Completed Bachelor Theses

2022

Topic: Genotypen in Treponema pallidu
Supervisor: Kay Nieselt/Simon Hackl
Author: Jonathan Nemitz

Topic: Ein interaktives Webinterface für TSSpredator
Supervisor: Kay Nieselt/Mathias Witte Paz
Author: Valerie Bouillon

Topic: Verbesserung von Genomannotationen mit Hilfe von Transkriptom- und Proteomdaten
Supervisor: Kay Nieselt/Caroline Jachmann
Author: Moritz Christ

Topic: Vergleich von Genomvarianten bei unterschiedlichen Assembly- und SNP-Calling-Strategien
Supervisor: Kay Nieselt/Theresa Harbig
Author: Mareen Hundt

Topic: Dimension reduction in Mayday 2.0 with applications to multi-omics data
Supervisor: Kay Nieselt/Susanne Zabel
Author: Jutta Seth

2021

Topic: Co-appearances of genes in microbiomes
Supervisor: Kay Nieselt/Susanne Zabel
Author: Johannes Hölle

Topic: Data mining for conditions which influence the echolocation behavior of forgaging Rhinopoma
Supervisor: Kay Nieselt/Prof. Schnitzler
Author: Marc Krause

Topic: Integration of statistical methods into Evidente
Supervisor: Kay Nieselt/Theresa Harbig
Author: Sophie Pesch

2020

Topic: Rekonstruktion und Vergleich von Transkriptensequenzen in Streptomyces coelicolor Zeitserien
Supervisor: Kay Nieselt
Author: Franziska Daumüller

Topic: Erweiterte Funktionalitäten für EAGER
Supervisor: Kay Nieselt
Author: Lennart Krohn

Topic: Detection of DNA contamination in RNA-seq data
Supervisor: Kay Nieselt
Author: Henry Böhm

Topic: GenomeRing - eine Standalone Java FX-Anwendung
Supervisor: K. Nieselt
Author: Eyyub Bag

2019

Topic: Eine vergleichende Studie von Microarray- und RNASeq-Daten
Supervisor: K. Nieselt
Author: Nadine Schacherer

Topic: Detektion differentiell exprimierter Gene in Zeitreihendaten am Beispiel Streptomyces coelicolor
Supervisor: K. Nieselt
Author: Hannah Frank

Topic: Gene regulatory networks from time series expression data in Streptomyces coelicolor
Supervisor: K. Nieselt
Author: Marvin Döbel

Topic: Differential gene expression in different healthy human brain regions using CAGE-seq data
Supervisor: K. Nieselt/A. Hennig
Author: An Jiahui

Topic: Indexing the SuperGenome
Supervisor: K. Nieselt/A. Hennig
Author: Mauro Di Girolamo

Topic: Comparison of microarray and RNA-seq derived transcriptomes in Streptomyces coelicolor
Supervisor: K. Nieselt
Author: Kilian Bunge

2018

Topic: EVIDENTE – A Visual Analytics Tool for Data Enrichment in Phylogenetic Trees
Supervisor: A. Seitz/K. Nieselt
Author: Mathias Alexander Witte Paz

Topic: Effiziente Identifikation von Claden-spezifischen SNPs
Supervisor: A. Seitz/K. Nieselt
Author: Katrin Fischer

Topic: Erstellung eines Web User Interface für die Vorhersage von Transkriptionsstartpunkten aus dRNA-seq-Daten
Supervisor: S. Fillinger/K. Nieselt
Author: Julian Müller

2017

Topic: Implementierung eines Tools zur Maskierung repetitiver Sequenzen in Genomen
Supervisor: A. Seitz/K. Nieselt
Author: Friederike Hanssen

Topic: Genomic haplotype phasing and motif searching around recomination hotspots in stickleback fish
Supervisor: F. Jones/K. Nieselt
Author: Marcus Lahm

2016

Topic: Evaluierungstoolbox zur Assemblierung kurzer Sequenzfragmente altertümlicher, metagenomischer Proben
Supervisor: A. Seitz/K. Nieselt
Author: Lars-Christian Archauer

Topic: Funktions- und strukturbasierte Analyse genetischer Varianten mit Fokus auf klinische Phänotypen
Supervisor: A. Seitz/F. Battke
Author: Tobias Koch

Topic: Funktionale Annotation von genetischen Varianten mit Fokus auf klinische Phänotypen
Supervisor: A. Seitz/F. Battke
Author: Jonas Kübler

2015

Topic: PanGeeDB: A SuperGenome-based database for Pan-genomes
Supervisor: A. Hennig/K. Nieselt
Author: Marie Gauder

