Tübingen Structural Microscopy (TSM)

Ressourcen und Tutorials

Hier finden Sie eine Übersicht zu Softwarepaketen, Kurzanleitungen, detaillierte Tutorials und Makros, die effizientere Arbeitsabläufe ermöglichen. Weiter unten finden Sie Antworten auf häufig gestellte Fragen.

Image Analysis Software

Tutorials

Image Analysis

Effiziente und reproduzierbare Messungen in FIJI

Tutorial für effiziente und reproduzierbare Messungen in FIJI (PDF).

Auslesen von Bild-Metadaten & Hinzufügen eines Maßstabsbalkens

Tutorial zum Auslesen von Bildmetadaten und Hinzufügen eines Maßstabsbalkens (PDF).

Datenmanagement

Dropdown-Menüs und Auto-Fill Funktion in Excel

Tutorial (PDF) und Beispieldatei

Erzeugen von Dateilisten via Befehlszeile

Tutorial zum Erzeugen von Dateilisten via Befehlszeile (PDF)

FIJI Plugins / Makros

Installationsanleitung

Das PDF erklärt, wie die hier aufgeführten Makros in FIJI installiert werden können.

Generieren von Ordnerstrukturen

Das Macro “Generate_folder_structure.py“ in FIJI generiert an einem durch den User bestimmten Speicherort einen Projektordner mit den Unterordnern: analyses_code; figure_plates; manuscript; processed_data; raw_data; readme_files & submission.

Generieren von Projektstrukturordnern

Das Macro „Generate_folder_and_subfolder.py“ in FIJI generiert an einem durch den User bestimmten Speicherort einen Ordner mit einer zu definierenden Anzahl an Unterordnern, für die im Macro auch die Namen abgefragt werden. Es lassen sich so Templateordner z.B. für die Organisation von Projektdaten generieren.

Erstellung Bilddateitabelle mit weiteren Spalten

Das Macro „Generate_file_list_add_columns.py“ ermöglicht es aus FIJI heraus, einen Ordner mit Bildern auszuwählen und eine csv-Datei zu erstellen, in der die Bildnamen aufgelistet sind, und zusätzliche Spalten mit statischen Werten hinzuzufügen. Es ermöglicht auch das Speichern und Laden von Vorlagen (im JSON-Format) für solche zusätzlichen Spalten.

Python

Tabellieren von EDX Spektraldaten als CSV

Das Skript „edx_spectrum_processor.py“ ermöglicht es via Python, einen gesamten Ordner voller Rohdaten von EDX-Punktmessungen (aus der Software AZTEC (Oxford)) im .txt Format auszulesen und gebündelt in eine CSV-Datei zu schreiben. Das Skript prüft auf etwaige Leerzeichen im Dateinamen (z.B. Spektrum 1.txt) und korrigiert diese. Es wird weiterhin eine zweite CSV Datei generiert, die für jedes Spektrum die von der Software automatisch erkannten Spektrumpeaks enthält.

Angepasst werden muss im Skript der spezifische Dateipfad zu dem Ordner mit den TXT-Dateien, sowie der gewünschte Ordner für den Output (Zeile 50 & 84). 

Die CSV-Dateien können dann im Folgenden dazu verwendet werden die Daten effizient in Python oder R in einem einheitlichen standardisierten Format zu plotten (und wenn gewünscht auch die detektierten Elemente zu labeln). 

FAQs

FIJI / ImageJ

Wo kann ich FIJI herunterladen?

Die jeweils aktuelle Version für das entsprechende Betriebssystem kann hier heruntergeladen werden.

Gibt es ein User-Manual zu ImageJ / FIJI?

Über das Suchfenster können einzelne Tools sowie auch weitere Informationen dazu abgerufen werden, abenso über die Hilfe Funktion. Es gibt aber weiterhin auch ein Training manual zu FIJI welche viele grundlegende Funktionen im Detail erklärt.

Atlas 5

Ist ein Batch-Export der Bilder aus Array-Tomography (2D) Sessions möglich?

Dies ist derzeit leider so nicht in der Software vorgesehen.

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