Das Tübinger "Urgeschichtliche Forschungsinstitut" (UFI) ging 1921 aus der bereits um die Jahrhundertwende vom Geologen Ernst Koken (1860-1912) begründeten urgeschichtlichen Sammlung des Geologischen Instituts hervor. Vorwiegend aus Spendengeldern finanziert, erlebte diese Einrichtung unter der Leitung von Robert Rudolf Schmidt (1882-1950), seit 1917 außerordentlicher Professor für Urgeschichte, in den zwanziger Jahren eine erste Blüte.

Schmidt hatte sich seit 1906 durch verschiedene Grabungen in eiszeitlich besiedelten Höhlen der Schwäbischen Alb im Fach Ansehen erworden. Den Schwerpunkt der Arbeiten des UFI in den zwanziger Jahren bildeten die Aufsehen erregenden Grabungen an verschiedenen Fundplätzen im Federseebecken in Oberschwaben. Daneben entfaltete das Institut auch Aktivitäten in der näheren Umgebung Tübingens. Die in einer dem Institut angegliederten Werkstatt hergestellten Modelle und Abgüsse erlaubten es außerdem mit anderen Museen des In- und Auslands in einen regen Austausch zu treten. Dies führte zu einem raschen Anwachsen der Institutssammlung. 1927 füllte sie bereits sechs große Säle mit 78 Vitrinen und bot Fachleuten ebenso wie der interessierten Öffentlichkeit einen Überblick über die gesamte europäische Urgeschichte.

Finanzielle Unstimmigkeiten, die letztlich aus dem Versiegen des Spendenflusses in einer wirtschaftlich unsicheren Zeit resultierten, aber auch fachliche und persönliche Auseinandersetzungen unter den Beteiligten, führten dazu, dass Schmidt 1929 die Vorstandschaft des Instituts entzogen wurde. Ein Jahr später verlor er auch seine Assistentenstelle. Die Leitung des Instituts wurde in der Folge kommissarisch von den Direktoren des Geologisch-Paläontologischen Instituts wahrgenommen. Diese Übergangsphase endete erst mit Berufung Gustav Rieks (1900-1975) zum planmäßigen Professor und Leiter des von nun an eigenständigen Instituts im Jahre 1935. Der Ausbruch des Zweiten Weltkriegs verhinderte in der Folgezeit den angestrebten Ausbau des Instituts im Sinne der NS-Wissenschaftspolitik.

Nach dem Zweiten Weltkrieg war es zunächst vor allem die Eisenzeitforschung, die mit dem großen Heuneburg-Projekt, initiiert von Kurt Bittel (1953-1955) und umgesetzt durch Wolfgang Kimmig (1955-1975), einen neuen Arbeitsschwerpunkt setzte und damit dem neu konstituierten "Institut für Vor- und Frühgeschichte" auch internationales Ansehen verschaffte. Parallel dazu hat Riek, der 1955 auf die neugeschaffene Stelle eines außerordentlichen Professors für Urgeschichte in der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät berufen wurde, seine Studien zum süddeutschen Paläolithikum fortgeführt. Seine Stelle wurde 1965 in ein Ordinariat umgewandelt.

Mit der Gründung eines der Geowissenschaftlichen Fakultät zugehörigen eigenständigen "Instituts für Urgeschichte (Jägerische Archäologie)" im Jahre 1970 neben dem bereits bestehenden Institut für "Vor- und Frühgeschichte" (Philosophische Fakultät, später: Fakultät für Kulturwissenschaften) begann eine Zeit der getrennten Entwicklung der Arbeitsbereiche, die in Deutschland einzigartig war. Sie ermöglichte eine von den Entwicklungen im "Institut für Vor- und Frühgeschichte" unabhängige Entwicklung der Forschungen zur älteren Urgeschichte und eine Profilierung dieses Arbeitsbereiches in paläoökologischer Richtung. Die damit verbundene Aufspaltung der Ur- und Frühgeschichte in zwei Studienfächer erwies sich allerdings gerade für Studienortwechsler als ein Hindernis. Sie fand 1992 ein Ende, als die beiden Institute wieder zu einem "Institut für Ur- und Frühgeschichte" zusammengelegt wurden, allerdings unter der Beibehaltung der unterschiedlichen Fakultätszugehörigkeit und weitgehender Wahrung der Eigenständigkeit der beiden Arbeitsbereiche. Dabei ist es bis heute geblieben, abgesehen davon, dass mit der "Archäologie des Mittelalters" im Jahre 1995 noch ein weiterer Arbeitsbereich hinzutrat.