Theses
Topics for Bachelor and Master theses in our group
For bioinformatics, computer science and media informatics students, we offer interesting topics related to our current research and cooperation projects for their Bachelor or Master thesis. We also encourage students to express their own research interests, and we will help them to develop a topic for their thesis.
You will be supervised by the group leader and group members, and you will be offered a work place in our Bachelor / Master students' room. This will enable you to discuss your work with others, and to experience modern bioinformatics research work on a daily basis.
Theses in process
Master theses in progress
| Title | Supervisor | Student |
| How bitter is Lactococcus lactus? An integrative genomic approach to identify genes of bitterness | Kay Nieselt / Prof. Herbert Schmidt (Uni Hohenheim) | Robert Harmening |
| Identification and characterization of small RNA transcripts from differential RNA-seq data | Kay Nieselt | Dilek Dere |
Bachelor theses in progress
| Title | Supervisor | Student |
Data mining for conditions which influence the echolocation behavior of forgaging Rhinopoma microphyllum | Kay Nieselt / Prof. Schnitzler | Mark Krause |
Available topics
Available topics for Master theses
| Title | Supervisor |
| Deciphering the transcriptome landscape of the antibiotics producing Streptomyces coelicolor | Kay Nieselt |
Available topics for Bachelor theses
We offer the following general topics for a Bachelor thesis (for a more precise information please contact me; students may also express their own research topics).
| Title | Supervisor |
| Ancient DNA: Algorithms and applications | |
| Transcriptomics: Algorithms and applications | |
| Visualizing biological data: Algorithms and applications |
Completed theses
Completed Master theses
| Title | Supervisor | Student | Date |
| Genome architecture-aware mapping using the SuperGenome | K. Nieselt N. Ziemert | Friederike Hanssen | März 2019 |
| Visualization approaches for tumor evolution in liquid biopsy data | N. Gehlenborg (extern, Harvard Medical) K. Nieselt | Theresa Harbig | Sept. 2018 |
| Representation of ME-models in SBML | O. Kohlbacher K. Nieselt | Marc Alexander Voigt | Mai 2018 |
| Single Cell RNA-seq for Plant Protoplasts | M. Timmermans K. Nieselt | Chong Lu | Juli 2018 |
| Application of NGS to the identification of antibiotic resistant bacteria | Prof. K. Musser (Wadsworth Center, Albany, USA) K. Nieselt | Wolfgang Haas | Feb. 2018 |
| Large-scale Pangenomics | M. Pop, UMD (extern) K. Nieselt | Nils Oliver Schliebs | Jan. 2018 |
| Integrative characterization of the house dust mite murine asthma model | K. Nieselt Boehringer (extern) | Kevin Menden | Okt. 2017 |
| Studying Parasite-Host interaction | K. Nieselt T. Dijkstra | Fabian Mörtter | Okt. 2017 |
| Phylogenetic reconstruction of genomes from ancient DNA and modern DNA | K. Nieselt Prof. Fischer (Greifswald) | Veronika Böttcher | Juli 2017 |
| Methods for time-series differential gene expression analysis | K. Nieselt R. Neher | Adrian Geißler | Nov. 2016 |
| Metabarcoding workflows for Biodiversity assessment of belowground fungal communities | K. Nieselt N. Ziemert | Max Emil Schön | Juni 2016 |
