Die NS-Zeit stellt das dunkelste Kapitel der Tübinger Universitätsgeschichte dar. Viele Professoren begrüßten 1933 die „Machtergreifung“ der Nationalsozialisten. Die große Mehrheit war durch aktive Mitarbeit an der Konsolidierung und Stabilisierung der NS-Herrschaft beteiligt. Auch am Tübinger Beispiel zeigt sich, dass der Nationalsozialismus an den deutschen Universitäten nicht auf eine kleine Tätergruppe reduziert werden kann.
Die Universität sieht es als ihre Pflicht an, sich mit diesem Kapitel ihrer eigenen Geschichte auseinanderzusetzen. Eigens zu diesem Zweck hat sich 2002 der „Arbeitskreis Universität Tübingen im Nationalsozialismus“ gegründet. Aus diesem ist in Kooperation mit mehreren universitären Einrichtungen eine Reihe von Publikationen hervorgegangen.
Zusätzlich widmete sich die Universität im Jahr 2015 – 70 Jahre nach Kriegsende – dem Thema in Gestalt einer Studium-Generale-Reihe und zwei vielbeachteten Ausstellungen. Gegenstand dieser Ausstellungen waren die Geschichte von Forschung und Lehre in der NS-Zeit sowie die 1943 von der Universität angenommene rassekundliche Habilitationsschrift des Tübinger Anthropologen Hans Fleischhacker.
Quellen zur Geschichte der Juden im Universitätsarchiv Tübingen
Bericht über‚Zigeunerforschung’, ‚Kriminalbiologie’ und Zwangssterilisierungen von ‚Zigeunern’
Bericht über Zwangsarbeit an der Universität Tübingen im Zweiten Weltkrieg
Bericht zu Zwangssterilisationen an der Universität Tübingen
Bibliographie zur Universität im Nationalsozialismus
Stellungnahme von Bastian Wade zur NS-Vergangenheit von Max Schwarz, früherer Direktor der HNO-Klinik