Marcus Emmerich ist seit 2017 Professor für Erziehungswissenschaft mit dem Schwerpunkt Inklusion, Heterogenität und Diversität. Er ist Mitglied der Abteilung Allgemeine Pädagogik sowie der Tübingen School of Education. 

Im Zentrum seiner theoretischen und empirischen Forschung steht der Zusammenhang von Erziehungssystem und Gesellschaft. Hierbei widmet er sich insbesondere Formen sozialer Differenzierung und Mechanismen pädagogischer Schließung im Erziehungssystem sowie deren strukturbildenden Folgen im Kontext gesellschaftlicher Differenz- und Ungleichheitsgenese. Einen Fokus bildet dabei die wissens- und systemsoziologisch rückgebundene Analyse von Klassifikations- und Askriptionsoperationen in der Erziehungs- und Entscheidungskommunikation.

Im Bereich der Wissenschaftsforschung interessiert er sich für erziehungswissenschaftliche Theoriebildung, insbesondere für den Import soziologischer Gesellschaftstheorie in die Erziehungswissenschaft. Zudem befasst er sich mit methodologischen Problemen der interpretativen/rekonstruktiven Forschung in den Gegenstandsbereichen Organisation und Ungleichheit.