| TSSpredator 2.0: Improved and enhanced transcription start site prediction | K. Nieselt A. Herbig (J. Krause) | Sven Fillinger | Juni 2016 |
| Evaluation and Extension of PASSAGE – Parallel Sequencing Systems for the Analysis of Gene Expression | K. Nieselt H. Köhler | Lucia Vedder | Juni 2016 |
| Testing framework and improved algorithms for ancient genome reconstruction | K. Nieselt J. Krause | Judith Neukamm | Dez. 2015 |
| StreptoExpress – genomewide expression analyses of Streptomyces coelicolor | K. Nieselt | Natalya Sabirova | Sept. 2014 |
| From the SuperGenome to the Pangenome of Bacteria | K. Nieselt F. Götz | André Hennig | April 2014 |
| Bioprocess Data Modelling of Chinese Hamster Ovary Cells | K. Nieselt O. Kohlbacher | Julia Söllner | Sept. 2013 |
| Efficient algorithms for Ancient Human Genome Reconstruction | K. Nieselt J. Krause | Alexander Peltzer | Nov. 2013 |
| The SuperGenome of Staphylococcus aureus | A. Herbig K. Nieselt | Linus Backert | Aug. 2013 |
| Algorithms for the assembly of ancient genomes | K. Nieselt J. Krause | Volodymyr Piven | Juli 2013 |
| A new very fast mapping algorithm based on sorting | K. Nieselt A. Herbig | Jörg Peter | April 2013 |
| Prediction and Systematic Comparison of Non-Coding RNAs in the Bacteria Kingdom | A. Herbig K. Nieselt | Andreas Friedrich | Nov. 2012 |
| The history and evolution of SNPs in Yersinia pestis | K. Nieselt J. Krause | Philip Stevens | Sept. 2012 |
| Statistics with confidence in comparative metagenomics | K. Nieselt D. Huson | Max Schubach | April 2012 |
| Metagenomic Pathway Analysis | K. Nieselt D. Huson | Tim Scheurenbrand | Jan. 2012 |
| A dynamic model of metabolism in Enterococcus faecalis | K. Nieselt Prof. P. Wills (NZ) | Markus List | Mai 2011 |
| 3D-Visualization Analytics for Transcriptomic Data | K. Niedrlz Prof. G. Scheuermann | Günter Jäger | Nov. 2010 |
| Automated Extraction of Variation Mentionas from Literature Sources and Mapping to a unique Database Identifier | K. Nieselt Prof. P. M. Hofmann-Apitius | Philippe Thomas | Juli 2008 |
| Predition of tissue specific enhancers in Caenorhabditis elegans | K. Nieselt R. Sommer C. Dieterich | Philipp Drewe | Nov. 2007 |
Completed Bachelor theses
| Title | Supervisor | Student | Date |
| Eine vergleichende Studie von Microarray- und RNASeq-Daten | K. Nieselt | Nadine Schacherer | Sept. 2019 |
| Detektion differentiell exprimierter Gene in Zeitreihendaten am Beispiel Streptomyces coelicolor | K. Nieselt | Hannah Frank | Aug. 2019 |
| Gene regulatory networks from time series expression data in Streptomyces coelicolor | K. Nieselt | Marvin Döbel | Aug. 2019 |
| Differential gene expression in different healthy human brain regions using CAGE-seq data | K. Nieselt A. Hennig | An Jiahui | Juli 2019 |
| Indexing the SuperGenome | A. Hennig K. Nieselt | Mauro Di Girolamo | März 2019 |
| Comparison of microarray and RNA-seq derived transcriptomes in Streptomyces coelicolor | K. Nieselt | Kilian Bunge | Feb. 2019 |
| EVIDENTE – A Visual Analytics Tool for Data Enrichment in Phylogenetic Trees | A. Seitz K. Nieselt | Mathias Alexander Witte Paz | Aug. 2018 |
