Im Kollegjahr 2008/09 widmete sich das Studienkolleg den biologischen und kulturellen Grundlagen menschlichen Denkens. Die Fähigkeit des Menschen zu denken beschäftigt sowohl die Geisteswissenschaften als auch die Psychologie und die Anthropologie und zunehmend auch die Neurowissenschaften. Mit der Frage nach den Grundlagen des Denkens verbunden sind Fragen nach der Sprachfähigkeit des Menschen, nach dem Bewusstsein und Selbstbewusstsein bis hin zu Fragen des sozialen und kulturellen Handelns.
Das Studienkolleg gliederte sich deshalb in drei thematische Blöcke:
1. "Die Evolution von Bewusstsein"
Im ersten Block standen die evolutions- und neurobiologischen Grundlagen im Mittelpunkt.
2. "Denken und Sprache"
Im zweiten Block wurde Sprache als Medium, das Geist und Natur vermittelt, untersucht. Die wichtigsten Beiträge kommen aus der Psychologie, der Sprachwissenschaft und der Informatik.
3. "Der kulturelle Aufbau der Vernunft"
Der dritte Block behandelte verschiedene Aspekte der kulturellen Verankerung der Vernunft und der philosophischen Anthropologie.