. Olbei, B. De Meulder, A. Naldi, A. Dugourd, V. Noël, L. Calzone, C. Sander, E. Demir, T. Korcsmaros, T. C. Freeman, F. Auge, J. S. Beckmann, J. Hasenauer, O. Wolkenhauer, E. Willighagen, A. R. Pico, C. Evelo, M. Gillespie, L. D. Stein, H. Hermjakob, P. DʼEustachio, J. Saez-Rodriguez, J. Dopazo, A. Valencia, H. Kitano, E. Barillot, C. A., R. Balling, R. Schneider und die COVID-19-Gemeinschaft für die Erstellung von Krankheitskarten
    BioRxiv, 28. Oktober 2020.
    [ Details | DOI | PDF | BibTeX ]
  8. Overview: Standards for Modeling in Systems Medicine
    A. Dräger und D. Waltemath
    Systems Medicine. Integrative, Qualitative and Computational Approaches. Olaf Wolkenhauer (Editor), Band 3, 2021, Seiten 245–353, 28. August 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  9. Community standards to facilitate development and address challenges in metabolic modeling
    M. A. Carey, A. Dräger, M. E. Beber, J. A. Papin und J. T. Yurkovich
    Molecular Systems Biology, 26. August 2020.
    [ Details | DOI | PubMedBioRxivPDF | BibTeX ]
  10. SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models
    S. M. Keating, D. Waltemath, M. König, F. Zhang, A. Dräger, C. Chaouiya, F. T. Bergmann, A. Finney, C. Gillespie, T. Helikar, S. Hoops, R. Malik-Sheriff, S. Moodie, I. Moraru, C. J. Myers, A. Naldi, B. Olivier, S. Sahle, J. Schaff, L. P. Smith, M. Swat, D. Thieffry, L. Watanabe, D. Wilkinson, M. L. Blinov, K. Begley, J. Faeder, H. Gómez, T. M. Hamm, Y. Inagaki, W. Liebermeister, A. Lister, D. Lucio, E. Mjolsness, C. Proctor, K. Raman, N. Rodriguez, C. Shaffer, B. Shapiro, J. Stelling, N. Swainston, N. Tanimura, J. Wagner, M. Meier-Schellersheim, H. Sauro, B. Ø. Palsson, H. Bolouri, H. Kitano, A. Funahashi, H. Hermjakob, J. C. Doyle, M. Hucka und die SBML-Level-3-Gemeinschaft: R. R. Adams, N. A. Allen, B. R. Angermann, M. Antoniotti, G. D. Bader, J. Červený, M. Courtot, C. D. Cox, P. Dalle Pezze, E. Demir, W. S. Denney, H. Dharuri, J. Dorier, D. Drasdo, A. Ebrahim, J. Eichner, J. Elf, L. Endler, C. T. Evelo, C. Flamm, R. M. T. Fleming, M. Fröhlich, M. Glont, E. Gonçalves, M. Golebiewski, H. Grabski, A. Gutteridge, D. Hachmeister, L. A. Harris, B. D. Heavner, R. Henkel, W. S. Hlavacek, B. Hu, D. R. Hyduke, H. Jong, N. Juty, P. D. Karp, J. R. Karr, D. B. Kell, R. Keller, I. Kiselev, S. Klamt, E. Klipp, C. Knüpfer, F. Kolpakov, F. Krause, M. Kutmon, C. Laibe, C. Lawless, L. Li, L. M. Loew, R. Machne, Y. Matsuoka, P. Mendes, H. Mi, F. Mittag, P. T. Monteiro, K. N. Natarajan, P. M. F. Nielsen, T. Nguyen, A. Palmisano, J.‐B. Pettit, T. Pfau, R. D. Phair, T. Radivoyevitch, J. M. Rohwer, O. A. Ruebenacker, J. Saez‐Rodriguez, M. Scharm, H. Schmidt, F. Schreiber, M. Schubert, R. Schulte, S. C. Sealfon, K. Smallbone, S. Soliman, M. I. Stefan, D. P. Sullivan, K. Takahashi, B. Teusink, D. Tolnay, I. Vazirabad, A. Kamp, U. Wittig, C. Wrzodek, F. Wrzodek, I. Xenarios, A. Zhukova und J. Zucker
    Molecular Systems Biology, 26. August 2020
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  11. Model-based prediction of bacterial population dynamics in gastrointestinal infection
    J. Geißert, E. Bohn, R. Mostolizadeh, A. Dräger, I. Autenrieth, S. Beier, O. Deusch, M. Eichner und M. Schütz
    BioRxiv, 11. August 2020.