| Effiziente Identifikation von Claden-spezifischen SNPs | A. Seitz K. Nieselt | Katrin Fischer | Mai 2018 |
| Erstellung eines Web User Interface für die Vorhersage von Transkriptionsstartpunkten aus dRNA-seq-Daten | S. Fillinger K. Nieselt | Julian Müller | Feb. 2018 |
| Implementierung eines Tools zur Maskierung repetitiver Sequenzen in Genomen | A. Seitz K. Nieselt | Friederike Hanssen | Feb. 2017 |
| Genomic haplotype phasing and motif searching around recomination hotspots in stickleback fish | F. Jones K. Nieselt | Marcus Lahm | Jan. 2017 |
| Evaluierungstoolbox zur Assemblierung kurzer Sequenzfragmente altertümlicher, metagenomischer Proben | A. Seitz K. Nieselt | Lars-Christian Achauer | Aug. 2016 |
| Funktions- und strukturbasierte Analyse genetischer Varianten mit Fokus auf klinische Phänotypen | A. Seitz F. Battke | Tobias Koch | Feb. 2016 |
| Funktionale Annotation von genetischen Varianten mit Fokus auf klinische Phänotypen | A. Seitz F. Battke | Jonas Kübler | Feb. 2016 |
| PanGeeDB: A SuperGenome-based database for Pan-genomes | A. Hennig K. Nieselt | Marie Gauder | Dez. 2015 |
| Genexpressionsstudien in Streptomyces coelicolor mit Hilfe von Mayday | A. Hennig K. Nieselt | Alexander Stoppel | Mai 2015 |
| Implementierung einer Toolbox zur automatisierten Reportgenerierung innerhalb der EAGER Pipeline | K. Nieselt A. Peltzer | Maximilian Hanussek | Aug. 2014 |
| Toolbox zur Erstellung von Contamination Reports innerhalb der EAGER Pipeline | K. Nieselt A. Peltzer | Christopher Jürges | April 2014 |
| The expression landscape of monozygotic twins | K. Nieselt | Alicia Owen | Aug. 2014 |
| Collact.me Android App Development | A. C. Polatkan | Nicolai Wahn | Aug. 2014 |
| Tweet content mining and visualization of user reputation scores for Collact.me framework | A. C. Polatkan | Philipp Weber | April 2014 |
| TOPAS – Toolkit for Processing and Annotating Sequence Data | K.Nieselt | Simon Heumos | April 2014 |
| Bigramm-Alignierung und ihre Anwendung in der historischen Linguistik | L. Steiner C.Höner zu Siederdissen K. Nieselt | Nancy Retzlaff | Aug. 2013 |
| Interaktives visuelles Clustering | G. Jäger | Eugen Netz | Aug. 2013 |
| Design and implementation of administration and enrichment tools for the Collaborative Social Network: Collact | A. C. Polatkan | Martin Lang | Aug. 2013 |
| Mikrogravitationsabhänige Genexpression in Arabidopsis thaliana | K.Nieselt G. Jäger | Ina Spirer | Aug. 2013 |
| Parallelisierung des QT-Clusterings in Mayday | G. Jäger K. Nieselt | Sebastian Nagel | Aug. 2012 |
| Design und Implementierung einer REST-API für ein Soziales Netzwerk | A. C. Polatkan K. Nieselt | Patrick Haug | Aug. 2012 |
| Extrahierung und Klassifizierung von Microblogging-Inhalten mit Anwendung auf bioinformatische Themen | A. C. Polatkan K. Nieselt | Jonas Begemann | Nov. 2012 |
| Genomweite Expressionsanalyse mesenchymaler Stammzellen | K. Nieselt Prof. Aicher | Andre Hennig | Aug. 2011 |
| Transcript Count Statistics for Expression Studies from Second-Generation Sequencing Data | F. Battke K. Nieselt | Dilek Tuncbilek | Aug. 2011 |
| Interaktive Visualisierung von systembiologischen Daten | K. Nieselt S. Symons | Matthias Munz | Feb. 2011 |
