Thema: Schnelle und interaktive Clusterverfahren für Transkriptomdaten von Cyanobakterien
BetreuerIn: G. Jäger / K. Nieselt
BearbeiterIn: Jennifer Lange

Thema: Kooperative Analyse von Hochdruchsatzdaten aus heterogenen Quellen durch Einbindung von Gaggle in Mayday
BetreuerIn: K. Nieselt / M. Bonin
BearbeiterIn: Claudia Broelemann

Thema: Statistische Verfahren zur linearen und nicht-linearen Merkmalsextraktion und Anwendungen bei der Visualisierung von Transkriptomdaten
BetreuerIn: K. Nieselt / M. Huber
BearbeiterIn: Andreas Lehrmann

Thema: Genomweite Vorhersage von ncRNA-Transkripten und ihre Validierung mit RNA-Seq
BetreuerIn: K. Nieselt / R. Backofen
BearbeiterIn: Marc Rurik 

Thema: Statistische Anreicherungsmethoden und -analysen auf azyklischen Graphen
BetreuerIn: K. Nieselt / O. Kohlbacher
BearbeiterIn: Roland Keller

Thema: Entwicklung von Verfahren zur Berechnung von digitalen Expressionsprofilen aus “Next-Generation”-Sequenzierungstechnologien
BetreuerIn: S. Hüttner / K. Nieselt / H. G. Rammensee
BearbeiterIn: Stephan Körner

Thema: Nicht-negative Matrixfaktorisierung mit Anwendung auf Motifsuche in Promotorregionen
BetreuerIn: K. Nieselt / G. Raetsch
BearbeiterIn: Sebastian Nerz

Thema: Genome-wide comparison of pathogenic and nonpathogenic staphylococci
BetreuerIn: K. Nieselt / F. Goetz
BearbeiterIn: Stefan Raue

Thema: Detection and Annotation of non-coding RNAs in Staphylococci
BetreuerIn: K. Nieselt / F. Goetz
BearbeiterIn: Daniel Lehle

Thema: Graph-theoretical Approaches to the Multiple Sequence Alignment Problem
BetreuerIn: K. Nieselt / M. Kaufmann
BearbeiterIn: Jonas Müller

Thema: Progressives Partial Order Alignment mit Anwendung auf Transkriptionsfaktorbindungsstellen
BetreuerIn: K. Nieselt / R. Sommer (MPI)
BearbeiterIn: Georgios Papadopoulos

Thema: Genome-wide identification and characterization of HOX targets based on ChIP-seq data and in silico methods
BetreuerIn: K. Nieselt / D. Weigelt (MPI Tübingen)
BearbeiterIn: Michael Piechotta

Thema: Skalierbare Methoden zur interaktiven Visualisierung genomweiter Genexpressionsdaten
BetreuerIn: K. Nieselt / D. Bartz (Uni Leipzig)
BearbeiterIn: Christian Zipplies

Thema: Algorithms for the integrated analysis of ChIP-chip, ChIP-seq and mRNA expression data
BetreuerIn: K. Nieselt / C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster)
BearbeiterIn: Lucia Spangenberg

Thema: COAT: Cross Organism Analysis Toolkit
BetreuerIn: K. Nieselt / T. Rasse (Hertie-Institut)
BearbeiterIn: Hannes Angst

Thema: Illumina array algorithms for Mayday
BetreuerIn: K. Nieselt / M. Bonin
BearbeiterIn: Nastasja Trunk

Thema: Analysis of small RNA pathway mutants using whole genome tiling arrays
BetreuerIn: K. Nieselt / D. Weigelt (MPI)
BearbeiterIn: Timo Sachsenberg

Thema: Algorithmen zur Merkmalsselektion aus Expressionsexperimenten zur Klassifikation multipler Tumortypen 
BetreuerIn: K. Nieselt / C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster)
BearbeiterIn: Karin Zimmermann

Thema: Improving Gene Finding Accuracy with Tiling Array and RNA-Seq Data 
BetreuerIn: K. Nieselt / G. Raetsch (MPI Tübingen)
BearbeiterIn: Jonas Behr

Thema: Analysis of alternative transcripts in Arabidopsis thaliana with whole genome arrays 
BetreuerIn: K. Nieselt / G. Raetsch (MPI Tübingen)
BearbeiterIn: Johannes Eichner

Thema: Visualization and clustering of the expression content of multiple groups using barycentric coordinates 
BetreuerIn: K. Nieselt / M. Bonin
BearbeiterIn: Stephan Gade

Thema: Classification of non-coding RNAs in prokaryotes 
BetreuerIn: K. Nieselt / E. Takano (Uni Groningen)
BearbeiterIn: Alexander Herbig

Thema: Algorithmen zur Identifizierung rhythmischer Expressionsmuster 
BetreuerIn: K. Nieselt / D. Zieker / H. Northoff (Transfusionsmedizin IKET)
BearbeiterIn: Katharina Buck