    [ Details | DOI | PDF | BibTeX ]
  12. Systems biology markup language (SBML) level 3 package: multistate, multicomponent and multicompartment species, version 1, release 2
    F. Zhang, L. P. Smith, M. L. Blinov, J. Faeder, W. S. Hlavacek, J.-J. Tapia, S. M. Keating, N. Rodriguez, A. Dräger, L. A. Harris, A. Finney, B. Hu, M. Hucka und M. Meier-Schellersheim
    Journal of Integrative Bioinformatics, 6. Juli 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  13. Systems biology graphical notation markup language (SBGNML) version 0.3
    F. T. Bergmann, T. Czauderna, U. Dogrusoz, A. Rougny, A. Dräger, V. Touré, A. Mazein, M. L. Blinov und A. Luna
    Journal of Integrative Bioinformatics, 22. Juni 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  14. COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms
    M. Ostaszewski, A. Mazein, M. E. Gillespie, I. Kuperstein, A. Niarakis, H. Hermjakob, A. R. Pico, E. L. Willighagen, C. T. Evelo, J. Hasenauer, F. Schreiber, A. Dräger, E. Demir, O. Wolkenhauer, L. I. Furlong, E. Barillot, J. Dopazo, A. Orta-Resendiz, F. Messina, A. Valencia, A. Funahashi, H. Kitano, C. Auffray, R. Balling und R. Schneider
    Scientific Data 7, 136. 5. Mai 2020.
    [ Details | DOI | PubMed | PDF | BibTeX ]
  15. Visualizing metabolic network dynamics through time-series metabolomic data
    L. F. Buchweitz, J. T. Yurkovich, C. Blessing, V. Kohler, F. Schwarzkopf, Z. A. King, L. Yang, F. Jóhannsson, Ó. Sigurjónsson, Ó. Rolfsson, J. Heinrich und A. Dräger.
    BMC Bioinformatics 21, 130. 3. April 2020.
    [ Details | DOI | PubMedBioRxiv | PDF | BibTeX ]
  16. MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing
    C. Lieven, M. E. Beber, B. G. Olivier, F. T. Bergmann, M. Ataman, P. Babaei, J. A. Bartell, L. M. Blank, S. Chauhan, K. Correia, C. Diener, A. Dräger, B. E. Ebert, J. N. Edirisinghe, J. P. Faria, A. M. Feist, G. Fengos, R. M. T. Fleming, B. García-Jiménez, V. Hatzimanikatis, W. van Helvoirt, C. S. Henry, H. Hermjakob, M. J. Herrgård, A. Kaafarani, H. U. Kim, Z. A. King, S. Klamt, E. Klipp, J. J. Koehorst, M. König, M. Lakshmanan, D.-Y. Lee, S. Y. Lee, S. Lee, N. E. Lewis, F. Liu, H. Ma, D. Machado, R. Mahadevan, P. Maia, A. Mardinoglu, G. L. Medlock, J. M. Monk, J. Nielsen, L. K. Nielsen, J. Nogales, I. Nookaew, B. O. Palsson, J. A. Papin, K. R. Patil, N. D. Price, O. Resendis-Antonio, A. Richelle, I. Rocha, B. J. Sánchez, P. J. Schaap, R. S. M. Sheriff, S. Shoaie, N. Sonnenschein, B. Teusink, P. Vilaça, J. O. Vik, J. A. H. Wodke, J. C. Xavier, Q. Yuan, M. Zakhartsev und C. Zhang.
    Nature Biotechnology, 2. März 2020.
    [ Details | DOIBioRxiv | PDF | PubMedBibTeX ]
  17. Clinical Applications of Metabolic Models in SBML Format
    A. Renz, R. Mostolizadeh und A. Dräger
    Reference Module in Biomedical Sciences, Elsevier, 30. Januar 2020
    [ Details | DOI | PDF | PubMed | BibTeX ]
  18. The Systems Biology Graphical Notation: Current Status and Applications in Systems Medicine
    V. Touré, A. Dräger, A. Luna, U. Dogrusoz und A. Rougny
    Reference Module in Biomedical Sciences, Elsevier, 25. Januar 2020
    [ DetailsDOI | PDF | PubMed | BibTeX ]