| Vergleich von Vorhersage-Verfahren für non-coding RNAs in Bakterien | K. Nieselt A. Herbig | Philipp Kirstahler | Feb. 2011 |
| Sequence based filtering of RNA-RNA interaction candidates | K. Nieselt A. Herbig | Julian Gutekunst | Feb. 2011 |
| Fast alignment methods of RNA-sequencing data | K. Nieselt F. Battke | Björn Petri | Feb. 2011 |
| Detecting and modelling time shifts in microarray time series data applying Gaussian processes | K. Nieselt O. Stegle (MPI) | Max Zwießele | Sept. 2010 |
| Experimentelle Annotation der Transkriptionslandschaften von Candida albicans und Candida dubliniensis | K. Nieselt K. Sohn (IGB) | Philip Stevens | Sept. 2010 |
| Automatisierung von Mayday mit Java Scripta> | K. Nieselt F. Battke | Tobias Ries | Sept. 2010 |
| Statistical Data Analysis for the Detection of Differentially Expressed Genes | K. Nieselt S. Symons | Sina Beier | Aug. 2009 |
| Motif finding in Mayday | K. Nieselt F. Battke | Frederik Weber | Sept. 2009 |
| QT-Clustering für Mayday | K. Nieselt J. Dietzsch | Günter Jäger | Aug. 2008 |
| Erstellung eines effizienten Visualisierungs-Frameworks für Mayday | K. Nieselt F. Battke | Philipp Bruns | Sept. 2008 |
| Regulatorische Netzwerke mit Association-Mining | K. Nieselt S. Symons | Christian Sieber | Sept. 2008 |
| Datenbank und Analyse von Immunologie-Expressionsdaten | K. Nieselt S. Symons | Steffen Sass | Sept. 2008 |
Completed Diploma theses
| Title | Supervisor | Student | Date |
| Schnelle und interaktive Clusterverfahren für Transkriptomdaten von Cyanobakterien | G. Jäger K. Nieselt | Jennifer Lange | Sep. 2012 |
| Kooperative Analyse von Hochdruchsatzdaten aus heterogenen Quellen durch Einbindung von Gaggle in Mayday | K. Nieselt M. Bonin | Claudia Broelemann | Okt. 2011 |
| Statistische Verfahren zur linearen und nicht-linearen Merkmalsextraktion und Anwendungen bei der Visualisierung von Transkriptomdaten | K. Nieselt M. Huber | Andreas Lehrmann | März 2011 |
| Genomweite Vorhersage von ncRNA-Transkripten und ihre Validierung mit RNA-Seq | K. Nieselt R. Backofen | Marc Rurik | Dez. 2010 |
| Statistische Anreicherungsmethoden und -analysen auf azyklischen Graphen | K. Nieselt O. Kohlbacher | Roland Keller | Aug. 2010 |
| Entwicklung von Verfahren zur Berechnung von digitalen Expressionsprofilen aus “Next-Generation”-Sequenzierungstechnologien | S. Hüttner K. Nieselt H. G. Rammensee | Stephan Körner | Juli 2010 |
| Nicht-negative Matrixfaktorisierung mit Anwendung auf Motifsuche in Promotorregionen | K. Nieselt G. Raetsch | Sebastian Nerz | Juni 2010 |
| Genome-wide comparison of pathogenic and nonpathogenic staphylococci | K. Nieselt F. Goetz | Stefan Raue | Mai 2010 |
| Detection and Annotation of non-coding RNAs in Staphylococci | K. Nieselt F. Goetz | Daniel Lehle | Mai 2010 |
| Progressives Partial Order Alignment mit Anwendung auf Transkriptionsfaktorbindungsstellen | K. Nieselt R. Sommer (MPI) | Georgios Papadopoulos | Nov. 2009 |
| Skalierbare Methoden zur interaktiven Visualisierung genomweiter Genexpressionsdaten | K. Nieselt D. Bartz (Uni Leipzig) | Christian Zipplies | Juni 2009 |
