Topic: Schnelle und interaktive Clusterverfahren für Transkriptomdaten von Cyanobakterien
Supervisor: G. Jäger/K. Nieselt
Author: Jennifer Lange

Topic: Kooperative Analyse von Hochdruchsatzdaten aus heterogenen Quellen durch Einbindung von Gaggle in Mayday
Supervisor: K. Nieselt/M. Bonin
Author: Claudia Broelemann

Topic: Statistische Verfahren zur linearen und nicht-linearen Merkmalsextraktion und Anwendungen bei der Visualisierung von Transkriptomdaten
Supervisor: K. Nieselt/M. Huber
Author: Andreas Lehrmann

Topic: Genomweite Vorhersage von ncRNA-Transkripten und ihre Validierung mit RNA-Seq
Supervisor: K. Nieselt/R. Backofen
Author: Marc Rurik 

Topic: Statistische Anreicherungsmethoden und -analysen auf azyklischen Graphen
Supervisor: K. Nieselt/O. Kohlbacher
Author: Roland Keller

Topic: Entwicklung von Verfahren zur Berechnung von digitalen Expressionsprofilen aus “Next-Generation”-Sequenzierungstechnologien
Supervisor: S. Hüttner/K. Nieselt/H. G. Rammensee
Author: Stephan Körner

Topic: Nicht-negative Matrixfaktorisierung mit Anwendung auf Motifsuche in Promotorregionen
Supervisor: K. Nieselt/G. Raetsch
Author: Sebastian Nerz

Topic: Genome-wide comparison of pathogenic and nonpathogenic staphylococci
Supervisor: K. Nieselt/F. Goetz
Author: Stefan Raue

Topic: Detection and Annotation of non-coding RNAs in Staphylococci
Supervisor: K. Nieselt/F. Goetz
Author: Daniel Lehle

Topic: Graph-theoretical Approaches to the Multiple Sequence Alignment Problem
Supervisor: K. Nieselt/M. Kaufmann
Author: Jonas Müller

Topic: Progressives Partial Order Alignment mit Anwendung auf Transkriptionsfaktorbindungsstellen
Supervisor: K. Nieselt/R. Sommer (MPI)
Author: Georgios Papadopoulos

Topic: Genome-wide identification and characterization of HOX targets based on ChIP-seq data and in silico methods
Supervisor: K. Nieselt/D. Weigelt (MPI Tübingen)
Author: Michael Piechotta

Topic: Skalierbare Methoden zur interaktiven Visualisierung genomweiter Genexpressionsdaten
Supervisor: K. Nieselt/D. Bartz (Uni Leipzig)
Author: Christian Zipplies

Topic: Algorithms for the integrated analysis of ChIP-chip, ChIP-seq and mRNA expression data
Supervisor: K. Nieselt/C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster)
Author: Lucia Spangenberg

Topic: COAT: Cross Organism Analysis Toolkit
Supervisor: K. Nieselt/T. Rasse (Hertie-Institut)
Author: Hannes Angst

Topic: Illumina array algorithms for Mayday
Supervisor: K. Nieselt/M. Bonin
Author: Nastasja Trunk

Topic:Analysis of small RNA pathway mutants using whole genome tiling arrays
Supervisor: K. Nieselt/D. Weigelt (MPI)
Author: Timo Sachsenberg

Topic: Algorithmen zur Merkmalsselektion aus Expressionsexperimenten zur Klassifikation multipler Tumortypen
Supervisor: K. Nieselt/C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster)
Author: Karin Zimmermann

Topic: Improving Gene Finding Accuracy with Tiling Array and RNA-Seq Data
Supervisor: K. Nieselt/G. Raetsch (MPI Tübingen)
Author: Jonas Behr

Topic: Analysis of alternative transcripts in Arabidopsis thaliana with whole genome arrays
Supervisor: K. Nieselt/G. Raetsch (MPI Tübingen)
Author: Johannes Eichner

Topic: Visualization and clustering of the expression content of multiple groups using barycentric coordinates
Supervisor: K. Nieselt/M. Bonin
Author: Stephan Gade

Topic: Classification of non-coding RNAs in prokaryotes
Supervisor: K. Nieselt/E. Takano (Uni Groningen)
Author: Alexander Herbig

Topic: Algorithmen zur Identifizierung rhythmischer Expressionsmuster
Supervisor: K. Nieselt/D. Zieker/H. Northoff (Transfusionsmedizin IKET)
Author: Katharina Buck