Topic: Genexpressionsstudien in Streptomyces coelicolor mit Hilfe von Mayday
Supervisor: A. Hennig/K. Nieselt
Author: Alexander Stoppel

2014

Topic: Implementierung einer Toolbox zur automatisierten Reportgenerierung innerhalb der EAGER Pipeline
Supervisor: K. Nieselt/A. Peltzer
Author: Maximilian Hanussek

Topic: Toolbox zur Erstellung von Contamination Reports innerhalb der EAGER Pipeline
Supervisor: K. Nieselt/A. Peltzer
Author: Christopher Jürges

Topic: The expression landscape of monozygotic twins
Supervisor: K. Nieselt
Author: Alicia Owen

Topic: Collact.me Android App Development
Supervisor: A. C. Polatkan
Author: Nicolai Wahn

Topic: Tweet content mining and visualization of user reputation scores for Collact.me framework
Supervisor: A. C. Polatkan
Author: Philipp Weber

Topic: TOPAS – Toolkit for Processing and Annotating Sequence Data
Supervisor: K. Nieselt
Author: Simon Heumos

2013

Topic: Bigramm-Alignierung und ihre Anwendung in der historischen Linguistik
Supervisor: S. Steiner/C. Höner zu Siederdissen/K. Nieselt
Author: Nancy Retzlaff

Topic: Interaktives visuelles Clustering
Supervisor: G. Jäger
Author: Eugen Netz

Topic: Design and implementation of administration and enrichment tools for the Collaborative Social Network: Collact
Supervisor: A. C. Polatikan
Author: Martin Lang

Topic: Mikrogravitationsabhänige Genexpression in Arabidopsis thaliana
Supervisor: K. Nieselt/G. Jäger
Author: Nina Spirer

2012

Topic: Parallelisierung des QT-Clusterings in Mayday
Supervisor: G. Jäger/K. Nieselt
Author: Sebastian Nagel

Topic: Design und Implementierung einer REST-API für ein Soziales Netzwerk
Supervisor: A. C. Polatkan/K. Nieselt
Author: Patrick Haug

Topic: Extrahierung und Klassifizierung von Microblogging-Inhalten mit Anwendung auf bioinformatische Themen
Supervisor: A. C. Polatkan/K. Nieselt
Author: Jonas Begemann

2011

Topic: Genomweite Expressionsanalyse mesenchymaler Stammzellen
Supervisor: K. Nieselt/Prof. Aicher
Author: André Hennig

Topic: Transcript Count Statistics for Expression Studies from Second-Generation Sequencing Data
Supervisor: F. Battke/K. Nieselt
Author: Dilek Tuncbilek

Topic: Interaktive Visualisierung von systembiologischen Daten
Supervisor: K. Nieselt/S. Symons
Author: Matthias Munz

Topic: Vergleich von Vorhersage-Verfahren für non-coding RNAs in Bakterien
Supervisor: K. Nieselt/A. Herbig
Author: Philipp Kirstahler

Topic: Sequence based filtering of RNA-RNA interaction candidates
Supervisor: K. Nieselt/A. Herbig
Author: Julian Gutekunst

Topic: Fast alignment methods of RNA-sequencing data
Supervisor: K. Nieselt/F. Battke
Author: Björn Petri

2010

Topic: Detecting and modelling time shifts in microarray time series data applying Gaussian processes
Supervisor: K. Nieselt/O. Stegle (MPI)
Author: Max Zwießele

Topic: Experimentelle Annotation der Transkriptionslandschaften von Candida albicans und Candida dubliniensis
Supervisor: K. Nieselt/K. Sohn (GB)
Author: Philip Stevens

Topic: Automatisierung von Mayday mit Java Scripta>
Supervisor: K. Nieselt/F. Battke
Author: Tobias Ries

2009

Topic: Statistical Data Analysis for the Detection of Differentially Expressed Genes
Supervisor: K. Nieselt/S. Symons
Author: Sina Beier

Topic: Motif finding in Mayday
Supervisor: K. Nieselt/F. Battke
Author: Frederik Weber

2008

Topic: QT-Clustering für Mayday
Supervisor: K. Nieselt/J. Dietzsch
Author: Günter Jäger

Topic: Erstellung eines effizienten Visualisierungs-Frameworks für Mayday
Supervisor: K. Nieselt/F. Battke
Author: Philipp Bruns

Topic: Regulatorische Netzwerke mit Association-Mining
Supervisor: K. Nieselt/S. Symons
Author: Christian Sieber

Topic: Datenbank und Analyse von Immunologie-Expressionsdaten
Supervisor: K. Nieselt/S. Symons
Author: Steffen Sass