| Algorithms for the integrated analysis of ChIP-chip, ChIP-seq and mRNA expression data | K. Nieselt C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster) | Lucia Spangenberg | Juni 2009 |
| COAT: Cross Organism Analysis Toolkit | K. Nieselt T. Rasse (Hertie-Institut) | Hannes Angst | April 2009 |
| Illumina array algorithms for Mayday | K. Nieselt M. Bonin | Nastasja Trunk | März 2009 |
| Algorithmen zur Merkmalsselektion aus Expressionsexperimenten zur Klassifikation multipler Tumortypen | K. Nieselt C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster) | Karin Zimmermann | Sept. 2008 |
| Visualization and clustering of the expression content of multiple groups using barycentric coordinates | K. Nieselt M. Bonin | Stephan Gade | Juli 2008 |
| Classification of non-coding RNAs in prokaryotes | K. Nieselt E. Takano (Uni. Groningen) | Alexander Herbig | Juni 2008 |
| Algorithmen zur Identifizierung rhythmischer Expressionsmuster | K. Nieselt D. Zieker H. Northoff (Transfusions- medizin IKET) | Katharina Buck | Mai 2008 |
| SpRay: Eine Visual-Analytics-Plattform für hochdimensionale Daten | K. Nieselt J. Dietzsch D. Bartz (Uni Leipzig) | Julian Heinrich | Feb. 2008 |
| XML als Werkzeug zur Verwaltung und Integration von Microarray-Daten | K. Nieselt O. Kohlbacher | Claas Eggert | Jan. 2008 |
| OrthoExpress: Organismenübergreifende Expressionsanalysen aus multiplen Experimenttypen | K. Nieselt T. Rasse (Hertie-Institut Tü) | Michael Knopp | Nov. 2007 |
| Oligo hybridisation quality control for ChIP-Chip applications and combinatorial analysis of epigenetic modifications in promotor regions | K. Nieselt C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster) | Florian Battke | Nov. 2007 |
| Structural Analysis of Natural Antisense transcripts | K. Nieselt S. Steigele P. Stadler (Uni Leipzig) | Mathias Ganter | Sept. 2007 |
| Expression correlation of natural antisense transcripts in bacterial transcriptomes | K. Nieselt E. Takano (Univ. Groningen) | Christian Bender | Sept. 2007 |
| Robuste Merkmalsselektion aus Bipartitionen von Microarray-Expressionsdaten mit Anwendungen auf aggregierte Tumordaten | K. Nieselt D. Zieker A. Königrainer (UKT) | Christian Schillinger | Aug. 2007 |
| Molekulare Signaturen primärer intestinaler Tumore | K. Nieselt D. Zieker A. Königsrainer (Klinikum Tübingen) | Bettina Knapp | Aug. 2007 |
| Molekulare Evolution im Guppy | C. Dreyer (MPI) K. Nieselt | Eva-Maria Willing | Jan. 2007 |
| Comparative Analysis of Genome Architecture in Caenorhabditis | C. Dieterich (MPI) K. Nieselt | Christian Rödelsperger | Dez. 2006 |
| Funktionelle Analyse von Genexpressionsdaten und Visualisierung beteiligter metabolischer Netzwerke (in Kollaboration mit Uniklinik Tübingen, PD Fehm) | K. Nieselt H. Neubauer | Katrin Deubel | Aug. 2006 |
| A survey of Natural Antisense Transcripts in the bacteria and archaea kingdoms | K. Nieselt W. Wohlleben | Markus Riester | Juli 2006 |
| Machine learning algorithms for Microarray Data | K. Nieselt O. Kohlbacher | Stephan Symons | April 2006 |
| Comparative Analysis and Visualization of Epigenomic and Gene Expression Microarray Data | K. Nieselt C. Müller-Tidow | Matthias Zschunke | März 2006 |