Thema: SpRay: Eine Visual-Analytics-Plattform für hochdimensionale Daten 
BetreuerIn: K. Nieselt / J. Dietzsch / D. Bartz (Uni Leipzig)
BearbeiterIn: Julian Heinrich

Thema: XML als Werkzeug zur Verwaltung und Integration von Microarray-Daten 
BetreuerIn: K. Nieselt / O. Kohlbacher
BearbeiterIn: Claas Eggert

Thema: OrthoExpress: Organismenübergreifende Expressionsanalysen aus multiplen Experimenttypen
BetreuerIn: K. Nieselt / T. Rasse (Hertie-Institut)
BearbeiterIn: Michael Knopp

Thema: Oligo hybridisation quality control for ChIP-Chip applications and combinatorial analysis of epigenetic modifications in promotor regions
BetreuerIn: K. Nieselt / C. Müller-Tidow (Uniklinik Münster)
BearbeiterIn: Florian Battke

Thema: Structural Analysis of Natural Antisense transcripts
BetreuerIn: K. Nieselt / S. Steigele / P. Stadler (Uni Leipzig)
BearbeiterIn: Mathias Ganter

Thema: Expression correlation of natural antisense transcripts in bacterial transcriptomes
BetreuerIn: K. Nieselt / E. Takano (Uni Groningen)
BearbeiterIn: Christian Bender

Thema: Robuste Merkmalsselektion aus Bipartitionen von Microarray-Expressionsdaten mit Anwendungen auf aggregierte Tumordaten
BetreuerIn: K. Nieselt / D. Zieker / A. Königrainer (UKT)
BearbeiterIn: Christian Schillinger

Thema: Molekulare Signaturen primärer intestinaler Tumore
BetreuerIn: K. Nieselt / D. Zieker / A. Königrainer (UKT)
BearbeiterIn: Bettina Knapp

Thema: Maximale Cliquen in c-max-Toleranzgraphen und ihre Anwendung in der Gruppierung molekularer Sequenzen
BetreuerIn: K. Nieselt / M. Kaufmann / K. A. Lehmann
BearbeiterIn: Ulrike Schöck

Thema: Molekulare Evolution im Guppy
BetreuerIn: C. Dreyer (MPI) / K. Nieselt
BearbeiterIn: Eva-Maria Willing

Thema: Comparative Analysis of Genome Architecture in Caenorhabditis
BetreuerIn: C. Dieterich (MPI) / K. Nieselt
BearbeiterIn: Christian Rödelsperger

Thema: Funktionelle Analyse von Genexpressionsdaten und Visualisierung beteiligter metabolischer Netzwerke (in Kollaboration mit Uniklinik Tübingen, PD Fehm)
BetreuerIn: K. Nieselt / H. Neubauer
BearbeiterIn: Katrin Deubel

Thema: A survey of Natural Antisense Transcripts in the bacteria and archaea kingdoms
BetreuerIn: K. Nieselt / W. Wohlleben
BearbeiterIn: Markus Riester

Thema: Machine learning algorithms for Microarray Data
BetreuerIn: K. Nieselt / O. Kohlbacher
BearbeiterIn: Stephan Symons

Thema: Comparative Analysis and Visualization of Epigenomic and Gene Expression Microarray Data
BetreuerIn: K. Nieselt / C. Müller-Tidow
BearbeiterIn: Matthias Zschunke

Thema: Visualization and Integration of LC/MS Proteomics Data
BetreuerIn: K. Nieselt / L. Hood (ISB Seattle)
BearbeiterIn: Nils Gehlenborg

Thema: New Results on Evolutionary Trees: Closure Operations, Generalised Convexity and Generating Functions
BetreuerIn: K. Nieselt / D. Huson
BearbeiterIn: Tobias Thierer

Thema: Verbesserte Graphische Oberfläche und Algrothmen für Affymetrix® Resequenzierungs-Microarrays
BetreuerIn: K. Nieselt / O. Rieß
BearbeiterIn: Kirstin Weber

Thema: On Small-World Networks
BetreuerIn: M. Kaufmann / K. Nieselt
BearbeiterIn: Hendrik Post

Thema: Genomweite Rekonstruktion und experimenteller Nachweis repetitiver Elemente aus hochfragmentierten Sequenzdaten
BetreuerIn: R. Sommer (MPI) / S. Steigele / K. Nieselt
BearbeiterIn: Alexander Breit

Thema: 3did: a structural framework for second generation prediction algorithms of protein-protein interactions (in Kollaboration mit EMBL Heidelberg Dr. Patrick Aloy)
BetreuerIn: P. Aloy / K. Nieselt
BearbeiterIn: Amelie Stein

Thema: Genome-wide analysis of growth-phase dependent genes in Streptomyces coelicolor
BetreuerIn: W. Wohlleben / K. Nieselt
BearbeiterIn: Daniela Eggle