Topic: SpRay: Eine Visual-Analytics-Plattform für hochdimensionale Daten
Supervisor: K. Nieselt/J. Dietzsch/D. Bartz (Uni Leipzig)
Author: Julian Heinrich

Topic: XML als Werkzeug zur Verwaltung und Integration von Microarray-Daten
Supervisor: K. Nieselt/O. Kohlbacher
Author: Claas Eggert

Topic: OrthoExpress: Organismenübergreifende Expressionsanalysen aus multiplen Experimenttypen
Supervisor: K. Nieselt/T. Rasse (Hertie-Institut)
Author: Michael Knopp

Topic: Oligo hybridisation quality control for ChIP-Chip applications and combinatorial analysis of epigenetic modifications in promotor regions
Supervisor: K. Nieselt/C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster
Author: Florian Battke

Topic: Structural Analysis of Natural Antisense transcripts
Supervisor: K. Nieselt/S. Steigele/P. Stadler (Uni Leipzig)
Author: Mathias Ganter

Topic: Expression correlation of natural antisense transcripts in bacterial transcriptomes
Supervisor: K. Nieselt/E. Takano (Uni Groningen)
Author: Christian Bender

Topic: Robuste Merkmalsselektion aus Bipartitionen von Microarray-Expressionsdaten mit Anwendungen auf aggregierte Tumordaten
Supervisor: K. Nieselt/D. Zieker/A. Königrainer (UKT)
Author: Christian Schillinger

Topic: Molekulare Signaturen primärer intestinaler Tumore
Supervisor: K. Nieselt/D. Zieker/A. Königrainer (UKT)
Author: Bettina Knapp

Topic: Maximale Cliquen in c-max-Toleranzgraphen und ihre Anwendung in der Gruppierung molekularer Sequenzen
Supervisor: K. Nieselt/M. Kaufmann/K. A. Lehmann
Author: Ulrike Schöck

Topic: Molekulare Evolution im Guppy
Supervisor: C. Dreyer (MPI)/K. Nieselt
Author: Eva-Maria Willing

Topic: Comparative Analysis of Genome Architecture in Caenorhabditis
Supervisor: C. Dieterich (MPI)/K. Nieselt
Author: Christian Rödelsperger

Topic: Funktionelle Analyse von Genexpressionsdaten und Visualisierung beteiligter metabolischer Netzwerke (in Kollaboration mit Uniklinik Tübingen, PD Fehm)
Supervisor: K. Nieselt/H. Neubauer
Author: Katrin Deubel

Topic: A survey of Natural Antisense Transcripts in the bacteria and archaea kingdoms
Supervisor: K. Nieselt/W. Wohlleben
Author: Markus Riester

Topic: Machine learning algorithms for Microarray Data
Supervisor: K. Nieselt/O. Kohlbacher
Author: Stephan Symons

Topic: Comparative Analysis and Visualization of Epigenomic and Gene Expression Microarray Data
Supervisor: K. Nieselt/C. Müller-Tidow
Author: Matthias Zschunke

Topic: Visualization and Integration of LC/MS Proteomics Data
Supervisor: K. Nieselt/L. Hood (ISB Seattle)
Author: Nils Gehlenborg

Topic: New Results on Evolutionary Trees: Closure Operations, Generalised Convexity and Generating Functions
Supervisor: K. Nieselt/D. Huson
Author: Tobias Thierer

Topic: Verbesserte Graphische Oberfläche und Algrothmen für Affymetrix® Resequenzierungs-Microarrays
Supervisor: K. Nieselt/O. Rieß
Author: Kirstin Weber

Topic: On Small-World Networks
Supervisor: M. Kaufmann/K. Nieselt
Author: Hendrik Post

Topic: Genomweite Rekonstruktion und experimenteller Nachweis repetitiver Elemente aus hochfragmentierten Sequenzdaten
Supervisor: R. Sommer (MPI)/S. Steigele/K. Nieselt
Author: Alexander Breit

Topic: 3did: a structural framework for second generation prediction algorithms of protein-protein interactions (in Kollaboration mit EMBL Heidelberg Dr. Patrick Aloy)
Supervisor: P. Aloy/K. Nieselt
Author: Amelie Stein

Topic: Genome-wide analysis of growth-phase dependent genes in Streptomyces coelicolor
Supervisor: W. Wohlleben/K. Nieselt
Author: Daniela Eggle