| Visualization and Integration of LC/MS Proteomics Data | K. Nieselt L. Hood (ISB Seattle) | Nils Gehlenborg | März 2006 |
| New Results on Evolutionary Trees: Closure Operations, Generalised Convexity and Generating Functions | K. Nieselt D. Huson | Tobias Thierer | Dez. 2005 |
| Verbesserte Graphische Oberfläche und Algrothmen für Affymetrix® Resequenzierungs-Microarrays | K. Nieselt O. Rieß | Kirstin Weber | Dez. 2005 |
| Genomweite Rekonstruktion und experimenteller Nachweis repetitiver Elemente aus hochfragmentierten Sequenzdaten | R. Sommer (MPI) S. Steigele K. Nieselt | Alexander Breit | Mai 2005 |
| 3did: a structural framework for second generation prediction algorithms of protein-protein interactions (in Kollaboration mit EMBL Heidelberg Dr. Patrick Aloy) | P. Aloy K. Nieselt | Amelie Stein | Mai 2005 |
| Genome-wide analysis of growth-phase dependent genes in Streptomyces coelicolor | W. Wohlleben K. Nieselt | Daniela Eggle | März 2005 |
Completed externally supervised Diploma theses
| Title | Supervisor | Student | Date |
| Graph-theoretical Approaches to the Multiple Sequence Alignment Problem | Michael Kaufmann/Kay Nieselt | Jonas Müller | April 2010 |
| Genome-wide identification and characterization of HOX targets based on ChIP-seq data and in silico methods | Kay Nieselt/Detlef Weigel | Michael Piechotta | August 2009 |
| Improving Gene Finding Accuracy with Tiling Array and RNA-Seq Data | Kay Nieselt/Dr. Gunnar Raetsch (MPI Tübingen) | Jonas Behr | August 2008 |
| Analysis of small RNA pathway mutants using whole genome tiling arrays | Kay Nieselt/Prof. D. Weigel (MPI Tübingen) | Timo Sachsenberg | September 2008 |
| Analysis of alternative transcripts in Arabidopsis thaliana with whole genome arrays | Kay Nieselt/Dr. Gunnar Raetsch (MPI Tübingen) | Johannes Eichner | Juli 2008 |
| Maximale Cliquen in c-max-Toleranzgraphen und ihre Anwendung in der Gruppierung molekularer Sequenzen | Kay Nieselt/Michael Kaufmann / Katharina Anna Lehmann | Ulrike Schöck | März 2007 |
| On Small-World Networks | Michael Kaufmann/Kay Nieselt | Hendrik Post | August 2005 |
Abgeschlossene Studienarbeiten
| Title | Supervisor | Student name |
| Using whole genome tiling microarray for gene expression analysis in Drosophila melanogaster | Kay Nieselt/Steven Henikoff | Martin Riedel |
| Ein interaktiver TreeBrowser von Microarraydaten und splitinduzierte Merkmalsselektion | Kay Nieselt | Thomas Löffler |
| Microarray-Analyse in Cyanobakterien | Kay Nieselt/Prof. K. Forchhammer | Jennifer Lange |
| Antisense-Transkripte in Staphylokokken | Kay Nieselt | Gideon Zipprich |
| GlnR Regulation in Actinomycetes | Kay Nieselt/Jens Reuther | Lars Rosenbaum |
| A HMM based gene finder for Pristionchus pacificus | Kay Nieselt/Christoph Dieterich | Alexander Herbig |
| Extending Parallel Coordinates for Bioinformatical Applications | Kay Nieselt/Janko Dietzsch/Dieter Bartz | Julian Heinrich |
| Evolution of Gene Structure | Kay Nieselt/Christoph Dieterich/Ralf Sommer | Patrick Sobetzko |
| Implementation of a Generic Pipeline for Genomic signal Prediction | Kay Nieselt/Gunnar Rätsch | Jonas Behr |
| EISEV – Ein Programmm zur Betrachtung der Evolution von Exon-Intron-Strukturen | Kay Nieselt/Christoph Dieterich | Thomas Müller |
