Die Ursprünge des Difäms sind getrieben von medizinischem Missionsdenken. Im Jahr 184e1 erfolgte die Gründung des Medizinischen Missions-Institut in Tübingen, welches aufgrund fehlender finanzieller Mittel wieder geschlossen werden musste. Das Difäm-Institutsgebäude - an der Kreuzung von Mohl- und Nauklerstraße, in dem aktuell die Wirtschaftswissenschaften der Universität zu finden sind - konnte durch die Hilfe des Stuttgarter Unternehmers und Gründer des Deutschen Instituts für ärztliche Mission (Difäm) Paul Lechler, der noch heute Namensgeber der Tropenklinik ist, erworben werden und sollte zur Ausbildung der Missionare genutzt werden. Die Verflechtungen der verschiedenen Missionsverbände und Einrichtungen zu Zeiten des Kolonialismus waren eng und reichten über Landesgrenzen hinweg. Wo genau die Rheinische Mission aufhört, die Basler Mission beginnt und ab wann man von der Difäm sprechen kann, ist oft schwer zu sagen – so veröffentlichte Gottlieb Olpp von Tübingen aus viele seiner Werke mit Hilfe der Basler Mission, wobei er in den Werken oft über die Difäm und das Tropengenesungsheim berichtete, die in den Missionsgebieten eng mit der Rheinischen Mission zusammenarbeitet.
Den meisten ist die Difäm bekannt durch zahlreiche Projekte, die besonders in Afrika und auch in Asien für Gesundheit und Bildung der Menschen angesiedelt sind. Schwerpunktländer sind dabei die Demokratische Republik Kongo, der Tschad, Kenia, Malawi, Indien und Papua-Neuguinea (Difäm 2022).