| Theoretical and practical QTL mapping Pristionchus pacificus | Kay Nieselt/Christoph Dieterich | Stephanie Gursch |
| Theoretical and practical QTL mapping Pristionchus pacificus | Kay Nieselt/Christoph Dieterich | Andrea Sprecher |
| Phylogenetische Profile von Transkriptionsfaktorbindungsstellen in Hefestämmen | Kay Nieselt/Christoph Dieterich | Georgios Papadopoulos |
| Textmining in Mayday | Kay Nieselt | Michael Piechotta |
| Non-coding RNA detection and characterization in Neisseria meningitidis | Kay Nieselt | Stephan Körner |
| Visualisierung von NAT-Netzwerken | Kay Nieselt | Marc Rurik |
| A Mayday plugin for Affymetrix chip analysis | Kay Nieselt/Stephan Symons | Anna Jasper |
| A visualisation plugin for Microarray Quality Control in Mayday | Kay Nieselt/Stephan Symons | Nastasja Trunk |
| Eine Pipeline zur automatischen genomweiten Detektion und Annotation von Antisense-Transkripten | Kay Nieselt/Stephan Steigele | Jörg Hagmann |
| Eine Pipeline zum automatischen, genomweiten Primer-Design von kodierenden und nicht-kodierenden Genen | Kay Nieselt/Eriko Takano (Univ. Groningen) | Klaus Kopec |
| High-throughput automization of annotation of antisense transcripts in many genomes | Kay Nieselt/Stephan Steigele | Claudia Eisbrenner |
| Genomweite Vorhersage von nicht-kodierenden RNA-Genen in Streptomyzeten | Kay Nieselt/Stephan Steigele | Jonas Müller |
| Konvergierende Phylogenien | Kay Nieselt/Stephan Steigele | Michael Hagmann |
| A Graphical Filtering Framework for Mayday | Kay Nieselt/Janko Dietzsch | Florian Battke |
| Detektion biologischer Repeats mit Hilfe von Suffixbäumen | Stephan Steigele/Kay Nieselt | Britta Hagmeyer |
| Implementierung von Clusterverfahren in Mayday (in Kollaboration mit MPI f. Entwicklungsbiologie, Prof. D. Weigel, Dr. Stefan Henz ) | Janko Dietzsch/Stefan Henz (externer Betreuer)/Kay Nieselt | Markus Riester |
| Microarray-Datenbank höherer Eukaryonten mit Anbindung an Mayday | Janko Dietzsch/Kay Nieselt | Stephan Symons |
| Erstellung einer Graphischen Benutzeroberfläche und von Sequenzclusterprogrammen im Rahmen des Projekts PhyloPipe | Stephan Steigele/Kay Nieselt | Ralf Eilbracht |
| PhyloPipe: Pipeline zur automatischen Rekonstruktion von Phylogenien | Stephan Steigele/Kay Nieselt | Jan Philipp Meier-Kolthoff |
| Anbindung von R in Mayday | Janko Dietzsch/Kay Nieselt | Matthias Zschunke |
| Detektion und Annotation von Repeats in Pristionchus pacificus | Stephan Steigele/Kay Nieselt | Alexander Breit |
| Integration von Quartett-Mapping in jSPLITS | Kay Nieselt/Tobias Klöpper | Kristoffer Forslund |
| Visualisierung von geclusterten Genexpressionsdaten | Janko Dietzsch / Kay Nieselt | Nils Gehlenborg |
| Genomweite in silico Detektion und Annotation von Natürlichen Antisense Transkripten inSaccharomyces cerevisiae | Stephan Steigele/Kay Nieselt | Daniela Eggle |
| J-iQMAP: interactive Quartet Mapping in Java | Janko Dietzsch/Kay Nieselt | Carola Huthmacher |
| Integration von VMATCH und RepeatMasker | Stephan Steigele/Kay Nieselt | Kirstin Weber |
| Detektion von Motiven in regulatorischen Regionen mit Signaltransformationen | Janko Dietzsch/Kay Nieselt | Marc Röttig |